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【空间&单细胞组学】第2期：联合单细胞和bulk转录组鉴定了结直肠癌中两种上皮肿瘤细胞状态，并完善了CMS分型

这次的文献分享，dy讲解的文献标题为：联合单细胞和bulk转录组鉴定了结直肠癌中两种上皮肿瘤细胞状态，并完善了CMS分型。
TOP生物信息·2023-09-15 07:12

2022-05-24如何快速从基因组中提取基因、转录本、蛋白、启动子、非编码序列？

NGS基础-GTF/GFF文件格式解读和转换这篇文章有读者留言想要提取外显子，内含子，启动子，基因体，非编码区，编码区，TSS上游1500,TSS下游500的序列。下面我们就来示范如何提取这些序列。NGS基础-参考基因组和基因注释文件提到了如何下载对应的基因组序列和基因注释文件。假如我们已经拿到了基因组序列文件GRCh38.fa和基因注释文件GRCh38.gtf，也可从文后链接获取。查看下文件内容
麦冬花儿·2023-09-15 00:55

Science adv | 转录因子SPIC连接胚胎干细胞中的细胞代谢与表观调控

代谢是生化反应网络的结果，这些反应吸收营养物质并对其进行处理，以满足细胞的需求，包括能量产生和生物合成。反应的中间体被用作各种表观基因组修饰酶的底物和辅助因子，因此代谢与表观遗传密切相关。代谢结合表观遗传涉及疾病，癌症和发育等多方面。今天我们来看看在胚胎干细胞中E26转化特异性（ETS）TFs家族的Spic如何影响代谢与组蛋白修饰。发表单位：贝尔法斯特女王大学期刊：Scienceadvances（
爱基百客·2023-09-14 20:39

预测多基因扰动的转录结果

了解细胞对基因扰动的反应是许多生物医学应用的核心，从识别癌症中涉及的基因相互作用到开发再生医学方法。然而，可能的多基因扰动数量的组合爆炸严重限制了实验验证。在这里，作者提出了图增强的基因激活和抑制模拟器（GEARS，graph-enhancedgeneactivationandrepressionsimulator），这是一种将深度学习与基因-基因关系知识图相结合的方法，利用单细胞RNA测序数据来
tzc_fly·2023-09-14 16:57

2022-04-12

NatBiotech丨单细胞形态和转录状态的综合空间分析原创珍奇图灵基因2022-04-1209:54收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：珍奇IF：54.908推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、本文提出了一种多模式结构化嵌入
图灵基因·2023-09-13 18:39

10X空间转录组CNV和速率分析的空间图谱

hello，我们今天要继续扩展10X空间转录组的个性化分析，其中主要是CNV分析和速率分析的空间图谱，参考文献在Spatiotemporalheterogeneityofglioblastomaisdictatedbymicroenvironmentalinterference
单细胞空间交响乐·2023-09-13 12:10

生信分析 Cell详解|大规模单细胞转录组分析揭示COVID-19免疫学特征（张泽民团队力作！）

今天给大家介绍的这篇文章于2月3日发表于Cell主刊，题目为“COVID-19immunefeaturesrevealedbyalarge-scalesinglecelltranscriptomeatlas”，文章第一作者和通讯作者中汇集了多名我国单细胞测序方面的顶尖专家，让我们来走进这篇文章，看看感染COVID-19后的免疫学特征有什么变化？研究方案实验结果图1不同组织及不同程度的COVID-1
概普生信·2023-09-13 09:12

【文献解读】结合基于微阵列的空间转录组和单细胞RNA-seq揭示胰腺导管腺癌的组织结构

我们结合了一种基于微阵列的空间转录组方法，该方法使用一组斑点来揭示基因表达的空间模式，每个斑点捕获多个相邻细胞的转录组，与从同一样本生成的scRNA-Seq。
六博说·2023-09-13 08:00

在线作图|在线做有/无生物学重复的差异分析

有/无生物学重复的差异分析差异分析在转录组分析中运用广泛，它是计算两组间差异表达的基因的分析，常包含差异表达水平分析、重复相关性评估、差异表达基因聚类分析等等。
维凡生物·2023-09-13 00:39

linux怎么查看一个bam文件,Linux常规操作笔记

两个练手数据：2.1转录组数据：/public/study/mRNAseq/tair/的转录组的测试数据，具体教程可以看其博客：http://www.bio-inf
谢兴豪·2023-09-12 16:50

毕业论文

可变剪切的分析，参考https://www.jianshu.com/p/ecef1d9e53e7Cytoscape的网络构建，做出重点基因的网络无重复转录组的分析（DEGSeq）文章撰写材料方法补充完善研究背景相关文献综述结论与讨论
wo_monic·2023-09-12 16:55

10X单细胞（10X空间转录组）批次效应去除大盘点

最近在进行单细胞相关的数据的处理，由于样本是不同的病理时期的，料想它们在测序的时候也是不同步进行的，因此认为批次效应也肯定是存在的，但是之前一直没有详细分享过这方面的问题，在网上看了很多技术帖，有一点基础的了解，再进一步的看看文献原著，希望深入的了解单细胞的批次效应，以及在不同的样本数据情况下，用何种批次处理效果好，以及批次处理效果的标准如何评定。在这里插入图片描述Abenchmarkofbatc
单细胞空间交响乐·2023-09-12 14:59

一文读懂10X单细胞上游分析软件cellranger

CellRanger是10xgenomic公司专为单细胞转录组分析提供的分析软件，可实现从Illumina原始数据（BCL或fastq格式）到文库拆分，细胞拆分及定量，pca，聚类以及可视化（t-SNE
Seurat_·2023-09-12 05:58

2020-02-19 Day28 膀胱尿路上皮癌肿瘤突变负荷与免疫浸润的多组学分析

通过GDC工具从TheCancerGenomeAtlas数据库获得转录组概况和体细胞突变数据。总共包括437个样本，包括412名BLCA患者和匹配的25个正常样本。
卅衣·2023-09-12 03:31

单细胞转录组细胞注释概述

细胞注释三步走：1）自动注释、2）手动注释、3）验证图片首先，自动注释目前分两大类，一类是用预定的‘markergene’（比如：在某一种类型的细胞中表达某一种特定的基因），我们称marker-basedannotation。另一类是通过和一些已知的细胞类型比较细胞或cluster的基因表达模式来注释。我们称reference-based或Correlation-basedannotation自动
11的雾·2023-09-12 02:17

Epigenetics文献学习：组蛋白标记在控制转录周期中的功能作用

文章主要介绍了HistoneMarks在转录周期不同步骤里的作用。
生信start_site·2023-09-11 19:58

果蝇胚胎单细胞转录组图谱

KaraiskosN,WahleP,AllesJ,BoltengagenA,AyoubS,KiparC,KocksC,RajewskyN,ZinzenRP.Theembryoatsingle-celltranscriptomeresolution.Science2017,358:194-199.果蝇胚胎由约6000个细胞组成，表达不同的基因。在这里，我们使用单细胞测序精确分期的胚胎，并设计了Dis
周运来就是我·2023-09-11 19:23

【空间&单细胞组学】第1期：单细胞结合空间转录组研究PDAC肿瘤微环境

上周日，小组进行了第1期分享，由TOP菌和Jeffery主讲，分别介绍了：2020年单细胞结合空间转录组研
TOP生物信息·2023-09-11 19:30

10X单细胞（10X空间转录组）TCR转录组联合数据分析之TCRdist3(7)neighbor graph analysis（CoNGA）

今天我们来分享CoNGA的分析原理，其实我们最关系的就是和是怎么计算和运用的。首先是TCR的分析（10X的结果文件）Clonotypedatafrom10xgenomicsisfirstconvertedintoaTCRdist'clonesfile'andthematrixofTCRdist（这个软件提到过很多次了）distancesiscomputed.1、克隆数据的过滤2、Kernelpri
单细胞空间交响乐·2023-09-11 09:01

RNA甲基化修饰m6A检测热门技术—MeRIP-seq

m6A甲基化是转录后调控中重要的表观遗传修饰方式，它普遍存在于病毒和真核生物中。
felix108·2023-09-11 06:20

IF: 13+基于scRNA-seq研究生物合成的微环境支架在小鼠皮肤伤口愈合中的应用

骨髓瘤的分子组成突显了导致多发性骨髓瘤的进化途径IF：5+7种癌症免疫治疗证明DNA损伤反应通路突变可作为免疫检查点封锁疗效的潜在生物标志物IF：11+研究CpG岛甲基化表型病因和致癌转化的泛癌综合分析IF：7+基于转录组水平上探究
桓峰基因·2023-09-10 20:43

号外号外，桓峰基因单细胞生信分析免费培训课程即将开始，快来报名吧！

：Topic6.克隆进化之CanopyTopic7.克隆进化之CardelinoTopic8.克隆进化之RobustCloneSCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生SCS【2】单细胞转录组之
桓峰基因·2023-09-10 20:12

SCI 文基于转录组数据识别CNV并可视化 (CaSpER)

转录组生信分析教程桓峰基因公众号推出转录组分析教程，有需要生信的老师可以联系我们！
桓峰基因·2023-09-10 19:41

基因类型

-基因有三类：第一类编码序列，编码蛋白【转录+翻译功能】；第二类只有转录没有翻译功能【tRNA+rRNA】；第三类不转录基因，调控基因表达【启动子、操纵子】-基因组：单倍体细胞中包含编码序列和非编码序列的全部
YX_Andrew·2023-09-10 02:28

10X单细胞（10X空间转录组）TCR转录组联合数据分析之(8)neighbor graph analysis（CoNGA）

今天我们来分享10X单细胞和TCR联合分析的代码部分，之前的基础知识，大家要掌握，代码已经是最后一步了。当然，前面自己进行安装，示例数据在https://www.dropbox.com/s/r7rpsftbtxl89y5/conga_example_datasets_v1.zip，大家可以自己下载尝试分析。1、加载%matplotlibinlineimportcongaimportnumpyasn
单细胞空间交响乐·2023-09-09 17:20

10X单细胞联合空间转录组技术解析结直肠癌肿瘤微环境

作者，追风少年i周五了，一周马上过去了，感觉如何？？？和很多人交流，发现一个很有意思的现象，每个人都盯着自己没有的东西，自己拥有的都选择忽视，这样的态度，是不是我们烦恼的根源？？好了，继续我们单细胞空间的研究内容，今天分享的文章在Single-cellandspatialanalysisrevealinteractionofFAP+fibroblastsandSPP1+macrophagesinc
单细胞空间交响乐·2023-09-09 15:08

复现3：AD外周血的单细胞转录组与免疫组库分析

Single-CellRNASequencingofPeripheralBloodRevealsImmuneCellSignaturesinAlzheimer'sDiseasePMID:34447367|IF=7.561|FrontImmunol.2021Aug91、关于文章文献思路：作者对来自AD病人与Normal对照的外周血取样，同时进行单细胞转录组测序与单细胞免疫组库测序
小贝学生信·2023-09-09 15:03

景联文科技可为多模态语音翻译模型提供数据采集支持

8月22日Facebook的母公司MetaPlatforms发布了一种能够翻译和转录数十种语言的人工智能模型——SeamlessM4T，可以在日常生活中或者商务交流中为用户提供更便捷的翻译和转录服务。
景联文科技·2023-09-09 09:33

10X单细胞（10X空间转录组）轨迹分析（拟时分析）之VECTOR

hello，大家好，今天分享一个轨迹分析的软件VECTOR，文章在UnsupervisedInferenceofDevelopmentalDirectionsforSingleCellsUsingVECTOR,2020年8月发表于CellReport，影响因子8.1分，关于轨迹分析的软件太多了，我们这次来看一看示例代码UnsupervisedInferenceofDevelopmentalDire
单细胞空间交响乐·2023-09-09 06:10

2022-08-03 单细胞findmarker找到的基因居然vlnplot时发现上下调不一致？

做单细胞转录组的数据的时候很多时候都找了一个细胞类型之后，想知道这个细胞类型中case和control组上下调基因时怎么样的，做差异嘛，大部分都会做到，这里讲我犯得一个错误。
jiarf·2023-09-09 06:22

转录组测序数据分析

本文参考文献https://www.nature.com/articles/nprot.2016.095#materials进行bulkRNA-seq数据分析首先进行原始数据的下载，当然因为文章中已经有了链接进行数据的下载，因此直接使用wget命令就能完成所需数据的下载，但是也要学会基本的测序数据、参考基因组、注释文件、index索引文件的下载，当然也可以自己建立index文件。rawdata下载
柴本·2023-09-08 20:26

人群中的老头（转录）

别说我幸福，我也有撕心裂肺的痛苦；别说我睡眠质量好，我也有彻夜难眠的痛苦；别说我一路鲜花环绕，我也有汗水泪水交织的痛苦。其实，我只是沙漠里的的小草，河流中的小虾，人群中的老头。做索然无味的事，藏喜怒哀乐的情，个中滋味，只有自知。
闲墨堂主·2023-09-08 14:29

手把手带你撸一把爱奇艺万能播放器：使用FFmpeg转录网络直播流

爱奇艺万能播放器的最新版本增加了一个播放网络流的功能。不过，入口藏在播放器区域的右键菜单里，不太好找：找来一个直播流URL，比如东森新闻http://60.199.188.151/HLS/WG_ETTV-N/index.m3u8，试了一下，还不赖呢！有时候，看到精彩的直播内容，想把某些片段保存到本地。无奈播放器不提供这样的功能。那么，开个小窗给FFmpeg吧，它可以搞定！命令行如下：ffmpeg-
Kepler_II·2023-09-08 06:50

详细介绍最新版可变剪接软件rMATS

可变剪切（alternativesplicing）是一种后转录生物学过程，对细胞活动和疾病过程具有重要的且广泛的影响。研究表明人的基因组中有超过90-95%的多外显子基因存在可变剪切。
生信阿拉丁·2023-09-08 05:27

2018.9.2 复盘 265day 何以醉

直至今天下午，也尽是把鲁林希学习力十节课全部下载下来了，然后是上传到网盘再让人转录。本来想要晚上整理高源的课程，可是又在又在玩手机玩手机，搞得只整理一遍就眼困了。早些洗澡真好，方便早睡。
何以醉·2023-09-08 03:53

【动植物研究动态】20220722文献解读

Science|农科院作科所周文彬：水稻中转录因子OsDREB1C同时提高光合作用效率和氮素利用效率Atranscriptionalregulatorthatboostsgrainyieldsandshortensthegrowthdurationofrice
生物信息与育种·2023-09-07 23:38

10X空间转录组之空间临近通讯分析stlearn进阶版

新的一年，2022年，第一周，继cellphoneDB更新到3.0，辅助做空间生态位细胞通讯之后，stlearn也更新了其做空间转录组临近细胞通讯的分析教程，我们来看一下，看看有什么新颖的地方。
单细胞空间交响乐·2023-09-07 14:11

单细胞测序在发育生物学的应用

通过将记录信息与单细胞转录组测序数据的整合，研究人员概述了不同组织类型之间的基本发育过程，并揭示了胚外和胚胎来源的内胚层细胞几乎完全的转录趋同。
today_is_geqi·2023-09-07 10:34

音频摘录和自动语音识别 | 你应该了解的信息提取方法

为便于说明，我们将重点介绍两种常见的信息提取方法：音频转录或自动语音识别。音频转录或自动语音识别（ASR）或许作为音频处理的较常见形式，已被广泛应用于各个行业，以促进人与技术之间的互动。
澳鹏Appen·2023-09-07 09:47

2022-12-28

Cell|大规模平行测量抗原肽序列、TCR序列和单细胞转录组原创风不止步图灵基因2022-12-2810:11发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：风不止步IF=66.85推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点
图灵基因·2023-09-06 22:13

BT × IT | DeepST：通过深度学习识别空间转录组学中的空间域

识别空间域（即在基因表达和组织学上具有空间相关性的区域）是空间转录组学中最重要的课题之一。
尐尐呅·2023-09-06 18:03

Nature：微生物空转 2022-11-17

2022年11月16日，Nature发表了弗雷德·哈钦森癌症研究中心(FredHutchinsonCancerResearchCenter)的研究者们的最新微生物空间转录组研究成果！
笺牒九州的怪咖·2023-09-06 15:05

Cancer Res（IF:11.2）发表胃癌PICH的转录调控机制

2023年8月30日，兰州大学第二医院焦作义教授团队在肿瘤学Top期刊CancerResearch（IF:11.2）发表“PICHactivatesCyclinA1transcriptiontodriveS-phaseprogressionandchemoresistanceingastriccancer”的研究论文。该研究鉴定了SNF2蛋白PICH作为5-FU化学敏感性的预测因子，并且评估了PI
爱基百客·2023-09-06 14:09

用户访谈时的记录技巧

研究团队几乎很少有时间（或者资金）对录音录像进行完整的转录，此外，也很
吕正国·2023-09-06 11:19

阿里云国外服务器处理转录组数据RNA-seq

#美国弗吉尼亚8核64G，高主频型4.5rmb/h新建用户adduserwuxiaobinpasswdwuxiaobin赋予root权限：usermod-grootwuxiaobin修改/etc/sudoers文件重启准备工作#安装RSEMwget-chttps://github.com/deweylab/RSEM/archive/v1.3.1.tar.gztar-xzvf..#安装相应配件sud
好风凭借力·2023-09-06 07:31

细胞发育学—小胶质细胞_Science

2020年1-3月供推荐56篇单细胞领域高分文章（2020年一季度·单细胞文献速递56篇）序号：2020-123编者按：单细胞转录组测序揭示人类胎儿小胶质细胞的发育过程人类胎儿小胶质细胞在发育早期就具有体内平衡的免疫传感特性
安哥生个信·2023-09-06 04:31

seurat单细胞转录组整合分析教程-02

接前面的流程，我们使用FindIntegrationAnchors()函数识别锚点，该函数将Seurat对象列表作为输入，并使用IntegratedData()函数，用这些锚点将两个数据集集成在一起。ifnb.list#$CTRL#AnobjectofclassSeurat#14053featuresacross6548sampleswithin1assay#Activeassay:RNA(140
whitebird·2023-09-06 02:00

单细胞转录组学习笔记-9-每个细胞检测到的基因数量差异

转载来自：刘小泽链接：https://www.jianshu.com/p/e659a2f164f7刘小泽写于19.7.5-第二单元第七讲：每个细胞检测到的基因数量差异笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索
夕颜00·2023-09-04 17:53

如何定义基因下游的区间

我们知道上游很重要啊，因为可能会调控转录，但注释的时候，没有上游这个东西，为什么呢？
Y叔_HKU·2023-09-04 11:26

Gene body甲基化

开花植物中可根据甲基化富集的区间将基因分为五类：UM（umethylatedgenes）在genebody上三种甲基化context都不富集gbM（genebodymethylation）CG在转录区间上富集
horsefish·2023-09-04 10:04
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