第三代测序第6页

通过VCF文件制作定制化的参考基因组

其实就是把某个测序样本call出来的SNP&&indel替换掉参考基因组对应位置的碱基。自己可以编写脚本修改，使用Perl中的substr来进行单个位点修改，把坐标按照从后往前的顺序，而不是从前到后。

dulunar·2024-01-20 01:58

学习小组Day7笔记--Monomania

2020年4月20日Day7：测序知识今天学习的主题是测序的相关知识，主要是测序技术的历史、高通量测序的分类以及一些相关的测序基础知识。学习资料有点多，感觉一时半会儿也不能全部理解，得多看看总结总结。

Just_Monomania·2024-01-19 18:46

忠于职守的隧蜂外婆

隧蜂一年内的生长周期是这样的：四月：第一代隧蜂开始整理巢穴，准备生育下一代；五月：隧蜂妈妈开始采集花蜜，准备食物，产卵；六月：劫后余生的第二代隧蜂出生，只有雌性；七月：第二代隧蜂开始产卵；九月：第三代隧蜂出生

惑惑来了·2024-01-19 12:57

如何“扭亏为盈”

第三代CEO用前两代积累下来的资金，收购了民航飞机制造业的翘楚。在民用和军用，两个领域同时拥有拳头产品。两条腿走路，东边不亮西边亮，让企业的

零壹生活·2024-01-19 11:24

《基因的名义》读书笔记

这本书比较适合我这类入行不久的人来看，里面介绍了很多基因组学方面的应用和相关原理，内容涉及基因组学的发展历程、基因学和测序技术的应用（寻祖，亲人鉴定，性状预测，癌症检测和用药，出生缺陷预防，消费级基因检测等等

TOP生物信息·2024-01-19 07:26

高并发大游戏如何选择阿里云服务器配置？

用于高性能计算或大游戏并发，可选择企业级第七代云服务器计算型g7、ECS计算型c7、内存型r7独享型云服务器，CPU采用第三代IntelXeon可扩展处理器（IceLake），基频2.7GHz，全核睿频

暴富程序员·2024-01-19 04:25

听书《基因革命》

听书《基因革命》，可以基因测序，进一步了解自己。

梦幻剑晖·2024-01-18 23:40

时间序列数据的季节性检测

时间序列分析是统计学和数据科学的一个基本研究领域，它为理解和预测序列数据中的模式提供了一个强大的框架。特别是时间序列数据，它捕获连续时间间隔内的信息，使分析师能够揭示趋势，季节性模式和其他时间依赖性。

python收藏家·2024-01-18 20:22

使用阿里云服务器自建数据库配置多大合适？

用于自建数据库可以第七代云服务器ECS计算型c7、通用型g7或内存型r7实例，企业级独享型云服务器，CPU采用第三代IntelXeon可扩展处理器（IceLake），基频2.7GHz，全核睿频3.5GHz

腮帮子疼·2024-01-18 20:49

大游戏并发使用什么阿里云服务器配置？

用于高性能计算或大游戏并发，可选择企业级第七代云服务器计算型g7、ECS计算型c7、内存型r7独享型云服务器，CPU采用第三代IntelXeon可扩展处理器（IceLake），基频2.7GHz，全核睿频

腮帮子疼·2024-01-18 20:49

珍重

鹏是我的表哥，大舅家的第一个儿子，是外公那边第三代的老大。我们很少见面，基本就是靠着数得过来的春节回去省亲的缘分。我觉得他是很好的一个

缄默_ada4·2024-01-18 20:20

核武器从第一代原子弹到第三代中子弹威力究竟有什么恐怖变化

1945年世界上第一颗原子弹在墨西哥的一片沙漠地带爆炸成功，第一个原子弹的爆炸成功宣告着人类世界进入核武时代。有人说核武时代不应该来的这么早，有人又说核武时代的来临避免了第三次世界大战的发生。核武时代提前来临，其实少不了我们中国的一个好邻居——日本。1938年第二次世界大战发生后，日本和德国法西斯势力迅速起势，准备东西南北包围世界，一统地球。彼时的日本人和德国人可谓胆大包天。日本从北往南一片开打，

飘慧虚子·2024-01-18 14:30

纯生信分析套路甲基转移酶相关因子的预后分析

本文主要是基于TCGA数据和中国胶质瘤基因组图谱RNA测序数据集，通过一

音十千寻·2024-01-18 13:04

文献阅读：单细胞 RNA 测序揭示分子定义的肌间神经元类别的多样化

文献介绍「文献题目」Diversificationofmolecularlydefinedmyentericneuronclassesrevealedbysingle-cellRNAsequencing「研究团队」UlrikaMarklund（KarolinskaInstitutet）「发表时间」2020-12-07「发表期刊」NatureNeuroscience「影响因子」25.0「DOI」10

Tiger Z·2024-01-18 12:30

工智能基础知识总结--隐马尔可夫模型

隐马尔可夫模型的定义隐马尔可夫模型是关于时序的概率模型，描述由一个隐藏的马尔科夫链随机生成不可检测的状态随机序列（状态序列），再由各个状态生成一个观测而产生观测随机序列（观测序列）。

北航程序员小C·2024-01-18 12:54

一文带你读懂单细胞测序

本文首发于“生信大碗”公众号，转载请注明出处单细胞测序技术自2009年汤富酬老师发表单细胞文献后被广泛了解，2013年被NatureMethods评为年度技术，至此越来越多地被应用在科研领域。

生信大碗·2024-01-18 00:53

vcf文件提取SNP位点

测序得到VCF文件后，有时需要提取部分SNP位点，这里介绍的工具是VCFtools，安装以及基础功能见下贴：vcftools安装及基础用法-(jianshu.com)1.准备SNP位点list首先将需要提取的

Wei_Sun·2024-01-17 18:45

小白使用GSEA的注意事项

经过不断的试错，我终于找到了目前看过最好的GSEA教程，在细节之处非常贴心，小心心送给你～传送门：ChevyXu的高通量测序数据处理学习记录（三）：Path

墨墨如·2024-01-17 15:26

中国四氟丙烯行业市场调研与投资预测报告（2024版）

目前全球广泛使用的汽车空调制冷剂为HFC-134a，属于第三代制冷剂，对臭氧层不具有破坏作用，但具有较高的温室效应（GWP=1300）、大气寿命长，大量使用会引起全球气候变暖。

立木信息咨询·2024-01-17 14:26

【读书摘录】中国皇帝全传（四十六）---晋成帝司马衍

342年父母：父，明帝司马绍；母，庾太后后妃：杜皇后年号：咸和，咸康在位时间：公元325～342年谥号：成帝庙号：显宗陵寝：江苏兴平陵性格：聪明，软弱2、晋成帝名叫司马衍，是晋明帝司马绍的长子，是东晋的第三代皇帝

中年大叔·2024-01-17 13:03

Celaref | 单细胞测序细胞类型注释工具

我导再也不用担心我不认识marker啦我们在进行单细胞测序的时候，通常情况下是通过高变genes来辨别细胞类型（于是一大堆不认识的），除了免疫细胞可能容易分析出来，其他的细胞我是两眼一抹黑。

生信宝典·2024-01-17 09:34

一文看懂第三代E/E架构。

摘要】从汽车电动化、智能化对于电子电气架构都需要非常大的变化，本文从电子电气架构的起源，从分布式迈向集中式的架构为什么是软件定义汽车的前提，伴随着硬件、软件、通讯架构的升级，在超级计算机还没有到来之前，第三代

阿宝说车·2024-01-16 22:39

易基因｜全基因组DNA甲基化测序（WGBS）揭示衰老对肝再生的表观基因组调控机制

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。众所周知，衰老会对肝脏再生产生影响。随着时间的推移，肝脏再生能力显著下降。肝脏体积、血流量和代谢等肝脏生理参数，以及损伤后的再生能力在人类和模型系统中均在老年时表现出下降，其中涉及许多分子机制，包括DNA甲基化依赖性基因组重塑。那么DNA甲基化变化如何介导衰老对肝再生的不利影响呢？2023年02月13日，美国德克萨斯农工健康科学中心Ro

易基因科技·2024-01-16 13:52

Cell｜易基因微量DNA甲基化测序助力中国科学家成功构建胚胎干细胞嵌合体猴，登上《细胞》封面！

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。北京时间2023年11月9日，《Cell》期刊以封面文章的形式在线发表了由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)、上海脑科学与类脑研究中心，中国科学院广州生物医药与健康研究院等单位牵头，题为《Livebirthofchimericmonkeywithhighcontributionfromembryonicstemce

易基因科技·2024-01-16 13:52

易基因2023年度DNA甲基化研究项目文章精选

01、易基因微量DNA甲基化测序助力中国科学家成功构建胚胎干细胞嵌合体猴，登上《细胞》封面（cell/IF64.5）02、oxBS揭示复发性膀胱癌的DNA甲基化和羟甲基化变化并鉴定预测PD-L1表达标记物

易基因科技·2024-01-16 13:51

易基因：DNA甲基化和转录组分析揭示番茄黄化曲叶病毒感染过程中的转录和表观遗传学变化

测序技术进步允许大规模同时分析病毒感染的多个方面，为植物-病毒互作的分子机制产生新的见解。然而尚未对双生病毒感染期间宿主转录组、sRNA谱

易基因科技·2024-01-16 13:21

锐意进取，蓬勃发展｜爱基百客2023全景图

爱基百客作为一家专注于测序服务的公司，我们在这一年里经历了许多挑战，也取得了令人鼓舞的成绩。前面我们盘点了表观产品和单细胞产品，今天再邀您回顾我们的2023全景图！

爱基百客·2024-01-16 12:40

#植物单细胞核转录组利用单细胞核转录组挑战非模式生物-荔枝花芽发育分化过程

近期，发表于《JournalofExperimentalBotany》的植物单细胞核转录组文献，以荔枝成花过程中关键发育时期的三种不同状态的芽为研究对象，首次建立荔枝芽样本的单细胞核测序体系，完成了首例荔枝单细胞图谱构建

SHANGHAILINGEN·2024-01-16 09:40

群体结构分析

对群体结构和亲缘关系进行评估以确定使用的统计模型和获得相应的矩阵评估内容（遗传上差异过大应剔除，相似性高的保留其一）Structure是与PCA、进化树相似的方法，就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类，分子标记可以是SNP、indel、SSR……当然，对于重测序应用的最多的还是

滴滴_54f1·2024-01-16 07:10

高性能计算环境大规模DNA测序数据集柱状工具HipMer的介绍，安装和使用方法

HipMer介绍HipMer是一个基因组组装软件，它特别为高性能计算环境设计，旨在处理大规模的DNA测序数据集。

小果运维·2024-01-16 06:54

生物信息学之序列比对

AIzealot无·2024-01-16 02:02

齐派第三代弟子一一一于润

(齐白石一→李可染一→于润)图片发自App于润(1935一一1996)，祖籍河北省唐山丰闰县人。中国美术家协会会员，高级画师，中国唐山市书画院院长。李可染入室弟子。萃雅轩主范成元2019.02.26

萃雅轩主范成元·2024-01-15 22:25

生信步骤|kmc+genomescope进行基因组调查

在组装未知基因组时，往往需要利用重测序数据提前进行基因组调查，以获取其基因组规模，杂合率，重复序列比例，GC含量等信息。从而更好地拟定后继测序策略。基因组调查可以采用kmers方法。

学术程稻属·2024-01-15 20:04

生信步骤|转录组测序上游分析：hisat2+samtools+stringtie

转录组分析在当下研究功能基因组领域十分常用。相关软件组合种类也十分丰富，本文采用了hisat2+samtools+stringtie策略从转录组数据中挖掘差异表达基因。在这里小编整理了一下此套组合的执行流程，以供日后查阅；同时分享在平台，希望能帮助到更多初学者，如有谬误也请各路大佬批评指正。先从整体上看一下软件们所执行的功能：hisat2：建立参考基因组索引，reads的比对samtools：sa

学术程稻属·2024-01-15 20:34

外泌体多组学15-尿液外泌体sRNA建库优化-增加切胶回收扩增-比对率20%提升至33%

从外泌体中分离出的miRNAs的测序在识别新的疾病生物标志物方面具有很大的潜力，但外泌体的RNA数量较低，阻碍了充分的分析和定量。

_十三·2024-01-15 19:08

单细胞转录组测序揭示了动脉粥样硬化免疫细胞的异质性

单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术的进展使我们对免疫细胞亚群的认识更加完善。

晶典教你玩转科研·2024-01-15 16:01

文化与传承

没想到智商在线的小帅哥，还是国家级非物质文化遗产“面人郎”的第三代传人。关于非遗，虽然国家一直在宣传和推广，但是身体力行的希望通过自己的努力，

hansisi·2024-01-15 09:26

十四五拟大力发展第三代半导体

1、据外媒消息，中国计划将大力支持发展第三代半导体产业写入“十四五”规划之中。

全能老王子·2024-01-15 07:34

哺乳动物器官中基因表达水平的进化

在这里，为了了解哺乳动物转录组进化的动态，我们报道了来自10种主要哺乳动物谱系(胎盘类、有袋类和单孔类)和鸟类(进化外群)的6个器官的多聚腺苷化RNA的测序。我们发现，由于选择压力的

亦是旅人呐·2024-01-15 04:33

这篇12分只有2张图的文章思路值得借鉴

作者对致命性前列腺癌的未治疗初级样本以及去势抵抗后的样本进行了基因组测序，分析了前列腺癌原发肿瘤活检中的基因改变，评估相同

科研菌·2024-01-15 00:02

细菌16S rRNA基因测序平台比较

1.细菌16SrRNA基因测序平台介绍1.1Roche454测序平台罗氏454测序系统是454生命科学公司推出的454测序技术，是基于焦磷酸测序法的高通量测序系统，开创了第二代测序技术的先河。

JarySun·2024-01-14 21:48

2016《Cell Research》全基因组重测序研究狗的驯化起源

动物经过了漫长的驯化和文明交流过程，它们的样子跟其祖先相比，发生了太多的变化，早已无从分辨。然而，我们依然可以从它们的基因组DNA中找到其驯化迁徙的痕迹，探究物种群体的命运和奋斗历程。在生物体的世代交替过程中，基因组DNA一代一代地传递下来，它保存了调控生物体生长发育的几乎所有信息。然而，基因组DNA又不是一成不变地传递，每一代甚至每一个个体都会发生突变。因而，随着时间的推移，后代的个体中DNA会

iBioinformatics·2024-01-14 21:26

SIC单晶衬底的常用检测技术

碳化硅（SiC）作为第三代半导体材料，因其宽禁带宽度、高击穿电场强度和高热导率等优异性能，在众多高端应用领域表现出色，已成为半导体材料技术的重要发展方向之一。

阿拉伯梳子·2024-01-14 15:08

UML类图简介

什么是UML统一建模语言（UnifiedModelingLanguage，缩写UML）是非专利的第三代建模和规约语言。

felixu·2024-01-14 03:29

今日武器装备分享-T80主战坦克

T80主战坦克是由T64主战坦克发展而来的苏联第三种第三代主战坦克，是历史上第一种以燃气轮机为动力批量生产的主战坦克。

上甘岭的旗帜·2024-01-14 00:01

使用深度学习开发癌症复发风险分层模型，可改善早期发现和推进早期干预（IF5+)

DeepLearning-BasedMulti-OmicsIntegrationRobustlyPredictsRelapseinProstateCancer基于深度学习的多组学整合有力地预测了前列腺癌的复发情况发表期刊：FrontOncol发表日期：2022Jun23DOI:10.3389/fonc.2022.893424期刊相关信息一、背景随着芯片和测序等先进技术在生物医学领域的发展和应用

生信学霸·2024-01-13 17:13

绘制Cell文章中SNP的地理分布图

转自：https://mp.weixin.qq.com/s/F20F_Mn_8etC7dhVXGm46g1.RICESNP的使用由中国农科院作科所牵头的这项3000份栽培稻的测序工作(「Genomicvariationin3,010diverseaccessionsofAsiancultivatedrice

生信师姐·2024-01-13 12:30

单细胞实战(1)：原始测序数据下载

前言目前的课题是10X单细胞测序(植物方面)，之前已经把所有的流程基本走过一遍，现在就将自己的学习过程整理成笔记给大家分享一下，我在学习单细胞分析的时候主要跟着单细胞天地的公众号和jimmy老师在B站上上传的单细胞分析视频进行学习的

周小钊·2024-01-13 11:09

2022-03-07

NatComm|胃癌4种分子亚型32基因特征的开发和验证原创图灵基因图灵基因收录于话题#前沿分子生物学机制佛罗里达州梅奥诊所癌症中心的科学家们表示，最近的一项研究正在验证使用基因组测序来预测胃癌患者从化疗或免疫治疗中获益的可能性

图灵基因·2024-01-13 07:16

重学Java 1.学习路线及相关概述

摸得着的物理部件或设备软件是以程序和文档的形式存在硬件和软件是相辅相成的，谁也离不开谁Ss.3计算机语言计算机编程语言，就是人们对计算机下达的命令，让计算机完成人们需要的功能计算机语言的发展：第一代：机器语言第二代：汇编语言第三代

L_cl·2024-01-13 06:58

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