Aspera

对转录组测序数据进行分析以及注释

杨文国，孙勤红，三位老师的文献对测序数据进行分析以及GO注释，旨在学习测序数据分析的方法以及GO注释的方法数据来源于NCBI上的SRA数据库SRR0637841.原始测序数据下载与质控#下载数据~/.aspera
孤独巡礼_435a·2020-04-07 00:06

在Mac上使用Aspera的完整步骤

写在前面的话：在经过以下这些步骤之后，我又发现了用图形界面使用Aspera的办法，简单易懂。
桁_COLA·2020-03-24 14:32

Aspera工具安装与使用

在进行高通量分析的过程中，经常需要从NCBI或EBI下载动辄几十G的高通量数据，这东西，就算是神如迅雷，也是应付不了了，这个时候，为了加快传输速度，我们需要使用Aspera来高速传输了。
yangmqglobe·2020-03-20 09:54

ascp咋啦？如何从NCBI上下载sra数据？

前言今天（3.12日），想在NCBI上下载lncRNA数据，突然发现软件Aspera的ascp（报错：ascp:FailedtoopenTCPconnectionforSSH,exiting）下载不了。
风槿如画_7847·2020-03-14 12:03

Aspera的安装与使用 ---配合prefetch下载SRA数据

更新：使用方式：个人直接使用一下命令进行下载#还有个改进方式是制定文件下载的位置，否则默认在~/ncbi文件夹里面prefetch--ascp-path"/home/HWP/.aspera/connect
宁静的胡杨·2020-03-11 18:06

下载sra数据

尽量不要用wget或curl下载，速度慢，且有时下载不完全注意：Aspera>Sratools>ftp下载sra数据可以用Asper
记号晴系·2020-03-10 00:46

prefetch 使用

prefetch--option-fileSRR_Acc_List.txtsra数据会下载到家目录下的ncbi/public/sra中，perfetch默认aspera下载（如果存在于环境变量，否则使用
YX_Andrew·2020-03-06 14:17

RNA-seq无比对直接定量(Kallisto - sleuth流程)

用Aspera下载原始数据：#-l设置大些速度更快，默认大概10M;-k1设置断点续传-T不加密for((i=83;i<=99;i++));doascp
宇天_ngs·2020-02-17 07:28

一、常用软件安装

一、下载神器AsperaConnect下载wgethttp://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727
A_rrow·2020-02-14 13:32

生信技能树团队推出-aspera下载fastq数据终极工具

生信技能树团队推出-aspera下载fastq数据终极工具现在把这个技巧分享给大家，让我们的讲师助教团队总结了经验如下：国内从NCBI下载高通测序数据时候，由于数据量比较大，下载速度是个瓶颈，高速下载软件
天涯清水·2020-02-11 20:15

使用aspera下载.fastq.gz和.sra数据

asperaSRA数据库:SequenceReadArchive：隶属NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation)，它是一个保存高通量测序原始数据以及比对信息和元数据(metadata)的数据库，所有已发表的文献中高通量测序数据基本都上传至此，方便其他研究者下载及再研究。其中的数据则是通过压缩后以.sra文件格式来保存的。ENA数据库：Europe
Chipcui·2020-02-02 18:11

2020-01-17 【转录组】一、下载SRA、安装并使用fasterq-dump（SRA to fastq）

下载sra，最新版prefetch已不支持aspera，原因是ncbi数据存储已改成云模式，ascp并不支持，速度没优势prefetch--option-file~/data/mmussr.txt-O~
my_derek·2020-01-27 23:15

生物信息-测序数据的获取、 格式转换和质控

一，下载软件Aspera简介：Aspera是一款高速传输软件，不受文件大小，网络条件等影响，速度比HTP和FTTP协议快数百倍。Windows和Linux系统均可下载使用。
Lillian李李安·2019-12-30 12:55

ChIP-seq详细分析流程

：数据存放地址关于环境配置和软件安装请参考我之前的RNA-seq分析流程-------------------------------------------1软件安装及环境配置2sra数据下载(采取aspera
Y大宽·2019-12-13 18:37

测序数据的获取、格式转换和质控

1.获取测序数据Aspera软件以最快速度传输全球数据,不受文件大小、传输距离或网络条件的影响。
李则果·2019-12-08 12:44

NCBI下载SRA数据

NCBI有Aspera接口，速度很快。安装AsperaConnect后，prefetch优先使用ascp方式下载。
砖头机的灵感·2019-11-03 11:00

aspera 使用（简版）

系统：ubuntu18.0环境：miniconda3软件安装：condainstall-chccaspera-cli下载数据：通过SSH连接：ascp-v-k1-T-l200m-i~/miniconda3/etc/[email protected]:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra
mitoheng·2019-08-02 15:32

上传测序数据到NCBI的SRA数据库

参考链接1aspera的使用1.注册NCBI账户2.https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/选择SRA.3.新建提交。需要经过多个表格填写。
wo_monic·2019-07-21 11:32

虚拟机安装的ubuntu18.04开机提示线缆已拔除解决办法

问题每天晚上用VMware15安装的ubuntu18.04用aspera下载数据，等到第二天早上发现竟然断网，查看网络设置，显示线缆已拔除解决办法参考Wirelesslink的第二部分具体操作：1.打开主机打开网络和共享中心
不玩手机的蛇佬腔·2019-06-11 20:57

Aspera下载SRA文件

Aspera用法如下：Usage:ascp[参数]目标文件保存路径一、Aspera下载一个SRA文件Step1：建立Seqs文件夹保存下载序列mkdir~/SeqsStep2：下载SRA文件到Seqs文件夹
晓明_再出发·2019-04-28 12:08

NCBI NR文件下载和批量md5检验

【1】Aspera下载NCBI数据单个文件下载命令：ascp-i"C:\Users\Administrator\AppData\Local\Programs\Aspera\AsperaConnect\etc
nmkiby·2019-03-29 20:20

培训中常见报错整理_生信技能树_Amy Cui

xshell更新提示aspera安装aspera安装后，prefetch下载速度会很快，就像你冲了会员一样的快~安装方法见：这里image.png这个报错很常见，原因是还没添加环境变量的command，
Amy_Cui·2019-03-16 16:44

1.14 RNA-seq 之质控还没完成篇

很难过）miniconda已经安装加速下载先装个：asper#下载wget-chttps://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.8.1/ibm-aspera-connect
dandanwu90·2019-01-14 19:16

基因组数据的重测序分析

1.需要的软件软件名：Aspera版本号：3.6.2.117442软件名：sratoolkit版本号：2.9.2软件名：FastQC版本号：
lizg·2019-01-03 11:36

tophat2+cufflinks转录组测序实例（1）-数据准备

本次实验需要的软件有Aspera，SRA-toolki，tophat2，cufflinks，fastqc,Trimmomatic。
邱俊辉·2018-12-25 23:29

用Aspera软件下载SRR数据

SRA数据库SRA（SequenceReadArchive）数据库是用于存储二代测序的原始数据，包括454，Illumina，SOLiD，IonTorrent，Helicos等，SRA数据可以分为Studies，Experiments，Samples，Runs四类。SRA数据库中用不同的前缀加以区分四类数据：ERP或SRP表示Studies数据，SRS表示Samples数据，SRX表示Experi
琦_0c2a·2018-12-21 20:34

熊出没·变形记动画渲染蓝海创意云再次助力

由于影片制作需求，《熊出没·变形记》每天都有大量镜头需渲染，对于上传和下载速度都有超高要求，蓝海创意云渲染农场专门提供了Aspera高速传输工具等，保证数据传输的及时性和稳定性。
vsochina·2018-02-23 17:58

使用GEOquery下载GEO数据

最近需要下载一大批GEO上的数据，问题是我要下载的Methylation数据根本就没有sra文件，换言之不能使用Aspera之类的数据进行下载。
joshua_hit·2017-02-26 11:12

ASPERA的配置安装

专线太贵，所以找到了自家代言的商业加速软件aspera速铂。【前提】：1、linux环境，2、你的服务器可以ssh。3、你的服务器有图形界面。【部署】：1、建立用户及Aspera传输目录：??
晶lucky·2016-07-27 10:27

瑞云大事件

 时间轴：2015年12月29日大事件：瑞云科技获得IBM认证，取得Aspera软件中国第一家代理权“互联网+”时代的到来，推动互联网、云计算、大数据等与传统产业深度融合，人们对大数据文件传输、共享的需求空前膨胀
Renderbus·2016-04-06 09:00

FTP 需要10小时，IBM Aspera 只需8.4秒！

Aspera是什么呢？它是IBM专属的用于数据高速传输的工具。其创新一代的传输技术(fasp)，能不受文件大小、形态、传输距离、网络条件限制，以最高效的速度来协助用户迁移各地的数据。
哲想软件·2016-03-17 00:00

aspera connect使用的问题

hadoop@Mcnode1:~/.aspera/connect/etc$ascp-i~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh-k1-T-l200manonftp
bob601450868·2016-01-20 21:00

用Aspera connect从NCBI上下载SRA格式数据

用Asperaconnect从NCBI上下载SRA格式数据：一.window1.下载地址：http://downloads.asperasoft.com/connect2/2.安装很简单，略3.下载：数据下载地址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/faspftp/1000genomes/其他地址：http://www.1000genomes.org/aspe
bob601450868·2016-01-13 22:00

使用速铂Aspera下载NGS数据

使用速铂Aspera下载NGS数据参考：http://boyun.sh.cn/bio/?p=1933
bob601450868·2016-01-13 17:00

NCBI SRA数据预处理

1.通过http方式，2.通过ftp方式，3.通过Aspera Aspera可以在NCBI网站上下载。
·2015-11-12 10:39

关于Aspera

1、Asperatookadifferentapproach:solvingtheproblembyeliminatingtheunderlyingbottleneckaltogether.Thisallowedustocreateabreakthroughtransporttechnologythatcanfullyutilizetheavailablenetworkbandwidth,tran
can_do·2015-09-25 21:00

下一个开源项目Kamike.fast的框架已经搭好，是采用UDP进行完整的大文件传输。

之前在项目里面一直用aspera的软件，aspera也就是速珀，作为一个软件，最近刚拿了艾美奖。但是拿奖之后，出名了，就被IBM收购了。
Brin想写程序·2014-02-07 20:00

使用aspera从NCBI下载大数据

使用aspera从NCBI下载大数据ascp-hUsage:ascp[OPTION]SRC...DEST     SRCtoDEST,ormultipleSRCtoDESTdir     SRC,DESTformat
以致宏大，以致高远·2013-05-17 10:00

使用Aspera从EBI或NCBI下载基因组数据modified

www.plob.org/2012/07/31/3013.html做基因组数据分析，可能经常从NCBI的GEO/SRA或者EBI的ENA数据库下载高通量的数据，动辄几十G的数据用wget下载实在太纠结，这时就要用到神器-Aspera
likelet·2012-11-26 16:00

关于数据传输几个知识

目前已有的技术产品包括 1、Aspera公司的专利技术FASP，这个技术包括Amazon在内很多公司都在使用，但需要按照流量付费。
xiaohlang·2011-03-03 15:00
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