转录组（RNA-seq）第2页

应用Cellpose进行细胞核分割

在这个教程中，我们将展示如何应用组织结构的细胞分割算法Cellpose（包含在squidpy.im.segment)进行空间转录组数据图像的细胞核分割。

JUpter_·2024-02-12 10:39

小鼠嗅球的单细胞rna-seq揭示了细胞的异质性和成体神经元活性依赖的分子普查

Single-CellRNA-SeqofMouseOlfactoryBulbRevealsCellularHeterogeneityandActivity-DependentMolecularCensusofAdult-BornNeurons题目：小鼠嗅球的单细胞rna-seq

猫姐Lily·2024-02-12 06:26

UCSC Cell Browser：可视化你的单细胞数据 | 单细胞分析工具

自2010年以来，单细胞转录组文章数量呈指数级增长。这种增长导致了对交互式工具的需求，这些工具让科研人员在与合作者更深入地进行计算分析之前，能够在高水平上探索和理解这些复杂的数据集。

尐尐呅·2024-02-11 17:03

单细胞scRNA-seq学习笔记5-单细胞异质性和批次效应

今天继续搬砖主要学习了一下内容：单细胞转录组学习笔记-5-熟悉文献作者提供的两个表达矩阵-https://www.jianshu.com/p/33a7eb26bd31单细胞转录组学习笔记-6-得到表达矩阵后看内部异质性

天涯清水·2024-02-11 14:47

lncRNA转录组分析泌乳母猪热应激机制

热应激(Heatstress,HS)严重影响母猪泌乳性能，然而，关于HS通过下丘脑-垂体-乳腺轴(HPMA)影响雌性动物泌乳性能的机制，信息有限。长链非编码RNA(Longnon-codingRNAs,lncRNAs)在转录和转录后调控中发挥重要作用。但是，lncRNA在母猪下丘脑-垂体-乳腺轴上表达影响泌乳性能的机制尚不清楚。因此，本研究对热应激和热舒适条件下哺乳母猪的下丘脑、垂体和乳腺组织进行

felix108·2024-02-11 06:37

芯周刊·第15期 | 代谢组+转录组+单细胞转录组揭示肠道菌群代谢衍生物的抗肿瘤免疫反应

01代谢组+转录组+单细胞转录组揭示肠道菌群代谢衍生物的抗肿瘤免疫反应肠道微生物可以调控固有免疫和适应性免疫应答，参与免疫检查点阻断治疗，但其影响肿瘤生长的机制仍不清楚，胰腺导管腺癌(PDAC)临床特征发现其具有显著的免疫浸润

生物芯时空·2024-02-10 15:23

单细胞转录组测序---多样本整合分析完整代码

最近做了天然胸腺单细胞测序结果的分析，我在GEO数据库中下载了10个样本（GSE182135），完整的的代码如下，做一个记录，还在摸索阶段，如果有不对的地方也请大佬们指正。后续想再写一下每个步骤的知识点，也有助于自己的学习梳理。1.首先将十个样本的测序数据下载到本地。过滤后合并#GEO:GSE182135,10个样本合并library("scde")library("DEsingle")libra

生信小白花·2024-02-10 03:19

scanpy官方教程2022||05-空间转录组数据分析

scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/spatial/basic-analysis.html【注意教程有两个版本，这里是latest版本的学习笔记】这篇教程主要介绍怎么使用scanppy进行空间转录组数据分析

信你个鬼·2024-02-10 02:55

TCGA新版数据库表达矩阵提取

现在使用TCGAbiolinks下载转录组数据后，直接是一个SummarizedExperiment对象，这个对象非常重要且好用。

医学和生信笔记·2024-02-10 00:22

三代转录组系列：使用Cogent重建基因组编码区

尽管目前已测序的物种已经很多了，但是对于一些动辄几个G的复杂基因组，还没有某个课题组有那么大的经费去测序，所以仍旧缺少高质量的完整基因组，那么这个时候一个高质量的转录组还是能够凑合用的。

xuzhougeng·2024-02-09 23:06

单细胞转录组|Seurat 4.0 使用指南

正好前段时间刚做过单细胞转录组分析，今天就给大家介绍一下常用工具Seurat的用法。

木舟笔记·2024-02-09 01:56

单细胞转录组之Seurat包全流程-数据过滤、降维分群及可视化

1.Seurat包的安装及数据的准备1.1加载需要的包和数据if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("Seurat")library(Seurat)#devtools::install_github('satijalab/seurat-d

青青青山·2024-02-08 23:32

「转录组」从环境配置之conda

image.png什么是condaconda：开源包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。系统：适用Linux，OSX和Windows。For：为Python程序创建的，但可以打包和分发任何软件。【生物信息学频道bioconda】Anaconda是一个开源的Python发行版本，包含了conda、python等180多个科学包及其依赖项。因为包含了大量

旮旯蜗牛_c299·2024-02-08 21:35

看了老大比较基因组学视频后扩展的小内容

老大视频比较基因组在IGV看了http://www.bio-info-trainee.com/2218.htmlwes：探针捕获rna-seq：不会出现外显子两边下降chip-seq：不会出现整齐，得到的文件是

小梦游仙境·2024-02-08 12:56

Gut Microbes+ Microbiome | 揭示太空环境对微生物的影响

借助16S扩增子、宏基因组、转录组等生物学技术，我们一起来探究在太空环境下，微生物所发生的变化。航天飞行期间，小鼠肠道微生物和宿主代谢的变化[1]肠道微生物通

ee00dc6faab7·2024-02-08 05:16

R统计绘图 - 柱状图

39个转录组分析工具，120种组合评估(转录组分析工具哪家强-导读版)中提到了较多堆积柱状图的

生信宝典·2024-02-08 01:35

STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner

SchlesingerF,etal.STAR:ultrafastuniversalRNA-seqaligner[J].Bioinformatics,2012,29(1).ABSTRACTMotivation:高通量RNA-seq

sunlight_yy·2024-02-07 14:29

Q30与Phred值

转录组测序数据中，经常会出现Q30或Phred值，它们究竟是什么含义？Q30表示一个碱基的质量值，也表示该碱基错误率百分比。Q30指碱基质量值为30，错误率为0.1%，正确率为99.99%。

新欣enjoy·2024-02-07 10:57

学习：StatQuest-RNA-seq技术重复

概念首先我们先辨析一下生物学重复和技术重复，我们的RNA-seq的data产生差异是正常的，关于差异来自于几个方面：生物学多样性，个体间差异，即便是同一物种（基因组相同），其转录本也未必都相同image.png

小潤澤·2024-02-07 09:11

2021-12-10

前沿分子生物学机制撰文：楠烟不可言IF=53.242推荐度：⭐⭐⭐⭐亮点：这篇文章介绍了诱导多能干细胞(iPSC)存在线粒体单核苷酸变异(mtSNV)，近年来的单细胞分析表明，相同的诱导多能干细胞单个细胞之间的转录组存在差异

图灵基因·2024-02-07 08:30

前沿Perspective | 空间转录组数据分析方法最新进展

空间转录组学是一个迅速发展的领域，有望以单细胞或亚细胞分辨率全面表征组织结构。

尐尐呅·2024-02-07 08:31

Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程（三）——python(scanpy)

Seurat单细胞转录组测序数据分析教程（二）——python(scanpy)文章参考至scanpy官网，做了一个更详细的解读。

coffeeii·2024-02-07 03:31

2022-11-29 RNA-seq差异表达分析

最近看到一篇文章提到当样本量很大的时候差异表达分析使用秩和检验效果较好。文章题目：ExaggeratedfalsepositivesbypopulardifferentialexpressionmethodswhenanalyzinghumanpopulationsamplesGenomeBiol.2022Mar15;23(1):79.doi:10.1186/s13059-022-02648-4.

Zheng_xy·2024-02-06 21:20

10X单细胞（10X空间转录组）多种通讯软件联合分析之liana

hello，今天我们分享一个简单的，将最近流行的细胞通讯分析软件整合在一起，分析我们的单细胞数据，直接看看代码部分注意一个名词，cell-cellcommunication(CCC)，细胞通讯的软件方法很多了，thesemethodsandresourcesareusuallyinafixedcombinationofatoolanditscorrespondingresource,butinpr

单细胞空间交响乐·2024-02-06 21:15

PCA图

首先，要准备好要分析的转录组数据。

呼啦啦可爱的Sherry雪莉·2024-02-06 17:39

2022-08-14

上一次写随笔还是两周前八月第一周在玩异度之刃3.....第二周把EGO数据库挖掘的内容结束了，另外学了chip-seq全流程，这一次感觉比rna-seq那一趟顺利多了，当然，数据量也是大多了，分析结束后还要把

佳奥·2024-02-06 09:00

谈谈数次生信线下活动的收获和体会

http://blog.genesino.com/2018/03/ampliconseqsumamry/从2017年11月份到2018年3月份，共进行了5次培训研讨活动，内容依次为转录组高级分析、生物信息作图系列

生信宝典·2024-02-06 08:48

学习：StatQuest-Heatmap

Heatmapimage.png在RNA-seq中热图往往用于衡量不同样本不同基因的表达情况（主要看上下表达），这个图就是个热图，横坐标表示不同样本，纵坐标表示基因。

小潤澤·2024-02-06 05:17

六个样本+转录组标准分析=IF5.81——最新项目文章：氟苯尼考抑制P19干细胞增殖和分化的分子机制

近些年，转录组测序凭借其周期短，价格低，普适性高等优势，备受科研人员的青睐。

ee00dc6faab7·2024-02-06 02:30

Paper_7: Natural killer/T cell淋巴瘤的基因组、转录组特征

HighlightsIntegratedanalysisprovidesinsightintothemolecularclassificationinNKTCLEBVlyticgenesplayanimportantroleonNKTCLpathogenesisGenomicalteration-basedmolecularsubtypesassociatewithclinicaloutcomes

TOP生物信息·2024-02-05 23:47

RNA-seq转录组数据分析

B站：RNA-seq转录组数据分析入门实战1linux常用命令touchtext.txt#新建文件rm-rf/var/log/httpd/access#将会删除/var/log/httpd/access

医学小白学生信·2024-02-05 15:35

2022-08-25

细胞级表达图谱匹配测序和病理图像，发现更多结构细节原创骄阳似我图灵基因2022-08-2513:19发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：骄阳似我IF：47.99推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：①空间分辨转录组学

图灵基因·2024-02-04 23:21

借助NMF的力量对单细胞RNA和单细胞ATAC进行联合分析

hello，大家好，礼拜天了，明天又要上班了，但是很想写一点东西，留下点足迹，但是又不想太动脑子，所以分享一篇代码文，分享给大家，单细胞转录组和ATAC的联合分析。

单细胞空间交响乐·2024-02-03 20:19

200826 Circ之旅3-构建人类基因组索引

注：后面可能还会构建鼠源的x参考：RNA-seq(5):序列比对：Hisat2人类基因组hg19、hg38构建bwa索引生物信息学习——bowtie2使用手册bwabowtie2salmonsubreadhisat2

dicklim·2024-02-03 15:13

学习小组Day7——宣Xuanan

因为课题就是做转录组测序的，所以基础知识有一些了解，接下来从数据处理部分开始进行笔记。数据初步分析：使用fastqc进行质量分析，这是一款Java软件，支持多线程。

宣Xuanan·2024-02-03 05:04

EVM 对预测结果进行整合

从头预测，同源注释和转录组整合都会得到一个预测结果，EVidenceModeler(EVM)可以对上述结果进整合软件安装wget-4https://github.com/EVidenceModeler/

斩毛毛·2024-02-03 03:52

了解和绘制火山图

首先，什么是火山图火山图是转录组分析中经常能够见到的一类统计图，常用于反映差异表达基因概况。例如肿瘤组织与正常组织相比，那些基因存在过表达或被抑制，可以是编码基因、蛋白表达水平，也可以

纪伟讲测序·2024-02-02 21:39

ATAC-seq发篇测序文章就结束了吗？看如何利用ATAC-seq数据为后续关键基因的转录调控研究提供重要依据

转座酶可及染色质测序分析（ATAC-seq）是常见的研究染色质可及性的方法，ATAC-seq联合RNA-seq是一种新的研究思路，为阐述基因组和特定生物过程中的基因差异表达提供见解。

爱基百客·2024-02-02 15:16

病原菌共感染研究思路

随着测序的发展，应用高通量转录组测序对于感染多种病原菌的研究也不断深入，今天跟大家分享两篇病原菌共培养研究共感染过程的相互作用，希望能给研究共感染的老师一些样本准备设计的思路的参考

爱基百客·2024-02-02 15:43

10X空间转录组数据分析之方法小结

今天我们来提炼一下10X空间转录组在文章中一些新的运用，文献在Thecellulararchitectureoftheantimicrobialresponsenetworkinhumanleprosygranulomas

单细胞空间交响乐·2024-02-01 20:59

单细胞转录组数据分析||用10X软件分析已发表的10X数据

---大师大师，我想学单细胞转录组数据分···要不先下载一个示例数据挖掘一下？单细胞是生命科学的一个里程碑事件，而单细胞转录组是这个里程碑的上冠花。

周运来就是我·2024-02-01 20:03

使用MAKER进行基因注释(高级篇之GeneMark-ET模型训练）

真核生物基因组预测主要会用到GeneMark-ES/ET,其中GeneMark-ES可用于无监督自训练，也就是只要提供一个基因组序列即可，而GeneMark-ET则是在GeneMark-ES的基础上整合了高通量的RNA-Seq

xuzhougeng·2024-02-01 17:40

《生物信息学：导论与方法》--新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq--听课笔记（十四）

第八章新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq8.1转录组介绍Atranscriptomeisacollectionofallthetranscriptspresentinagivencell.所谓转录组

盲人骑瞎马5555·2024-02-01 12:52

BWT比对算法

简介BWT算法在多款序列比对软件（BWA，bowtie）中都有涉及，那么对于RNA-seq的2代数据，一般建库长度是单端300bp，双端各150bp左右。

小潤澤·2024-02-01 10:11

一文搞懂RNA-seq的链特异性测序和非链特异性测序

RNA-seq实验构建文库时，可以构建非链特异性文库和链特异性文库：非链特异性文库：无法区分打碎的片段转录自正义链还是反义链。

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-02-01 09:27

单细胞转录组测序技术及各类数据分析方法总结

自从2009年**单细胞转录组测序（single-cellRNA-seq，scRNA-seq）**技术首次问世，至今已经有几十种不同的scRNA-seq技术相继被开发出来。

AIPuFu·2024-02-01 09:22

单细胞转录组数据分析的10大软件/流程

单细胞数据分析现在已经有上千个软件工具可供使用了，这为用户带来便利的同时也造成了选择困难。就像时间一样，一个表，没问题，但如果有两个表，时间还不一样，该信谁的呢？正好我们前面一篇文章介绍了这样一个开源数据库：https://www.scrna-tools.org/，里面收集了几乎所有的单细胞数据分析工具，我们在这个网站上通过工具的引用数排序，截取前10行结果，得到目前引用数最多，应用最广的10个单

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-02-01 09:21

RPKM，FPKM和TPM明确解释| RNA-Seq博客

RPKM，FPKM和TPM明确解释|RNA-Seq博客来自StatQuest过去，当您进行RNA测序时，您以RPKM（ReadsPerKilobaseMillion每千碱基百万个读数）或FPKM（FragmentsPerKilobaseMillion

Seurat_Satija·2024-02-01 03:24

10X空间转录组基因相关性分析之schex（寻找空间细胞单元）

hello，今天分享一个重要的内容，在空间上寻求基因的相关性，当然，也可以利用这个方法寻找我们的空间细胞“单元”，我们来看看详细的分析。我们知道，空间分析中常见的是解析每个spot中的细胞数，这是往细了做。而临近的细胞放到一个bin中获得概览，不仅是在可视化方面，在数据集大了之后，这种分箱的操作可以减少维度。这种分析方法或可叫做spotbinning抑或是pseudospot。之所以产生这个联想是

单细胞空间交响乐·2024-01-31 17:35

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