Chip-seq

[实战1] Polycomb associates genome-wide with a specific RNA polymerase II variant, and regulates me...

写在前面：参考-#给学徒ChIP-seq数据处理流程目录软件安装[公共数据的获取---sratoolkit--prefetch][得到fastq格式的测序数据----sratoolkitfastq-dump
shine_9457·2021-02-05 15:13

Chip-seq call peak和注释

我们用的MACS2来进行callpeak的。我的样本是：input，CK，treatment================首先肯定是比对得到bam文件============================下面就是callpeak了=============macs2callpeak-ttreatment.sort.bam-cInput.sort.bam-fBAMPE-g2.1e9-ntreat
jjjscuedu·2021-01-29 15:09

如何提取ATAC-seq数据的差异peaks?（DiffBind包的使用）

下面的说法来自实验室刚毕业的一个七年的博士（仅代表其个人看法）：ChIP-seq通常用DESeq2来获取
生信start_site·2021-01-02 12:56

ATAC-seq讲座视频笔记

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小贝学生信·2020-12-17 19:49

ChIP-seq和 CUT&Tag、CUT&RUN讲座视频笔记

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小贝学生信·2020-12-17 19:41

RIC-seq讲座视频学习

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小贝学生信·2020-12-17 19:31

Ribo-seq讲座视频笔记

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小贝学生信·2020-12-17 19:26

CLIP、RIP-seq讲座视频笔记

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小贝学生信·2020-12-17 19:22

(eccDNA)circle-seq讲座视频学习

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小贝学生信·2020-12-17 19:47

在IGV里同时查看多个region/gene

之前使用IGV查看ChIP-seq结果的时候，一般就是只看某一个基因附近的peaks，或者同时打开好几个IGV界面(sessions)查看多个基因。
生信start_site·2020-12-01 06:47

50个ggplot2可视化案例

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2020-11-17 22:00

送书|北大出版：R语言数据分析与可视化从入门到精通

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生信宝典·2020-10-23 15:00

超详细的热图绘制教程(5000余字)，真正的保姆级教程

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生信宝典·2020-10-19 22:00

ChIP-Seq数据挖掘系列-6: 怎么选择HOMMER结果中的motif

HOMER是一套用于Motif查找和二代数据分析的工具。hommer结果中一般包含已知motif富集情况，并且也会对用户提供的序列进行重头预测motif。很多同学在拿到这个结果后都是一脸懵，尽管HomermotifResults是有排序的，排名第一的可能并不是用户的期望，后面的结果也是可以选择的，但是如何评价及选择这些结果？#先来看一个例子motifresultsexample预测的这个motif
JeremyL·2020-10-08 21:12

WGCNA分析，简单全面的最新教程（可以在线做了）

生信学习的正确姿势（第三版）NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述
生信宝典·2020-10-07 22:00

pyGenomeTracks—表观多组学个性化track可视化工具

今天小编就给大家介绍一款非常好用的python包—pyGenomeTracks，它能够满足Hi-C、ChIP-seq/ATAC-seq、RNA-seq和BS-seq等多种组学数据类型。
生信阿拉丁·2020-10-07 11:13

2019/0715_生物信息学R语言教程——book

目录前言第一章R/Bioconductor入门第二章:基因芯片分析第三章RNA-seq数据分析第四章ChIP-seq数据分析第五章ATAC-seq数据分析第六章scRNA-seq数据分析第七章下游分析第八章上游分析第九章代码背后
uqyuan0515·2020-09-13 03:33

使用R语言的正确姿势，R包干货奉献

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2020-09-11 23:00

2020-02-19

Chip-seq流程sra-tools下载安装#加压包tarzxfsra-tools.tar.gz#将来需要调用的命令都在bin文件夹中，更改环境变量(全局)，>>的意思是追加不是覆盖，以下路径需要自己主动变更
DrLyo·2020-08-25 15:24

基因功能富集小结

为什么要做GO富集在生物学问题分析时，无论是通过转录组还是chip-seq等其他组学技术获得一大堆的差异基因之后，给大家留下的一个问题就是，这些差异基因属于什么功能？可能参与哪些通路？
Neptuneyut·2020-08-25 01:28

MEM-CHIP学习笔记

MEME-ChIP网址MEM-ChIP的特性MEM-ChIP程序可以对你提供的DNA序列进行一系列的motif分析，他特别适合用来分析在Chip-Seq试验中发现的基因结合区域。
面面的徐爷·2020-08-23 21:12

ATAC-Seq入门加高阶传送门

转录组、甲基化、ChIP-Seq、lncRNA、编程实战、还有已经在更新中的Hi-C......几乎大家关心的数据分析都可以在大树里找到入门和进阶教程。
六六_ryx·2020-08-20 19:36

简单使用DESeq2/EdgeR做差异分析

Posted:五月07,2017Under:TranscriptomicsByKainoCommentsDESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析，主要也是用于RNA-Seq数据，同样也可以处理类似的ChIP-Seq
weixin_30726161·2020-08-19 04:14

ChIP-seq(2):ChIP-seq peaks可视化（Rstudio） 学习笔记

参考资料：ChIP分析流程Chip-seq实战分析流程1.安装软件（之前安装过，先检测一下）source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("
leo12354·2020-08-18 11:32

ChIP-seq基础入门

理解ChIP-Seq到了目前这个水平，我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。
weixin_33976072·2020-08-18 04:26

Chip-seq流程 文献学习笔记

”的“超级增强子”区域文献全文可在如下链接阅读http://gut.bmj.com/content/early/2016/05/10/gutjnl-2016-311818.full#DC11、阅读文章Chip-seq
wangyunpeng_bio·2020-08-18 00:57

NCBI组学数据上传流程

论文发表之前我们常常会有递交测序数据到NCBI的需求，这些数据例如：基因组，转录组，ChIP-seq，ATAC-seq，基因组注释文件，三代测序原始数据等都有不同的NCBI子数据库将其收集。
王忙·2020-08-13 15:58

高通量数据中批次效应的鉴定和处理（六）- 直接校正表达矩阵

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述
生信宝典·2020-08-11 17:07

「R」ggplot2拼图包patchwork推荐与使用

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述
生信宝典·2020-08-11 17:07

GREAT网页版学习笔记（预测顺式调控元件）

参考文章：1.使用GREAT对peak进行功能注释2.用网页版工具GREAT来对CHIP-seq的peaks进行下游功能分析前几天老板心血来潮，在视频里教给我一个软件的使用，这款软件叫做GREAT。
生信start_site·2020-08-09 04:02

文件批量重命名的技术，你值得拥有

经验整理NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:24

应该是收集了水稻所有的ChIP-seq数据的一个网站Plantseq（含ChIP-seq部分分析及可视化命令脚本）

Plantseq首页界面image.png看看更新频率，你没看错，前几天才更新。。image.png随便拿一个基因输入看看（注意这里只支持RAPDB-ID）:Os11g0559200首先是这样的image.png选择右边的tracks(分析的人都知道，这一班就意味着各种data),分八个板块image.png比如我们想看组蛋白H3K27me3修饰，理所当然快捷选择antibodyimage.png
Js潜·2020-08-01 07:37

转载ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析

原作者在也有更新https://www.jianshu.com/u/d5b900bea027ATAC系列连载：ATAC-Seq入门加高阶传送门（点击进入交流群）第1篇：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq
土豆学生信·2020-07-31 18:16

ChIP-seq实践(H3K27Ac,enhancer的筛选和enhancer相关基因的GO分析)

在实践之前，我先查找了一下有关组蛋白修饰的知识点：（参考文章：https://www.jianshu.com/p/8aca72809c5c）组蛋白修饰能预测染色质的类型（异染色质或常染色质）、区分基因组功能元件（启动子、增强子、基因主体）以及检测决定这些元件处于活性状态或是抑制状态。例如H3K4me2和H3K4me3修饰大多数富集在转录起始位点附近的启动子上激活基因表达，而H3K27me2和H3K
生信start_site·2020-07-31 10:22

ATAC-seq以及相关技术(DNase-seq,MNase-seq，NOMe-seq)的发展

具体如下:首先，向我们了解到的，CHIP-seq即染色质免疫共沉淀质谱技术，它主要通过对已知的蛋白，通常是目的转录因子TF免疫沉淀，抓取与该TF结合的DNA片段，然后再进一步的扩增，找到TF的潜在靶基因
forever luckness·2020-07-29 10:31

ATAC-Seq入门加高阶传送门

转录组、甲基化、ChIP-Seq、lncRNA、编程实战、还有已经在更新中的Hi-C......传送门系列lncRNA数据分析传送门生信技能树转录组板块学习小组招募启事450K甲基化芯片数据处理传送门ChIP-seq
生信技能树·2020-07-15 16:19

[NAR|2019] Cistrome-GO chip-seq富集分析

Cistrome-GO是对chip-seq数据得到的转录因子调控的基因进行富集分析的网站。
xhog·2020-07-14 06:06

【三维基因组】浅谈三维基因组多组学联合-part1

大家搜索三维基因多组学联合分析的时候，会搜到Hi-C，RNA-seq,ChIP-seq,ATAC-seq,BS-seq,3C,4C，SVpromoter，enhancer等核心关键词，这张字符云几乎涵盖了三维基因组学全部内容
XuningFan·2020-07-13 10:42

第6篇：重复样本的处理——IDR

前言ATAC-seq/ChIP-Seq中重复样本的处理ATAC-Seq要求必须有2次或更多次生物学重复（十分珍贵或者稀有样本除外，但必须做至少2次技术重复）。
六六_ryx·2020-07-13 08:39

ChIP-Seq数据挖掘系列-5.2: ngs.plot 画图工具ngs.plot.r 和 replot.r 参数详解

ngs.plot必需参数参数参数释义参数示例-G基因组名hg18,hg19,mm9,mm10;详情参见：SupportedGenomes-R需要展示的基因组区域tss,tes,genebody,exon,cgi,enhancer,dhsorbed(customregions)-CBam文件或配置文件配置文件详情参见：:HowToUseConfiguration-O输出结果名输出文件前缀可选参数：参
_eason_·2020-07-12 22:19

Nature重磅综述 |关于RNA-seq，你想知道的都在这

编译|生信宝典，May校对|生信宝典▼生信学习的正确姿势（第三版）NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq
刘永鑫Adam·2020-07-12 15:41

NGS项目三：ChiP-seq数据分析workflow

外延：几种技术的特性比较技术名称主要区别共同之处Chip-seq和Chip-chiq测序和芯片，开放性免疫沉淀Chip-seq和RNA-seq结合蛋白，全RNA高通量测序MeDIP-seq和RRBS免疫共沉淀和酶切
saghir·2020-07-10 01:12

ChIP-seq之模体分析

我们都知道ChIP-seq生物信息分析流程主要涉及：数据过滤、序列比对、检峰、模体（motif）分析。其核心的问题是寻找可靠的motif，也即转录因子结合位点结合的序列特征。
浩渺予怀·2020-07-09 18:32

ChIP-seq基础入门传送门

写在前面参加了RNA-seq基础入门的朋友可以先看看我以前分享过有参组学(全基因组，全外显子组学，转录组学，表观)的几个NGS测序数据分析的表现形式的异同点，主要是各个地方的测序深度，各个地方的覆盖情况的区别！分析流程都是fastq-->bam-->vcf/expression/peaks，中间选择不同软件，不同参数而已。视频在生信技能树公众号后台回复“组学”可拿到。本次其实已经有不少人已经完成了
生信技能树·2020-07-08 00:51

Cell重磅综述：关于人类转录因子，你想知道的都在这

▼生物信息学习的正确姿势（第三版）NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2020-07-07 08:00

call peak的另一个软件-----SICER

说到ChIP-Seq数据的callpeak，第一个想到的软件肯定是大名鼎鼎的MACS2。MACS2比较适合callnarrowpeak，当然broadpeak也是可以的。
JiangQ_1996·2020-07-06 23:35

ChIP-seq文献分享（二）：乙烯诱导的组蛋白H3乙酰化对拟南芥基因表达的影响

原文来源：Wang,Likai,etal."EthyleneinducescombinatorialeffectsofhistoneH3acetylationingeneexpressioninArabidopsis."BMCgenomics18.1(2017):538.这篇文章很多数据来源于之前发表的一篇高分文章：Zhang,Fan,etal."EIN2-dependentregulationo
presentlife·2020-07-04 22:07

[NAR|2019] ChEA3转录因子富集分析

这个数据库整合了ENCODE；ReMap以及一些独立发表的CHIP-seq数据，同时还整合和GTEx；TCGA以及ARCHS4内的RNA-seq数据内的转录因子共表达数据。
xhog·2020-07-04 10:16

ChIP-seq实践(H3K27Ac,enhancer的筛选和enhancer相关基因的GO分析)

在实践之前，我先查找了一下有关组蛋白修饰的知识点：（参考文章：https://www.jianshu.com/p/8aca72809c5c）组蛋白修饰能预测染色质的类型（异染色质或常染色质）、区分基因组功能元件（启动子、增强子、基因主体）以及检测决定这些元件处于活性状态或是抑制状态。例如H3K4me2和H3K4me3修饰大多数富集在转录起始位点附近的启动子上激活基因表达，而H3K27me2和H3K
生信start_site·2020-07-04 02:03

去东方，最好用的在线GO富集分析工具

微信公众号：http://blog.genesino.comGeneOntology富集分析是是高通量数据分析的标配，不管是转录组、甲基化、ChIP-seq还是重测序，都会用到对一个或多个集合的基因进行功能富集分析
生信宝典·2020-07-02 15:27
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