转录组（RNA-seq）第3页

单细胞转录组数据分析课件||9. Cell type identification in scRNA-seq data

周运来就是我·2024-01-31 16:32

精选推文 | 基于三代转录组的基因注释踩坑经历以及GSAman使用

邀请并收到一位「GSAman」用户的稿件，非常详尽且实在。相信这份推文可以为一些做功能基因组方面工作的朋友，提供实用参考。--CJ-陈程杰前言随着测序技术的进步和普及，现如今已经步入到“功能基因组学”（functionalgenomics)的时代。基因组注释是各种基因功能研究的基础，在之前的《生信石头》推文中，CJ大佬已经多次强调一个准确可靠的基因注释的重要性。基因注释可以分为结构注释和功能注释，

生信石头·2024-01-31 04:39

纯生信分析套路 CCR|自测数据+公开数据库结合

文章主要讲的是，通过分析急性髓系白血病（AML）不同预后情况患者之间的RNA-seq数据

音十千寻·2024-01-30 23:28

【文献简报】-空间转录组学和原位测序研究联合研究阿尔兹海默症

空间转录组文章逐步进入爆发期，单细胞方向的未来是单细胞空间组学，这篇文章利用空间转录组（ST）和原位杂交测序（ISS）研究阿尔茨海默症。

六博说·2024-01-30 22:07

基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--01

转录组和代谢组可以从大量转录组信息中发掘差异基因，快速判断核心调控网络和关键候选基因，阐述生物学机理。基因组结合转录组及代谢组，将系统的锁定关键通路中的基因和代谢物。

百迈客生物·2024-01-30 13:58

评估LLM在细胞数据上的实用性(4)-插补，模拟生成，涌现

由于看不见或无法测量的基因，对空间转录组数据进行插补。当前的空间插补方法在不同的数据集上没有表现出很强的性能（Optimizingxeniuminsitudatautility

tzc_fly·2024-01-30 13:27

超过1000种工具揭示了单细胞RNA数据分析的趋势

Over1000toolsrevealtrendsinthesingle-cellRNA-seqanalysislandscape杂志：GenomeBiology年份：2021从2016年开始，scRNA-tools数据库（https://www.scrna-tools.org/）不断收集单细胞转录组数据分析软件

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-30 10:16

跟着Cell学单细胞转录组分析(十一):单细胞基因评分|AUCell评分

KS科研分享与服务·2024-01-30 09:57

干货分享| 多组学助力中国科学家发表多篇CNS

多组学联合研究从多分子层次出发，通过整合生物系统中基因组、转录组、蛋白质组、

ee00dc6faab7·2024-01-30 00:10

Seurat4.0：空间转录组与scRNA-seq参考整合

与scRNA-seq参考整合为了促进Slide-seq数据集的细胞类型注释，我们利用了由Saunders*，Macosko*等人制作的现有小鼠单细胞RNA-seq海马数据集。

Seurat_·2024-01-29 14:33

RNA 3. SCI 文章中基于T CGA 差异表达基因之 DESeq2

在比较高通量测序分析中，一项基本任务是分析计数数据，如RNA-seq中每个基因的Readcount，以获得跨实验条件的系统性变化的证据。离

90066456ace6·2024-01-29 12:48

RNA-seq阅读2016年【HISAT, StringTie and Ballgown】笔记

2016StevenLSalzbergNatureProtocolRNAseq总体分析流程分为四步：1）alignmentofthereadstothegenome2)assemblyofthealignmentsintofull-lengthtranscripts3)quantificationoftheexpressionlevelsofeachgeneandtranscript4)calcu

小红楼上的树影·2024-01-28 13:08

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析迁移之scGCN

图片.png单细胞组学数据，例如转录组（scRNA-seq），表观组（scATAC-seq）记录了细胞间的分子水平的差异性和相互作用，使生物学家得以深入了解复杂生物生态系统的单个细胞组成部分。

单细胞空间交响乐·2024-01-27 21:29

使用OSCA进行eQTL分析

OSCA发表文献OSCA主要可以做以下几个事情：计算表观标记(或者基因表达)数据个体之间的表观组（转录组）的亲缘关系基于混合线性模型的方法检测DNA甲基化（或者基因表达）标记与复杂性状之间的关联(使用MOA

只看不写_nathan·2024-01-27 14:03

R包VennDiagram的韦恩图绘制及交集元素的提取

例如做RNA-seq的最直接目的，大多是鉴定差异表达的基因。当试验涉及到多分组情况时，常需要展示多组间共享的差异基因数量，这个时候就要使用到韦恩Venn图。

纪伟讲测序·2024-01-26 15:28

【细胞通讯】LIANA

jjjscuedu·2024-01-26 13:01

一文掌握R包DESeq2的差异基因分析过程

转录组测序的最直接目的，就是设法寻找组间显著表达变化的基因，解释基因表达水平的变化对生物功能的影响。

纪伟讲测序·2024-01-26 12:20

单细胞＋空间转录组，这套思路够你用到2022！

裁尘的人儿·2024-01-26 10:24

RNA-Seq：差异表达分析案例

白利合子酵母菌在乙酸或铜胁迫下早期反应的转录谱分析摘要：醋酸在食品工业和生物技术中是非常重要的微生物抑制化合物，而非传统酵母种白利合子酵母菌对醋酸有显著的耐受性。Zbhaa1是酿酒酵母haa1基因的功能同源物，是一种能调节白利合子酵母菌对醋酸和铜胁迫的适应性反应的双功能转录因子。在2018年5月发表的一篇文章TranscriptionalprofilingofZygosaccharomycesba

DumplingLucky·2024-01-25 22:35

空间转录组细胞类型的spot distance-based analyses，距离分析

最近发表的一篇关于空间转录组的文章《Spatiotemporalanalysisofhumanintestinaldevelopmentats

单细胞空间交响乐·2024-01-25 00:08

基因组与转录组，深入挖掘基因表达信息--02

案例4研究背景猕猴桃因维生素C含量非常高而被称为“水果之王”。猕猴桃的起源中心在中国西南部的山脉和山脉中。猕猴桃的驯化历史很短，始于20世纪初期，种子被引入新西兰。经过数十年的驯化，猕猴桃已幵发了许多品种。本研究对在中国广泛种植的杂合猕猴桃“Hongyang”（A.chinensis）的基因组进行测序分析。该基因组序列的可用性不仅为了解猕猴桃及其野生近缘种的特定农学重要性状的潜在分子基础提供了见解

百迈客生物·2024-01-24 23:12

10X空间转录组Visium:基本概念

2019年12月3日10X空间转录组Visium流程发布了，不再是Comingsoon...。流程打包SpaceRanger软件里面，感兴趣的小伙伴可以安装下来学习了，自带了数据集，还奉送了代码。

周运来就是我·2024-01-24 15:48

【R>>Mfuzz】时间序列分析

时间序列分析：对不同时间点（状态）转录组或蛋白表达谱数据，进行模糊c均值聚类（fuzzyc-meansclustering,FCM），找出具有相似表达模式的基因或蛋白并聚类。

高大石头·2024-01-24 14:30

全反式维甲酸（ATAR）诱导白血细胞的染色质构象改变而影响分化进程

AlterationsofspecificchromatinconformationaffectATRA-inducedleukemiacelldifferentiation期刊：CellDeath&Disease影响因子：6.044主要技术：Hi-C、ATAC-seq、ChIP-seq、RNA-seq

d5c9c866171f·2024-01-24 11:45

基因组评估软件gaep

基因组组装评估指标基因组评估软件geap，overviewoftheGAEPpipelinemainworkflowoftheGAEPmisassemblydetectionmoduleGAEP是一款能够基于二代、三代测序以及转录组测序数据

花生学生信·2024-01-24 08:17

10X单细胞（10X空间转录组）之细胞通讯软件之间的分析比较

hello，大家好，这一次给大家分享一下有关各个通讯软件之间的结果是否具有一致性，当然，做细胞通讯的软件非常多了，我也分享了很多，但是分享不是目的，用起来才是我们的终极目的，哪个软件该用，软件哪个好，优劣势都是什么，今天我们就来看一下。ComparisonofResourcesandMethodstoinferCell-CellCommunicationfromSingle-cellRNAData

单细胞空间交响乐·2024-01-24 00:08

2021-11-26

图灵基因·2024-01-23 22:41

2021-12-02

Nature|人原肠胚的单细胞转录组学特征原创huacishu图灵基因2021-12-0207:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=49.960推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、作者分析了一个在自愿终止妊娠后被捐赠用于研究的人类胚胎

图灵基因·2024-01-23 15:02

StringTie在注释基因组时的注意事项

在利用RNA-seq注释基因组时，有一个问题就是，我将不同组织来源的转录组数据和参考基因组比对之后，那下一步是1）先将这三个比对结果进行合并，然后用StringTie进行预测，还是2）用StringTie

xuzhougeng·2024-01-23 14:16

3‘aTWAS—3‘adapter-based transcriptome-wide association study

它是一种针对全转录组关联分析的方法，旨在通过比较转录本3'端适配器的使用情况，来研究基因表达水平与特定表型或疾病状态之间的关系。

m1chiru·2024-01-23 09:23

标准化方法

转录组测序采取的打断基因序列获得基因测序的片段，再将reads比对到参考基因组上，并对读序定量，因而最初的表达矩阵是读序数。那么，当需要对样本进行差异分析时，就必须考虑影响读序数的几个因素。

新欣enjoy·2024-01-23 02:43

生物信息学导论-北大-新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq 1

ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义+搜索内容。Real-TimeqRT-PCR基于互补杂交反应（complementaryhybridizationreaction），PCR技术的发展促进了本技术的发展，缺点是：1.低通量2.需要有转录本序列的先验知识。步骤：Real-TimeQuantita

陆沙·2024-01-23 00:50

10X单细胞（10X空间转录组）轨迹分析之绘图

下面这张图，大家不陌生吧，一般是用Velocyto做出来的。图片.png今天我们借助别人的数据，用monocle的轨迹分析结果和Seurat的降维结果实现这张图，从而让轨迹分析在UMAP图上可视化。首先是Seurat的二维降维结果（这次我们作为范例啊，这个聚类结果，真的让我一口老血吐出来了，大家分析的时候可要认真分析啊）。MK_cell_clusters_UMAP.png包括二位聚类的坐标文件图片

单细胞空间交响乐·2024-01-22 23:47

linux系统下，将.fastq文件统一改为.fq文件

#高通量测序获得宏基因组/宏转录组进行后续分析的过程中，常碰到.fastq与.fq文件后缀不一致的问题#在Linux系统中，你可以使用rename命令或者mv命令来将文件名中的特定后缀进行修改。

WDPLA·2024-01-22 15:47

Linux系统下，提取.fasta文件中序列长度＞n的序列(举例：sqlen＞1000)

#在宏基因组/宏转录组数据进行组装后，常需要去除短片段，筛选出较长的片段以供后续分析#在Linux系统中，您可以使用一些文本处理工具来提取长度大于n的序列。

WDPLA·2024-01-22 15:17

宏转录组组装软件rnaSPAdes输出文件解读

#rnaSPAdes作为宏转录组数据组装软件，数据结果表现优秀。mataSPAdes更适用于宏基因组组装，宏转录组组转推荐rnaSPAdes。

WDPLA·2024-01-22 15:16

转录组测序1-测序原始数据说明

转录组测序是最常用的组学实验，对全谱基因定量，找到差异表达基因。

纪伟讲测序·2024-01-22 08:45

零代码进行转录组数据分析实战（一）：质量控制

一个完整的转录组测序项目大概分为以下三个阶段：体内：mRNA生成阶段。转录生成mRNA前体，再经过转录后加工形成成熟的mRNA。体外：建库测序阶段。RNA提取、片段化、逆转录以及上机测序。

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-22 08:49

临床蛋白组综述 | 如何利用蛋白组学技术进行癌症临床研究？

肿瘤基因组和转录组的分析现在已经成为发现新生物标记物的工具，但是蛋白质组表达的改变更可能反映肿瘤病理生理学的变化。过去，临床诊断依赖于基于抗体的检测策略，但这些方法有一定的局限性。

尐尐呅·2024-01-22 04:38

时空组专辑数据库文献详解 | ZESTA：斑马鱼胚胎发育时空图谱

研究人员首次绘制了斑马鱼胚胎早期发育的时空转录组图谱，构建了在组织空间维度上的发育轨迹。此研究能够直观地

尐尐呅·2024-01-22 03:46

基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--02

案例二研究背景香蕉广泛分布于热带和亚热带地区，是数百万人的主食和水果，是一种重要的食物资源，具有重要的社会经济和生态作用。香蕉栽培种(Musassp.)是二倍体、三倍体和四倍体的杂交种，源自于Musaacuminata(A基因组)和Musabalbisiana（B基因组)。虽然A基因组是香蕉遗传改良的关键一步，但缺乏高质量的B基因组序列极大地阻碍了香蕉种质的鉴定和分子育种。本研究测序组装了香蕉B基

百迈客生物·2024-01-21 08:08

10X空间转录组数据推断基因拷贝数畸变（copy number aberrations）CNA

在空间转录组之前，我们可以利用单细胞数据进行推断CNA，用到的软件就是inferCNV，至于inferCNV的原理，我们这里就不详细叙说了，大家可以看文章InferCNV:InferringcopynumberalterationsfromtumorsinglecellRNA-Seqdata

单细胞空间交响乐·2024-01-20 18:15

单细胞转录组|Seurat 4.0 使用指南

正好前段时间刚做过单细胞转录组分析，今天就给大家介绍一下常用工具Seurat的用法。

木舟笔记·2024-01-20 01:01

scRNA-seq Course 学习

scRNA-seq和bulkRNA-seq相似，区别只在于研究的细胞数量，后者是对同一组织的大量细胞进行转录组分析，而前者是对单个细胞进行转录组分析。

劳工小朋友·2024-01-20 01:29

10X空间转录组-----空间高变基因检测之SpatialDE

今天我们来学习一下简单的基础知识，空间高变基因，之前呢，已经分享过Seurat内置的方法计算高变基因，文章在10X空间转录组之基因的空间表达模式，其实有关10X空间转录组计算空间层面的高变基因，还有有很多值得挖掘的分析内容

单细胞空间交响乐·2024-01-20 00:17

GenTree：基因进化和功能分析

转录组数据调用了HPA,BrainSpan,GTEx。蛋白质组调用了HPM。群体数据调用了GWASdb2,PopHuman。详细信息见下图。Mo21ot.md.jpg这个网站的使用方式很简单。

橙子牛奶糖·2024-01-19 16:36

ceRNA：一种全新的基因表达调控模式

它代表了一种全新的基因表达调控模式，相比miRNA调控网络，ceRNA调控网络更为精细和复杂，涉及更多的RNA分子，包括mRNA、编码基因的假基因、长链非编码RNA和miRNA等，它为科研工作者提供一个全新的视角进行转录组研究

Seurat_Satija·2024-01-19 08:51

不做WB或免疫组化，也能轻松完成蛋白验证 | 蛋白组数据库推荐

其利用转录组学和蛋白质组学技术，从RNA和蛋白水平研究人类不同组织和器官中的蛋白表达

尐尐呅·2024-01-19 00:30

10X单细胞（10X空间转录组）画图操作之二维colorbar

之前一些同学一直问一个问题，如何在一张TSNE或者UMAP展示两个基因的表达情况，但是最直观的思考就是一个点（cell）如果展示两个基因的表达量，那必将填充两种颜色，这明显是不可行的，结果将是两种颜色的叠加，当然这种情况又是必须的，因为我们在做细胞通讯的时候希望一张图上直接展示配体和受体的分布及表达情况，那么今天就给大家带来一种方法，设置二维colorbar，以下图为例：图片.png图上展示的就是

单细胞空间交响乐·2024-01-18 17:16

第一篇新冠单细胞文献！|解读

我们之前也发表过有关新冠病毒受体ACE2组织分布的解读，基本上是利用公共数据库对其分布及特异性进行分析，而这篇文章是研究团队利用新冠病毒感染进行的单细胞转录组分析，是第一篇报道新冠肺部免疫微环境的单细胞文献

生信宝典·2024-01-18 07:04

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