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scCustomize：自定义可视化你的单细胞数据（一）

简介scCustomize是一个单细胞转录组数据可视化的R包，里面集合了一些常用的数据可视化方法，可以与Seurat包进行很好的联用，支持Seurat，LIGER和SCE等常用对象的数据。
Davey1220·2023-09-24 06:59

一文读懂FastQC Report

前言：从今天开始就开始为拼装转录组做准备啦，今天听了技能树组织的生信人论坛，感觉很有意思。特此声明：本文所有代码及文件经通过本人亲自实践！绝对没有副作用！
实验狗的简书·2023-09-23 16:43

11+单基因泛癌，转录组+单细胞+机器学习+预后模型

今天给同学们分享一篇单基因泛癌+多实验的生信文章“Atranscriptomicpan-cancersignatureforsurvivalprognosticationandpredictionofimmunotherapyresponsebasedonendothelialsenescence”，这篇文章于2023年3月28日发表在JBiomedSci期刊上，影响因子为11。微血管内皮本质上控
生信风暴·2023-09-23 08:13

5+：基于单细胞测序和转录组数据构建胰腺癌中坏死性凋亡相关的预后模型

原文公众号：一起实验网对下述分析方法感兴趣或者没有研究思路的小伙伴，欢迎踊跃探讨！早！今天小编和大家分析一篇2022年10月发表在《FrontiersinImmunology》（IF:5.0）期刊上的文章《Anecroptosisrelatedprognosticmodelofpancreaticcancerbasedonsinglecellsequencinganalysisandtranscr
一起生信分析·2023-09-23 07:55

8+孟德尔随机化+转录组，双样本和多元MR分析。

今天给同学们分享一篇孟德尔随机化+转录组的生信文章“ExploringthecausalityandpathogenesisofsystemiclupuserythematosusinbreastcancerbasedonMendelianrandomizationandtranscriptomedataanalyses
生信风暴·2023-09-23 07:48

10X单细胞（10X空间转录组）细胞通讯分析联合大全

作者，追风少年i周四了，一周最好的时光，不知道大家感觉怎么样了？2022年上半年的最后一天，时光总是匆匆，不会为自己停留片刻。白哥有一句台词，之前做的再好也回不去了，项目交出去的那一刻，便不再属于自己，那如果新的项目做不成，就该考虑换个工作了~~~~你再有辉煌也都是过去的事情了，要是因为过去的事出不来的话，我们就会越来越平庸。半年了，我们要做总结，希望大家都能在自己擅长的领域有所成就~~~图片.p
单细胞空间交响乐·2023-09-22 22:58

KEGG信号通路富集分析

KEGG信号通路富集分析当我们手头有转录组测序后的差异分析数据后，想更进一步的去分析这些差异基因在信号通路富集情况，其中一种办法是使用KEGG网站进行信号通路富集分析。
MurphyStar·2023-09-22 19:43

10X空间转录组 & 蛋白组联合分析之空间分区模式

hello，大家好，今天我们来继续分享关于10X空间转录组的分析内容，今天的内容重点是分区，当然了，空间的分区往往是人为划分的，但是我们要寻找到一种计算的方法，利用数学的手段辅助我们进行划区，从而进行更加深入的研究
单细胞空间交响乐·2023-09-22 16:54

Python 获取 NCBI 基因名 SSL 证书出现异常？

源自于前几天对一批转录本的批量化操作的一些记录。
程皮·2023-09-22 14:06

10X单细胞（10X空间转录组）分析之将单细胞转录组映射到拷贝数进化树（scatrex）

图片.png关于CNV和进化树的分析，我也分享了很多，列举在这里，供大家参考10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之识别肿瘤细胞的CNV分析原理10X单细胞（10X空间转录组）肿瘤数据分析之肿瘤进化（
单细胞空间交响乐·2023-09-22 13:48

Paper 2：转录组+miRNA+降解组相关文章

Paper2：转录组+miRNA+降解组相关文章标题：Integratedtranscriptome,smallRNAanddegradomesequencingapproachesprovideinsightsintoAscochytablightresistanceinchickpeaPlantBiotechnologyJournaldoi
催催莎·2023-09-22 04:32

【空间转录组】MIA分析

之前讲过一篇空间转录组的文献，里面首次提出了Multimodalintersectionanalysis(MIA)的空间转录组分析思路。
TOP生物信息·2023-09-21 23:56

2022-01-21

NatBiotech|整合精细单细胞类型和空间数据原创图灵基因图灵基因2022-01-2109:00收录于话题#前沿分子生物学技术有人说，空间转录组学是一项将彻底改变细胞和组织研究的技术。
图灵基因·2023-09-21 22:50

逐字稿vs.智能转录：如何正确选择转录风格？

根据不同场景，可以创建各种风格和格式的转录本。逐字和智能逐字是最常见的两种转录风格，但有一点很重要，就是要了解清楚这两者间的差别，以选择正确的转录类型。
澳鹏Appen·2023-09-21 07:16

人工智能如何提高转录效率

人工转录已经以某种形式存在了数百年，甚至数千年。近年来，在人工智能（AI）技术推动下，转录取得长足发展。
澳鹏Appen·2023-09-21 07:16

如何选择合适的官文转录供应商

但是，在选择转录供应商时，还必须考虑更多因素。
澳鹏Appen·2023-09-21 07:16

针对敏感数据的安全转录服务

澳鹏采用了一种由两种方案组成的工作机制，服务于客户机密材料的转录，既实现了高度的机密性，又保护了员工的安全。大多数转录服务提供商都会采用基本的安全措施，如员工审核以及遵循约定的数据处理流程。
澳鹏Appen·2023-09-21 07:14

RT-PCR、QPCR、Real-time PCR、Real-time RT-PCR 你真的区分的开吗？

RT-PCR就是逆转录PCR（reversetranscriptionPCR）或者称反转录PCR（reversetranscription-PCR,RT-PCR），是聚合酶链式反应（PCR）的一种广泛应用的变形
济南赛傲·2023-09-21 05:18

R语言实现高级的韦恩图可视化（UpSetR）

hello,大家好，不知道下面这张图大家还有印象么图片.png在我之前分享的文章10X单细胞（10X空间转录组）之细胞通讯软件之间的分析比较中，大量采用这样的图进行展示，后来呢，在文章文章中的哑铃图复现
单细胞空间交响乐·2023-09-21 01:33

生信分析工具-R2

R2：https://hgserver1.amc.nl/cgi-bin/r2/main.cgi，该网站提供了大量转录组数据集，可以从基因差异表达，相关通路，生存分析等多种层面开展肿瘤信息学基础分析。
judyhappy·2023-09-20 14:39

单细胞转录组高级分析四：scRNA数据推断CNV

本文是参考学习单细胞转录组高级分析四：scRNA数据推断CNV的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。
Seurat_Satija·2023-09-20 13:17

文献阅读 EMM：癌症中的单细胞转录组学-计算的挑战与机遇

学习一篇综述文献：Single-celltranscriptomicsincancer:computationalchallengesandopportunities，2020年发表于Experimental&MolecularMedicine，DOI号：https://doi.org/10.1038/s12276-020-0422-0。（第一作者JeanFan是Harvard大名鼎鼎的BIG生信
林枫bioinfo·2023-09-20 11:01

通过tximport将Salmon结果传递给DESeq2最直白过程

.更改目录setwd()2.安装R包BiocManager::install()3.加载R包library(DESeq2)library("tximport")library("readr")4.读取转录本与基因关系文件
月神蛾·2023-09-20 08:45

Whisper + NemoASR + ChatGPT 实现语言转文字、说话人识别、内容总结等功能

Whisper是一款自动语音识别系统，可以识别来自99种不同语言的语音并将其转录为文字。如果说ChatGPT为计算机赋予了大脑，那么Whisper则为其赋予了耳朵。
cybozu开发者·2023-09-20 07:35

代码分析 | 单细胞转录组clustering详解

聚类可视化NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典·2023-09-20 04:14

【R语言】——相关性分析和热图绘制

在组学测序（如转录组）中需设置多个生物学重复，而对多个生物学重复样本的相关性分析，可从中判断生物学重复样本数据是否可以用于接下来的分析。如有一生物学重复不一致的情况，
在打豆豆的小潘学长·2023-09-20 03:07

基于机器学习的影像组学根据磁共振成像对胶质母细胞瘤患者转录亚型进行有效分类

背景：在胶质瘤领域，转录组亚型被认为是一种重要的诊断和预后生物标志物，有助于提高治疗效果。然而，现有的转录组亚型鉴别方法由于检测周期相对较长、无法通过活检或手术获得肿瘤标本以及病变内异质性而受到限制。
思影科技·2023-09-20 03:33

相关性分析和热图绘制

在组学测序（如转录组）中需设置多个生物学重复，而对多个生物学重复的相关性分析，可从中判断生物学重复数据是否可以用于接下来的分析。
树谷-胡老师·2023-09-20 03:32

单细胞转录组在心血管系统发育、疾病与医学中的研究

Single-cellRNAsequencingincardiovasculardevelopment,diseaseandmedicine导读：在过去的10年里，单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术的进步对生物医学研究产生了革命性的影响，使单细胞转录组分析的分辨率和吞吐量达到前所未有的水平
不如好好学生信吧·2023-09-20 03:27

Master transcription factors form interconnected circuitry and orchestrate transcriptional networ...

中文标题：在食管腺癌中核心转录因子形成了相互作用的回路并且策划了转录网络文章主要思想：1）少部分核心转录因子通过调控超级增强子有助于编排基因表达程序2）肿瘤的恶性转化与表观的增强子活性的获得和缺失相关，
清晨起床满满正能量_Go·2023-09-19 22:41

Nature genetics|病毒与癌症

naturegenetics杂志（IF：25.455）上的一篇文章Thelandscapeofviralassociationsinhumancancers，文章主要讲的是对38种癌型的肿瘤样本进行全基因组和转录组的分析
概普生信·2023-09-19 17:37

Nature综述：单细胞和空间转录组的数据整合

然而，单细胞测序破坏了细胞间的空间关系，而空间转录组并不能区分出特定的细胞。
概普生信·2023-09-19 14:02

2020-05-28

一篇关于心灵鸡汤的转录：工作心灵鸡汤经典语录寄语：如果你只为薪水而工作，你的生活将因此而陷入平庸之中，你找不到人生中真正的成就感，工作的目的虽然是为了获得报酬，但工作能给你带来的远比工资要多的多。
陈安娜·2023-09-19 12:27

Whisper + NemoASR + ChatGPT 实现语言转文字、说话人识别、内容总结等功能

Whisper是一款自动语音识别系统，可以识别来自99种不同语言的语音并将其转录为文字。如果说ChatGPT为计算机赋予了大脑，那么Whisper则为其赋予了耳朵。
·2023-09-19 10:29

10X单细胞（10X空间转录组）TCR数据分析之TCRdist(3)

今天我们继续扫盲，学习一些基础的知识和概念。Geneenrichmentandcovariationanalysis其实我们在做TCR分析的时候，应该也是实验组+对照组进行分析，其中做重要的就是我们要寻找实验组在接受病原刺激后TCR重排选择基因的偏好性。GeneusagepreferenceswerequantifiedbycalculatinganormalizedJensen–Shannond
单细胞空间交响乐·2023-09-19 07:25

GTEx数据库

GTEx项目对来自人体多个组合和器官的样本，同时进行了转录组测序和基因分型分析，构建了一个组织特异性的基因表达和调控的数据库：Genotype-TissueExpression(GTEx)1.背景知识一期
Hayley笔记·2023-09-19 06:46

易基因：De novo组装和转录组表征：东方田鼠原发性卵巢癌机制新见解｜项目文章

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2022年，中南大学湘雅医学院周智君教授团队在MolMedRep发表了题为"Denovoassemblyandtranscriptomecharacterization:NovelinsightsintothemechanismsofprimaryovariancancerinMicrotusfortis"的研究论文，该研究利用Deno
易基因科技·2023-09-18 14:36

易基因：MeRIP-seq等揭示mRNA m6A甲基化调控拟南芥的抗寒性分子机制｜植物抗逆

在转录后水平上，这些冷应激应答转录本经历可变剪接、microRNA介导的调控和可变多腺苷酸化等。
易基因科技·2023-09-18 14:36

表观遗传学-siRNA与miRNA介导的调控

ShortinterferingRNA(siRNA)3、MicroRNA(miRNA)三、RNA干扰及其机制1、RNA干扰：生物体内通过双链RNA分子在mRNA水平上诱导具有特异性序列的基因沉默的过程2、转录后沉默
Zhigang_Han·2023-09-18 08:20

使用edgeR进行无重复差异表达分析

写这篇文章一部分原因是填2年前的一个坑转录组入门（7）：差异表达分析.另一部分原因是GQ最近又在搞一波无重复的差异表达分析,所以专门去学了edgeR我个人是不太推荐没有重复的差异表达分析，毕竟统计学上的
xuzhougeng·2023-09-18 01:59

好用的小工具及数据库资料

biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost用法：把基因列表输入就可以了,如果基因的重要性有区别就勾选"orderedquery"选项.除了做pathwayenrichment分析外还有基因ID转换等功能关于转录因子结合位点预测
程凉皮儿·2023-09-17 23:30

scanpy官方教程2022||06-scRNA-Seq与空间转录组整合分析：scanorama

学习资料来源：scanpy主页：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/官网：https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/spatial/integration-scanorama.html【注意教程有两个版本，这里是latest版本的学习笔记】这篇教程主要介绍怎么使用scanppy进行多个Visium
_十三·2023-09-17 16:11

10X空间转录组与卷积神经网络（CNNs）

相信许多做生物信息学的童鞋来说，空间转录组是最近很火的技术，但是不知道大家发现了没有，我们做空间的分析对于空间位置信息利用的很少，大多数情况我们就是把很多单细胞的分析方法映射于空间，从生物学的角度看，当然是没有问题的
单细胞空间交响乐·2023-09-17 10:19

“对称散点图”的绘制（R语言）

R语言绘制基因表达基因的“对称散点图转录组分析中，计算了两组间差异表达的基因后，通常怎样表示？您可能第一时间想到可以使用火山图。
纪伟讲测序·2023-09-17 03:05

HPA数据库概要（Human Protein Atlas）

HPA数据库（HumanProteinAtlas）是基于蛋白组学,转录组学以及系统生物学数据，可以绘制组织、细胞、器官等图谱。
翾格格·2023-09-17 02:52

linux学习100篇34：转录组分析用软件及安装mutiqc

错了multiqc少了l$condainstall-ymutiqcCollectingpackagemetadata(current_repodata.json):doneSolvingenvironment:failedwithinitialfrozensolve.Retryingwithflexiblesolve.Collectingpackagemetadata(repodata.json)
Seurat_·2023-09-16 16:21

RNA-seq流程学习笔记（8）-使用SAMtools将SAM文件转换为BAM文件、排序、建立索引

参考文章：RNA-seq(5):序列比对RNA-seq练习第二部分转录组入门（5）：序列比对1.进行格式转换的原因BAMandSAMformatsaredesignedtocontainthesameinformation.TheSAMformatismorehumanreadable
垚垚爸爱学习·2023-09-16 11:14

AI一点通： OpenAI whisper 在线怎么调用，怎么同时输出时间信息？

OpenAI语音转文字whisperAPI提供了两个端点，即转录和翻译，这基于我们最先进的开源大型v2Whisper模型。它们可以用来：将音频转录成音频所在的语言。翻译并将音频转录成英文。
robot_learner·2023-09-16 02:14

芯周刊·第3期 | 单细胞&空间转录组测序文献速览导读

01单细胞转录组结果协助重新定义结直肠癌亚型目前，结直肠癌分子亚型主要考虑上皮亚型、微卫星状态和纤维化，分为微卫星不稳定免疫激活型、经典型，代谢型，间质型，这种分类方法无法区分癌细胞和基质细胞的个体差异
生物芯时空·2023-09-16 01:06

10X单细胞-10X空间转录组联合分析之八----STRIDE（三维重构）

这一次我们来分享一下单细胞空间联合分析的软件STRIDE，文章在STRIDE:accuratelydecomposingandintegratingspatialtranscriptomicsusingsinglecellRNAsequencing，大家可以看看，关于单细胞空间联合分析的方法分享了很多了，这是第八个方法，我们来看看有什么好的地方。SpatialTRanscrIptomicsDEco
单细胞空间交响乐·2023-09-15 23:21
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