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Nat Commun|十月新思路-亚型结合单细胞研究肿瘤的表观遗传揭示肿瘤异质性

十月份发表在《naturecommunication》上的一篇关于神经内分泌癌（NEC）的研究，根据神经转录因子ASCL1和NEUROD1的表达，揭示了两种不同的NEPC亚型，虽然在细胞系和人类肿瘤抑制模型

概普生信·2023-08-26 14:33

知识分享| 转录组个性化分析(5)——转录因子及转录因子结合位点预测

转录因子也称反式作用因子，在动植物的生长发育及其对外界环境的反应中起着重要的调控作用，已成为现在生物学研究领域的热点，其功能分析是重要的研究内容之一。

bioyigene·2023-08-26 12:27

NCBI数据上传（二）：转录组测序（RNA-Seq）数据

继“16S扩增子原始数据上传”教程发布之后，为满足大家对转录组数据上传的需求，小编马不停蹄地把转录组原始数据上传流程进行了整理，有需求地赶紧收藏吧!

bioyigene·2023-08-26 12:57

Meta 推出 SeamlessM4T，无缝翻译和转录语音和文本

与目前最先进的语音到文本任务模型相比，SeamlessM4T模型在语音到文本任务中对抗背景噪声和说话者变化的表现更好Meta宣布推出SeamlessM4T，一种基础的多语言和多任务模型，可以无缝翻译和转录语音和文本

ejinxian·2023-08-26 10:13

成功日记

1，今天早上继续油漱口、抹脸，冰灸，拍了视频发圈2、今天继续读《小狗钱钱》，明白基金的选择原则:成立10年以上的公司及近3年的利润，波动小；跨国，3、转录海峰老师的课到喜马拉雅4、出去晒了太阳，活动了活动

紫竹林1970·2023-08-25 23:50

copyKAT推断单细胞转录组肿瘤细胞CNV（自动识别肿瘤normal和tumor）

hi，各位，2021年1月份发表了一篇文献Delineatingcopynumberandclonalsubstructureinhumantumorsfromsingle-celltranscriptomes,2021年1月发表于naturebiotechnology，影响因子36分多，非常高，前几位的作者都是中国人，非常值得一看，文章中推出新的推断肿瘤细胞CNV的方法：copyKAT，也是通过

单细胞空间交响乐·2023-08-25 15:19

2022-05-17

CellReports|全新阻断转录因子功能的策略抑制p53反应图灵基因图灵基因2022-05-1707:03收录于合集#前沿分子生物学机制研究人员一直在寻找转录因子（TF）靶点，这是一种众所周知的难以阻断的蛋白质

图灵基因·2023-08-25 14:47

什么叫“纳米孔测序”？

纳米孔测序正在被大量应用于基因组组装、全长转录本检测和碱基突变检测，以及快速临床诊断和疫情监测等更专门的领域，今天小编带来2021年11月发表在NATUREBIOTECHNOLOGY上的高分综述（

概普生信·2023-08-25 14:36

2021-12-22

自身免疫炎症期间稳态和致病性细胞的转化原创骄阳似我图灵基因2021-12-2207:03收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：骄阳似我IF：41.582推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1.本文通过在体内稳态和CNS自身免疫炎症期间对84000多个Th17细胞的转录组和

图灵基因·2023-08-25 05:04

转录组全记录：从rawdata到DEG功能富集

写在前面：本文是新手学习全记录，仅供参考，欢迎交流！1.rawdata1.1QCfastqc-oout_pathfilenamemultiqc./1.2数据量统计调用工具：iTools使用：iToolsFqtoolsstat-InFq-InFq-OutStat2.cleandata2.1fastp过滤fastp-q15#期望碱基质量值-u40#去除高于40%低质量碱基数量的reads-n5#去除多

NICE_AGIS·2023-08-24 20:39

Meta AI发布SeamlessM4T模型，支持转录和翻译近100种语言｜已开源

一、前言MetaAI近期的重磅动作频频不断，短短一个多月的时间接连发布了一系列开源大模型，下面我们看看都有哪些有影响力的产品。2023年7月14日MetaAI隆重推出CM3leon，这是一款首个多模态模型，可实现最先进的文本到图像生成性能，计算效率是竞争模型的5倍。2023年7月18日Meta和Microsoft推出下一代Llama，Llama2可免费用于研究和商业用途。Llama2是Meta的开

技术狂潮AI·2023-08-24 15:08

融合遗传算法与XGBoost的玉米百粒重相关基因挖掘

转录组分析是一种快速有效的基因组调查、大规模功能基因和分子标记鉴定的方法[1]。

罗伯特之技术屋·2023-08-24 09:46

生信小白教程之Count转TPM，FPKM

相信很多科研工作者（不包括比我厉害的大佬们）在做转录组时，都是在公司做测序，然后数据也交给公司分析，又然后，期待做个差异分析，得出像下图那么完美的热图。

生信宝库·2023-08-24 08:00

感兴趣的SNP/区域上是否有增强子/转录因子？增强子/转录因子调控哪个靶基因？（EnhancerDB）

前段时间毕业论文盲审，有一位盲审老师提的意见：到EnhancerDB网站看一下SNP上是否有增强子、如果有的话再看一下所在的增强子调控的靶基因是否为感兴趣的基因（真优秀，就喜欢这种直接提供干货的老师）。于是我搜了一下EnhancerDB，看到底干嘛用的。EnhancerDB全称是Awebdatabasetodiscovertheregulaterelationshipsinthecontextof

橙子牛奶糖·2023-08-23 09:29

10X单细胞（10X空间转录组）细胞通讯之组间通讯差异分析（scDiffCom）

hello，大家好，今天我们来学习一个很实用的分析方法，scDiffCom，主要研究组间通讯差异，比如正常和疾病样本之间，不同发育样本之间的通讯差异等等，比较实用。大家多多学习，文章在scAgeCom:amurineatlasofage-relatedchangesinintercellularcommunicationinferredwiththepackagescDiffCom。我们来看看示例

单细胞空间交响乐·2023-08-23 03:19

跟着Cell学单细胞转录组分析(五):单细胞转录组marker基因鉴定及细胞群注释

书接上回（跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序UMAP降维聚类）。

KS科研分享与服务·2023-08-22 10:08

空间转录组国产平台之光------STOmics

今天我们要继续空间转录的内容，不过今天我们需要介绍一个国产空间转录组平台----STOmics，技术文章在Largefieldofview-spatiallyresolvedtranscriptomicsatnanoscaleresolution

单细胞空间交响乐·2023-08-21 21:13

全长转录本结构分析（下）

作者：Arno审稿：童蒙编辑：angelica前面我们介绍了PacBio三代全长转录组测序相关的全长转录本鉴定、全长转录本比对、全长转录本结构分析上篇。

生信阿拉丁·2023-08-21 19:43

单细胞转录组基础分析五：细胞再聚类

本文是参考学习单细胞转录组基础分析五：细胞再聚类的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。

Seurat_·2023-08-21 18:21

详细介绍新版SingleR进行单细胞自动化鉴定

作者：尧小飞审稿：童蒙编辑：amethyst引言随着10xGenomics单细胞转录组技术的普及，现在的单细胞转录组分析越来越普及，得到的单细胞数据越来越多。

生信阿拉丁·2023-08-20 23:19

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析总结之各种NMF

在我分享的文章中10X单细胞（空间转录组）数据整合分析批次矫正之liger中详细分享了liger，其中用到了iNMF，我们这次也要详细的讲解。图片.png其实liger批次矫正的核心思想是非负矩阵分

单细胞空间交响乐·2023-08-20 20:19

学习小组Day4笔记--素还真

二代测序流程图image.png组学分类：基因组学：image.png转录组：image.png蛋白组学：image.png代谢组学：image.png

素还真_cf26·2023-08-20 19:12

2022-06-03如何快速分析植物激素通路相关基因

麦冬花儿·2023-08-20 09:55

projectLSI：将你的单细胞或bulk转录组数据映射到参考数据集中

termfrequency–inversedocumentfrequency(TF-IDF)transformationandlatentsemanticindexing(LSI)算法进行数据降维转换，可以将query的单细胞或bulk转录组数据集映射到

Davey1220·2023-08-20 06:16

转录组分析实战第七节：采用Trinotate对拼接结果进行注释

既然可以通过Trinity对所有的Reads进行拼接后得到很多的转录本（Transcripts),因此很有必要对这些转录本进行注释。

Yeyuntian·2023-08-20 05:25

【文献简报】通过共享单细胞RNA和染色质开放区域来鉴定染色质潜力

这篇文章开发了一种同时捕获RNA和染色质开放信号的方法，在该方法中，染色质中的开放区域先被Tn5标记，RNA再反转录成具有biotin的cDNA。

六博说·2023-08-20 04:07

单细胞转录组学习笔记-5-熟悉文献作者提供的两个表达矩阵

转载来自：刘小泽链接：https://www.jianshu.com/p/e659a2f164f7刘小泽写于19.6.17-第二单元第三讲：熟悉文献作者提供的两个表达矩阵笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索

夕颜00·2023-08-19 19:43

Illumina测序原理

公司开发的HiSeq和MiSeq高通量测序步骤1librarypreparation（文库制备）：用于测序的样本可以是打断的基因组DNA、逆转录生成的CDNA或PCR扩增产物等片段。

医学小咖成长之路·2023-08-19 12:08

Seurat24式太极拳之7左揽雀尾---将Seurat与多组学数据结合使用

例如，CITE-seq可以同时测量同一细胞的转录组和细胞表面蛋白。其他令人兴奋的多峰技术，例如10x多基因组试剂盒，可以对细胞转录组和染色质可及性（即scRNA-seq+scATAC-seq）进行配对

Seurat_·2023-08-18 20:35

王炸组合『单细胞+空间转录组』的科研应用【1】：心血管发育/疾病

提到科研顶流，就不得不提单细胞转录组（scRNA-seq）和空间转录组（ST），两者组合能够获得组织中的细胞组成并还原其空间信息，从而更加精确的解析组织结构，在科研以及临床应用中具有重要的意义。

尐尐呅·2023-08-18 09:57

遗传所屠强研究组开发Decode-seq方法显著提高差异表达基因分析的准确性

转录组分析的正确姿势（第三版）前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-08-18 03:30

【文献速递】-追踪蚂蚁社会分工的神经基础的单细胞转录组图谱

标题：Asingle-celltranscriptomicatlastrackingtheneuralbasisofdivisionoflabourinanantsuperorganism期刊：natureecology&evolution日期：2022-06-16研究团队选用了社会性昆虫研究的模式物种——法老蚁作为研究对象，基于华大DNBelabC4单细胞建库测序平台，分析了来自4种不同品级的法

六博说·2023-08-17 20:06

RNA速率模型分岔图分析举例

RNA速率模型严格方程为：其中：u代表unsplicedreads数s代表splicedreads数α代表转录速率β代表剪切速率γ代表RNA降解率假设β=1；α，γ为常数，我们可以得到简化版的方程：我们单独讨论

小潤澤·2023-08-17 15:52

10X空间转录组的一个案例：小鼠大脑

INTRODUCTION为了展示空间转录组学技术的潜力，下面介绍一些由空间解析RNA测序数据的基本分析。为了产生这个数据集，我们在小鼠大脑的冠状切面上进行了空间转录组分析。

周运来就是我·2023-08-17 14:32

单细胞转录组学习笔记-6-得到表达矩阵后看内部异质性

转载来自：刘小泽链接：https://www.jianshu.com/p/e659a2f164f7刘小泽写于19.6.18、23-第二单元第四讲：得到表达矩阵后看内部异质性笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索

夕颜00·2023-08-17 09:44

查找一个基因的序列

工具ncbigene#查看基因信息nucleotide#查看mRNA序列，mRNA转录变体，长度transcriptvariant1,mRNAtranscriptvariant2,mRNA#指某个基因有两种

小灰灰want_to_fly·2023-08-17 04:47

JASPAR:转录因子motif数据库

JASPAR是一个免费公开的转录因子数据库，在该数据库中收录了转录因子的mitif信息，可以用来预测转录因子与序列的结合区域。

生信修炼手册·2023-08-16 23:08

《智在沟通——国际汉语课堂教学与管理案例及解析》

特此声明：以下内容非本人创造，皆为两位老师书中精华，拆书学习转录于此，以便学习。

安然我心·2023-08-16 11:10

达芬奇18.5（DaVinci Resolve Studio 18.5）Win/Mac 中文激活版

剪辑师可以转录片段中的音频，根据叙事内容搜索媒体，或者通过自动语音转文字功能快速为时间线生成字幕。

2301_77698183·2023-08-16 08:29

初学单细胞转录组差异分析

单细胞转录组差异分析主要分为两步：首先构建Seurat对象，然后查找或添加分组信息，最后执行差异分析即可。转录组差异分析在之前单细胞富集分析里，也有提到。

小贝学生信·2023-08-16 07:47

10X单细胞空间联合分析揭示病毒性心肌炎的发病机制

在这里，使用集成的单细胞和空间转录

单细胞空间交响乐·2023-08-16 07:59

2022-01-05

②逐字稿扒词没完成被晓艳小仙女老师问了两次了心里也不好意思还着急，转录已完成就差电脑排班和插入图片了，对于自己是几乎不碰电脑的小白，让老公帮忙整理，上午给老公联系，人家也在忙自己的工作，咋办呢？

文娟love·2023-08-16 05:11

单细胞测序GSVA基因集变异分析

GSVA基因集变异分析结合limma包分析差异基因集基因集变异分析即GSVA（Genesetvariationanalysis）,是一种非参数的无监督分析方法，主要用来评估芯片和转录组的基因集富集结果，

像鸟一样飞过你的高山·2023-08-16 05:35

10X空间转录组之再谈距离分析和空间临近通讯

首先来谈第一个距离分析关于空间上细胞距离的分析，其实谈了很多了，大家可以参考我之前分享的文章空间转录组细胞类型的spotdistance-basedanalyses，距离分析、空间转录组细胞类型的距离分析之二

单细胞空间交响乐·2023-08-15 19:13

热图展示单细胞转录组基因在不同组中表达阳性细胞差异

近日，看到-生信作曲家-发的帖子，展示的内容是单细胞差异基因的图，是利用热图的形式展现的，在一个热图上可以展示不同cluster中不同组的基因表达阳性细胞比例，差别一目了然，可以同时展示很多的基因。首先构建作图数据，我们用最“笨”的办法吧，分别找出不同细胞类型下，两组之间（GM，BM）的差异基因，这里设置阈值为0，让所有基因都保留下来。然后设置需要查看或者展示的基因，分别在各个差异基因文件中提取这

KS科研分享与服务·2023-08-15 19:31

二代测序结果比较：Hiseq Xten VS NovaSeq 6000

虽然三代测序在蓬勃发展，并在基因组和转录组测序等领域展现出前所未有的优势，但限于成本问题，其应用范围尚不及二代测序。二代测序技术以其短读长、高通量、准确性高的特点，仍在

牧牧牧之·2023-08-15 13:34

Seurat24式太极拳之3白鹤亮翅---空间转录组整合单细胞转录组数据

三、白鹤亮翅稍右转体跟步抱球后坐转体虚步分手与单细胞数据集成在〜50um时，来自于病毒测定的斑点将涵盖多个细胞的表达谱。对于可获得scRNA-seq数据的系统列表不断增加，用户可能有兴趣对每个空间体素进行“反卷积”以预测细胞类型的潜在组成。在准备此小插图时，我们使用了参考scRNA-seq数据集测试了多种decovonlution和整合方法使用SMART-Seq2协议生成的来自AllenInsti

Seurat_·2023-08-15 10:45

如何改造inferCNV的热图？

首先花半小时来看什么是inferCNV：使用inferCNV分析单细胞转录组中拷贝数变异划重点：安装说明：https://github.com/broadinstitute/inferCNV/wiki/

Seurat_Satija·2023-08-15 07:14

单细胞在临床上的应用

第一点单细胞测序技术包含单细胞转录组测序，单细胞基因组测序，单细胞染色质可及性测序，单细胞蛋白组，单细胞免疫组学，单细胞甲基化等等不仅限于以上技术，每种技术都可以了解单细胞的某一个方面，包括基因的转录水平

周六周六·2023-08-15 01:15

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