Chip-seq

了解ChIP-Seq的实验流程

刘小泽写于2020.3.27ChIP-Seq的目的是研究感兴趣蛋白在基因组上的结合位点，可以用来鉴定转录因子（transcriptionfactor,TF）的结合位点或者转录后更广范围的组蛋白修饰（histonemarks），一般与调控元件有关。高通量测序（high-throughputsequencing,HTS）2005年首次提出，平台包含了：二代测序Illumina/Solexa,Roche
刘小泽·2023-04-04 23:17

基因组序列比对算法介绍（一）

，与人类参考基因组（reference）进行匹配，允许错配（mismatch），插入缺失（indel），目的是在参考基因组找到序列最相似的位置，通常是基因组分析(包括variationcalling，ChIP-seq
基因组分析·2023-04-04 22:13

利用TCseq包进行基因表达趋势分析

TCseq包提供了一个统一的套件去处理不同时序类型的数据分析，可以应用于转录组或者像ATAC-seq，Chip-seq的表观基因组时序型数据分析。
凯凯何_Boy·2023-04-03 16:20

易基因：ChIP-seq等组学分析揭示Hippo-YAP信号调控动物胚胎干细胞(ESC)分化机制：NAR

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2020年07月27日，中山大学王金凯教授课题组与袁平教授课题组合作以“Hippo-YAPsignalingcontrolslineagedifferentiationofmouseembryonicstemcellsthroughmodulatingtheformationofsuper-enhancers”为题在《NucleicAc
易基因科技·2023-04-03 12:47

易基因：高通量测序后的下游实验验证方法——ChIP-seq篇｜干货系列

此前，我们分享了染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq）的数据挖掘思路（点击查看详情），进而筛选出TF结合/组蛋白修饰的目标区域和候选靶基因。
易基因科技·2023-04-03 12:16

ChIP-seq基本分析流程

欢迎关注天下博客：http://blog.genesino.com/2018/03/chip-pipeline/前年在中科院做培训时，整理了一套ChIP-seq分析流程，截选实战部分，略作修改，分享出来
生信宝典·2023-04-03 05:39

结合CHIP-seq和ATAC-seq结果进行分析

，作者的分析结果并不是独立的把ATAC-seq和Chip-seq、RNA-seq的结果独立开来，他们把这三种实验的结果进行了整合的分析。从而得到了很多有用的信息。
生信start_site·2023-04-03 02:49

使用deeptools计算ChIP-seq样本之间的相关性

整理ChIP-seq/CUT&Tag分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。当我们需要评估ChIP-seq类测序数据的相关性时，deeptools是一个可行且方便的工具。
尘世中一个迷途小书僮·2023-04-02 06:32

chip-seq

Chip-seqidentifiesthelocationsinthegenomeboundbyproteins.一.技术背景什么是ChIP-seq测序建库技术？
cHarden13·2023-04-01 19:28

chip-seq数据分析流程

chip-seq数据分析流程1.chip-seq数据下载及更换名称1.1.根据文献提供的ncbi的编号，下载sra数据。1.2.更换文件名：更换后的文件名能表明数据所对应的实验组。
梁兄_小白·2023-04-01 17:46

一文看全！史上以来的59家测序仪公司

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典·2023-03-31 09:31

关于编程学习的一些思考

▼生物信息学习的正确姿势（第三版）NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2023-03-31 02:11

使用deeptools将bam文件转换为bw文件

整理ChIP-seq/CUT&Tag分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。deeptools提供两个bam转换为bw的命令，分别是bamCoverage和bamCompare。
尘世中一个迷途小书僮·2023-03-30 04:16

Motif 文库筛选策略——精准定义转录因子结合 DNA 基序！—钟鼎生物

为了解锁上述奥义，经典的技术Chip-seq应运而生。但是在植物科学领域，Chip级别的抗体难以获得，遗传转化材料的获取周期较长，阻碍了研究进程。
钟小博·2023-03-29 05:31

基因组染色质状态预测

基因组染色质状态预测对于预测GBR基因组的染色质状态，可以使用ChromHMM这样的工具，以下是一般的步骤：数据准备：从公共数据库或者实验室中获得ChIP-seq数据，一般包括多个组织和细胞类型的数据。
Apache_lin·2023-03-26 21:50

PePr识别组蛋白修饰ChIP-seq差异峰+bed文件注释

PePr相关内容:文章连接:NCBI-WWWErrorBlockedDiagnosticPePr下载和使用:GitHub-shawnzhangyx/PePr:apeak-callinganddifferentialanalysistoolforreplicatedChIP-Seqdata提前安装的软件和文件:sratoolkit;fastq;bowtie2;samtools;PePr;参考基因组:
Apache_lin·2023-03-24 11:12

代码分析 | 单细胞转录组Normalization详解

标准化加高变基因选择NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：
生信宝典·2023-03-22 17:10

ChIP-seq数据分析学习资源总结

首先这个名字要写对：ChIP-seq，有很多论文没注意大小写，其实没理解每个字母所代表的含义。
M78_a·2023-03-20 20:27

文献阅读笔记：CUT&Tag

除了这篇综述，我还查询了其他文献，在本篇笔记的末尾放了一张ChIP-seq，CUT&RUN和CUT&Tag三种技术的样品制备比较示意图，非常直观的可以看到3种方法的差异。也易于理解。题目：C
生信start_site·2023-03-19 13:56

ChIP-seq数据分析实战训练（三）

ChIP-seq数据分析实战训练（三）六、合并bam文件在进行peakscalling的时候，需要把bam进行合并。
小浆果果·2023-03-10 04:02

使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图

整理ChIP-seq/CUT&Tag分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。
尘世中一个迷途小书僮·2023-03-09 15:01

ChIP-seq 分析：文库的复杂性和丰富性（7）

1.文库复杂性ChIPseq中的一个潜在噪声源是ChIPseq库在PCR步骤中的过度放大。这可能会导致大量重复读取，从而混淆峰值调用。2.重复我们应该比较样本之间的重复率，以确定任何经历过度放大的样本，从而确定复杂性较低的可能性。flattagcounts()函数报告可以报告重复的数量和总映射读取，因此我们可以从那里计算我们的重复率。myFlags<-flagtagcounts(myQC)myFl
·2023-02-25 17:07

ChIP-seq 分析：评估片段长度与处理（6）

1.片段长度评估片段长度的预测是ChIPseq的重要组成部分，它会影响峰识别、峰识别和覆盖概况。使用互相关或交叉覆盖可以评估按链进行的读取聚类，从而衡量质量。在ChIPseq中，通常是dsDNA的短单端读取。片段的5'将在“+”链上测序片段末端的3'将位于“-”链上。虽然我们只有部分链序列，但根据预测的片段长度，我们可以预测整个片段“+”读数应仅在正方向延伸“-”只读负数2.交叉覆盖图plotCC
·2023-02-21 23:50

ChIP-seq 分析：数据质控实操（5）

1.数据今天将继续回顾我们在上一次中研究的MycChIPseq。这包括用于MEL和Ch12细胞系的MycChIPseq及其输入对照。可在此处找到MEL细胞系中MycChIPseq的信息和文件可在此处找到Ch12细胞系中MycChIPseq的信息和文件可以在此处找到MEL细胞系的输入控制可在此处找到Ch12细胞系的输入对照。2.质量控制ChIPseq有许多潜在噪声源，包括抗体的不同效率非特异性结合文
·2023-02-19 11:50

CUT&Tag技术势必将引领蛋白质—DNA互作新革命！【百迈客生物】

染色质免疫共沉淀测序技术（ChromatinImmunopreciptationwithSequencing，ChIP-Seq），作为传统的研究细胞内蛋白质与DNA互作的重要工具，技术成熟，已被广泛应用于动植物的表观遗传学研究
百迈客生物·2023-02-18 02:13

ChIP-Seq分析

IntroductiontoChIP-Sequsinghigh-performancecomputinghttps://hbctraining.github.io/Intro-to-ChIPseq/schedule/2-day.htmlATAC-seq分析实操生信技能树健明教程https://www.jianshu.com/p/09e05bcd6981ChIP-seq流程结果文件解读https:/
大胆冒险实践者·2023-02-17 03:43

ChIP-seq 分析：Mapped 数据可视化（4）

1.Mappedreads现在我们有了BAM文件的索引，我们可以使用idxstatsBam()函数检索和绘制映射读取的数量。mappedReads<-idxstatsBam("SR_Myc_Mel_rep1.bam")TotalMapped<-sum(mappedReads[,"mapped"])ggplot(mappedReads,aes(x=seqnames,y=mapped))+geom_b
·2023-02-16 22:03

ChIP-seq 分析：教程简介（1）

简介本课程介绍Bioconductor中的ChIPseq分析。该课程由4个部分组成。这将引导您完成正常ChIPseq分析工作流程的每个步骤。它涵盖比对、QC、peakcalling、基因组富集测试、基序富集和差异ChIP分析。课程材料和练习可在https://rockefelleruniversity...上以呈现的HTML形式查看。环境准备IGVIGV可以从BROAD网站安装。》https://
·2023-02-05 22:33

重复单细胞it-ChIP文章小图

Tips:最近看单细胞ChIP-seq文章一个图，本来作者用baseplot画的，因此尝试用ggplot2画出baseplot风格。
caokai001·2023-02-05 00:00

ChIP-seq上游分析流程

0.数据格式及数据存放文件夹说明获得了测序公司提供的fq.gz文件，每个样本均为双端测序，得到的数据分别命名为“样品名1.fq.gz”与“样品名2.fq.gz”。下设文件夹包含主要文件说明如下：/raw存放公司发回的原始数据。/clean存放使用trim_galore软件过滤后的数据。/qc_raw与/qc_clean分别对/raw与/clean中的数据进行质控。/align使用bowtie2软件
ouyang22222·2023-02-03 22:43

DAP-seq完整技术实验流程和原理-蓝景科信河北生物科技有限公司

ChIP-seq是进行体内检测TFBS的主要方法。然而，ChIP-seq依赖于抗体质量，这对低表达的蛋白质具有很大的挑战性。所以，ChIP-seq通常在规模上受到限制，难以进行高通量扩展。
蓝景科信·2023-02-03 17:24

关于NGS数据处理中的PCR Duplicate

最近在学ChIP-seq数据分析，遇到一个之前没遇到过的问题，关于PCRDuplicates的问题，记录一下自己搜索的答案和思考在做转录组数据分析质控那一项的过程中，利用Fastqc质检得到的html结果文件中会出现一项指标
不玩手机的蛇佬腔·2023-02-02 10:00

LACE-seq 保姆级教程

也许，我们对ChIP-seq并不陌生，知道它可以用来研究某个转录因子或者组蛋白在基因组范围的结合位点。
生信店小二·2023-02-01 06:54

DNA和RNA修饰的鉴定和编辑技术前沿综述 （全文翻译版）

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2023-01-21 10:31

积微论坛--用微生物组时序数据重现生物膜装配动态过程PPT对应的讲解和提问

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生信宝典·2023-01-21 10:31

送书《R语言数据分析和可视化》 | 这个为生信学习和生信作图打造的开源R教程真香！！！...

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生信宝典·2023-01-17 09:41

木桶排序算法_【生信常识】二代测序的比对算法浅析

废话不多说，我们开始本次的主题吧~相信大家日常跑数据的时候总是要从检查数据质量，比对，转换格式，差异分析这么一套既定的流程对我们的rna-seq或者chip-seq数据进行
梦游前生·2023-01-11 08:28

CHIP-seq流程学习笔记（13）-ATAC_seq 数据加工处理

先放个找好的参考文章：ATAC-seq/ChIP-seq分析方法1.建立相应目录对新数据建立对应实验人员（zhaoyingying）、测序类型（ATAC_seq）和日期（2021_05_03）的目录。
垚垚爸爱学习·2023-01-09 17:17

生信常见文件格式 bed

bed文件是记录基因组位置信息的标准文件格式，同时也用于存储与位置相关的信息，例如在ChIP-Seq分析中，长以bed文件存储检测信号强度的信息、结构变异检测（SV）结果也可以用bed文件或bedpe文件进行存储
新爷话数据·2023-01-07 16:33

Virtual ChIP-seq: predicting transcription factor binding by learning from the transcriptome

摘要本文开发了虚拟chip-seq，整合了基因表达和结合的关联信息，使用了来自其他细胞类型的TF结合位点，以及新细胞类型中染色质可及性数据，能够预测新细胞类型中单个TF的结合。
与光i·2023-01-06 16:57

没有网也可以安装 Conda 环境

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-12-30 09:47

送书 | 222Beta多样性限制性排序CPCoA/CCA/RDA/LDA

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述
生信宝典·2022-12-29 15:55

易基因｜ChIP-seq等实验揭示CHD6转录激活前列腺癌通路的关键功能 | 肿瘤耐药研究

易基因｜ChIP-seq等实验揭示CHD6转录激活前列腺癌通路的关键功能|肿瘤耐药研究大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。
易基因科技·2022-12-17 07:12

易基因｜染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)分析实验全流程

本期，易基因小编给您讲讲染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和实验成功的关键问题等四方面详细介绍。
易基因科技·2022-12-17 07:10

在B站学习大名鼎鼎的StatQuest 系列统计和生信分析视频（中文字幕）- 也见证助理教授到创业者的华丽转身...

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-12-12 14:49

245热图展示微生物组的物种和功能丰度或有无、距离矩阵

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-12-12 02:47

一文掌握Conda软件安装：虚拟环境、软件通道、加速solving、跨服务器迁移

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-12-06 08:29

RiceENCODE：水稻多元表观基因组数据库

可访问地址：https://www.nature.com/articles/s41467-020-16457-5图1水稻DNA调控元件数据库RiceENCODE的框架结构该数据库收集了包括ChIP-seq
SHANGHAILINGEN·2022-11-29 07:55

RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq，你想知道的都在这（续）

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典·2022-11-28 04:28

一招解决Conda安装卡在solving environment这一步！

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述
生信宝典·2022-11-27 19:52
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