第三代测序第10页

那令人困惑的比对工具选择啊~

写在前面的废话我可能不适合做科研，因为我总是对一些“没有必要”的事斤斤计较~刚开始接触二代测序时，是跟着Jimmy大神从RNA-seq开始入门的。那时候使用的比对工具是HISAT2。

鹿无为·2023-12-27 03:57

HLA--polysolver

Comprehensiveanalysisofcancer-associatedsomaticmutationsinclassIHLAgeneshttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4747795/使用全外显子组测序

晓佥·2023-12-27 01:41

学习小组Day7笔记--如晤

测序知识.png参考资料：1）测序的世界：测序原理、数据初步分析2）illumina测序公司的原理介绍视频：https://share.weiyun.com/5qojuBY密码：密码：bxsry43）生信小白第

如晤_ea28·2023-12-26 23:48

进城（一百四十五）

经水把自己带来的两刀纸放到门外的火盆边，走到桌子前双膝跪倒，帮忙的两位一个递给他一顶孝帽（死者下一辈男子均为白布高帽，额前钉有三小块半寸见方的黑布片；第三代孙辈男子无论大小，一律白布短帽，额前钉有三小

山谷那一边·2023-12-26 22:44

猫奴必看｜去日本旅游一定不能错过的几个招财猫（正仓开运猫）景点

寺的主持是一只名叫小雪的猫，这已经是猫猫寺的第三代主持了，主人还特意为它开设了ins账号，用来发布它的日常，不管是穿

知知日本·2023-12-26 21:58

Linux系统介绍及安装

第三代计算机(1964~1971)普遍采用集成电路;体积缩小;运算速度每秒几

ae1c0a8ab70d·2023-12-26 20:56

周运来就是我·2023-12-26 14:25

Pilon | 基因组纠错

前言三代测序错误率比较高，一般组装后需要进行纠错来提高准确度。本次介绍使用Pilon通过引入二代测序数据来对三代基因组进行纠错。

生信百宝箱·2023-12-26 09:11

cellranger更新到6.0啦（全新使用教程）

如果是bcl原始测序数据，需用mkfastq转换为fastq格式(根据index将reads分配至不同的样本)。

Seurat_Satija·2023-12-26 08:27

推动半导体封测、切片、磨片、抛光等专用设备产业化

《规划》提到，要积极布局半导体材料产业，发展以碳化硅、氮化镓为重点的第三代半导体材料，提升大尺寸单晶硅抛光片、电子级高纯硅材料、区熔硅单晶研发及产业化能力，推进新型敏感材料、复合功能材料、电子级氢氟酸、

颗粒计数器·2023-12-26 05:51

测序中的常用名词（转载）

转自欧易生物微信号：利用生物信息分析大数据在论文发表中占据了举足轻重的地位，尤其是在高通量测序越来越便宜的今天，但是测序分析中各种名词仍令很多小菜或非生物信息专业的人抓狂。

M78_a·2023-12-26 02:36

喜讯连连捷报传，文章累累创佳绩，平均IF 18分!!!

爱基百客专注于提供领先的表观组学服务，目前已在表观组学、单细胞时空组学和高通量测序等方向积累了大量的项目经验。

爱基百客·2023-12-25 15:34

Nature Commun|ATAC-seq探究复发性小儿B系急性淋巴细胞白血病的染色质可及性图谱

使用测序(ATAC-seq)检测转座酶可及染色质的方法的出现和优化使得在原发性癌症的全基因组范

爱基百客·2023-12-25 15:34

《文案圣经》读后感

《文案圣经》是本书再版后的新名字，我认为原来的名字更能概括书籍的核心内容——霍普金斯的两部代表作——《我的广告生涯》和《科学的广告》，在书中作者将重要的广告原则阐述得及其简练深刻，奥美广告公司的第三代总裁奥格威将他列为奥美公司员工的

罗洪绮·2023-12-25 15:01

树莓-药食同源生命之果

树莓——药食同源生命之果桑曼果元树莓2020-08-16树莓又名覆盆子，是第三代“黄金水果”，风靡欧美，是“皇家御用”水果，树莓中含有大量维生E、维生素C、Y-氨基丁酸、鞣化酸、花青素、覆盆子酮、水杨酸

桑曼果元·2023-12-25 14:48

细菌微生物多样性研究—16S V34 vs V4测序结果大揭秘—土壤篇

基于16SrRNA(16SribosomalRNA)基因的高通量测序技术克服了自然环境中大部分微生物不可培养的困难，且存在测序通量大，测序准确度高、测序价格低的优势，已经成为微生物群落多样性研究的重要基石

诺禾致源·2023-12-25 12:58

【论文解读】ICLR2023 TimesNet: TEMPORAL 2D-VARIATION MODELING FOR GENERAL TIME SERIES ANALYSIS

一、摘要之前的方法都是尝试直接用1维时间序列进行预测序列、分类等任务。

Scc_hy·2023-12-25 10:39

MYSQL数据库基础

目录一、数据库的基本概念二、数据库系统的组成三、数据库系统发展史1、第一代数据库2、第二代数据库3、第三代数据库四、数据库的分类1、关系型数据库2、非关系型数据库五、MYSQL数据库介绍六、MYSQL数据库安装七

luochiying·2023-12-25 08:49

2022-04-28

尽管单细胞测序技术现在已经被广泛使用，但在组合方案中以单细胞分辨率检测表观遗传标记和转录的技术直到现在还没有。荷兰Hubrecht发

图灵基因·2023-12-25 01:00

临床开展RNA-seq送测序前你应当考虑到几个因素

DNA层面的测序问题已经不能完全满足临床的需要，当下，美国一些医院在临床已经开展DNA测序+RNA测序联合分析，更好的为临床服务。

伍鸿荣·2023-12-25 01:59

大队列免疫治疗测序数据的巧妙切入

IntratumoralplasmacellspredictoutcomestoPD-L1blockadeinnon-smallcelllungcancer，22年2月发表在CancerCell的一篇方法不难但是构思的很巧妙的文章。接受PD-L1单抗治疗的患者中，B细胞转录特征与较长的OS有关作者首先利用两个平行的临床数据集（每个数据集都包含免疫治疗和化疗的病人），分别在免疫治疗、化疗病人里面，将

Carrington·2023-12-24 19:20

教程 | 规模化物种同源基因分析 - orthofinder [上篇]

写在前面基因组测序项目已然是几乎所有课题组都可以负担的水平。

生信石头·2023-12-24 17:22

CRISPRTherapeutics公司的体外基因编辑技术是如何攻克地中海贫血的？

而第三代药物—细胞与基因药物，中国只落后欧美三到五年。3、细胞药物以干细胞和免疫细胞为代表。4、基因治疗药物，是指基于基因转导和基因编辑技术，对人体细胞进行基因改造，从而治愈疾病的最新科技手段。

王伟强博士·2023-12-24 11:57

本周最新文献速递2020-08-09

1094Koreanpersonalgenomeswithclinicalinformation不想看英文题目：韩国基因组计划：拥有临床信息的1094个韩国个人基因组杂志和影响因子：SciAdv(IF:13.116)样本量：1094个个人基因组（测序深度为

橙子牛奶糖·2023-12-24 10:07

RNA-seq数据库（ChatGPT）

截至我最后更新知识的时间（2022年1月），存在许多RNA测序（RNA-seq）数据库，这些数据库提供了大量的基因表达和转录组学数据。

素材积累·2023-12-24 07:11

python实现模拟退火算法解决旅行商（TSP）问题

这个问题在实际应用中非常常见，比如物流、电路板制作、DNA测序等领域都可以看到TSP的身影。TSP的难点在于随着城市数量的增加，搜索所有可能的路径将变得非常耗时，因为路径的数量是城市数量的阶乘。因

筱筱西雨·2023-12-24 07:07

S7-1200/1500(T) 通过功能块FB38051实现 SINAMICS S200 的 EPOS 基本定位控制

第三代伺服驱动系统S200内置的EPOS基本定位功能不仅支持LU（长

gongkongxiaozhou·2023-12-24 07:02

芯片数据&测序数据

1.检测原理在测序未普及前，芯片是最常使用的大规模筛查工具，如人基因表达谱芯片，一次实验就可以对人类已知的2~3万个基因进行筛查，找出关键差异基因。

小白兔和小毛驴·2023-12-24 04:34

基于conda环境下的宏基因组学分析利器MetaWRAP 1.3.2 安装和使用，序列分析基本流程自动分析脚本

介绍：MetaWRAP是一个宏基因组学分析工具库，用于分析宏基因组测序数据。它提供了一套功能强大的工具，用于进行宏基因组数据的装配、注释和功能分析。

小果运维·2023-12-24 02:01

Flink1.17版本安装部署

前言提示：这里可以添加本文要记录的大概内容：随着实时计算需求场景的增加，对计算引擎的实时计算要求也越来越高，而在实时计算方面表现优秀的当属flink，计算引擎从第一代mapreduce到第二代的Tez，再到第三代计算引擎

以茉萱·2023-12-24 02:18

2020-01-11 了解FASTQ格式并处理FASTQ文件

FASTQ文件格式是测序仪展示数据的标准格式，可以看成FASTA文件的变种（FASTA+Q），因为其包含了对序列中每个碱基的QualifyMeasurement。

王子威PtaYoth·2023-12-24 01:49

《九鼎风水师》第一百八十四章该回家了

以尚文龙的观测，秦家明显能够拥有这个权利的第三代人物之中，也就秦斌和秦风。从两人的性格上来看，一个严谨严肃，眼中不揉沙

先峰老师·2023-12-23 23:43

2022-04-13

NatBioEng|光标记与单细胞测序快速识别侵袭性癌细胞原创图灵基因图灵基因2022-04-1307:03收录于话题#前沿分子生物学机制即使在肿瘤被手术切除或用药物缩小后，一些残留的侵袭性癌细胞也会刺激新肿瘤的生长和扩散

图灵基因·2023-12-23 21:49

传承铁人精神打造中国名片

作为新时代的青年干部、全国优秀共产党员、大庆第三代铁人、大庆油田国际勘探开发公司总经理，他继承王进喜的遗愿，为国寻油32年，即便在遥远的海外，信念也从未动摇。一种精神，薪火相传。

蓝梦雪_909e·2023-12-23 19:31

汇总 | 转录本表达矩阵到基因表达矩阵

写在前面前天，我写了一个TBtools插件，意在让所有人都能自主分析转录组测序数据，进而获得基因表达量矩阵（TPM）和基因读段计数矩阵（Count）。

生信石头·2023-12-23 09:13

单细胞从理论到实践-这一本书就够了

生信交流平台·2023-12-23 03:13

遗传图谱应用分析案例：菊花高密度遗传图谱的构建和花型相关位点的鉴定【百迈客生物】

利用基因组重测序技术进行大规模高通量SNP标记鉴定是当前国际上动植物基因组学的研究热点。利用得到的大量SNP标记，可以对群体进行高密度遗传图谱、BSA、GWAS、遗传进化等分析。

百迈客生物·2023-12-23 03:06

【隐马尔可夫模型】隐马尔可夫模型的观测序列概率计算算法及例题详解

【隐马尔可夫模型】用前向算法计算观测序列概率P（O｜λ）【隐马尔可夫模型】用后向算法计算观测序列概率P（O｜λ）隐马尔可夫模型是关于时序的概率模型，描述由一个隐藏的马尔可夫链随机生成不可观测的状志的序列

F_D_Z·2023-12-22 18:39

自然联想

穷不过三代->第三代太穷->娶不起媳妇->没有第四代双十一11.11象形成双成对、一夫一妻、一生一世、一心一意单个来

控期待的蛋·2023-12-22 13:00

叫重制版更恰当？经典塔防《王国保卫战：复仇》游戏体验

在2014年发表了第三代《KingdomRush:Origins》后，整整四年都没有发表续作，今年再次回归这款经典系列，第四代《王国保卫战：复仇（KingdomRushVengeance）》终于和玩家粉丝见面了

爱游戏的萌博士·2023-12-22 13:22

2020-09-29 TOOLs:高通量测序数据下载之aspera和SRA Toolkit

来源：https://www.jianshu.com/p/da75f0753178高通量数据库的数据，下载方法有三种：常规下载(wget,迅雷、IDM)asperaSRAToolkit的prefetchwget下载数据速度很慢，比较容易断。wget-c下载地址保持断点下载下载数据库优先选择快速下载fq格式的数据，EBI数据库下载。从EBI数据库直接获取到aspera的下载代码，复制到本地服务器，可

__一蓑烟雨__·2023-12-22 10:07

深度学习产业落地速度新支点：飞桨&英特尔®至强®共同助力AI加速

针对上述需求，百度飞桨开源深度学习平台结合第三代英特尔®至强®可扩展处理器，通过完善的模型压缩方案和量化加速技术，

飞桨PaddlePaddle·2023-12-22 10:23

Transformer引领AI领域：从模型到平台，全方位探索与实践

BERT、T5和GPT等模型现在已成为计算机视觉、语音识别、翻译、蛋白质测序、编码等各个领域中新应用的基础构件。

清图·2023-12-22 02:32

RK3588安装TVM-GPU版本

1.前言RK3588还有相应的GPU可以使用，我们也可以配置相关的环境，进行GPU的使用2.RK3588的GPU介绍Mali-G610是Arm公司开发的第三代Valhall架构的GPU。

呆呆珝·2023-12-21 17:21

TCR-seq数据分析(一)

该方法诞生的目的就是用生物信息学手段来全面高速地分析高通量测序技术检测靶向扩增后的T细胞抗原识别决定性表面分子，即T细胞受体多样性的检测技术，用以揭示机体在生理和病理状态下T细胞介导的细胞免疫应答状态

生信云笔记·2023-12-21 13:08

2023 软考信息安全工程师知识点

三级数据中心的耐火等级不应低于二级政府网站的信息安全等级原则上不应低于二级第一代交换机以集线器为代表，工作在OSI物理层第二代交换机以太网交换机，工作在OSI数据链路层，称为二代交换机，识别数据中的MAC，并根据MAC地址选择转发第三代交换机三层交换机

_UPS_·2023-12-21 10:18

芯周刊·第29期 | 单细胞+转录组测序：揭示GABA信号调控神经发生

///01发现结肠癌转移复发的关键细胞群--EMP1+HRC细胞原发结直肠癌根治性切除术后的患者在几年后复发转移，转移的CRC病理分期不一，其中会有40%的III期CRC患者，寻找预防CRC复发的疗法仍然迫在眉睫。为了探究复发CRC的细胞来源，本文研究者首先在单细胞水平分析了预后不良CRC患者的转录组特征，共确定了2530个预测复发的基因，然后在两个单细胞转录组数据中发现这些预后不良基因在CAF、

生物芯时空·2023-12-21 08:56

多切片联合构建3D生物空间图谱

通过对多个切片进行联合建模，将其与单细胞RNA测序数据进行整合，STitch3D同时识别出具有一致基因表达水平的3D空间区域，并

tzc_fly·2023-12-21 07:47

2021-10-15

单细胞RNA测序显示微生物群的缺失使TME倾向于促肿瘤巨噬细胞。2.从机制上讲，本文发现微生物群衍生的干扰素基因刺激因子（STI

图灵基因·2023-12-21 06:47

观“人生第一次”有感

年轻的爸妈因为新儿诞生开始人生新的旅程；幼儿初长成离开父母的视线去学校开启人生的新篇章；中年父母因为子女的成长经历改变自己的生活状态；老年父母因为第三代的降生在退休生活与家庭琐事中寻找平衡；暮年夫妻互相搀扶着陪伴度过生命的最后一段旅程

小蠢茹·2023-12-21 04:50

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