.nii.gz

ITK + ANT，无法显示三维

背景：之前用ANT保存ima格式的数据，选择的是保存所有的序列用python将dicom转为nii的格式，importnibabelasnibimporttorch"""不管是nii还是nii.gz都是二维的
qq_1248742467·2024-01-20 06:48

几种读nii图像方法的轴序比较

读.nii/.nii.gz图像并转成numpy可用medpy.io、nibabel、itk、SimpleITK几种方法，然而几种方法读出来的轴序有出入，本篇比较此几种方法。
HackerTom·2024-01-05 00:51

医学图像 ABIDE 等数据集 .nii.gz Python格式化显示

nii.gz文件.nii.gz文件通常是医学影像数据的一种常见格式，比如神经影像（如脑部MRI）。
zoe_ya·2023-11-29 18:02

医学图像配准软件 ANTs（Advanced Normalization Tools）的安装和使用说明

ANTs支持2D和3D的图片，包括以下格式的文件：•Nifti(.nii,.nii.gz)•Analyze(.hdr+.img/.img.gz)•MetaImage
棉花糖灬·2023-10-26 10:37

医疗图像分割指标

医疗图像其中两种图像格式：MRI（MagneticResonanceImaging，磁共振成像）、CT（ComputedTomography，计算机断层），常存成.nii.gz格式。
HackerTom·2023-09-30 16:52

【无标题】

处理医学图像中的nii和nii.gz文件查看nii文件nii文件转png图像将nii.gz文件转为png图像查看nii文件可以下载ITK-SNAP（医学图像2D/3D可视化）进行查看，下载链接安装：直接双击
aoeiuv～·2023-08-15 15:49

将医学图像.dcm格式与.nii.gz格式进行一些处理

介绍.dcm文件是一种医学上用于存储CT、核磁共振等成像方式得到的患者器官图像的文件格式.nii.gz是通过标注软件导出的3D标签(可以看作一个np数组)我们通过pydicom和nibabel这两个包来辅助我们进行操作读取
Andy in boots·2023-08-15 15:48

详细~~医学图像格式转换（.h5文件转为nii.gz文件！！！）

首先先查看一下.h5文件中的内容：importh5pydefshow_hdf5_datasets(h5_file_path):withh5py.File(h5_file_path,'r')ash5_file:print("DatasetsintheHDF5file:")fordataset_nameinh5_file:print(dataset_name)h5_file_path='input_f
别和我抢安慕嘻·2023-07-29 18:22

医学图像配准工具ANTs的配置和入门

用这个库会自动生成一个“.mat”文件和一个".nii.gz"文件存放在tmp目录中，并且不会自动删除(按道理临时文件会自动删除，但是我当时并没有自动删除这些临时文件)。
Joker 007·2023-07-16 23:08

如何批量把影像数据DICOM转化为nii.gz

批量转换DICOM文件为nii.gz格式批量把影像数据DICOM转化为nii.gz准备代码如下谢谢批量把影像数据DICOM转化为nii.gz准备1.安装SimpleITKITK是一个功能很强大的医学图像处理公开库
爱吃饭的虎虎·2023-04-20 11:25

Python SimpleITK 将dicom数据转为nii.gz

importSimpleITKassitkimportnumpyasnpimportosimportshutildefformat_conversion(work_path):''':paramswork_path:workdirpath---root--sud_dir(fixeddir)--other_files:ToDo:getdicomdir'''case_list=os.listdir(p
Along1617188·2023-04-20 11:55

python医学影像3Dnii文件转成2Ddicom文件(保留原始dicom信息)

dicom文件,经过插值裁剪后转成以一个3Dmatnii矩阵2.现在的需求是把处理过的3Dnii矩阵还原成2Ddicom文件,并且保留原始dicom信息.1.插值裁剪后的影像数据image.png每一个.nii.gz
Nick是老外·2023-04-07 08:09

【分割数据集操作集锦】毕设记录

将序号补全成文件名fname='amos_'+str(id).zfill(4)+'.nii.gz'根据json格式将1中列表补入字典#
bulibuli蛋·2023-03-23 21:15

医学图像格式转换 -- .dcm转为.nii.gz

注：代码主要根据dcm2nii.多张dcm文件转换成nii等其他格式的存储。进行函数整合，感谢原作者！#coding=utf-8importSimpleITKassitkdefdcm2nii(dcms_path,nii_path):#1.构建dicom序列文件阅读器，并执行（即将dicom序列文件“打包整合”）reader=sitk.ImageSeriesReader()dicom_names=r
dreamandgo·2023-02-01 13:19

使用Unet进行脊柱分割爬坑记录

bug不过夜的信仰，终于在晚上10.30成功debugg，记录一下使用Unet网络训练自己的脊柱分割网络首先准备训练集，一开始这个数据集是用github上的一个完整的代码进行处理的，下载下来的数据集是nii.gz
黑夜里游荡·2023-01-17 11:15

一款专门为医学图像定制的框架（MONAI），太好用了！

就是这个框架~~~~~思考一下几个问题在pytorch中如何加载nii.gz格式的三维数据，dataset应该怎么写？在pytorch中，如何对医学数据做一些常用transform？
Tina姐·2023-01-01 17:24

基于FSL的DTI数据预处理流程

1.格式转换：将后缀名为dcm的原始数据转换为后缀名为nii.gz格式的
zaza_zaza·2023-01-01 10:25

nii格式和nii.gz格式详解

文章目录nii基础hdr/headerExtensionImage坐标体素转换矩阵转换矩阵内部参数概念转换矩阵组成转换矩阵应用nii格式最后nii基础大部分医学领域导出dicom格式，但是太复杂了。很多时候，将dicom转换为nifti格式也就是nii格式。一个NIFTI格式主要包含三部分：hdr,ext,img。hdr/header这部分数据长度是固定的，当然不同版本可能规定的长度不同，但是同一
三丰杂货铺·2022-12-23 07:34

monai如何读取.nii/.nii.gz数据

单个读取：frommonai.transformsimportLoadImageimg_loader=LoadImage()img_array=img_loader("xxx.nii.gz")#读取到的img_array是继承了pytorchtensor的类，可以使用tensor有关的方法批量读取：frommonai.transformsimportLoadImageDdict_loader=Lo
一头小学牲·2022-12-23 07:34

Python读取NIFTI格式图像（.nii文件）和 .npy格式文件

单独的.nii格式文件的优势就是可以使用标准的压缩软件（如gzip）进行压缩，而且一些分析软件包（比如FSL）可以直接读取和写入压缩的.nii文件（扩展名为.nii.gz）。
NANCYGOODENOUGH·2022-12-23 07:33

SimpleITK读写nii.gz文件

SimpleITK读写nii.gz文件1、读写nii.gz文件2、对于神经网络输出概率生成二值图保存1、读写nii.gz文件##usingsimpleITKtoloadandsavedata.importSimpleITKassitkitk_img
落花逐流水·2022-12-23 07:33

使用SimpleITK读取、保存、处理nii文件

目录前言nii格式读取nii成numpy格式将numpy格式保存成nii什么是origin、Direction、Spacing，以及如何设置它们示例重采样重采样代码参考链接前言nii.gz格式是保存医学图像非常重要一种格式
遇到坎就得迈过去·2022-12-23 07:03

【Python】使用VTK实现3D可视化医学图像（格式.nii.gz）

需要安装依赖itk和vtk，效果如下代码importitkfromvtkmodules.vtkCommonColorimportvtkNamedColorsfromvtkmodules.vtkFiltersGeneralimportvtkDiscreteMarchingCubesfromvtkmodules.vtkRenderingCoreimportvtkActor,vtkPolyDataMap
望天边星宿·2022-12-20 21:10

使用SimpleITK进行3D图像连通域分析

相邻的像素值视为同一个连通域，不区分像素值）非医疗图像需要先封装为SimpleITK.Image，或者使用scikit-image二、SimpleITK连通域分析SimpleITK库用于处理医疗图像（nii、nii.gz
weixin_43838967·2022-12-17 21:20

3DSlicer入门操作教程

视图切片视图数据格式DICOM格式NIFTI格式DICOM和NIFTI的区别Nrrd格式.mhd+rawmhd格式数据3DSlicer数据格式数据保存数据格式之间的关系1.mrml与nrrd格式之间的关系2.nii与nii.gz
luemeon·2022-12-06 23:20

Linux查看文件数量

查看当前文件夹下有多少个文件，多少个子目录需在终端输入ls-l|wc-l查看当前文件夹中文件的数量，则需在终端输入/bin/ls-l|grep^-|wc-l参考：查看linux文件夹下文件数量比如我要查看当前文件夹下“.nii.gz
落花逐流水·2022-11-29 12:47

【记录】python使用nibabel和sitk读取保存nii.gz文件

nii.gz格式是医学图像常用的压缩格式，python中可用nibabel和sitk来读取保存。
脆鲨Nana7mi·2022-11-26 03:58

VTK例子--使用vtkNIFTIImageReader读unsigned char的nii.gz文件并使用vtkImageReslice切面显示RGB

功能对掩膜数据进行MPR的操作，获取切面图像，并转换为RGB图像，使用OpenCV展示；涉及功能点：1.使用vtkNIFTIImageReader类读取nii.gz文件；2.使用vtkImageReslice
黑山老妖的博客·2022-11-25 11:54

初学nii格式文件

文章目录一、查看、读取和显示nii.gz文件二、初学nii格式文件一、查看、读取和显示nii.gz文件参考链接1：【数据处理】nii文件解析参考链接2：查看和显示nii.gz文件参考链接2：常见的医学影像数据格式及其读取与保存
Gao+Ling·2022-11-22 04:24

python读取nii文件_读取nii或nii.gz文件中的信息即输出图像操作

读取nii或者nii.gz文件中的信息，并且输出图像。
weixin_39613951·2022-11-22 04:18

一文看懂如何用 Python 查看三维数据 (nii.gz格式) 的各种图像参数

Python如何读取CT/MRI数据的大小，值范围，层厚，分辨率等信息一文看懂如何用Python查看三维数据(nii.gz格式)的各种图像参数编程环境：jupyternotebook导入所有安装包importnumpyasnpimportnibabelasnibfromipywidgetsimportinteract
Tina姐·2022-11-22 04:15

【三、对问题进行了解决】MT-Unet模型重新训练腹部和冠脉数据集【个人记录学习】

Q5:训练出来的.nii.gz偏白色，猜测是像素值的区间出现了问题，应该可以通过归一化到[0，255]Q1：个人感觉没必要了，tes
OWN CODE WORLD·2022-11-18 08:54

【Python】SimpleITK使用笔记

2.1常见属性2.1读取和保存图像2.2SimpleITK图像数据和Numpy矩阵数据之间的转换3.功能1.概念1.1nii格式nii格式是保存医学图像非常重要一种格式，nii格式就是后缀名为.nii或.nii.gz
望天边星宿·2022-11-13 10:10

如何用python读取医疗影像nii.gz格式的数据

如何用python读取医疗影像nii.gz格式的数据.nii或.nii.gzpython读取.nii文件.nii或.nii.gznii格式数据即为NIFTY格式数据。
养乳猪啦·2022-09-01 08:46

python读取nii文件、nii.gz文件

显示标准nii.gz或nii文件importnumpyasnpimportnibabelasnibfromipywidgetsimportinteract,interactive,IntSlider,ToggleButtonsimportmatplotlib.pyplotasplt
我是一个小稻米·2022-04-22 07:58

nii图像读取

./***.nii.gz')img=sitk.GetArrayFromImage(itk_img)print("imgshape:",img.shape)##saveout=sitk.GetImageFromArray
snowpigppp·2021-06-15 03:01

DTI（dwi）使用FSL做预处理及做TBSS处理流程（fsleyes查看结果）

后来我用dwi的文件（包含四维的.nii.gz、bvec、bval文件），用上面的流程发现中间有个文件生成不了，于是又找了别的方法才搞定。不过结果都是一样的，反正就是生成FA嘛。
Fenplan·2020-09-15 10:07

ITK 多张图像转成单个nii.gz或mha文件

主要实现的部分是利用NameGeneratorType读入系列图像，见头文件#include"itkNumericSeriesFileNames.h"。需要包含的头文件有：#include"itkImage.h"#include"itkImageSeriesReader.h"#include"itkImageFileWriter.h"#include"itkNumericSeriesFileNam
zhimingf·2020-09-11 20:19

python读取.nii.gz文件并使用nibabel展示医学图片

数据集：Brats2019数据集importnibabelasnibfromnibabel.viewersimportOrthoSlicer3Dexample_filename=r'\HGG\BraTS19_2013_2_1\BraTS19_2013_2_1_t1ce.nii.gz'img=nib.load(example_filename)OrthoSlicer3D(img.dataobj).s
wyy小可爱·2020-09-11 20:49

Freesurfer简介及学习推荐

Freesurfer许多功能都可以利用软件包中集成好的pipeline来实现，可以参考官网进行了解，也可以调用一些单独的命令来实现自己的需求，比如查看.mgz/.nii.gz等格式文件的信息时用到的mri_info
子若无双·2020-09-11 20:33

python使用nibabel和sitk读取保存nii.gz文件

nii.gz格式是医学图像常用的压缩格式，python中可用nibabel和sitk来读取保存。
小鹿学长·2020-09-11 20:45

使用SimpleITK读取和保存NIfTI文件

./***.nii.gz')img=sitk.GetArrayFromImage(itk_img)print("imgshape:",img.shape)##saveout=sitk.GetImageFromArray
张筱竼·2020-09-11 19:35

python读取.nii.gz文件并展示医学图片

python读取.nii.gz文件并展示医学图片注意细节我的数据集格式展示图片补充注意细节第一次做医学图像相关的内容，拿到数据集却不会用，搞了半天终于可以打开显示了，必须写一个给跟我一样的小白！！！
hahahashinia·2020-09-11 19:03

nibabel库 - 初步

官方的网址如下：https://nipy.org/nibabel/nibabel_images.html#the-image-object首先，自然是安装库，然后我们使用load函数来读取一个nii.gz
Pierce_KK·2020-09-11 19:19

ADNI数据集：.nii格式转换为.png格式

15个.nii文件分别查看每个文件的详细信息，以得到shape维度信息importnibabelasnibfile='D:\\图像分割\\AD\\AD_015\\AD_015.nii'#你的nii或者nii.gz
qq_39622795·2020-08-16 07:09

.hdr/.img文件转nii.gz（利用Matlab和SPM）

步骤1：参考CSDN博主「咸鱼酱」，使用Matlab和SPM软件包将hdr/img格式的文件转成nii格式原文链接：CSDN博主「咸鱼酱」的原创文章：https://blog.csdn.net/Lyrassongs/article/details/88544903%%img2nii.m--------------------------------------------%Scripttoconv
Iris_bysshqx17·2020-08-01 10:10

itk 读取dcm 或nii.gz数据

关键代码如下，判断如果是dcm,则转换为nii.gz：#include"itkGDCMSeriesFileNames.h"usingNamesGeneratorType=itk::GDCMSeriesFileNames
COSummer·2020-07-11 01:21

python使用nibabel和sitk读取保存nii.gz文件实例

nii.gz格式是医学图像常用的压缩格式，python中可用nibabel和sitk来读取保存。
·2020-07-01 12:40

ITK 实现多张图像转成单个nii.gz或mha文件案例

主要实现的部分是利用NameGeneratorType读入系列图像，见头文件#include"itkNumericSeriesFileNames.h"。需要包含的头文件有：#include"itkImage.h"#include"itkImageSeriesReader.h"#include"itkImageFileWriter.h"#include"itkNumericSeriesFileNam
·2020-07-01 12:07

读取nii或nii.gz文件中的信息即输出图像操作

读取nii或者nii.gz文件中的信息，并且输出图像。
·2020-07-01 12:05
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