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数据挖掘中的LogFC,p值和FDR值是什么？

GEO数据挖掘或转录组分析差异表达基因时，结果中会出现Log2FC，p值和FDR值，这三个值是生信技能树生信爆款入门课程geo数据挖掘差异基因筛选提到的重点。这些个值是什么意思呢？

Seurat_Satija·2023-08-08 01:00

Cell|转录“刹车”在果蝇胚胎发育中起到的关键作用

图片下载：右键此处另存为可保存此图片一个果蝇胚胎显示荧光点，表明腹部不同点正在进行DNA转录。最近普林斯顿大学的一项研究首次揭示了基因抑制是如何起作用的，展示了阻止某些遗传密码转录的系统动力学。

PaperRSS·2023-08-07 23:35

单细胞轨迹（拟时间）分析软件方法选择指导原则

单细胞转录组、蛋白组、表观组学等单细胞技术的发展为研究细胞周期、细胞分化等细胞动态过程提供了新的机会。

seqyuan·2023-08-07 22:41

区分Bulk测序和高通量单细胞测序中的提高细胞通量

测序：单细胞测序(scRNA-seq)与bulk测序（BulkRNA-seq）的不同之处是BulkRNA-seq是提取组织、器官或一群细胞的混合RNA（bulkRNA）进行测序，能够得到的是一群细胞的转录组的平均数据

hyena_7·2023-08-07 15:17

RT-PCR、QPCR、Real-time PCR、Real-time RT-PCR区别（自用）

RT-PCR就是逆转录PCR（reversetranscriptionPCR）或者称反转录PCR（reversetranscription-PCR,RT-PCR），是聚合酶链式反应（PCR）的一种广泛应用的变形

hyena_7·2023-08-07 15:17

10X单细胞核转录组 + 10X单细胞ATAC的联合分析（WNN）

hello，大家好，最近呢，10X单细胞核转录组+10X单细胞ATAC的多组学测序技术日渐成熟，因为这样技术同时可以获得一个细胞表达的转录组信息和ATAC的信息，所以很多学者和公司开始关注和推广这项技术

单细胞空间交响乐·2023-08-07 11:44

单细胞测序数据的降维方法和细胞亚型鉴定聚类方法

单细胞测序数据的降维方法和细胞亚型鉴定聚类方法是单细胞转录组分析中常用的技术。

来份芒果布丁·2023-08-07 05:42

跟着Cell Research学单细胞分析：箱型图、小提琴图、误差棒，总有一款适合你

联系转录组特征和表型特征是非常常见的操作，这次的视频，我以文献中一个小图为例，讲解了在均值比较中常见的箱型图、小提琴图，以及几种变形。

TOP生物信息·2023-08-06 16:23

转录组专题：limma与芯片数据差异表达分析

#原始数据为count表#source("https://bioconductor.org/biocLite.R")#options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")#biocLite("limma")#选择路径保存setwd('E:/')library(limma)library(edgeR)#表达矩阵exprSetfoldChang

挽山·2023-08-06 13:27

TCGA差异分析——limma, DEseq2, edgeR

TCGA转录组数据转录组数据的差异分析与芯片数据的差异分析有不同，这里我们使用count数据，因为这几种包中包装了标准化的函数，只需要程序化的输入两个数据，count矩阵和group数据，就能得到差异分析的结果

芋圆学徒·2023-08-06 11:41

链特异性建库测序原理

(image-8ca9c-1586161495252)]把RNA破碎成小片段，然后将RNA转变成一条cDNA，这一步需要用到反转录酶reversetranscriptase(RT)才能用RNA作为模板合成

Ju_sir·2023-08-05 13:35

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（八）：拟时序细胞轨迹推断

第八节：拟时序细胞轨迹推断在本节教程中，我们将学习如何通过拟时序分析推断细胞分化轨迹。slingshot包可以对单细胞RNA-seq数据进行细胞分化谱系构建和伪时间推断，它利用细胞聚类簇和空间降维信息，以无监督或半监督的方式学习细胞聚类群之间的关系，揭示细胞聚类簇之间的全局结构，并将该结构转换为由一维变量表示的平滑谱系，称之为“伪时间”。运行slingshot的至少需要两个输入文件：即细胞在降维空

Davey1220·2023-08-05 04:20

单细胞转录组数据分析课件||4. Removal of confounding factors in scRNA-seq data

本文介绍了单细胞数据分析中一个分析点：如何消除混杂因素？何为混杂因素（confoundingfactors）？它与批次效应有何区别与联系？如题，如何去除混杂因素在已有的方法中均是消除连续变量型的混杂因素（如“nCount_RNA”），要是离散变量呢？在R中的几种实现方法。主要基于回归的方法。urlThislecturebyBishwaGhimire(UniversityofHelsinki)isp

周运来就是我·2023-08-04 10:07

10X单细胞空间分析回顾之SPOTlight

SPOTlight的目标是提供一种工具，能够对包含细胞混合物的每个捕获位置中存在的细胞类型和细胞类型比例进行解卷积，最初是为10X的Visium-空间转录组学技术开发的，itcanbeusedforalltechnologiesreturningmixturesofce

单细胞空间交响乐·2023-08-04 10:43

GENIE3 || 基因调控网络推断

前情提要：AUCell：在单细胞转录组中识别细胞对“基因集”的响应RcisTarget||从基因列表到调控网络我们知道单细胞数据分析中，有两个明显的分支：细胞基因细胞我们可以分析细胞之间的细胞分群、拟时间关系

周运来就是我·2023-08-04 08:36

细胞水平基因干扰主要方法有哪些？

其实三种干扰形式最终发挥作用的形式都是siRNA，而后两种都需要用启动子将sh的序列转录成siRNA再去发挥基因干扰的作用。

医学科研小坑·2023-08-04 08:43

语音转录成文本：AI Transcription for mac

AITranscription是一种人工智能技术，它可以将音频和视频文件转换成文本格式。这种技术可以帮助用户快速地将大量的音频和视频内容转换成文本格式，方便用户进行文本分析、搜索和编辑等操作。以下是AITranscription的几个特点：高效性。AITranscription使用人工智能技术，可以在较短的时间内将大量的音频和视频内容转换成文本格式，提高工作效率。准确性。AITranscripti

anky_lori·2023-08-04 05:34

以果蝇蛋白序列注释转录组数据

本篇的主要内容是：以果蝇蛋白序列数据为参考序列，注释转录组CDS序列。

伽罗CG4825·2023-08-04 02:30

单细胞转录组基础分析三：降维与聚类

本文是参考学习单细胞转录组基础分析三：降维与聚类的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。

Seurat_·2023-08-03 22:20

GEO数据挖掘（一）--简单快速下载GEO数据

GEO数据库储存着海量的二代测序数据（特别是转录数据）和芯片数据，就像一座“藏宝山”，我们可以通过挖掘前人研究数据，提取相关研究结果，构建自身研究方向的基础架构，再辅以“湿实验”验证或针对性的

诺禾致源·2023-08-03 22:15

空间转录组简介-2022-07-04

空间转录组学简介原理image.pngstep1：新鲜冷冻组织切片成像冷冻组织不能直接用液氮，急速降温会导致细胞损伤，10X建议用OTC包埋的异戊烷速冻组织：image.pngstep2：放置在包含与RNA

Bio小盼·2023-08-03 15:51

ChatGPT及其工作原理；OpenAI申请注册商标GPT-5，引发关注

AI新闻OpenAI申请注册商标GPT-5，引发关注摘要：OpenAI已在上月18日申请注册商标GPT-5，显示该模型将提供文本生成、自然语言理解、语音转录、翻译、分析等功能。

go2coding·2023-08-03 10:45

热点综述 | 单细胞+空间转录组的整合分析方法总结

目前scRNA-seq将每个转录物与单个细胞相关联，但关于这些转录物在组织中的位置信息丢失了；相反的，空间转录组学技术知道转录物的位置，却不知道是哪个细胞产生了转录物。

尐尐呅·2023-08-03 08:30

2022-05-31血管外皮细胞瘤改名为孤立性纤维性肿瘤

本瘤的特征，是12号染色体的长臂出现了返回性逆转，从而导致了两种基因产生融合，即NGFI-A结合蛋白2(NAB2)和信号转导和转录激活因子6(STAT6)。本瘤包含着血管外皮细胞瘤。

咏而归_3a57·2023-08-03 02:04

纯生信分析系列 Nature|溃疡性结肠炎中结肠CD8 + T细胞单细胞图谱

今天我们又要介绍一篇单细胞图谱文章，于2020年8月3日发表于naturemedicine，题目为Single-cellatlasofcolonicCD8+Tcellsinulcerativecolitis，作者使用单细胞转录组学与

概普生信·2023-08-03 00:54

RNASeq实战练习-hisat2比对与featurecounts定量

hisat2构建索引#进入参考基因文件所在目录cd/home/jiamj/analysis/ref#激活rnaseq分析环境condaactivaternaseq#提取外显子和可变剪切构建转录组比对的索引文件

小小白的jotter·2023-08-02 18:42

copyKAT从单细胞RNASeq数据推断人类肿瘤的基因组拷贝数CNV

也是通过单细胞转录组数据来推断细胞的染色体倍数，进而推断是正常细胞（diploid）还是肿瘤细胞（aneuploid）。它还可以进一步对肿瘤细胞进行聚类，找出不同的亚群。首先看一下原理及工作流程图。

Seurat_Satija·2023-08-02 09:08

2022-06-27肝脏发育学习

我们确定了从肠内胚层到成肝细胞的胚胎肝脏发育轨迹，并表征了肝谱系的转录组。更重要的是，我们将肝原基鉴定为具有肠道和肝脏特征的新生肝祖细胞，并在E9.5-11.5期间肝脏规范阶段

科研与生信记录·2023-08-02 07:13

GEO数据上传的详细步骤演示

GEO数据上传的详细步骤演示想必很多老师、同学们对转录组相关数据如何上传至GEO数据库存在困惑，本篇整理了GEO数据上传的相关步骤，教大家如何上传数据。

纪伟讲测序·2023-08-01 23:22

特征选择策略：为检测乳腺癌生物标志物寻找新出口

内容一览：microRNA（小分子核糖核酸）是一类短小的单链非编码RNA转录体。这些分子在多种恶性肿瘤中呈现失控性生长，因此近年来被诸多研究确定为确诊癌症的可靠的生物标志物(biomarker)。

HyperAI超神经·2023-08-01 19:30

mirRNA与lncRNA研究策略

一、miRNA的一般研究策略miRNA也称微RNA、microRNA，是真核生物中广泛存在的一种长度为21-23nt的RNA分子，可通过与mRNA的结合，抑制mRNA的转录，因此在基因表达调控、细胞周期

Ray钱·2023-08-01 12:42

噼里啪啦新·2023-08-01 09:13

10X空间转录组数据分析之细胞的空间依赖性

10X空间转录组时空基因细胞动态（共定位）绘图10X空间转录组分析之细胞

单细胞空间交响乐·2023-07-31 22:07

一文了解Count、FPKM、RPKM、TPM | 相互间的转化 | 收藏教程

----Du•转录组使用hisat2比对后，我们会

小杜的生信筆記·2023-07-31 21:59

高通量数据中批次效应的鉴定和处理 - 系列总结和更新

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述

生信宝典·2023-07-31 14:44

医学博士需要掌握的10万个为什么之3---假基因

[1]假基因可视为基因组中与编码基因序列非常相似的非功能性基因组DNA拷贝，一般情况都不被转录，且没有明确生理意义。

Seurat_·2023-07-31 13:07

2020-06-14

转录：一、认定了的路，再痛也不要皱一下眉头，你要知道，再怎么难走都是你自己选的，你没有资格喊疼。二、不到最后一刻，千万别放弃。

陈安娜·2023-07-31 10:02

各物种转录组数据下载和可视化

qTeller.png二、水稻:rap-db下载，如转录本Os11t0559200-00，搜索，可以找到https://rap

新_世_界·2023-07-31 03:32

来一波基于干细胞指数的生信分析思路吧！

我们使用一种创新的一类逻辑回归机器学习算法来提取源自非转化多能干细胞及其分化后代的转录组和表观遗传特征集，建立干细胞指数模型，评估肿瘤干细

vegene·2023-07-30 23:45

干货 | 一文读懂miRNA的生物合成、调控机制及研究热点

转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括mRNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA等，而在众多的RNA类型中，越来越多的研究者将目光聚焦到miRNA

中科新生命·2023-07-30 13:32

空间转录组聚类分析与生态位

作者，追风少年i对于单细胞和空间转录组的数据分析而言，聚类分析都是绕不开的一个话题，从单细胞数据分析的角度看，聚类分析得到的聚类结果，每个群代表了某种细胞类型，运用经典的marker或者生信的手段可以将其注释并用于下游的个性化分析

单细胞空间交响乐·2023-07-30 11:47

肾上腺基础

来源于血液中的低密度脂蛋白（LDL）3.肾上腺分泌激素相对量：糖皮质激素10-20mg/d，盐皮质激素100-150μg/d，雄激素>20mg/d4.ACTH是POMC（阿片黑皮质素前体）的一部分，腺垂体有POMC基因的转录

张帆_d681·2023-07-30 09:11

左手靶向基因，右手组学结合 — 多维发展的10x Genomics单细胞转录组

单细胞转录组测序允许在单细胞水平直接分析基因表达，并在单细胞水平分析细胞内群体异质性、定义细胞类型、细胞状态和细胞的动态转变。

贝瑞科服·2023-07-30 07:57

单细胞研究 | Cell BLAST：一个自带高质量参考数据库的scRNA-seq数据检索/注释工具

精确的单细胞转录组（scRNA-seq）数据检索和注释需要：1.克服数据集之间的批次效应；2.跨物种、平台、具有高质量注释的scRNA-seq数据库。

尐尐呅·2023-07-30 06:28

植物一区H&R | 植物生理组+转录组：揭示豆科植物响应干旱胁迫机制

中国计量大学徐沛教授团队在《HorticultureResearch》期刊上(IF=7.291)发文中，利用PlantArray和转录组在豇豆和毛豆中精细地揭示

SHANGHAILINGEN·2023-07-29 17:26

多组学高分文献14-乳腺癌定量蛋白质组学和蛋白质组学前景

Breastcancerquantitativeproteomeandproteogenomiclandscape乳腺癌定量蛋白质组学和蛋白质组学前景期刊：NatCommun；影响因子：12.121发表单位：瑞典卡罗林斯卡研究所等导读分子水平上，乳腺癌基于转录组表达谱可以分成

纪伟讲测序·2023-07-29 13:25

10X单细胞（10X空间转录组）空间相关性分析和cellphoneDB与NicheNet联合进行细胞通讯分析

hello，大家好，随着10X单细胞、10X空间转录组如火如荼的进行中，我们的分析内容和手段也要进入深水区了，很多深入和细节的分析需要我们格外注意了，今天我们来分享两个非常好的点，希望大家能够深入分析自己的数据

单细胞空间交响乐·2023-07-29 08:49

2019-10-27寻找rDNA的足迹（9）

读文献真的很瞌睡，很瞌睡，很瞌睡，很.......zzZZ众所周知，核糖体由核糖体蛋白与核糖体RNA共同组成,rRNA是由前体rRNA经过复杂的剪接得到，pre-rRNA是rDNA的转录本，而rDNA是在几个染色体上邻近端粒的重复片段

嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2023-07-29 02:55

10X单细胞（10X空间转录组）降维分析之UMAP

hello，大家好，关于降维算法，在之前分享的文章10X单细胞（10X空间转录组）降维分析之tSNE（算法基础知识）详细介绍了tSNE的降维原理，但是大家都知道，在我们分析10X单细胞或者10X空间转录组数据的时候

单细胞空间交响乐·2023-07-28 21:12

2019-07-23

零基础快速入门单细胞转录组BulkRNA-seq需要百万级别的cell建库不适用于异质性的表达不适用于基因表达的随机性而单细胞都可以满足AvivRegev（BroadInstitute）是干细胞领域的大牛

DrLyo·2023-07-28 19:33

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