Aspera

2020-05-11利用conda+aspera+prefetch下载GEO上的原始数据

花了一个下午的时间，走了不少弯路，这个方法我觉得是最直接简便的，最后成功用几分钟下好1个G的数据的时候简直热泪盈眶1.安装anaconda或者miniconda，我所有的步骤都是基于conda完成的2.建立一个新的环境sradownload，以后每次进入这个环境下载就好了。服务器上装的还是过期的2.3版本的prefetch，我不太会卸，索性直接在自己的新环境下安装新版本condacreate-ns
千柚之·2022-02-07 10:07

关于利用脚本批量下载、转换、质控

首先我们明确一下操作流程1、利用Aspera批量下载文件2、利用FastQC语需要.fastq.gz文件，所以我们需要利用SRA-toolkits做格式转换3、利用FastQC做质控我的需要批量下载的序列放在
Better_man1·2022-02-05 05:27

秘籍 | 惊了，使用aspera下载SRA数据速度高达 291Mb/s

上面链接是最新版，因此下载的时候去官网复制最新的链接地址下载，否则可能会报错wgethttps://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/connect_latest/v4/bin/ibm-aspera-connect
生信卷王·2022-01-25 17:59

Aspera 下载SRA数据

之前提到Aspera上传基因组数据到NCBI，本次学习如何利用Aspera快速下载SRA数据。
斩毛毛·2021-11-30 21:32

SRA 数据的下载

/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR799/SRR799662/SRR799662.sraascp下载foriin`catlist`;do/home/xmxjy/.aspera
线断木偶人·2021-06-25 03:24

在windows使用Aspera上传数据到NCBI

#1安装Aspera下载地址：https://downloads.asperasoft.com/connect2/NCBI首页也有提供下载：NCBIAapera到了下面这个页面，一步一步操作：Seethesourceimage
_eason_·2021-06-22 13:31

SRA-toolkit使用

后来搜集到一种方法，现记录下来：Step1：首先下载aspera并安装wgethttp://download.asperasoft.
生信汪·2021-06-21 00:37

aspera

网页为：asperawget-chttps://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.8.1/ibm-aspera-connect-3.8.1.161274
Amy_Cui·2021-06-19 13:21

2021-2-3-利用anaconda+prefetch+aspera从NCBI的SRA数据库中下载原始测序数据

记录下下载过程，为自己和后人避坑。1.Conda连接不上镜像源问题首先是anaconda安装软件或创建环境时遇到的问题。即使换完清华源和其他镜像源以后依旧报错。CondaHTTPError:HTTP000CONNECTIONFAILEDforurl
bioin·2021-06-19 00:21

使用Aspera上传测序数据到NCBI

惭愧，文章拖了这么久又有重新审稿了，之前的编辑挺看好的，结果2020年年底闭刊了，编辑觉得还有问题需要修改，来不及2020年12月前见刊，于是改了2次还是被毙了，这提示我之后不能这么拖延症。投到了bmcgenomics，那边说要这个测序数据。首先要去NCBI注册，这个别人写的很多，就不说了。然后我这个人比较不熟悉这些玩意，就写得清楚一点。类似这个人的博客就说的比较清楚了，这里我直接把测序数据rel
fables008·2021-06-15 13:29

2019.1.14 aspera下载和md5check

今天学习一下下载sra文件：1）ENA上找到fastqfiles（ftp）2）下载txt3）aspera下载：ascp-k1-QT-l300m-P33001-i/Users/bcl/Applications
KK_f2d5·2021-06-15 10:48

解决环境变量配置错误造成的问题

今天上课的时候，给大家演示安装Aspera程序。安装完成后，以全路径方式调用ascp命令是没有问题的。
晓明_再出发·2021-06-13 20:50

关于SRR文件

参考链接：https://www.cnblogs.com/leezx/p/7365947.html一、在linux下载aspera参考：https://www.jianshu.com/p/6e2fbbe7a7dfwgethttps
毛毛_a389·2021-06-07 18:03

Aspera数据下载快速应用

本来下载数据用的是NCBI官方指定的sratool-kit里面带的prefetch，本来实验室网速快还没啥问题，但是这次碰到了一个硬茬，压缩后数据15G，下载数次中断，后来转为使用aspera进行下载，
面面的徐爷·2021-05-18 20:57

Aspear下载NCBI SRA数据

https://pan.baidu.com/s/1jH9Kd1O安装步骤：1.解压之后shaspera-connect-3.6.1.110647-linux-64.sh2.上述命令之后，home目录下会出现.aspera
bio_橡树·2021-04-26 02:33

Linux常用命令使用说明

需要输入密码，Linux下输入的密码是不可见的）su-chaim切换到chaim用户模式下passwd更改当前用户的密码进程守护和结束进程守护nohupascp-i/share/home/jialj/.aspera
wo_monic·2021-04-19 05:18

2021-03-22 转录组原始测序数据-ascp下载原始数据

文章中列的是GEO编号，但是下载需要aspera链接，而GEO没有，但是GEO和SRA有关联，但是SRA也没有该下载链接，所以转求助于和SRA关
乔帮主_d2ac·2021-04-11 00:10

Aspera下载安装使用

AsperaLinux安装conda安装在Linux上安装Aspera，方便的还是直接通过conda进行安装(已经安装了Anaconda），在需要安装的环境下输入以下命令进行安装：$condainstall-chccaspera-cli-y
何物昂·2021-03-25 21:21

[Linux] asper安装

创建文件夹aspermkdirasper&cdasper下载asper：wgethttps://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.8.1/ibm-aspera-connect
阿ll·2021-02-21 00:30

数据：如何在国内高速下载SRA

一般是通过在NCBI上搜索到study的RunSRA号，然后使用NCBI提供的prefetch下载数据，但因NCBI国内访问较为缓慢导致下载速度巨慢，因此推荐使用EBI提供的enaBrowserTools+Aspera
华仔少年·2021-01-30 11:48

Linux系统下aspera的下载、安装和NCBI、EBI的数据下载

换一个好用的aspera。1.aspera下载先进入https://www.ibm.com/products/aspera/downloads?
谢京合·2021-01-02 11:58

NCBI数据下载工具：aspera的安装与使用

前言生物信息分析总是避不开从NCBI上下载数据，但是很多时候通过浏览器登录NCBI都费劲，更别说下载大量的数据了，所以很必要了解一下NCBI数据下载工具aspera，该软件是由IBM开发，能够最大程度利用宽带速度
geneonto·2020-10-27 10:51

生信常用数据库（二）：NT数据库和NR数据库搭建

Indexof/blast/db/FASTA这两个数据库一直在不断地更新，数据也越来越大，截止2020-10-21，这两数据库压缩包一个82G，一个81G，想要通过网页下载比较困难，所以推荐使用下载工具aspera
geneonto·2020-10-26 14:02

Aspera下载NCBI和EBI文件

Aspera下载和安装Aspera下载：http://downloads.asperasoft.com/connect2/。
生信编程日常·2020-09-22 22:41

sra数据下载

sra数据下载1.SRATookit2.aspera结合SRATookit3.迅雷4.wget5.NCBI-sra数据链接汇总6.EBI数据下载1.SRATookitcatsrr.txt|whilereadid
hachi_dl·2020-09-16 17:30

下载sra原始数据（包含储存在sra-sos的数据）

但是实际上，我尝试了无数次，aspera也装了，但都不能下载。之后在实验室师兄带领下，才学会了一套简单易行的方法。
欧哎的人·2020-09-16 16:05

Windows系统下载SRA数据，使用sratoolkit工具

sra文件，这次因为ncbi的这个网站找不到ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR造成我在linux环境下不能使用aspera
铭&婵旭·2020-09-16 15:55

下载 sra-toolkit

选择你的系统版本下载并解压下载sra序列SRR_Acc_List.txt是SRR号的文件prefetch--option-fileSRR_Acc_List.txt-O/media/sdc/data或者使用aspera
俩美好·2020-09-16 14:09

Day 4_1 NCBI下载SRP数据——配置aspera

第0步：为了加快下载速度需要配置aspera网址下载页面nohupwget-chttps://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.6/ibm-aspera-connect
陈宇乔·2020-08-23 17:09

Day 4_1 NCBI下载RNA-seq数据

《Day4_1NCBI下载RNA-seq数据》----第0步：为了加快下载速度需要配置aspera网址安装成功标志：第一步：找到并下载下载SRR_Achttps://www.jianshu.com/p/
梦想180·2020-08-23 08:45

Linux下从NCBI批量下载SRA数据的sra和aspera方法

[email protected]#从NCBI下载SRA数据,最近在疯狂下载宏基因组数据，试着解决一下这个问题~方法一：软件准备：使用ncbi提供的下载工具sratoolkit，下载到本地服务器上Wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.0/sratoolkit.2.9.0-centos_l
minus_yao·2020-08-10 18:09

Aspera Server端设置

Aspera是一款商用远程文件传输工具，Client端和Server端都需要做一定的配置。
落叶然后知秋·2020-08-09 02:57

Mac下使用Aspera Connect下载NCBI Sra 数据

Mac下使用AsperaConnect全速下载大型NCBI文件的方法1，下载安装SRAToolkitDocumentationSRAToolkit下载2，下载安装AsperaConnect的dmg文件AsperaConnect3，建议使用prefetch命令下载prefetch,fastq-dump,vdb-dump的简介prefetch命令的使用简介https://trace.ncbi.nlm.
melodyhaya·2020-08-03 20:51

使用enaBrowserTools和Aspera从ENA下载数据

Linux环境下安装python3：https://blog.csdn.net/jeffery0207/article/details/79774567Aspera工具的安装与使用:https://www.jianshu.com
LonghaoJia1997·2020-07-29 22:15

快速从NCBI下载sra数据

推荐两个软件ascp和prefetchASCP1.下载并安装：wgethttp://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.2/aspera-connect
hzau_yang·2020-07-29 19:53

Aspera安装和配置

Aspera是一项突破性传输协议，充分利用现有的WAN基础设施和通用硬件，传输速度比FTP和HTTP快达数百倍。
晓明_再出发·2020-07-28 04:11

高速下载 EBI NCBI 测序数据（SRA，Fastq等）

文章目录一、测试环境及工具二、Aspera下载三、安装及配置1.解压2.安装3.配置许可4.配置程序环境变量5.配置秘钥四、测试1.一个例子2.常用参数介绍3.下载地址的构建4.EBI查询整个项目的资源文件
白墨石·2020-07-12 02:15

RNA-seq(2):下载参考基因组及基因注释，及测序数据-学习笔记

参考网站：下载参考基因组及基因注释）1.安装ASPERA1）wgethttp://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect
leo12354·2020-07-09 19:30

下一个开源项目Kamike.fast的框架已经搭好，是采用UDP进行完整的大文件传输。...

之前在项目里面一直用aspera的软件，aspera也就是速珀，作为一个软件，最近刚拿了艾美奖。但是拿奖之后，出名了，就被IBM收购了。
chuyujing1469·2020-07-09 14:13

通过Linux命令行使用Aspera全速上传测序数据到NCBI数据库

NCBI提供了很多种可供选择的上传方式：多丰富多彩的上传方式没有海外节点+学校的龟速网速，网页上传的速度可想而知，ftp又很容易断，据说Aspera上传能够达到满速上传，就想试一下。
研究僧小蓝哥·2020-07-08 06:41

linux下使用Aspera Connect下载sra数据

680e8d7205161.下载AsperaConnect：在命令行输入如下命令wgethttp://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect
铭&婵旭·2020-07-05 08:44

从ncbi下载sra数据的几种种方式

为了加快速度先下载aspera并添加环境变量，具体看以前的内容下载sratoolkit加环境变量下载EDirect用yeast的几个数据说明1.直接用runidprefetchSRR15536102.写入文件下载
Y大宽·2020-07-01 17:21

转录组数据的下载与质控

转录数据的下载软件下载在这里我们介绍一种下载速度十分快的方法，Aspera软件下载链接.解压之后安装即可查找数据及下载链接在GEO的官网里面通过keyword或GEOAccession得到数据的BioProject
yssxswl·2020-06-30 09:40

RNA-seq流程学习笔记（1）-Ubuntu系统安装SRA数据下载软件Aspera connect和SRT-Toolkit

参考以下几个文章对Aspera和SRAToolkits进行下载、设置和使用，这篇文章是对几个文章的综合整理，留做自己以后学习使用。
垚垚爸爱学习·2020-06-30 00:11

Ubuntu下Aspera connect的安装与使用

安装Asperaconnect$sudomkdir/usr/local/src/aspera_connect$tar-zxvfaspera-connec
井底蛙蛙呱呱呱·2020-06-26 23:20

如何从NCBI下载SRA数据

经常需要在GEO中下载测序数据原始文件，得到sra编号之后，有两种方法下载：一、可以通过在ebi（http://www.ebi.ac.uk/）中搜索SRA编号，然后用aspera直接下载fastq文件，
wangyunpeng_bio·2020-06-25 04:20

如何从ncbi上下载sra数据

如何从ncbi上下载sra数据我参考了网上的一个贴子http://www.plob.org/2014/02/16/7338.html，里面描述了如何用aspera来进行下载，在使用它下载单个数据的时候成功了
会口遁的naruto·2020-06-24 08:33

IBM Cloud 2019 - Aspera SaaS - 01 介绍

2018new,Aspera传输工具软件，原先是license模式，现在在IC上面提供SaaS模式.分类L2DescAspera产品商用UDP传输工具,有AsperaLicense和AsperaonCloud
[email protected]·2020-06-23 23:03

单细胞测序数据下载和预处理

配置ascp代理高速下载sra数据wgethttp://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727
awk_bioinfo·2020-06-21 05:12

NCBI中SRA文件的下载

参考：Aspera工具安装与使用NCBI下载sra数据FTP下载Windows环境在Windows环境下直接进入NCBI的FTP下载界面，按照需要下载的SRA文件ID找到储存位置即可如需要下载SRR5483089
coldlandkuma·2020-04-14 14:11
上一页 1 2 3 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他