前年在中科院做培训时，整理了一套ChIP-seq分析流程，截选实战部分，略作修改，分享出来，希望大家指正。

这些因素包括，DNA/RNA材料的定量和物理性质以及潜在应用（比如，基因组测序、靶向测序、RNA-seq、ChIP-seq、RIP-seq和甲基化），在制备高质量测序文库的内容中将提到。另

CUT&Tagforefficientepigenomicprofilingofsmallsamplesandsinglecells，文章详述了CUT&Tag的实验方案、详细结果，以及和其他两个技术的ChIP-seq

文献翻译：CoBATCH一个基于单细胞的ChIP-seq技术image.png>SUMMARY缺乏一种有效的，可推广的全基因组方法单细胞组蛋白修饰或染色质结合蛋白的定位方法。

ATAC-Seq与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq与ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度，可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息，一般用于不知道特定的转录因子

我通常处理的都是RNA-seq数据，也全是来自illumina测序平台（自认为擅长RNA测序数据的个性化分析），但是最近学习ChIP-seq的时候，碰巧下载了一组SOLiDcolorspaceformat

在淋巴瘤细胞中，如何通过ATAC-seq和ChIP-seq揭示CDK9抑制诱导表观遗传重编程？看看今天带来的这个文章。发表单位：美国希望之城国家医疗中心期刊：MolecularCance

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞

原文：TFmapper:AToolforSearchingPutativeFactorsRegulatingGeneExpressionUsingChIP-seqDataDOI：10.7150/ijbs.28850发表日期：2018.09.07作者：JianmingZeng（大神哦）TFmapper：http://www.tfmapper.org/功能：用于搜索感兴趣的基因的调控因子感兴趣基因组区

聚类可视化NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞

许多老师在做完ChIP-seq分析后，通常会找到感兴趣的TF/组蛋白修饰的1个或多个靶基因。为了进一步证实TF/组蛋白

此前，在推文《组蛋白ChIP-seq研究思路及应用案例分享》中我们分享了组蛋白ChIP-seq的一些研究思路。

往期推文中我们分享了不少ChIP-seq的项目文章，今天和大家聊聊ChIP-seq的研究思路和应用案例。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。原始生殖细胞（Primordialgermcell，PGC）是生殖细胞前体，可以产生卵母细胞和精子，确保生命延续。尽管PGC特化（PGCspecification）得到广泛研究，但PGC种群在出生前迁移到胚胎性腺后如何维持和扩大仍然难以捉摸。转录因子（如PRDM1/BLIMP1、PRDM14和TFAP2C）和信号分子（如BMP和WNT）

近段时间来，我们合作的ChIP-Seq技术发表的高分成功案例一篇接一篇，您是否心动了呢？本篇文章，总结了ChIP-Seq实验部分重点知识点，开启ChIP-Seq的你绝不要错过！

书接上文组学知识速递（五）|ChIP-seq知多少？，当我们实验完成，拿到下机数据之后，我们最关心的就是，这个数据能不能用？

seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析

转录组分析的正确姿势（第三版）前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

关于概念问题，很重要第1篇：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同https://mp.weixin.qq.com/s/gLcNZkzzQI4AvZs-0DgG5Q流程image-20191014150758466ATAC

组蛋白修饰的ChIP-seq分析组蛋白修饰能预测染色质的类型、区分基因组功能元件，例如H3K4me1、H3K27ac通常在增强子区域存在富集。

首先，准备callpeak后的narrowpeak文件，和bam文件利用bedtoolsmulticov先计算每一个peak的count数。得到然后R开始#loadpackages------library(ChIPseeker)library(org.Mm.eg.db)library(gggenes)library(ggplot2)library(GenomeInfoDb)library(Gen

通常是比较基因组学(包括识别变体（variationcalling），ChIP-seq，RNA-seq，BS-seq)管道的第一步。

Lesson4isaboutpipelineautomation,soI'mnotgoingtomakenoteaboutlesson4.1.PeakCallingIntroductionForChIP-seqexperiments,whatweobservefromthealignmentfilesisastrandasymmetrywithreaddensitiesonthe+/-strand

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述

刘小泽写于2020.5.6首先是ChIP-seq分析的前言介绍部分：1：了解ChIP-seq的实验流程2：继续了解ChIP-seq3：关于ChIP-seq的实验对照与偏差来源4：ChIP-seq的实验设计补充

RNA-seq或者ChIP-seq等等测序的上游分析流程里的比对步骤相信大家都知道，我之前也只是按照各种教程去走流程，并没有仔细的研究过每一步的内容。

://www.nature.com/articles/s41597-019-0351-8imageNGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq

第二部分主要讲用conda安装软件，以ChIP-seq分析（以及cut&run数据分析）所需软件为例，做RNA-seq，ATAC-seq等也是适用的。末尾推荐几篇很实用的好文。”

今天一起来聊聊关于染色质结构构象与DNA互作的常用检测技术：ChIP-seq和ATAC-seq。

imageimageNGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：

NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞

使用ChIPseeker做ChIP-Seq注释时，需安装“org.Mm.eg.db”，于是使用以下命令下载安装：BiocManager::install("org.Mm.eg.db")结果报错如下：Bioconductorversion3.8

DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析，主要也是用于RNA-Seq数据，同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据。

PlantPAN简介在PlantPAN3.0中，收录了78种植物中的17230个TFs，并从662个公开的ChIP－seq数据中捕获了转录因子结合位点的基因组位置信息。从99个调节因子（转录因子

易基因细菌ChIP-seq测序分析结果见刊《NucleicAcidsResearch》大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。

易基因细菌ChIP-seq测序分析结果见刊《NucleicAcidsResearch》大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。

表观基因组测序技术，如染色质免疫共沉淀测序(CHIP-seq)和转座酶开放染色质高通量测序(ATAC-seq)，使我们能够通过检测特定的染色质状态及其相应的转录因子，在时间和空间维度上剖析细胞和组织的基因组调控格局

全文分析流程学习按照：九月学徒ChIP-seq学习成果展一、怎么将SAR文件转为fastq文件？1.

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。细菌编码许多转录因子（transcriptionfactor，TF），这些转录因子通过与启动子周围的DNA结合并调控RNA聚合酶（RNAP）全酶以结合启动子DNA或异构化为主动转录构象的能力来调节转录起始。目前对TF功能的研究几乎集中在调节基因上游基因间区域的TF结合位点。然而，基因组规模分析鉴定出大量的TF结合位点位于基因内（with

根据MACS的论文中所描述的，Chip-Seq实验中全基因组的reads分布恰好是符合泊松分布的。

学习linux常用命令，并且实战ChIP-seq已经一个月了。现在需要用R包ChIPseeker进行注释，发现R已经忘了大半。补课R语言。。

IntroductionGalaxy是一个公开的基因组学分析平台，包含了一系列流程化分析工具，针对质控、组装、注释以及包括Chip-seq、RNA-seq、变异鉴定等常见的组学流程pipeline。

最近学习了生信技能树的《Chip-seq测序数据分析》课程，在下载SRA数据的时候，卡壳了。搞了好几天。

以下是根据生信技能树ChIP-seq视频记的笔记，代码来自视频。

之前写的的CHIP-seq和RNA-seq很多练习的数据都是从GEO数据库下载的。但是从来没有细致的了解过GEO这个数据库。

ChIP（Chromatinimmunoprecitation）是研究体内DNA与蛋白质相互作用的重要工具。在生物体内DNA与蛋白质形成复杂结合体“染色质”就是由“组蛋白和DNA”组成的物质；“免疫”就是通过抗体和靶蛋白（抗原）特异性结合，这里指用商品化或自制抗体和染色质中组蛋白结合，形成复合物；“共沉淀”就是2-3种物质形成的复合物通过沉淀的方法来分离。所以ChIP技术就是“利用染色质中组蛋白和

ChIP（Chromatinimmunoprecitation）是研究体内DNA与蛋白质相互作用的重要工具。在生物体内DNA与蛋白质形成复杂结合体“染色质”就是由“组蛋白和DNA”组成的物质；“免疫”就是通过抗体和靶蛋白（抗原）特异性结合，这里指用商品化或自制抗体和染色质中组蛋白结合，形成复合物；“共沉淀”就是2-3种物质形成的复合物通过沉淀的方法来分离。所以ChIP技术就是“利用染色质中组蛋白和

image.png标准输入文件：一定长度为bins的count数统计文件（类似bedgraph格式）假设你手里有ChIP-seq测序结果的bed文件,如何得到等bin区间的bedgraph结果呢。

1.参考文献Brookes,E.etal.Polycombassociatesgenome-widewithaspecificRNApolymeraseIIvariant,andregulatesmetabolicgenesinESCs.CellStemCell10,157–170(2012).2.文章中的原始数据：ACCESSIONNUMBERS（文章中）ChIP-seqandmRNA-seqd

刘小泽写于2020.3.27ChIP-Seq的目的是研究感兴趣蛋白在基因组上的结合位点，可以用来鉴定转录因子（transcriptionfactor,TF）的结合位点或者转录后更广范围的组蛋白修饰（histonemarks），一般与调控元件有关。高通量测序（high-throughputsequencing,HTS）2005年首次提出，平台包含了：二代测序Illumina/Solexa,Roche