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ChIP专题 | 如何进行ChIP-qPCR富集验证

这项技术能够帮助研究者判断在细胞核中基因组的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰或转录因子结合。目前也是众多学者研究蛋白-DNA互作的主流技术。

爱基百客·2023-09-04 06:34

组蛋白ChIP-seq研究思路及应用案例分享

ChIP-seq技术将染色质免疫共沉淀与二代测序结合，高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA序列。

爱基百客·2023-09-04 06:34

空间转录组分析-工具箱

空间转录组注释通过marker进行spot注释1、手动2、使用工具-SingleR空间转录组第九讲：利用SingleR进行细胞类型注释if(!

大魔王鱼鱼鱼·2023-09-03 16:20

跟着Cell学单细胞转录组分析(八):单细胞转录组差异基因分析及多组结果可视化

接着单细胞下游分析：从Cell学单细胞转录组分析(一):开端！！！

KS科研分享与服务·2023-09-03 16:46

10X单细胞个性化分析之CNV篇

目前单细胞分析而言，分析方向大致包括以下几个方面，1）器官发育（这个用空间转录组更为合适）；2）疾病样本，尤其是肿瘤样本的分析研究；3）其他非模式物种的细胞图谱。

单细胞空间交响乐·2023-09-03 12:17

2022-04-19

黑色素瘤恶化和免疫编辑的高精度空间图景原创huacishu图灵基因2022-04-1909:14收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=39.397推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、作者整合了3D高分辨率显微镜和空间转录组学来研究原发性黑色素瘤的免疫逃避和免疫编辑

图灵基因·2023-09-03 11:34

生物基础知识---CDS，基因，Matlab生物信息工具箱

编码区是指能够转录信使RNA的部分

素材积累·2023-09-03 09:39

单细胞转录组数据 + 动力学：常见软件包&一般研究内容

目录RNA剪接动力学：eg.RNAvelocityVelocyto细胞发育和分化轨迹推断monoclescveloPAGA总结基因调控网络RNA剪接动力学：eg.RNAvelocityVelocyto细胞发育和分化轨迹推断monoclescveloPAGA总结基因调控网络

素材积累·2023-09-03 09:09

linux学习100篇39：转录组分析用软件及安装trim-galore

安装(rnaseq)root11:58:44~$condainstall-ytrim-galoretrim-galoreCollectingpackagemetadata(current_repodata.json):doneSolvingenvironment:done==>WARNING:Anewerversionofcondaexists.cutadaptremovesadaptersequ

Seurat_·2023-09-03 01:47

求臻医学：肿瘤免疫微环境+RNA：破解免疫治疗单一biomarker困境

同时，RNA种类繁多、功能复杂，借助RNA-NGS这一强大而灵活的转录组学工具，深度解析免疫微环境，助力免疫治疗策略优化，已取得极大进展……本期，求小臻将带领大家一起

求小臻·2023-09-03 00:35

轰动学界的Nature重磅进展：生信研究迎来史诗级大爆发

生信宝典·2023-09-02 19:30

10X单细胞和10X空间转录组学联合分析运用的方法思路及运用

hello，大家好，今天我们来总结一些10X单细胞和10X空间转录组联合分析的运用案例，让我们对10X单细胞和10X空间转录组的联合分析有一个深入的认识。

单细胞空间交响乐·2023-09-02 17:24

文献(5): 单细胞转录组揭示人类纤维化皮肤病中成纤维细胞的异质性

一句话评价：小样本量单细胞转录组在冷门疾病领域应用前景尚可，常规套路也能发NC1.Title标题可以看出本研究的主要内容：①构建成纤维细胞的图谱/揭示成纤维细胞的异质性；②找到一群（相对于正常样本）在纤维化皮肤病中含量升高的间充质成纤维细胞

TOP生物信息·2023-09-02 17:29

三十六策第 14 策三才合一

三十六策第14策三才合一三十六策第14策三才合一KEGG把通路分为七大类，是全面覆盖的分法:第一类是代谢;第二类是遗传信息传递，包括基因转录、翻译、蛋白转运、降解等;第三类是环境信息传递，包括膜转运和信号传导

Kururu1799·2023-09-02 09:13

10X单细胞（10X空间转录组）BCR（TCR）数据分析之(9)changeo

hello，大家好，前面分享了很多有关TCR的数据分析，今天我们来继续这个专题,今天的分享都是为后续最终的目的做准备，现在还都只是中间过程，好了，我们今天我分享的软件是changeo，大家可以参考文章Change-O:atoolkitforanalyzinglarge-scaleBcellimmunoglobulinrepertoiresequencingdata，2015年便发表了，而我们分享这

单细胞空间交响乐·2023-09-02 06:53

关于爱情甜甜的插画，人甜画更甜!

但是表达的意思都很明确阿加莎还有一个双胞胎姐妹她在自己作品的表达上说过:“我不一定会尝试用我的作品传达信息，而是尝试转录

画画的ENZO·2023-09-02 01:21

老化的骨骼干细胞产生炎性退行性微环境

单细胞RNA测序研究显示功能丧失与衰老小鼠SSC转录组多样性减少直接相关，这导致了骨髓微环境的转化。年轻造血干细胞的

felix108·2023-09-02 00:36

降噪音频转录 Krisp: v1.40.7 Crack

主打人工智能降噪服务的初创公司「Krisp」近期宣布推出音频转录功能，能对电话和视频会议进行实时设备转录。该软件还整合的Chat@GPT，以便快速总结内容，开放测试版于今天上线。

sdk大全·2023-09-01 22:23

DNA 比对

DNA在转录复制的过程中可能会发生随机的偏差，这才最终造就了生物的多样性。为了简化问题，我们假设，DNA在复制的时候可能出现

唐梓航-求职中·2023-09-01 08:47

时空组专辑数据库文献详解 | Flysta3D：果蝇胚胎和幼虫的3D时空图谱

基于华大自主研发的高分辨率时空组学技术Stereo-seq，构建了模式生物果蝇的晚期胚胎和幼虫的3D时空发育图谱，鉴定了发育中果蝇中肠的空间亚区，解析了幼虫精巢细胞命运的转变，揭示了果蝇发育过程中潜在的空间转录因子调控网络

尐尐呅·2023-09-01 03:19

单细胞转录组揭示乳腺癌转移能量代谢改变

Transcriptionaldiversityandbioenergeticshiftinhumanbreastcancermetastasisrevealedbysingle-cellRNAsequencing，单细胞转录组揭示乳腺癌转移能量代谢改变

拾光_2020·2023-09-01 01:12

2020-06-17 RIPSeeker: 用于从RIP-seq实验中识别蛋白质相关转录本的统计R包

RIPSeekerclp17June,2020RIPSeeker:用于从RIP-seq实验中识别蛋白质相关转录本的统计R包RIPSeeker使用具有负二项分布概率的双态HMM(two-stateHMMwithnegativebinomialemissionprobability

程凉皮儿·2023-09-01 01:36

Pancancer之肿瘤的细胞系模型转录组综合分析

作者的思路很清晰，利用TCGA数据库和CCLE数据库，评估细胞与肿瘤组织的相关性，并进行下游的转录组学分析，最终得到了所谓的TCGA-110，就是说与各类原发肿瘤相关度最高的细胞系类型。

熊逸Byron·2023-08-31 14:57

Ensembl 简介及其参考基因组

网址https://asia.ensembl.org/index.htmlEnsembl是一个脊椎动物基因组的基因组浏览器，支持比较基因组学、进化、序列变异和转录调控的研究。

花色匆匆·2023-08-31 14:06

高通量测序的前世今生

今天有师弟问我关于转录组测序和基因芯片的东西。问题如下：芯片里面用RMA方法标准化的方法是以FPKM作为标准么？

研平方·2023-08-31 06:23

读章太炎先生《今日青年之弱点》

太炎先生的今日青年之弱点原载于1919年《少年中国学会会务报告》第一期今日重读，尤为感慨，今日之青年，所述之弱点，没有改进，甚或更甚了，特转录下来。

李德才·2023-08-30 21:14

2021-12-23

DNA(extrachromosomalDNA,ecDNA)几乎不存在于正常细胞中，却存在于接近一半的人类癌症细胞中，这表明对这类异常DNA的研究对我们理解肿瘤形成与进化具有重要意义.EcDNA中心在没有转录的情况下

图灵基因·2023-08-30 21:06

10X单细胞（10X空间转录组）聚类分析之scDCC

hi，各位好，今天我们努努力，看一下10X单细胞和10X空间转录组普遍存在的dropout现象对我们数据分析的影响和文章中的方法scDCC是如何规避的，文章在Model-baseddeepembeddingforconstrainedclusteringanalysisofsinglecellRNA-seqdata

单细胞空间交响乐·2023-08-30 12:41

Transformer (Attention Is All You Need) 论文精读笔记

AttentionIsAllYouNeed)AttentionIsAllYouNeed参考：跟李沐学AI-Transformer论文逐段精读【论文精读】摘要（Abstract）首先摘要说明：目前，主流的序列转录

wyypersist·2023-08-30 08:04

Cancer Letters|胰腺癌：蛋白组+转录组

今天跟大家分享的是2019年11月发表在CancerLetters上的一篇文章，影响因子6.508。Noveltargetsidentifiedbyintegratedcancer-stromalinteractomeanalysisofpancreaticadenocarcinoma癌-基质相互作用组分析确定的胰腺癌新靶标首先让我们通过摘要了解一下这篇文章的主要内容，胰腺癌微环境对癌症的发展，进

概普生信·2023-08-30 07:42

视频中的声音怎么提取出来？这样做提取出来很简单

或者，可能需要将视频中的对话转录为文本，以便更轻松地编辑和共享内容。无论目的是什么，提取视频中的声音都可以帮助我们更好地利用视频资源。那么怎么提取呢？教大家几种简单方法，一起来了解下吧。

hudunkjpdf·2023-08-29 22:13

【文献分享，IF=66.85】CyTOF分析发现毒性T细胞加剧COVID-19重症风险

为了鉴定T细胞是否参与了免疫病理或者哪一亚类的T细胞导致免疫损伤，德国柏林大学研究团队将单细胞蛋白组（CyTOF）与单细胞转录组（scRNA-seq）技术相结合，评估COVID-19重症过程中致病T细胞的功能和诱导信号

普罗亭·2023-08-29 19:45

萝卜硫素（SFN）对血红素氧合酶-1（HO-1）的作用

HO-1基因的5′侧翼区域包含的转录因子结合位点调控炎

福山生物·2023-08-29 19:58

易基因：m5C RNA甲基转移酶及其在癌症中的潜在作用机制｜深度综述

越来越多的证据表明，m5C可以调控RNA稳定性、翻译、转录、出核和切割，以及介导细胞增殖、分化、凋亡、应激反应和其他生物学功能。

易基因科技·2023-08-29 13:40

易基因：ChIP-seq等揭示转录因子NRF1调控原始生殖细胞发育、增殖和存活的表观遗传机制｜科研进展

转录因子（如PRDM1/BLIMP1、PRDM14和TFAP2C）和信号分子（如BMP和WNT）

易基因科技·2023-08-29 13:40

易基因：m6A-seq等揭示RBM33参与调控m6A去甲基化酶ALKBH5活性及其底物选择性｜科研进展

越来越多的证据表明，RBP通过调控编码或非编码RNA的可变剪接、转运、稳定性、降解和翻译，在基因表达的转录后调控中发挥着关键作用，但RBP中RNA结合motif蛋白33（RNA-bindingmotifprotein33

易基因科技·2023-08-29 13:09

易基因：单细胞DNA甲基化与转录组分析揭示猪生发泡卵母细胞成熟的关键调控机制｜项目文章

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。在哺乳动物中，窦卵泡内的生发泡(germinalvesicle，GV)卵母细胞可以保持数月或数年的静止状态。促黄体生成素(luteinizinghormone，LH)激增促进了减数分裂（meiosis）恢复，使卵母细胞获得受精后和早期胚胎发育能力。同时还需要卵母细胞和粒细胞(granulosacell，GC)之间高度复杂的激素和能量互相

易基因科技·2023-08-29 13:09

易基因：5mC DNA甲基化介导茶树组织功能分化和重要风味物质合成调控｜植物研究

在植物中，5mCDNA甲基化修饰（简称5mC甲基化）是一个重要而保守的表观基因标记，参与基因组稳定性、基因转录调控、发育调控、非生物胁迫响应、代谢物合成等多种调控。

易基因科技·2023-08-29 13:08

【趋势速览】-单细胞研究数据库揭示转录组学研究趋势

迄今为止已发表的1000多项单细胞转录组学研究构成了生物发现的宝贵而庞大的资源。

六博说·2023-08-29 12:29

DART: a fast and accurate RNA-seq mapper with a partitioning strategy DART：使用分区策略的快速准确的RNA-seq映射器

afastandaccurateRNA-seqmapperwithapartitioningstrategyDART：使用分区策略的快速准确的RNA-seq映射器AbstractMotivation(动机):近年来，大规模并行cDNA测序（RNA-Seq）技术已成为提供高分辨率测量表达和检测低丰度转录本的高灵敏度的强大工具

wangchuang2017·2023-08-29 02:16

RNAvelocity系列教程9：# scVelo应用-动力学模型

动力学模型在这里，我们使用通用动力学模型来解释完整的转录动态。这产生了一些额外的见解，如潜在时间和假定驱动基因的识别。与以前的教程一样，应用胰腺内分泌发育数据集来展示。

Seurat_·2023-08-28 19:05

黄单胞菌在多种生物膜下的差异基于表达

本研究对逆转录黄单胞菌转录组在单种生物膜、双种和四种菌群中与根嗜寡养单胞菌、氧化单胞菌和溶淀粉酶Paenibacillusamylolyticus的基因表达进行了比较分析。

小三的后一位小四·2023-08-28 12:04

2021-12-12转录组分析（四）--王通老师讲解

09测序数据处理（不是不好就不用，而是要尽可能去处理，挖掘数据的价值；即使是好的数据也需要处理）---也就是对数据进行过滤。[if!supportLists]1.[endif]过滤啥（1）非“基因组”本身序列（自身加的4个，adapter接头；测序引物；barcode;index等）1.1去adapter反向互补，adapter一般在0.1以下；1.2去除含N碱基过多的reads(错配最多5bpr

不如好好学生信吧·2023-08-28 11:21

单细胞数据中到底应该如何处理线粒体基因

凋亡细胞表达线粒体基因，并将这些转录产物输出到哺乳动物细胞的细胞质中。

周运来就是我·2023-08-28 09:20

RNA-seq 转录组定量

Data：fromGEOTools:RSEM和STAR建立索引：下载gencode参考数据集，v24的gtf文件以及fasta文件/home/wuxiaobin/RSEM/bin/rsem-prepare-reference—gtf~/gene_annotation/gencode.vM24.annotation.gtf--star~/gene_annotation/GRCm38.primary_

好风凭借力·2023-08-27 22:26

查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点

转录起始点（TSS）：转录时，mRNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基，通常为一个嘌呤。UTR（UntranslatedRegions)：即非翻译区，是信使RNA（mRNA）分子两端的非编码片段。

weixinsuoxian·2023-08-27 10:49

学习小组Day7笔记--Danny

image.png转录组数据处理，试一试这个教程测序技术原理及常用数据格式简介生信入门专题|Linux常用命令集生物信息学基本概念及常用数据库介绍

Danny_dddf·2023-08-27 04:50

10X空间转录组重点分析合集2

作者，追风少年i马上国庆了，祝大家节日快乐，我们这一篇进行分析合集包括三个部分（均是我之前所写）10X空间转录组数据分析重点梳理时空CNV分析导论10X空间转录组之免疫组库分析第一部分：10X空间转录组数据分析重点梳理空间转录组学

单细胞空间交响乐·2023-08-27 00:51

拖延与创意

[捂脸]我在这个时候最需要的是宽慰，所以又把亚当·格兰特的TED演讲看了一遍，转录其中一段献给99%拥有拖延症的正常人[奸笑]，️我们接纳自己，笑口常开。

沈磊·2023-08-26 22:28

基因的分子结构

基因经过转录形成PremRNA，这里面包含着内含子和外显子（5端是以外显子打头，但是这段外显子不仅包含CDS，还包含5'UTR；3端是以外显

LeoinUSA·2023-08-26 18:12

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