转录组（RNA-seq）第5页

生信数据类型

生信在基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等方面有广泛应用，可以帮助科学家们理解生物体内的基本生物过程和疾病发生机制，为疾病的诊断和治疗提供新的思路和方法。生信领域中常见的数据类型包括：基因组学

m1chiru·2024-01-03 23:39

Paper 1：转录组+miRNA+降解组相关文章

Paper1：转录组+miRNA+降解组相关文章标题：Transcriptome-wideidentificationofmiRNAtargetsandaTAS3-homologousgeneinPopulus

催催莎·2024-01-03 19:02

“集成多组学数据的机器学习在生物医学中的应用”

种数据类型是远远不够的，随着高通量测序和多组学的快速发展，生物医学研究开始采取多组学技术结合的方法，传统的信息数据处理算法不能满足大数据的处理要求，机器学习作为从数据中进行学习的算法，可以对不同组学来源（如基因组学、转录组学

20220705·2024-01-03 12:07

RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq，你想知道的都在这（续）

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞

生信宝典·2024-01-02 16:05

转录组分析实战第一节：Rawdata的质量控制与清理

在转录组数据拿到后，公司一般会给我们一个Rawdata和Cleandata如果喜欢折腾的可以直接拿着Rawdata进行一下数据清理后再进行后期的数据分析我们今天就对我们之前获得的一个Rawdata进行分析和质量控制为后期做数据分析做准备需要安装的软件是

Yeyuntian·2024-01-02 02:41

GO注释和富集分析概念介绍

当我们获得了一批生物数据时，例如转录组的数据，蛋白质组的数据，其中必然要做不同样本之间的差异基因分析这一步，例如空白对照组与实验组的差异基因或蛋白分析。

斗战胜佛oh·2024-01-02 01:05

16 RNA-seq原理及应用

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whykm·2024-01-01 07:38

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之基于代谢物介导的细胞间通讯

六一到了，遥想自己上小学，还是课间操的队长，我在的地方是长治市壶关县北大安村，六一就回去店上镇参加体操比赛，人生如梦，转眼马上就要进入而立之年，小时候的梦想实现了么？这么多年，有没有让自己觉得难忘的事情？今天我们来分享一个通讯分析的内容，当然，方法都在不断的更新升级，考虑的也更加全面，参考文章在MEBOCOST:MetabolicCell-CellCommunicationModelingbySi

单细胞空间交响乐·2024-01-01 03:21

【基因组预测】braker2基因结构注释要点记录

流程使用braker2有很多流程，根据你的数据：组装的基因组、转录组、蛋白（同源，包括近缘或远缘）选择不同流程，官网有说明：https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER

生物信息与育种·2024-01-01 01:00

外泌体多组学14-血浆外泌体不同建库试剂盒和比对方法和稳定性测试

我们使用血浆RNA评估了六种长RNA测序方法在两个不同位点的性能，并报告了它们在基因组/转录组的reads（%）、检测到的基因数量、长RNA转录本多样性和可重复性方面的差异。使用最佳的方法

_十三·2023-12-31 20:13

测序深度和测序覆盖度，怎么估算？

下面就给大家解释下这两个概念：（图片来源于知乎余功旺）测序深度（depths）测序深度（depths）指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值，简单的说就是测序的数据量大小比上参考基因组/转录组的大小

朱渠成·2023-12-31 17:09

Analysis of single cell RNA-seq data 学习笔记(七)

今天我们来讨论下Seurat这个包的用法QC首先我们先介绍下UMI这个概念，UMI其实就是区分每个测序分子片段的barcode，这么做可以区分每个分子是哪一个cell表达的我们还是采用deng这个数据做例子首先我们构造Seurat的单细胞对象：library(SingleCellExperiment)library(Seurat)library(mclust)library(dplyr)seuse

小潤澤·2023-12-31 13:27

癌症基因组重测序第一讲

一、基本组学结构A,T,C,G所构成的人类基因组信息可经过修饰，由一套DNA遗传基因组延伸至带有甲基化、乙酰化等修饰的表观遗传组，同时基因组也可以按照中心法则衍生出RNA和protein，即分别为转录组和蛋白组

不想透明的小透明·2023-12-31 08:25

2020-11-24: 文献阅读: 压力超负荷驱动的心衰小鼠免疫浸润的单细胞转录组测序揭示了免疫激活程度

论文信息Title:Single-CellSequencingofMouseHeartImmuneInfiltrateinPressureOverload-DrivenHeartFailureRevealsExtentofImmuneActivationJournal:CirculationIF:23.603Publishdate:2019Author:Martini,Elisa;Kunderfr

辛晓红·2023-12-30 16:47

单细胞转录组及空间转录组学习资源

(1).单细胞上游软件cellranger：单细胞上游软件cellranger从头说(2).singleR操作说明：singleR(3).seurat操作说明：seurat官网；seurat官方教程：seurat教程(4).多组学单细胞教程：OSCA(5).单细胞课程：scrnaseq-courseSingleCellWorkshop2020NBIS-2021youtube-videos哈佛大学单

小潤澤·2023-12-30 15:23

AUCell:单细胞转录组中识别每一个细胞对某个通路的富集程度

AUCell：能够看出某个通路在细胞中的激活情况，在文章中可以用于差异比较，即这个通路多数在巨噬细胞中激活，而在其他细胞群中不激活8f37c46e064b71c7fc55ec17806e6e2.png1.R包的下载if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")#Tosupportpar

汪汪队队长_莱德·2023-12-30 13:57

既想学生物学，又想学计算机？——生物信息学了解一下

在这里，您将学习到3大板块的课程内容——生命科学、信息技术及生物信息学，让您轻松玩转职场，把同龄人按在地上使劲摩擦，基因组、转录组、蛋白组、代谢组等等各种复杂数据可以

Yolanda_44ad·2023-12-30 09:59

单细胞转录组数据分析课件||7. Clustering of scRNA-seq data

单细胞分析的一个亮点就是可以找出细胞的异质性，也就是可以对细胞进行分群，找出有意思的亚群。所以这节课很重要：数据聚类。数据质控：选择高质量的数据进行聚类特征选择什么叫聚类为什么说聚类是非监督学习如何面对不同聚类算法得到的不同的结果介绍了几种常见的聚类算法ThislecturebyAhmedMahfouz(LeidenComputationalBiologyCenter,LUMC,Netherlan

周运来就是我·2023-12-29 23:49

什么时候使用Bismark的non_directional参数

首先，这里的directional是指Illumina平台在测序时是directional的，和通常RNA-seq中directiona

秉聿随记·2023-12-29 03:52

scenic：单细胞调控网络推理和聚类

摘要我们提出了scenery，一种用于从单细胞rna-seq数据中同时进行基因调控网络重建和细胞状态识别的计算方法(http://scenic.aertslab.org)。根据肿瘤和大

生信小鹏·2023-12-28 09:42

sc-RNA数据分析教材 || Computational Methods for Single-Cell Data Analysis

每一章都详细介绍了一个计算工具箱，旨在克服单细胞分析中的特定挑战，如数据规范化、罕见细胞类型识别和空间转录组分析，所有这些都侧重于分析实验数据的计算方法的实际实现。

周运来就是我·2023-12-28 08:31

成人、猕猴和猪海马和内嗅细胞的转录组学分类和神经源性轨迹（1/2）

CR细胞：Cajal-Retzius细胞是发现的一类瞬态神经元哺乳动物发育中的大脑皮层的表面。它们以SantiagoRamónyCajal和GustafRetzius的名字命名，他们在19世纪末首次描述了它们。这些“特殊细胞”，正如Cajal最初所说的那样，从发育的早期阶段就占据了皮层的边缘区域（图1），因此具有影响其组织的战略地位。Cajal-Retzius细胞具有独特的形态和独特的水平树突，它

科研菜鸟·2023-12-27 18:37

【Amazing brain】之基于空间转录组揭秘ALS分子病理时空变化

空间转录组经典重磅编辑：ANIMUS校对：ANIMUS编者按：2014年开始风靡全球的“冰桶挑战”，让ALS(肌萎缩侧索硬化症，俗称“渐冻人症”)为普通大众知晓。

ANIMUS爱丽慕斯·2023-12-27 12:10

R语言ggplot2做柱形图展示富集分析的结果

做完转录组差异表达或者其他的一些分析拿到一些基因名称之后下一步通常是做一些注释，比如GO或者KEGG的注释，注释好以后通常是富集分析。

小明的数据分析笔记本·2023-12-27 11:01

生物学重复与技术重复

生物学重复与技术重复在利用基因芯片或者RNA-seq做基因表达分析的时候，经常听说生物学重复和技术重复，这篇文章我们就来简单介绍二者的含义。

Seurat_·2023-12-27 09:13

单细胞质控和标准化

1.单细胞转录组主要应用于：深入了解组织中的细胞异质性。鉴定未知的细胞类型。鉴定已知细胞类型的亚型，原理是在感兴趣的细胞群中寻找差异基因表达模式。

maliming·2023-12-27 08:54

那令人困惑的比对工具选择啊~

写在前面的废话我可能不适合做科研，因为我总是对一些“没有必要”的事斤斤计较~刚开始接触二代测序时，是跟着Jimmy大神从RNA-seq开始入门的。那时候使用的比对工具是HISAT2。

鹿无为·2023-12-27 03:57

外泌体多组学04-外泌体sRNA转录组数据饱和度评估

文章信息文献标题：SmallRNASequencingacrossDiverseBiofluidsIdentifiesOptimalMethodsforexRNAIsolationDoi：https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.03.024发表时间：2019,Cell作者：[email protected]关注重点用什么方法进行数据评估？评估参数是什么？文章结论如何

_十三·2023-12-26 19:07

10X空间转录组之组织区域临近通讯实现方法

作者，追风少年i周五了，我就不整那些难以理解的了，给大家分享一个简易的空间转录组通讯的分析的方法，其实原理跟下面的一样，但是具体的细节我们要探讨一下。

单细胞空间交响乐·2023-12-26 19:23

周运来就是我·2023-12-26 14:25

成人、猕猴和猪海马和内嗅细胞的转录组学分类和神经源性轨迹

Transcriptomictaxonomyandneurogenictrajectoriesofadulthuman,macaque,andpighippocampalandentorhinalcells成人、猕猴和猪海马和内嗅细胞的转录组学分类和神经源性轨迹发表时间

科研菜鸟·2023-12-25 16:41

喜讯连连捷报传，文章累累创佳绩，平均IF 18分!!!

近期（11月23日-12月4日），高分项目文章频出，涉及物种有梨、腰果、蘑菇、青枯雷尔氏菌和心肌细胞，我们提供的技术支持有ChIP、重测序、RNA-seq和代谢组，发表期刊包括PlantJournal、

爱基百客·2023-12-25 15:34

2022-04-28

MolCell|单细胞分析转录组和组蛋白修饰细化表达调控研究图灵基因图灵基因2022-04-2813:44收录于合集#前沿生物大数据分析单细胞技术的进步不仅使分析单个细胞中的多个分子家族成为可能，而且还使科学家能够解析由于测量参数的细胞间多样性引起的数据分析的局限性

图灵基因·2023-12-25 01:00

临床开展RNA-seq送测序前你应当考虑到几个因素

1、首先你应当知道，RNA-seq测序能做什么？如下图所示，可以了解到不同条件下的基因表达变化。比如说，老年人和小孩，不同时期的头发生长相

伍鸿荣·2023-12-25 01:59

Trinity软件对转录组进行无参比对教程

写在前面2023年将结束，小杜的生信笔记分享个人学习笔记也有2年的时间。在这2年的时间中，分享算是成为工作、学习和生活中的一部分。自己为了运行和维护社群也算花费大量的时间和精力，自己认为还算满意吧。对于个人来说，自己一直的目的都是分享自己的学习笔记，以及多多少少可以帮助解决一下需要帮助的同学。我们这里所说的是需要帮助的人，而不是大部分人。自己的能力和精力自己清楚，自己研究的方向也是比较局限，我们并

小杜的生信筆記·2023-12-24 17:46

转录组无参比对教程

写在前面2023年将结束，小杜的生信笔记分享个人学习笔记也有2年的时间。在这2年的时间中，分享算是成为工作、学习和生活中的一部分。自己为了运行和维护社群也算花费大量的时间和精力，自己认为还算满意吧。对于个人来说，自己一直的目的都是分享自己的学习笔记，以及多多少少可以帮助解决一下需要帮助的同学。我们这里所说的是需要帮助的人，而不是大部分人。自己的能力和精力自己清楚，自己研究的方向也是比较局限，我们并

小杜的生信筆記·2023-12-24 17:45

组学无参比对教程

转录组无参比对教程当作物是没有参考基因组时，需要无参进行比对。Trinity是现在使用最广泛的转录组Denovo组装软件。

小杜的生信筆記·2023-12-24 17:43

空间转录组

空转写在前面一些概念下载数据三级目录写在前面尝试尝试理解空转参考：1.Seurat空间转录组分析（一）数据读入：https://mp.weixin.qq.com/s/06qiP4_yE8UOvXt4eP6org

愿航·2023-12-24 17:37

教程 | 规模化物种同源基因分析 - orthofinder [上篇]

相比于几年前火爆的通过转录组测序挖掘生物学问题策略，通过基因组，尤其是比较基因组分析，往往可以给我们带来更多确定性结果，如相比于近源物种A为何物种B的果皮更红？这完全有可能是特定家族成员扩张导致。

生信石头·2023-12-24 17:22

研究论文 2022-Oncoimmunology：AI+癌RNA-seq数据识别细胞景观

Wang,Xin,etal."DeeplearningusingbulkRNA-seqdataexpandscelllandscapeidentificationintumormicroenvironment."Oncoimmunology11.1(2022):2043662.https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/2162402X.2022.20

素材积累·2023-12-24 07:11

RNA-seq数据库（ChatGPT）

截至我最后更新知识的时间（2022年1月），存在许多RNA测序（RNA-seq）数据库，这些数据库提供了大量的基因表达和转录组学数据。

素材积累·2023-12-24 07:11

一种具有翻译功能的circRNA在肌细胞生成中的作用

Circ-ZNF609isacircularRNAthatcanbetranslatedandfunctionsinmyogenesis期刊：MolecularCell影响因子：14.248主要技术：RNA-Seq

d5c9c866171f·2023-12-24 04:04

ImmuCellAI | 免疫浸润计算工具 R包学习

ImmuCellAIImmuCellAI（ImmuneCellAbundanceIdentifier)是一个从基因表达数据集（包括RNA-Seq和芯片数据）中估计24种免疫细胞丰度的工具，其中24种免疫细胞由

Aech·2023-12-24 03:52

2021-12-15

NatBiotech|深度数据融合得到超分辨率空间转录组学原创huacishu图灵基因2021-12-1509:00收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=54.900推荐度：⭐⭐⭐⭐

图灵基因·2023-12-24 02:22

汇总 | 转录本表达矩阵到基因表达矩阵

写在前面前天，我写了一个TBtools插件，意在让所有人都能自主分析转录组测序数据，进而获得基因表达量矩阵（TPM）和基因读段计数矩阵（Count）。

生信石头·2023-12-23 09:13

知识分享 | 转录组个性化分析(4)——蛋白互作分析

蛋白质-蛋白质相互作用（protein-proteininteraction,PPI）是指两个或两个以上的蛋白质分子通过非共价键形成蛋白质复合体（proteincomplex）的过程。在进行数据挖掘的时候往往会得到很多的差异表达的基因，当你对着一堆基因毫无头绪时，此时PPI数据库对你的数据挖掘起了很大的助攻作用。接下来，跟着小编一起来学习下PPI分析吧！文中附详细代码，小伙伴们可以使用自己项目数据

百易汇能生物·2023-12-23 07:57

单细胞从理论到实践-这一本书就够了

生信交流平台·2023-12-23 03:13

RNA-seq下游分析之PCA画图

RNA-seq下游分析之PCA图_欧阳火火的博客-CSDN博客rm(list=ls())mydata1,]head(dds2)rld1<-rlog(dds2)plotPCA(rld1,intgroup=

ECHO1216·2023-12-22 20:28

10X单细胞（10X空间转录组）利用轨迹分析推断细胞间的实时通讯（TraSig）

hello，大家好，今天我们来分享一个新的内容，利用我们的轨迹分析的结果来推断细胞之间的通讯交流。文章在Inferringcell-cellinteractionsfrompseudotimeorderingofscRNA-Seqdata.这个方法对于有分化关系的细胞类型来说，是一个新的角度解读细胞间的通讯，个人认为更加的重要。我们先来看看文献，最后分享示例代码。Abstract1、Amajora

单细胞空间交响乐·2023-12-22 08:11

10X空间转录组数据分析之降噪和imputation处理（SPCS）

hello，大家好，今天给大家带来一个新的内容，针对10X空间转录组的降噪和imputation分析，这两部分的分析内容大家在10X单细胞的分析上应该是经常用到的，大家可以找一找我的公开课，专门讲过这一部分的内容

单细胞空间交响乐·2023-12-21 16:41

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