转录组（RNA-seq）第7页

学习小组Day7笔记--阿星

学习小组Day7测序和组学思维导图.png测序和组学1.测序重点关注三代测序的原理和优缺点2.组学初步了解基因组学和转录组学的意义和应用场景3.七天总结这七天用最快的方法入门和学习了生信的核心内容。

阿星爱小羊·2023-11-29 23:51

转录组学习第四弹-数据质控

数据质控将SRR转为fastq之后，我们需要对fastq进行质量检查，排除质量不好的数据1.质量检查，生成报告文件ls*fastq.gz|whilereadid;dofastqc$id;done并行处理ls*fastq.gz|xargsfastqc-t102.生成html报告文件和对应的zip压缩文件，并通过scp命令传输到本地后用浏览器打开查看。#传文件scp-iusername@server-

长腿猴子请来的救兵·2023-11-29 19:20

零基础入门转录组分析——第四章（序列比对）

零基础入门转录组分析——第四章（序列比对）目录零基础入门转录组分析——第四章（序列比对）1.之前章节结果的查看1.构建参考基因组索引2.序列比对3.压缩和排序XXX.sam文件4.构建bam文件的索引（

呆猪儿·2023-11-29 18:50

零基础入门转录组分析——第五章（表达定量）

零基础入门转录组分析——第五章（表达定量）目录零基础入门转录组分析——第五章（表达定量）1.序列比对结果的复查2.表达定量3.提取有效信息4.合并多个样本定量结果5.进一步修改基因表达矩阵（我这里使用的虚拟机是

呆猪儿·2023-11-29 18:50

转录组测序学习第二弹

安装软件前面已经安装好了conda，那么我们现在需要安装我们后续需要用到的软件1.先进入我们前面建立的虚拟环境中condaactivatemy_env2.安装软件condainstall-ysra-toolscondainstall-ytrimmomaticcondainstall-ycutadaptmultiqccondainstall-ytrim-galorecondainstall-ysta

长腿猴子请来的救兵·2023-11-29 18:50

转录组学习第三弹-下载SRR数据并转成fastq

下载数据前面已经安装好了需要的软件，那么我们现在需要下载我们练习需要用到的sra数据。从SRA数据库下载数据有多种方法。可以用ascp快速的来下载sra文件，也可以用wget或curl等传统命令从FTP服务器上下载sra文件。另外sra-tools的prefetch也支持直接下载。在此处我用的是prefetch，因为ascp我尝试了很多次都没成功，遂放弃了。说明：由于数据量大，计算量也大，此处已换

长腿猴子请来的救兵·2023-11-29 18:50

2020转录组RNA-SEQ上游分析

文章目录安装配置conda使用清华源下载sh脚本并安装设置镜像源conda环境创建激活和退出环境conda安装软件质量评估@fastQCfastq格式FsatQC软件multiqc综合所有qc结果解读单一碱基占比单碱基测序质量在150bp上的分布情况测序质量的分布图GC含量测定接头adapter统计过滤reads@trim_galore过滤标准trim_galore比对@hisat2参考基因组，g

super_qun·2023-11-29 18:20

不用linux转录组数据分析,无参考基因组的转录组测序分析流程

下边上干货.1.分析流程：2.分析步骤2.1数据预处理，质控过程，与有参考的转录组分析一致2.2UniGene拼接目的：将预处理后reads进行拼接，得到拼接结果。

师敬超·2023-11-29 18:49

C语言基因序列比对,转录组入门（5）：序列比对

比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2，并且搞懂它的用法。直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。接着用samtools把它转为bam文件，并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好，载入IGV，再截图几个基因看看！顺便对bam文件进行简单QC，参考直播我的基因组系列。前面四篇基本都算是准备工作，从

Valkla·2023-11-29 18:49

Cufflinks --转录组组装有参考基因组

一.简介Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。二.安装Cufflinks下载网页。1.为了安装Cufflinks，必须有BoostC++libraries。下载Boost并安装。默认安装在/usr/local。$tarjxvfboost_1_53_0.tar.bz2

g863402758·2023-11-29 18:45

转录组学习第5弹-比对参考基因组

包括基因组比对和转录组比对目前比对的工具有很多，这里用的是hisat2。1.HISAT2官网下载indexhisat2和其他比对软件一样，需要先建立索引，建立索引

长腿猴子请来的救兵·2023-11-29 18:12

10X空间转录组数据分析之Pattern recognition and clustering

hello，我们接上一篇，10X空间转录组空间高变基因分析之SPARK，上一篇我们利用一些方法，找到了很多显著性的空间高变基因，那么这些基因在我们分析数据的时候起到了什么作用呢？

单细胞空间交响乐·2023-11-29 03:27

RNA-seq分析流程

1、质量控制：fastqc-o./-t1/public/home/zyhu/hfd/${i}_R1_001.fastq.gz/public/home/zyhu/hfd/${i}_R2_001.fastq.gz合并质控结果multiqc./Trimmomatic修剪去掉前端低质量碱基java-jar\$EBROOTTRIMMOMATIC/trimmomatic-0.32.jarPE-phred33$

chaos_z·2023-11-28 04:17

RNA-Seq raw2fpkm pipeline (snakemake)

前几天，帮师妹分析转录组数据，由于她只需要FPKM，并且我刚好在学snakemake，就试着用snakemake写了一个简单的从rawdata到FPKM的流程。

李诚0921·2023-11-27 23:29

超全总结 | 用于空间分辨转录组数据分析的统计和机器学习方法

今天小编分享的这篇paper是来自《Genomebiology》的综述，其回顾了空间转录组学中统计和机器学习方法的最新发展，总结了有用的资源。

尐尐呅·2023-11-27 08:24

单细胞转录组中 UMAP的安装

InstallingUMAPdependsuponscikit-learn,andthusscikit-learn'sdependenciessuchasnumpyandscipy.UMAPaddsarequirementfornumbaforperformancereasons.TheoriginalversionusedCython,buttheimprovedcodeclarity,simp

常在心Vane·2023-11-27 06:33

基因组与转录组，深入挖掘基因表达信息--03

案例6研究背景性二态(Sexualdimorphism)一直是进化生物学家关注的热点问题。两栖动物具有丰富的性二态特征，繁殖期的雄性雷山髭蟾在上颌的皮肤形成角质刺，而雌性则没有这种特征。除性染色体上的基因外，大多数的基因组在雄性和雌性之间是共享的，所以性二态往往是由基因在性别间差异性表达引起的。由于缺乏参考基因组，很少有研究能够将性别差异表达模式与特定的性二态特征联系起来，与性二态性状相关的重要生

百迈客生物·2023-11-27 03:40

Measurement of mRNA abundance using RNA-seq data: RPKM measure is inconsistent among samples

WagnerGP,KinK,LynchVJ.MeasurementofmRNAabundanceusingRNA-seqdata:RPKMmeasureisinconsistentamongsamples[J].TheoryBiosci,2012,131(4):281-285.百度百科：RPKM，ReadsPerKilobaseperMillionmappedreads，代表每百万reads中来自

sunlight_yy·2023-11-27 02:38

茶学文献2020-12-09

MetabolitesandTranscriptionalProfilingAnalysisRevealtheMolecularMechanismsoftheAnthocyaninMetabolisminthe“Zijuan”TeaPlant(Camelliasinensisvar.assamica)通过代谢物和转录组揭示

茶与生信2021·2023-11-26 10:12

纯生物信息学SCI文章好发吗？不好意思，很难了

3-4年前，一套完整的RNA-seq，而且是很简单的那种套路可以发到3-4分文章，好的

医学程序研究·2023-11-26 10:34

这篇11分文章还留了个宝藏给你

11.878)的一篇文章，“Anatlasoftheaginglungmappedbysinglecelltranscriptomicsanddeeptissueproteomics”，本文通过联合单细胞转录组测序技术和蛋白质谱去分析了衰老对小鼠肺组织细胞活性的影响

科研菌·2023-11-26 06:41

10X空间转录组学定义肝脏分区和结构成分的转录模式

hello，大家好，又是周一，新一周的开始，今天我们要继续分析我们的空间转录组的个性化分析，文章在SpatialTranscriptomicstodefinetranscriptionalpatternsofzonationandstructuralcomponentsintheliver

单细胞空间交响乐·2023-11-25 22:07

qRT-PCR相对定量计算详解qPCR相对定量计算方式——2^-(∆∆Ct) deta t

做完转录组分析之后，一般都要求做qRT-PCR来验证二代测序得到的转录本表达是否可靠。

生信小博士·2023-11-25 15:01

scDrug：从scRNA-seq到药物反应预测

scRNA-seq技术允许在转录组水平上对数千个细胞进行测量。scRNA-seq正在成为研究肿瘤微环境中细胞成分及其相互作用的重要工具。

tzc_fly·2023-11-25 14:38

10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之总结Nichenet生态位通讯比较分析

作者，追风少年i系统总结nichenet多条件通讯差异分析通讯软件nichenet的原理大家可以参考文章10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之NicheNet，10X单细胞（10X空间转录组）空间相关性分析和

单细胞空间交响乐·2023-11-25 11:56

科研“出圈”必备——空间组学技术

2020年5月，来自美国的研究人员在《MatrixBiology》发表综述论文，概述了目前可用的空间转录组学和空间蛋白质组学方法，并进一步描述了应用这些方法来提高对细胞外基质（ECM）和成纤维细胞生物学的理解的最新研究

尐尐呅·2023-11-25 09:50

单细胞转录组数据分析课件||6. Dimensionality reduction of scRNA-seq data

本课件介绍了单细胞数据分析过程中的降维分析。为什么要降维？在单细胞分析中两种降维方式的区别？PCA分析的基本原理几种其他的降维分析方法tsne与UMAP分析的区别与联系urlThislecturebyPauloCzarnewski(NBIS,ELIXIR-SE)ispartofthecourse"SinglecellRNA-seqdataanalysiswithR"(27.-29.5.2019).

周运来就是我·2023-11-25 07:27

文献解读 | 单细胞转录组图谱揭示了茶叶中儿茶素酯的发育轨迹和新的代谢途径

题目：Single-celltranscriptomeatlasrevealsdevelopmentaltrajectoriesandanovelmetabolicpathwayofcatechinestersintealeaves发表日期：2022年7月发表期刊：PlantBiotechnologyJournal影响因子：13.263实验方法：10xGenomics、LC-MS、BulkRNA-

爱基百客·2023-11-24 23:58

文献解读 | 单细胞转录组助力解析水稻早期花序的发育轨迹机制

作者利用单细胞转录组对水稻花序进行分

爱基百客·2023-11-24 23:27

单细胞专题 | 带你“走近”单细胞转录组测序

◆单细胞测序的概念◆上节我们讲到转录组测序相关内容，这期将继续学习单细胞转录组测序。

爱基百客·2023-11-24 23:27

关于植物单细胞转录组提核还是制备原生质体的思考

目前植物单细胞转录组测序主流平台的输入都是原生质体悬液或者细胞核悬液。那么到底采用哪种更好呢？啥？成年人少做选择？看看账上，摸摸兜里，得有财力支持啊！本期，聊聊这个主题，有错的话请读者留言批评。

SHANGHAILINGEN·2023-11-24 23:56

自然综述：单细胞和空间组的数据整合方法

然而，单细胞测序破坏了细胞间的空间关系，而空间转录组并不能区分出特定的细胞。

概普生信·2023-11-24 18:29

文献分享 | 长链非编码RNAs(lncRNAs)分析流程 | 转录组分析流程

前言：这是一篇可以归纳与纯生信的文章，做转录组数据分析都适用学习，基础型文章。这篇文章发表期刊：MBCGenomics，属于二区期刊。

小杜的生信筆記·2023-11-24 18:26

53.《Bioinformatics Data Skills》之实战：统计落在外显子区域dbSNP数目

寻找区域间的overlap算得上是基因组最常见的操作，貌似简单的寻找overlap追究细节之后也会变得非常复杂，比如为了解决RNA-seq表达定量的问题就衍生出一系列专业的工具或者R包（例如RSEM，TopHat

DataScience·2023-11-24 08:34

空间转录组技术在肿瘤免疫治疗中的应用潜力

为了提高免疫疗法的疗效，研究人员已经使用空间转录组技术来识别并随后阻断肿瘤异质性的来源。原位杂交原位杂交(ISH)是一种使细胞或组织中特定DNA或RNA分子

尐尐呅·2023-11-24 07:08

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（二）：数据降维可视化

第二节：数据降维可视化加载所需的R包和质控过滤后的数据首先，我们加载分析所需的R包和上一节中质控过滤后的数据集。#加载所需的R包suppressPackageStartupMessages({library(Seurat)library(cowplot)library(ggplot2)library(scran)})#加载质控过滤后的数据alldata<-readRDS("data/results

Davey1220·2023-11-24 01:30

等位基因特异性表达(ASE)及顺反式调控研究的相关分析整理

在对动植物杂交种（或F1子代）的基因组和转录组的关联研究中，要回答这么一个问题：基因组变异到底与基因表达有什么关系？这个问题很难，因为涉及影响基因表达调控的因素可太多了！

生物信息与育种·2023-11-23 22:43

胶质母细胞瘤免疫亚型分析+免疫组化发8+分SCI

本研究作者对单细胞转录组和bulk转录组数据集进行分析，鉴定到了一个新的GBM细胞亚型，随后构建的11-基因分类器有助于将GBM划分为对预后和抗PD-1治疗效果不同的亚组。

JUpter_·2023-11-23 13:59

Kallisto原理及应用

Kallisto简介首先，这款软件是2016年发表在NBT上的一款RNA-seq的计数软件，文章标题为《Near-optimalprobabilisticRNA-seqquantification》（http

小潤澤·2023-11-23 09:44

学习：StatQuest-RNA-seq

RNA-seq的建库过程image.png上图是RNA建库的步骤RNA测序过程image.pngimage.pngimage.png采取边合成边测序的原则,不同碱基,带有不同荧光,测序仪测出不同荧光image.pngRNA-seq

小潤澤·2023-11-23 06:32

单细胞36计之18擒贼擒王---单细胞与空间转录组整合

与scRNA-seq参考整合为了促进Slide-seq数据集的细胞类型注释，我们利用了由Saunders*，Macosko*等人制作的现有小鼠单细胞RNA-seq海马数据集。2018。

Seurat_Satija·2023-11-23 05:41

转录组+代谢组联合分析，经典思路永不过时

期刊：《PLOSONE》影响因子：3.24文章题目：Integrativeanalysesofmetabolomeandtranscriptomerevealsmetabolomicvariationsandcandidategenesinvolvedinsweetcherry(PrunusaviumL.)fruitqualityduringdevelopmentandripening发表期刊：《

felix108·2023-11-22 22:48

跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序UMAP降维聚类

KS科研分享与服务·2023-11-22 15:15

论文阅读“ZINB-based Graph Embedding Autoencoder for Single-cell RNA-seq Interpretations”

etal.ZINB-basedGraphEmbeddingAutoencoderforSingle-cellRNA-seqInterpretations.AAAI2022.摘要导读单细胞RNA测序(scRNA-seq)提供了在单细胞分辨率下的全基因组基因表达水平的高通量信息，实现了对单个细胞的转录组的精确理解

掉了西红柿皮_Kee·2023-11-22 03:22

1130转录组分析（三）--王通老师讲解

1130RNAseq生物信息分析（王通老师）01课程介绍[if!supportLists]1.[endif]RNAseq测序定义[if!supportLists]2.[endif]为什么要进行RNA测序机体DNA是一个相对静态的过程，RNA是一个动态变化的过程，其在生理病理或者外在条件下，会发生相应变化，影响调控疾病发生。所以解释RNA变化在生命科学中是非常重要而这时候就需要RNAseq了。DNA

不如好好学生信吧·2023-11-22 01:36

成人、猕猴和猪海马和内嗅细胞的转录组学分类和神经源性轨迹（5/6）

Primateage-andcell-type-specificMETTL7Bexpression：灵长类年龄和细胞类型特异性METTL7B表达在从异皮质到新皮质过渡的海马ExN特异性基因中，我们将CHRNA1和METTL7B鉴定为两个基因，与发育过程中的其他大脑区域相比，在成年海马中显示出时间特异性（图5C）。METTL7B已被描述为主要在肝脏中酶促和代谢活跃的细胞中表达（Uhlén等人，20

科研菜鸟·2023-11-22 00:03

生物学重复与技术重复

生物学重复与技术重复在利用基因芯片或者RNA-seq做基因表达分析的时候，经常听说生物学重复和技术重复，这篇文章我们就来简单介绍二者的含义。

wangchuang2017·2023-11-21 22:02

空间组数据和单细胞数据的相关性分析（Seurat）2022-05-20

黄甫一·2023-11-21 19:47

文献笔记八十四：Rsubread R语言里转录组表达定量工具

论文链接https://academic.oup.com/nar/article/47/8/e47/5345150本地文件gkz114.pdf

小明的数据分析笔记本·2023-11-21 13:42

2021-02-17 RNA-seq 流程

1前期准备1.1安装conda下载wget-chttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh安装bashMiniconda2-latest-Linux-x86_64.shsource~/.bashrc#激活conda添加镜像源condaconfig--addchann

diyidaoguang·2023-11-21 04:40

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转录组（RNA-seq）