自由能第2页

分子动力学模拟自由能计算gmx_mmpbsa脚本原理和使用

先讲原理：前三项是标准的键能项（MM，包括键，角，和二面角的变化引起的能量变化、库伦势、范德瓦尔斯相互作用），Gpol和Gnp是溶剂化自由能的极性和非极性贡献。

蛋白质模拟小白·2023-01-14 21:25

【CP2K教程（一）】元动力学（metadynamics）与增强采样技术

由于相关的构型可能会被高自由能垒分开，从一种亚稳态

Almond_02·2023-01-07 18:08

计算机辅助药物设计目录,计算机辅助药物设计理论及应用简介，目录书摘

《计算机辅助药物设计理论及应用》针对学生在计算机辅助药物设计学习过程中可能遇到的各种问题，介绍了数据库、定量构效关系、药效团、分子对接、虚拟筛选、同源模建、分子动力学模拟、自由能计算理论以及药物设计过程中常用软件和数值计算方法

沃特JS·2023-01-05 15:27

计算机辅助药物设计配体概念,《计算机辅助药物设计》.ppt

文档介绍：计算机辅助药物设计陈闻天MAX118专属重要资料计算机辅助药物设计的概念目录1计算机辅助药物设计的理论基础2结合自由能的计算3基于配体/puter-aideddrugdesign,CADD)是以药物分子的基础

在下小悟·2023-01-05 15:27

关于计算机辅助药物设计说法正确的有,计算机辅助药物设计

1、计算机辅助药物设计,计算机辅助药物设计的概念,目录,1,计算机辅助药物设计的理论基础,2,结合自由能的计算,3,基于配体/受体的药物计算,4,药物发现集成平台,5,计算机辅助药物设计的概念,计算机辅助药物设计

中式大美生活·2023-01-05 15:57

能量景观（Energy landscape）

这个概念经常用于物理、化学和生物化学，例如描述分子实体的所有可能构象，或系统中相互作用分子的空间位置，或参数及其相应的能级，通常是吉布斯自由能。在几

teengad·2022-12-11 03:43

沈阳73号文

今天，等来了国家这位操心的母亲放下了她的操心，给我们自由了，我们有了自由能够好好生活，

蒙初凝琪·2022-12-06 13:08

搜索技术——模拟退火算法

物理退火过程：加温过程：增强粒子的热运动，消除系统原先可能存在的非均匀态等温过程：对于与环境换热而温度不变的封闭系统，系统状态的自发变化总是朝自由能减少的方向进行，当自由能达到最小时

_瞳孔·2022-12-03 08:18

Gromacs通过伞状抽样的方法计算自由能

随着计算机技术的发展和计算能力的提升，以模拟和计算的方式去探究实验科学中无法看到的分子机制和细节对目前的科学研究具有极大的促进作用。在分子动力学模拟领域，具有众多成熟的模拟软件例如NAMD、LAMMPS、Amber以及Gromacs等。其中Gromacs不仅对大量的算法进行了优化也更利于初学者上手，例如具有更好的兼容性，更多的分析命令以及操作更加清晰等等。本次简要介绍利用Gromacs的伞状抽样的

CAE320·2022-12-03 01:19

计算机在药物研究的应用,结合自由能计算及其在药物研究中的应用

摘要：受体和配体之间自由能的计算一直计算机辅助药物分子设计中的核心问题之一.在过去的20年中,人们对自由能计算方法进行了广泛的研究,也提出了多种自由能的计算方法.在自由能的计算方法中,自由能微扰(FreeEnergyPerturbation

甜甜不加糖·2022-12-03 01:49

自由能计算专题3：gromacs计算自由能的7种方法案例

前言本教程以甲烷在水中的溶剂化自由能和配体与受体蛋白质结合自由能为入门和进阶例子对使用分子动力学模拟方法来计算自由能的常见方法给出了示例，教程不会过多讲解各种计算自由能方法原理和分析原理，关于自由能计算原理和方法可以参考自由能专题

mt811·2022-12-03 00:09

自由能计算，PMF，伞形抽样，WHAM

分子模拟计算某一过程的自由能被称分子模拟领域的4大难题之一。大概因为自由能的概念比较令人困惑。下面侃侃我的理解，大家拍砖。。要说自由能，先说它和它兄弟“能量”的差别。

hdpai2018·2022-12-03 00:08

JCTC:基于PWmat中的混合溶剂模型精确计算离子溶解自由能

溶液环境中溶质离子或中间体的自由能计算是电化学研究中最棘手的问题之一。目前单纯的实验手段并不能对发生在溶液中的化学反应过程/机理进行直接探测，许多信息仍主要依赖于理论模拟。

龙讯旷腾·2022-12-03 00:35

11月动态|通过PWmat计算的离子浓度自由能相关文献发表在JCTC

月，龙讯旷腾完成Q-Flow和Q-Studio新版本的升级，完成了40余项功能的更新和上线；签约并行科技在高性能计算领域再下一城；汪林望博士受海河实验室邀请作线上主题报告；通过PWmat计算的离子浓度自由能相关文献发表在

龙讯旷腾·2022-12-03 00:33

分子动力学及计算机辅助药物设计四大专题（蛋白结构分析、虚拟筛选、分子对接、能量优化、结合自由能计算、深度学习药物发现）

近年来，利用高性能计算机来进行药物虚拟筛选已经被广泛应用，计算机辅助药物设计可以提高药物研发的成功率，降低研发成本，缩短研发周期，是目前创新药物研究的核心技术之一。随着医药大数据的积累和人工智能技术的发展，运用AI技术并结合大数据的精准药物设计也不断推动着创新药物的发展。在新型冠状病毒的治疗方案中，通过一系列计算机辅助药物生物计算的方法发现一大类药物分子可以有效阻止新冠病毒的侵染，为治疗新冠提供了

lixuegaoyunfeng·2022-12-01 04:15

计算机辅助药物设计系列专题（蛋白结构分析、虚拟筛选、分子对接、能量优化、结合自由能计算、深度学习药物发现）

近年来，利用高性能计算机来进行药物虚拟筛选已经被广泛应用，计算机辅助药物设计可以提高药物研发的成功率，降低研发成本，缩短研发周期，是目前创新药物研究的核心技术之一。随着医药大数据的积累和人工智能技术的发展，运用AI技术并结合大数据的精准药物设计也不断推动着创新药物的发展。在新型冠状病毒的治疗方案中，通过一系列计算机辅助药物生物计算的方法发现一大类药物分子可以有效阻止新冠病毒的侵染，为治疗新冠提供了

lixuegaoyunfeng·2022-12-01 04:44

自由能专题1：原理与方法

1.认识自由能1.1.自由能的由来自由能是指在某一个热力学过程中，系统减少的内能中可以转化为对外做功的部分，它衡量的是：在一个特定的热力学过程中，系统可对外输出的“有用能量”。

mt811·2022-11-28 10:37

利用Amber热力学积分计算相对自由能变化

上周四，何博士为大家在北鲲云的直播间分享了Amber热力学积分计算相对自由能变化（直播回放可在视频号：北鲲云-直播回放中查看）。

北鲲云_beikun·2022-11-24 19:39

纽约大学深度学习PyTorch课程笔记（自用）Week7

Energy-BasedModels)7.1.1Overview7.1.2能量基础模型(EBM)方法定义解决方案：基于梯度的推理7.1.3有潜在变量的能量基础模型推理例子7.1.4能量基础模型和机率模型的对比自由能

cosθ·2022-11-21 14:52

学习药物设计---分子对接、虚拟筛选、蛋白结构分析、蛋白-蛋白、蛋白-多肽等

生物分子相互作用Ⅰ、生物分子相互作用II、虚拟筛选、小分子格式转换、拓展对接使用场景（上）、拓展对接使用场景（下）、基于碎片药物设计、构效关系分析、分子动力学模拟专题课程二：AMBER分子动力学能量优化与分析、结合自由能计算专题分子动力学入门

小猫科研·2022-11-20 23:45

机器学习还不会？精心整理的从小白到进阶教程快收下！

多肽等）点击查看详情内容2022年11月19日-11月20日2022年11月26日-11月27日2022年12月03日-12月04日在线直播（授课6天）专题二：AMBER分子动力学能量优化与分析、结合自由能计算专题点击查看详情内容

木舟笔记·2022-11-19 04:41

材料科学基础学习指导-吕宇鹏-名词和术语解释-第9章:固态相变与材料热处理

二级相变：从相变热力学上讲，相变前后两相的自由能（焓）相等，自由能（焓）的一阶偏导数相等，但二阶偏导数不等的相变称为二级相变，如磁性转变，有序-无序转变，常导-超导转变等。

睡觉特早头发特多·2022-10-17 10:40

2022年除了深度学习，人工智能算法有可能突破的10个方向

www.reddit.com/r/MachineLearning/comments/rq6uih/d_other_ai_methodsalgorithms_except_deep_neural/有：千脑理论、自由能原理

常政·2022-06-07 14:50

讨论催生思想，思考需要独立

创作自由能不能被剥夺？我和另一个小伙伴察觉到她的真正的想法，给了她一些观点。方方最近被讨论很多，延伸出很多话题。首先我是不喜欢她的相关言论的，更何况所谓的日记里本身就充杂着一些谣言式真相。

默瑾·2022-02-12 23:21

时间管理17-20讲

1.一日看人生时间的自由能获得人生的自由如何过一天就如何过一生：我们70%的行为都受习惯的控制，所以我们的人生其实就是在重复中度过的。

睿琦秋·2022-02-10 10:37

2020-06-01

再大一些，鼓励他们接触不同的事物，争取在成人之前明白自己的兴趣所在然后一生为之努力，给予他们足够的自由能够追逐

阿哩哩啰哩·2021-06-26 03:08

2019杂记（126）学习第五天：幸福的烧脑

上午的主题词：自由能。老师请了一个学员一起做演示，让我们很直观地感受到一个人场弯曲，能量发生变化。然后通过扎气球、点燃火柴等例子，让我们理解自由能的概念。

宁超群·2021-06-25 16:03

万千法门，同归方寸

修行成长若干年核心内求觉察己闭眼冥想即入定大道至简乃随心图片发自App一阴一阳乃太极一呼一吸谓之道一张一驰需有度一进一退在心间人生就是一场梦扮演着不同角色坚持真实做自己哪管外界风云变内在喜悦和自由能量共振频率升点燃生命的种子唤醒觉醒的能量情绪是人生大碍得失荣辱随云飘消除内疚与羞愧付出真心获幸福冷淡冷漠尽量抛万事万物皆磁场不被情绪所控制冥想成美好人生寻找内在的自我找寻新人生轨迹正念有意识冥想聚焦当下

王大生·2021-06-22 01:19

我向他发脾气是因为自己不够成熟，不懂得用更好的方式来响应，我很抱歉，所以才来求助，希望你能帮助我，教我不管他怎么做，都能以正确的方式来爱他。

学会如何在婚姻生活中说“不”之后，随之建立的责任与自由能够让你俩的爱情更深。自己愈是努力为爱牺牲，愈感到自己这么多的牺牲也没让他产生什么爱的感觉。两人关系缺乏深刻的亲密程度。

壹向未来日课·2021-06-14 06:11

富足

自由能让整个社会焕发活力，持续发展。彼得认为，在203

月明径深·2021-06-12 03:51

如何实现财务自由

更快的实现财务自由每个人都有财务自由的追求，财务自由能够保证基本的生活需求，能够让你得到更多的保障。没有了经济的压力，会自由很多，轻松很多。

清溪爱学习·2021-05-26 10:52

大叔辞职用10万的本金做专职炒股，不去上班专心炒股能实现财富自由能养家糊口吗？

十万本金专职炒股养家糊口，这恐怕是我今年听到过a股最搞笑的段子了，不开玩笑，谈谈想要炒股养家的基本条件和要求有哪些吧。第一，炒股的本金最好是，或者严格说是只能够是那种1-2年不需要使用的闲钱，既不需要交房租，也不需要还房贷，车贷，信用卡等等需要每个月还本金和利息的钱，因为炒股收益不是像银行存款一样每日固定增长的，而大概率是起伏很大的。有可能今天涨停，明天跌停，也有可能一个星期股票涨3-5个涨停，但

璐璐笔记·2021-05-06 01:30

致不满足现状的你

我说我喜欢自由，你说自由能吃饭么。我说要爱情，你笑着说，婚姻才是王道，老子说，无为才能有所为，你不懂我，我不怪你。

Baby圄圉囿囡囝·2021-04-26 07:36

向往自由，还是向往自律

所以失败了自由两个字，是人们都是向往自己自由的，因为自由能够做好自己事情的，能够向往自己能够做好自己喜欢事情。没有人可以约束你，也没有人说你，只是在你身旁指导你的路程。

谢菇凉改变自己·2021-04-14 06:39

爱与自由一一我们要的是天空的眼界

在是与非，对与错之外，有一片高山，一片湖泊，一片江河，一片田野，那是爱自由能大口呼吸的地方。今天牛年初三，2月14日。咱们一家4囗决定去爬山，看日出。

甘云秀·2021-04-13 04:45

人类正在提升意识维度吗？

近几年出现了以下现象：1.国内出现了对自由能源、反重力装置、精神科学等潜科学研究的公开学说和讨论。过去是不被允许的。2.美国官方公开承了不明飞行物存在。

m大兵·2021-04-13 01:18

读书:《小狗钱钱》——适合小孩子读的理财书，郑渊洁作序推荐

郑渊洁说，“人应该尽量获得财务自由，财务自由能使你获得真正意义上的人生自由，尤其是在不自由毋宁死的时代。财务自由的定义是：从现在起不工作，你依然能保持现有生活水平并延续到下一代。

东施小姐·2021-03-10 22:39

液晶弹性自由能计算_电池材料DFT计算综述：判断结构稳定性/计算自由能/分析电子结构/模拟扩散或吸附动力学...

该文章总结了密度泛函理论(DFT)计算在电池领域中的主要应用，包括结构稳定性的判断、反应自由能的计算、电子结构的分析、离/分子扩散或吸附动力学模拟。文章的最后给出了电池材料计算

weixin_39975261·2021-01-01 16:46

用eviews计算产出弹性_Nature最新报道：液晶中的弹性胶体磁单极子及可重构自组装...

在液晶胶体中，粒子之间产生弹性相互作用，使得粒子周围棒状分子在长程排列中与弹性变形相关的自由能最小化。在偶极、四极和十六极性的向列型胶体中，

weixin_39926943·2020-12-23 13:53

自由

自由能进入我们的生活吗？

直性是道场·2020-10-11 05:56

利用并行的方法计算自由能

利用Amber中的模块MMPBSA.py.MPI进行自由能的并行计算。在计算的过程中，需要为每一个进程（线程）分配相同数目的贞数据，当然也不按照这样的分配方法。其目的主要是为了使并行的过程更加的高效。

rogerzhanglijie·2020-09-16 23:57

用Amber进行能量分解和计算结合自由能——MMPBSA工具

用Amber进行能量分解和计算结合自由能Firstrelease：2018-01-13Lastupdate:2018-03-17四川魔德科技有限公司(www.modekeji.cn)，专业从事分子模拟，

Molecular_Model·2020-09-16 22:05

作为史上最疯狂的科学家，特斯拉提出过哪些惊世骇俗的设想

自由能源特斯拉众多令人着迷的想法之一是利用自由能源，自由能源可以来自于天电、原子或辐射能，它涉及到从几乎无限的资

数据与算法之美·2020-08-25 09:21

VASP 结构优化、静态自洽、非自洽计算

（通常以前后两次总自由能之差或原子所受最大的力作为原子迟豫的收敛标准，电子自洽迭代计算以总能作为收敛标准

kyang_823·2020-08-22 17:32

chpt.3 玻尔兹曼分布和赫姆霍兹自由能（1）

本章的主要目标：对于一个以温度的函数为主的系统，我们要寻找一个基本原理，使得我们能够计算这个系统的一系列物理性质。就跟第一章时我们主要考虑自旋模型系统一样，本章主要研究的是开放系统。它主要具有以下特点：（i）我们把它称为系统。（ii）它与一个十分巨大的热库（比如宇宙）接触并处于热平衡（iii）系统与热库具有相同的温度。（iv）合系统依然是封闭的，所以合系统总能量守恒。玻尔兹曼因子（i）热物理的核心

有限与微小的面包·2020-08-21 13:17

2017-03-29

......我很不开心...每天都不开心...我只喜欢和外人在一起...喜欢和他们过日子...我发布过一条说说...我想做一只自由的小鸟...而...鸟儿是不需要一个家的...是的...我想自由...自由能给我快乐

深情不如单相思·2020-08-20 09:53

我所想要的幸福生活是怎样的? - 草稿

我想要的太多太多，不知从何说起，我想要自己财务自由能自由分配，做自己喜欢的事。

碧海蓝天_e46b·2020-08-19 08:17

退火算法

加温过程——增强粒子的热运动，消除系统原先可能存在的非均匀态；等温过程——对于与环境换热而温度不变的封闭系统，系统状态的自发变化总是朝自由能减少的方向进行，当自由能达到最小时，系统达到平衡态；冷却过程—

雨争青山·2020-08-19 05:21

模拟退火算法总结