.nii

dicom批量转Nii格式

importSimpleITKassitkimportnumpyasnpimportpydicomimportos'''功能：读取filepath下的dcm文件返回值：读取得到的SimpleITK.SimpleITK.Image类其他说明：file=sitk.ReadImage(filepath)获取基本信息，大小，像素间距，坐标原点，方向file.GetSize()file.GetOrigin(
大风的blog·2023-04-20 11:55

H5文件简介以及python对h5文件的操作

文章目录前言HDF与h5简介数据组织方式HDFView下载与安装在WIN10系统安装后打开出现黑框闪退的解决方法python对h5文件的操作批量制作h5文件h5文件的提取，另存为nii文件前言一般来说，
Jiaxxxxxx·2023-04-19 21:58

医学图像Dicom(.dcm)转换为NIFTI(.nii)格式

文章目录前言医学图像格式DICOMNIFTIpython代码前言NIfTI中的图像原始数据一般被存储成了三维图像，而dicom存储为二维图层，所以相对于DICOM文件，NIFTI文件更加易用于机器学习，因为NIfTI是三维图像，处理一个单独的NIfTI文件要比处理成百上千个DICOM文件更加容易一些。医学图像格式DICOM和NIFTI是最常用的格式，下面对其进行简单介绍。DICOMDICOM代表的
Jiaxxxxxx·2023-04-19 21:58

读取nii文件

Traceback(mostrecentcalllast):File"E:\PyCharm2021.3.3\plugins\python\helpers\pydev\pydevd.py",line1483,in_execpydev_imports.execfile(file,globals,locals)#executethescriptFile"E:\PyCharm2021.3.3\plugin
NewDay_·2023-04-09 08:16

python医学影像3Dnii文件转成2Ddicom文件(保留原始dicom信息)

dicom文件,经过插值裁剪后转成以一个3Dmatnii矩阵2.现在的需求是把处理过的3Dnii矩阵还原成2Ddicom文件,并且保留原始dicom信息.1.插值裁剪后的影像数据image.png每一个.nii.gz
Nick是老外·2023-04-07 08:09

nnUNet windows 遇到的 bug

\nnUNet_raw_data\\Task004_Hippocampus\\imagesTr\\Task04_Hippocampus\\imagesTr\\hippocampus_001_0000.nii.gz
*小呆·2023-04-02 03:50

【分割数据集操作集锦】毕设记录

将序号补全成文件名fname='amos_'+str(id).zfill(4)+'.nii.gz'根据json格式将1中列表补入字典#
bulibuli蛋·2023-03-23 21:15

类型与值

在Lua中有8种基础类型：niI（空）、booIean（布尔）、number（数字）、string（字符串）、userdata（自定义类型）、function（函数）、thread（线程）和tabIe（
c335283e0279·2023-03-15 15:07

【SimpleITK】CT数据的3D space归一化

导入依赖库importSimpleITKassitkimportmatplotlib.pyplotasplt示例数据exaple_file='1.nii.gz'使用sampleITK读取数据,注意SimpleITK
是Billy呐~·2023-02-23 21:56

python医学影像2Ddicom文件转成3Dnii文件(保留原始dicom信息)

最近处理医院影像数据时,遇到的需求:把预处理后的MRI影像的每个序列的所有dicom文件保存成nii文件,并且要保留原始的dicom信息预处理后的MRI影像序列image.png每个序列下有多张dicom
Nick是老外·2023-02-17 17:58

如何使用MONAI构建多分类dataset--直接从文件夹加载数据

简单区分一下以array形式加载数据images=["IXI314-IOP-0889-T1.nii.gz","IXI2
Tina姐·2023-02-03 23:00

MONAI-如何加载图像

默认阅读器：(nii,nii.gz->NibabelReader),(png,jpg,bmp->PILReader),(npz,npy->NumpyReader),(others->ITKReader)
@左左@右右·2023-02-03 23:53

pytorch实现自定义医学3d图像数据集dataset

这里的图像数据和标签数据都是nii数据，并且已经调整好了窗宽窗位和归一化。如果你的数据没有上述操作，还需要另外加入代码处理。
吴天德少侠·2023-02-01 14:47

python dicom 3d,python医学影像2Ddicom文件转成3Dnii文件(保留原始dicom信息)

最近处理医院影像数据时,遇到的需求:把预处理后的MRI影像的每个序列的所有dicom文件保存成nii文件,并且要保留原始的dicom信息预处理后的MRI影像序列image.png每个序列下有多张dicom
读书猫CC·2023-02-01 13:21

医学图像格式转换 -- .dcm转为.nii.gz

注：代码主要根据dcm2nii.多张dcm文件转换成nii等其他格式的存储。进行函数整合，感谢原作者！
dreamandgo·2023-02-01 13:19

python+itk+读取dicom数据，并保存为nii文件

上代码importitkimportnumpyasnpif__name__=='__main__':file_path="D:/test/004HeRuiPing_CT"image=itk.imread(file_path,pixel_type=itk.D)spacing=image["spacing"]direction=image["direction"]origin=image["origi
吴天德少侠·2023-02-01 13:49

医学图像将dcm格式转化的nii格式如何处理

1.数据格式在MRI数据不同序列下存放着dcm格式的数据，以及单个nii格式的mask文件，所以需要将data和label分离。
Jorko的浪漫宇宙·2023-02-01 13:19

dcm转换为nii

#path_read:读取dicom的文件路径path_save:保存nii的文件路径defdcm2nii(path_read,path_save):#GetGDCMSeriesIDs读取序列号相同的dcm
一..一·2023-02-01 13:19

记录贴：转换dcm/dicom数据为nii格式

本文记录如何将dcm/dicom数据转换为nii数据现在常用的医学图像格式包括有nii和dicom数据，如何完成这两种格式的转换十分有用，此文主要记录的怎么将dicom数据转换为你并保持空间关系的对应。
吊炸天的小鸿鸿·2023-02-01 13:18

用python将dycom .dcm格式图像转换为nifti .nii

安装：pipinstalldicom2nifti第二步，在你的python代码中使用dicom2nifti.convert_directory()函数,可以将对应目录文件夹下的序列.dcm文件转换为.nii
Rabbitdeng1009·2023-02-01 13:18

Python DCM转NRRD及NRRD转NII

使用radiomics等库对病理信息进行分析时，可能需要用到NRRD格式的原文件与NII格式的MASK掩膜文件，所以还需要掌握DCM转NRRD以及NRRD转NII的方法DCM转NRRD可参考这位博主的博客
渺邈·2023-02-01 13:45

dcm转为nii，ITK提取dcm的(ct转)gray像素、GetSpacing、(‘0028|1052‘) intercept slope信息

dcm转nii，把501序列和201序列dcm提取出的数值相减，期间需要将个别文件的HU值(-1024~3071)转为GRAY(0-4096)，格式为uint16，保存为nii时用到了501序列和201
观自在琉璃·2023-02-01 13:15

Python VTK Read Write 常用读写以及 渲染 显示

/data/seg.nii')Reader.Update()reader=vtk.vtkSTLReader()reader.SetFileName("D:/stress.stl")reader.Update
恋恋西风·2023-01-31 12:06

机器学习中数据清洗&预处理

数据预处理是建立机器学习模型的第一步，对最终结果有决定性的作用：如果你的数据集没有完成数据清洗和预处理，那么你的模型很可能也不会有效第一步，导入数据进行学习的第一步，我们需要将数据导入程序以进行下一步处理加载nii
zhhfan·2023-01-29 17:27

影像组学nii瘤周扩展Python代码思路

影像组学nii瘤周扩展Python代码影像组学分析过程中，有时候会进行瘤周的分析，这时候就要用到ROI的扩展。本文记录我的瘤周扩展的思路，供大家参考。
新奥尔良乳猪·2023-01-28 23:41

使用Unet进行脊柱分割爬坑记录

bug不过夜的信仰，终于在晚上10.30成功debugg，记录一下使用Unet网络训练自己的脊柱分割网络首先准备训练集，一开始这个数据集是用github上的一个完整的代码进行处理的，下载下来的数据集是nii.gz
黑夜里游荡·2023-01-17 11:15

c++获取当前路径

=nullptr){stringsavePath(savePath_);savePath.insert(savePath.size(),"/ball.nii.gz");cout<
吴天德少侠·2023-01-16 04:21

Pyqt5+matplotlib+NIFTI(nii)图像显示（1）

创建Gui文件用Qtdesigner创建一个Gui文件，添加pushbutton、GroupBox、Widget、HorizontalSlider控件，并将Widget放在GroupBox里面将Gui文件转换为py脚本（具体方法这里就不赘述了哈）fromPyQt5importQtCore,QtGui,QtWidgetsclassUi_Dialog(object):defsetupUi(self,D
arcmosin·2023-01-12 05:28

Pyqt5+matplotlib+NIFTI(nii)图像显示（2）显示融合图像

配置Gui承接上文，在原有的Gui文件上添加一个pushbutton和两个radiobutton控件，并将其中一个radiobutton默认checked选中将Gui文件转换为py文件fromPyQt5importQtCore,QtGui,QtWidgetsclassUi_Dialog(object):defsetupUi(self,Dialog):Dialog.setObjectName("Di
arcmosin·2023-01-12 05:28

学习记录（四）：医学图像配准使用到的代码。

1.python以三视图形式显示三维.nii格式医学图像importnibabelasnibfromnibabel.viewersimportOrthoSlicer3Dfile=nib.load("path
YA!·2023-01-10 17:30

python 笔记：打开nii格式（nibabel 库）

1nii格式介绍1.0Analyze格式在解释NII（NIFTI，neuroimaginginformationtechnologyinitiative）格式之前，我们需要先知道一下Analyze格式。
UQI-LIUWJ·2023-01-10 17:58

利用Nibabel载入示例图片,并进行图像切片

nibabel是一个可以读取和处理.nii格式图像的python库1.利用Nibabel载入示例图片importosimportnumpyasnpimportnibabelasnib#载入模块fromnibabel.testingimportdata_pathexample_file
云端浅蓝·2023-01-10 17:58

Nifti1Image需要掌握的一些点

用nibabel读取的时候，可以把image.nii文件读到image中，img是nibabel.nifti1.Nifti1Image类型的。
Never_Jiao·2023-01-10 17:28

nii文件转jpg，保存在同一文件夹下

问题描述：有一批nii文件，需要转换成jpg格式，将转换后的jpg文件保存在同一文件夹下。思路：通过nib.load读取nii文件转化为数组形式，再通过imageio.imwrite导出jpg文件。
云端浅蓝·2023-01-10 17:28

使用freesurfer和3Dslicer进行脑区分割和电极定点（日常记录）

MATLAB插件spm12、fieldtrip，Windows下载mricron、Slicer3D（需要插件SlicerFreeSurfer）软件文件准备ct和mrit1文件，格式为dicom，需要转换为nii
zQIANYUN·2023-01-08 16:04

python dicom 三维重建_CT扫描图的三维重建

文件格式：raw/mdh/dicom/nii/nd|文件类型位深度(BitDepth)是数位影像中所有的像素所呈现出来的色调数量。
虚幻引擎·2023-01-07 07:11

RIRE数据集格式转换(转.nii格式)

RIRE数据集可以在官网获取(https://bafybeih23xv6uamx7k27wk4uvzkxdtdryqeok22hpl3ybideggcjhipwme.ipfs.dweb.link/rire)由于数据集没有封装在一个文件夹下，因此需要单个重复下载，以其中两个为例，下载后的数据集如下所示。在工程目录下新建文件夹datafile，将下载后的数据集(.tgz)直接放进去，不用进行解压。注意
是小峰呀·2023-01-05 21:12

一款专门为医学图像定制的框架（MONAI），太好用了！

就是这个框架~~~~~思考一下几个问题在pytorch中如何加载nii.gz格式的三维数据，dataset应该怎么写？在pytorch中，如何对医学数据做一些常用transform？
Tina姐·2023-01-01 17:24

基于FSL的DTI数据预处理流程

1.格式转换：将后缀名为dcm的原始数据转换为后缀名为nii.gz格式的
zaza_zaza·2023-01-01 10:25

利用fsl进行配准

利用fsl进行配准配准概念配准就是将两个不同空间(体素，扫描的位置不一致的nii)，配准到同一个空间上，使得两者在大脑上的相应位置就可以一一对应上了通常MRI数据处理的步骤：先配准到template,再
深夜不安静，音乐听听而已·2023-01-01 10:52

FSL、MRICRON预处理DICOM数据，python读取nii,并降采样

步骤：1）dicom数据转换为nii数据2）FSL的bet提取大脑3)FSL的flirt配准到标准大脑模板(/usr/local/fsl/data/standard/MNI
kether_·2023-01-01 10:51

用于深度学习的医学图像预处理

用于深度学习的医学图像数据，往往非常庞大，如果从网上下载公开数据集数据，往往有几十GB的图象数据，我们需要先进行预处理，将其转换成适合深度学习网络训练的形式：变为或者我们还需要：Dicom变为nii，变为
张小懒君·2023-01-01 09:01

Python JPG转DCM,DCM转JPG,DCM转NRRD,NRRD转NII

PythonDCM转JPG转NRRD转NII方法本文将介绍以下文件格式间的转换DCM→JPGJPG→DCMDCM→NRRDNRRD→NIIDCM文件是一种医学影像文件，除了文件信息，还包含影像数据，即图像信息
渺邈·2022-12-27 20:46

Python itk笔记--读取NIFTI图像

例如：importitknii_path='test.nii.gz'nii_img=itk.imread(filename=nii_path)imread()函数存在于itk安装包的support/extras.py
ZhaoBJ_CV·2022-12-27 12:02

nii文件中的方向理解

这个方向问题还是绕了我一段时间，这次理了一下，记录理解，原文见OrientationandVoxel-OrderTerminology:RAS,LAS,LPI,RPI,XYZandAllThat1.方向定义也就是说：superior-inferior->头到脚anterior-posterior->正脸到后脑勺right-left->右半边到左半边这些都是以病人为中心来说的。还有一个常用的方向是m
zhangjipinggom·2022-12-23 07:34

读取nii文件

方式一importmatplotlibmatplotlib.use('TkAgg')#需要查看的nii文件名文件名.nii或nii.gzfrommatplotlibimportpylabaspltimportnibabelasnibfromnibabelimportnifti1fromnibabel.viewersimportOrthoSlicer3Dexample_filename
康康认识吗·2022-12-23 07:04

.nii文件批量处理

以下代码可以批量计算分割的种类和每一类的的体积（立方厘米），并写入.xlsx文件中。#-*-coding:UTF-8-*-frompathlibimportPathimportSimpleITKassitkimportnumpyasnpimportpandasaspdimportxlwtimportpandasaspdfromcollectionsimportdefaultdictlabel_ma
不成为hacker不改名·2022-12-23 07:04

MATLAB下载处理.nii文件资源包（NIfTI_20140122zip)

目录NIFTI格式基本知识MATLAB处理．ｎｉｉ格式文件Nifti格式最初是为神经影像学发明的。神经影像信息学技术计划（NIFTI）将NIfTI格式预设为ANALYZE7.5格式的替代品。
小柴狗·2022-12-23 07:34

nii格式和nii.gz格式详解

文章目录nii基础hdr/headerExtensionImage坐标体素转换矩阵转换矩阵内部参数概念转换矩阵组成转换矩阵应用nii格式最后nii基础大部分医学领域导出dicom格式，但是太复杂了。
三丰杂货铺·2022-12-23 07:34

monai如何读取.nii/.nii.gz数据

单个读取：frommonai.transformsimportLoadImageimg_loader=LoadImage()img_array=img_loader("xxx.nii.gz")#读取到的
一头小学牲·2022-12-23 07:34
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