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前沿Perspective | 空间转录组数据分析方法最新进展

空间转录组学是一个迅速发展的领域，有望以单细胞或亚细胞分辨率全面表征组织结构。
wen05054105·2023-10-05 01:17

Tangram Tutorial 2：配合 squidy 使用 Tangram

推荐先按顺序阅读往期内容：文献篇：1.文献阅读：使用Tangram进行空间解析单细胞转录组的深度学习和比对教程篇：1.TangramTutorial1：映射小鼠皮层MOp的snRNAseq数据到Slide-seq2
Tiger Z·2023-10-05 01:46

空间转录组学数据分析软件包和算法的比较分析

关注我们时空组/空间组学专辑的同学一定知道此前小编已经分享过很多空间转录组的分析工具，不过这么多工具，我们在做实际分析的时候要怎么选呢？
wen05054105·2023-10-05 01:46

单细胞跨模态分析综述

单细胞转录组数据现在可以通过染色质可及性、表面蛋白表达、适应性免疫受体库分析和空间信息进行补充。跨模态单细胞数据的可用性越来越高，推动出新的计算方法，以帮助科学家获得生物学见解。
tzc_fly·2023-10-05 01:16

空间转录组实战01: SpaceRanger定量

安装SpaceRangerhttps://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/software/downloads/latestcd ~/APPwget -O spaceranger-2.0.1.tar.gz "https://cf.10xgenomics.com/releases/spatial-exp/spaceranger-2.0.
生信探索·2023-10-05 01:16

【无标题】

空间转录组自用笔记前言一、空间转录组分类二、实验内容1.选择二者之一2.结合scRNA及核染色3.空间转录组数据分析流程3.1预处理3.2用于下游分析的通用工具包3.3空间特征识别3.4去卷积3.5插补和映射到单个细胞
老铁加油666·2023-10-05 01:44

一个基于人工智能的视频分析和管理工具——Chat Video

ChatVideo通过语音识别技术，可以快速识别视频中的语音并转录成文字。这比传统的人工转录快数倍，且识别准确率很高。
软件架构师-叶秋·2023-10-04 18:00

纯生信分析套路：CCR系列之转录亚型对肿瘤的影响

shui）的小伙伴们，为了毕业，该啃的文献还是得啃啊，今天就向大家介绍一篇2021年1月27日刚发表在ClinicalCancerResearch杂志(IF=10.107)的文章，本文鉴定并分析了三种转录亚型
概普生信·2023-10-03 18:31

R——处理批次效应

（1）多个数据集合并在生信分析过程中，尤其是转录组分析中，经常会遇到测得数据不足，需要利用公共数据库中已有的数据，那么能将这些数据直接和测序的数据混合吗？如果贸然混合，就会存在批次效应。
找兔子的小萝卜·2023-10-03 14:50

定量分析htseq

HTSeq使用注意事项简述：HTSeq是转录组定量分析的软件，其输入文件必须有bam（sorted）和GTF文件。
小鹏_哒哒哒·2023-10-03 02:27

单细胞转录组学生物标志物和靶点挖掘的新方法

单细胞转录组学（sc-RNAseq）研究，可以更加有效的解释组织的异质性，从单个细胞分辨率来解释更多bulk水平上难以解释的生物学问题。已经广泛用于肿瘤异质性、细胞发育、免疫微环境等课题研究。
felix108·2023-10-03 00:46

19.4.19上海交大单细胞论坛学习

利用单细胞功能基因组学分析技术(单细胞RNA-Seq转录组分析、单细胞DNA甲
刘小泽·2023-10-02 19:08

外泌体多组学13-EVs转录组综述：cargo内含物以及占比情况讨论

外泌体和微囊泡是几乎所有类型的细胞都能释放的细胞外囊泡(ev)的两大类，在生物液体中非常丰富，ev的分子组成和释放都被认为是受到外界刺激的严格调控的。多项研究一致表明，ev可以在不同的细胞类型之间转移蛋白质、脂质和RNA，从而介导细胞间的通信和信号转导。重要的是，ev中的小非编码rna被认为是在受体细胞中发生的分子事件的主要贡献者。此外，外泌体和微囊泡中的RNA可以作为多种疾病的非侵入性的生物标志
_十三·2023-10-02 17:20

2018-04-20

早上打卡英语，赶着过了一个转录因子的20篇英文文献题目和摘要，但没有得到我导的传唤讨论。下午去了东区跳大绳，刚开始还没下雨。开始比赛就下起来了，而且越下越大哦。
十元希·2023-10-02 15:10

单细胞转录组数据分析课件||2. Quality control of scRNA-seq data

本文介绍了单细胞转录组数据分析非常重要的一步：数据质控。数据质控应当引起我们的注意，数据的清洁程度决定了数据挖掘的上限。数据质控的几个方向：低质量细胞、多细胞捕获、有效基因识别，细胞碎片，批次效应等。
周运来就是我·2023-10-02 09:23

转录组工具文献介绍

声明：以下内容转载自360图书馆。/>前端大法好，网页内容随意复制
wo_monic·2023-10-02 07:06

综述盘点|Nature：利用空间转录组技术探索组织结构

近日，美国纽约大学科研团队在Nature发表综述文章，回顾了常见的空间转录组技术，讨论了这些方法产生的数据的探索原则，检验了空间转录组技术在不同实验设计中的效用，并强调了该技术通过与其他数据模式的整合在生物学上的应用前景
百奥益康·2023-10-01 23:00

“harmony”整合不同平台的单细胞数据之旅

LandscapandDynamicsofSingleImmuneCellsinHepatocellularCarcinoma》，为了同时整合两类数据（包括SMART-seq2和10X）（Hemberg-lab单细胞转录组数据分析
生信宝典·2023-10-01 09:09

单细胞测序-scRNA的测序基础

scRNA-seq发展概述单细胞转录组测序(single-cellRNA-seq)这项技术是由Tangetal.[1]在2009年首次发
作图丫·2023-10-01 06:00

ggplot做对角线火山图---与单细胞差异基因可视化更配哦

2、让火山图躺下来：倾斜45°的火山图3、跟着Cell学单细胞转录组分析(八):单细胞转录组差异基因分析及多组结果可视化4、ggplot做火山图---添加任意基因标签|||突出显示标记基因但是最近在做单细胞差异基因可视化火山图的时候
KS科研分享与服务·2023-10-01 02:16

DeepMind 利用无监督学习开发 AlphaMissense，预测 7100 万种基因突变

类基因组共有31.6亿个碱基对，无时无刻不在经历复制、转录和翻译，也随时有着出错突变的风险。错义突变是基因突变中的一种常见形式，然而人类目前只观察到了其中的一小部分，能够解读的更是只有0.1%。
HyperAI超神经·2023-09-30 22:13

一种诱导培养多功能干细胞产生人类卵精细胞的方法

但是，在每个细胞命运过渡的时间尺度，发育同步性以及发育同源细胞类型的信号传导，转录和代谢特性方面，存在关键的物种差异。因此，需要更多的研究来更好地了解不同物种中哺乳动物生殖细胞发育的机制。
唯问生物·2023-09-30 17:15

10X单细胞（10X空间转录组）多组学（RNA + ATAC）推断Velovyto（MultiVelo）

hello，大家好，今天我们来分享多组学数据推断RNAVelocyto，大家做velocyto的时候估计都是用RNA数据来分析的，其实，对应的ATAC数据也含有丰富的动力学信息，多组学推断更加准确一点，参考的文献在Single-cellmulti-omicvelocityinfersdynamicanddecoupledgeneregulation，非常棒的文章，我们先来分享文章，最后看看示例代码
单细胞空间交响乐·2023-09-30 11:44

GPU版scanpy (rapids)实践 | 大型单细胞数据分析利器

随着10xGenomics等商业化单细胞建库平台的快速推广，单细胞转录组分析为更多的研究者使用，现在一个项目，不管是原创性自己测的，还是从海量公共数据搜集的研究，都要面临分析巨大的单细胞数据，例如2021
seqyuan·2023-09-30 10:49

发布会后，我们仍会朝着更远的未来不断前行

在这个过程中，我们得到了湖南科技大学人文学院、白屋顶诗社、大通广电还有很多媒体朋友的支持，以下转录湖南科技大学新闻网对本次发布会的报道（微改），并呈现现场的视频，为没来现场的读者们提供一个了解发布会的机会
嘉轩笔谈·2023-09-30 10:13

转录组测序中的文件格式

FastQfastq是scRNASeq中最常见的原始数据格式。所有scRNASeq都是双端测序fastq格式BAMbam文件存储映射后reads信息，bam文件可以转换成人可以阅读的sam文件，这种转换通过samtools进行。bam/sam文件中含有样品制备信息、测序、比对、tab分割的单个read比对信息。bam文件信息某些测序设备会自动将您的reads映射到标准基因组，并提供BAM或CRAM
实验室的搬运工·2023-09-30 00:47

单细胞聚类---浅析监督学习与无监督学习

单细胞转录组分析在线性降维后通常要进行聚类，使用到机器学习的常用方法，主要分为有监督学习[supervisedlearning]和无监督学习unsupervisedlearning。
云养江停·2023-09-29 08:53

深度学习中Dropout原理解析（10X单细胞和10X空间转录组）

1.Dropout简介1.1Dropout出现的原因在机器学习的模型中，如果模型的参数太多，而训练样本又太少，训练出来的模型很容易产生过拟合的现象。在训练神经网络的时候经常会遇到过拟合的问题，过拟合具体表现在：模型在训练数据上损失函数较小，预测准确率较高；但是在测试数据上损失函数比较大，预测准确率较低。过拟合是很多机器学习的通病。如果模型过拟合，那么得到的模型几乎不能用。为了解决过拟合问题，一般会
单细胞空间交响乐·2023-09-29 03:07

2020-03-20 人心脏发育过程中全器官的基因表达和细胞图谱

image.png一句话总结：利用空间转录方法在单细胞分辨率下探索人类心脏发育的基因表达图景，以构建一个3D器官范围的图谱。
程凉皮儿·2023-09-28 18:20

转录组分析Day1笔记--xiaofan1991

  转录组分析之前最重要的是实验设计。严谨实验设计的目的是确保产生的实验数据能够回答我们感兴趣的生物学问题。准确的说，实验设计其实是术语转录组分析之前的步骤。
xiaofan1991·2023-09-28 08:55

转录组分析——如何寻找差异基因中的中枢基因（hubgene）

一、前言好久没更新过文章啦，今天我们来聊一聊怎么找hubgene。二、常见的寻找hubgene方法我们如果要研究一个疾病，通常会做一个疾病的正常和非常基因差异表达分析，而得到的这些差异基因，怎么往下缩小范围往往是一个比较头疼的问题。如果你经常阅读文献或者对生信分析了解过一段时间，就会知道我们一般会从两个方向去看①GO和KEGG富集寻找感兴趣的通路②利用Cytocape及STRING数据库进行PPI
糕糕python·2023-09-28 05:22

国自然研究热点-RNA甲基化研究指南

m6ARNA甲基化是RNA最关键的内部修饰之一，是真核生物丰富和调节遗传信息的一种保守的转录后机制。
诺禾致源·2023-09-28 04:39

Molecular Cancer|CDK9抑制诱导表观遗传重编程，揭示了规避淋巴瘤耐药性的策略

细胞周期蛋白依赖性激酶（CDK）蛋白家族在细胞周期进程（如CDK1/2/4/6）和RNA转录（如CDK7/8/9/11）的调控中起着不可或缺的作用。
爱基百客·2023-09-27 18:53

全民创作的神器，AI 如何简化复杂的视频创作流程？

AI视频工具可以用人工智能来自动执行视频编辑中涉及的许多任务，例如转录、翻译和视频效果。最新的AI视频工具之一就是将AI助手与AI视频编辑器相结合的。
·2023-09-27 15:46

MC：RNA修饰万字综述

更多精彩文章生信人更多个性化生信分析生信意向表单表观转录组的情况非常复杂，迄今已描述了170多种不同类型的RNA化学修饰，以修饰编码和非编码RNA。
概普生信·2023-09-27 14:23

转录组专题：edgeR以raw count数据为起点做差异表达分析

参考：https://www.jianshu.com/p/5f94ae79f298library(edgeR)#载入rowcount文件raw_count0.5)>=2table(keep)genelist.filted<-genelist[keep,,keep.lib.sizes=FALSE]#使用TMM算法对DGEList标准化genelist.norm<-calcNormFactors(ge
挽山·2023-09-27 07:01

利用不同类型数据构建系统发育树

一.数据类型（1）SNP-单核苷酸多态性（Singlenucleotidepolymorphism）利用SNP数据构建Phylogenetictree，（2）转录组数据（3）单拷贝直系同源基因（single-copyorthologousgenes
生信学习小达人·2023-09-26 21:05

Python正则表达式之re.match()

我们在面对生物数据，比如序列信息（比如碱基序列、氨基酸序列等）的时候，会时常要问，这其中是否包含着且含有多少某种已知的模式，一段DNA中是否包含转录起始特征TATAbox、一段RNA中是否包含某种lncRNA
5cb608806559·2023-09-26 21:14

DeepMind 利用无监督学习开发 AlphaMissense，预测 7100 万种基因突变

类基因组共有31.6亿个碱基对，无时无刻不在经历复制、转录和翻译，也随时有着出错突变的风险。错义突变是基因突变中的一种常见形式，然而人类目前只观察到了其中的一小部分，能够解读的更是只有0.1%。
·2023-09-26 15:04

qq录屏快捷键大全，玩转录制就这么简单（干货）

“qq有录屏快捷键吗？有点好奇，现在用qq录制屏幕，总是得去点击屏幕录制才可以出来，太麻烦了，如果可以通过快捷键的方式打开，会轻松许多，想问问大家，知道qq录屏快捷键是多少吗？”随着科技和互联网的发展，人们对视频、图片、文字等多种信息形式的需求不断增加。电脑屏幕上的信息也同样需要被记录和保存。为了提高效率，快捷键成为了录屏软件中的重要组成部分。本文将详细介绍qq录屏快捷键，以帮助您更便捷地进行屏幕
数据蛙恢复软件·2023-09-26 12:35

10X单细胞基础+个性化合集1

日本队确实值得尊重今天我想来一篇关于单细胞分析的合集，包括以下内容单细胞基础分析之单样本分析篇单细胞基础分析之多样本整合篇单细胞个性化分析之细胞注释篇单细胞个性化分析之轨迹分析篇单细胞个性化分析之细胞通讯篇单细胞个性化分析之CNV篇单细胞个性化分析之转录因子篇本篇主要说前
单细胞空间交响乐·2023-09-26 11:06

肯尼迪病专栏8：病友心路|我与KD十三年

若不是1亿年前逆转录病毒PEG10基因整合至生殖细胞，人类怎会有如今的哺乳方式并世世代代繁衍生息？若不是2亿年前制动基因的微小变化，人类也不会拥有高等智慧并
薄荷Lemon·2023-09-26 00:04

JSTA：将空间转录组原始数据转换成单细胞水平空间表达谱的专用工具

基于RNA杂交的空间转录组方法提供了极高的RNA检测准确率。然而其需要使用图像分割算法将图像分割成细胞，将RNA检测转换为空间单细胞数据。
尐尐呅·2023-09-25 21:26

骨髓龛中不同细胞群体的关联及其分化途径

MappingDistinctBoneMarrowNichePopulationsandTheirDifferentiationPaths骨髓龛中不同细胞群体的关联及其分化途径MSCGeneVisualization文章信息介绍的文章利用单细胞转录组分析骨髓龛中不同细胞类群间的关联及其分化轨迹中不同的转录调控因子的功能
天涯清水·2023-09-25 13:45

医学专题-多组学在疾病发生发展过程中的研究思路

从疾病表型或某种生物现象出发，寻找影响疾病发生发展的关键因子或通路，借助高通量的技术手段，设置相应的患者组和健康组，通过转录组、蛋白质组或代谢组学分析，筛选差异表达基因、蛋白或差异代谢物。
bioyigene·2023-09-25 10:22

代码分析 | 单细胞转录组质控详解

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典·2023-09-25 08:00

SCENIC单细胞转录因子分析原理

1.简介SCENIC（single-cellregulatorynetworkinferenceandclustering）是一个基于共表达和motif分析，计算单细胞转录组数据基因调控网络重建以及细胞状态鉴定的方法
Seurat_Satija·2023-09-25 08:51

Nature Communications | 张阳课题组：端到端深度学习实现高精度RNA结构预测

RNA分子是基因转录的主要执行者，也是细胞运作的隐形功臣。它们在基因表达调控、支架构建以及催化活性等多个生命过程中都扮演着关键角色。
weixin_4528312·2023-09-25 02:13

一篇2区的基因家族分析文章带你飞

BZR（BRASSINAZOLE-RESISTANT）家族基因是编码参与油菜素内酯信号转导的植物特异性转录因子，在植物生长中起着至关重要的作用。今天小编就给大家带来一篇甜菜中BZR基因家族分析的文章。
组学大讲堂·2023-09-24 17:40

王炸组合『单细胞+空间转录组』的科研应用【3】：胚胎发育/干细胞分化

王炸组合『单细胞+空间转录组』的科研应用【1】：心血管发育/疾病王炸组合『单细胞+空间转录组』的科研应用【2】：肝脏生理学/疾病03胚胎发育/干细胞分化胚胎发育和干细胞分化为理解协调细胞命运决定的分子调控和组织模式的构建提供了范例
尐尐呅·2023-09-24 06:30
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