Chip-seq

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生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-11-26 13:41

CHIP-seq 全流程

转录组主要研究的问题是基因在不同情况下的差异表达以及RNA结构变化等，而表观组研究的问题是在基因序列不变的情况下，基因的表达、调控和性状发生了可遗传变化的分子机制。也就是相同的DNA,RNA，蛋白质经过一定的修饰后会使得生物性状发生了改变。能实现的作用：1.明确每一类组蛋白或者转录因子在整个基因组上结合基因的位置2.如果比较多个组蛋白在亚基，可以看这些亚基之间在基因组上结合的基因的包含关系，即用韦
yuxiang&chenxi·2022-11-25 00:15

二代测序技术之illumina测序技术原理简介

现今的生信领域几乎就是和无数的序列打交道，而这些序列的来源就是如今风靡的高通量测序技术，现今的测序不论是测RNA、DNA、miRNA还是ChIP-Seq等等，都是基于NGS(二代测序，next-generationsequencing
你大佬来啦·2022-11-24 09:37

哈佛大学单细胞课程|笔记汇总 （六）

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-11-20 21:11

CHIP-seq流程学习笔记（9）-使用IDR 软件对生物学重复样本间的差异peak进行提取

参考文章：使用IDR软件处理生物学重复样本的peakcallingIrreproducibleDiscoveryRate(IDR)1.使用Conda安装IDR软件(base)zexing@DNA:~/projects/zhaoyingying/ChIP_seq/2021_05_01/scripts_log$condainstallidrCollectingpackagemetadata(curre
垚垚爸爱学习·2022-11-19 14:05

易基因｜表观发育：ChIP-seq揭示精子H3K4me3可传递到胚胎并与代谢功能障碍遗传有关

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2022年2月17日，《MolMetab》杂志在线发表了题为“SpermhistoneH3lysine4tri-methylationservesasametabolicsensorofpaternalobesityandisassociatedwiththeinheritanceofmetabolicdysfunction”的研究论文
易基因科技·2022-11-19 11:26

易基因｜PBJ文章：微量ChIP-seq揭示水稻减数分裂细胞的组蛋白修饰基因转录调控

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2022年09月02日，南京农业大学-作物遗传与种质创新国家重点实验室张文利教授课题组与扬州大学-江苏省粮食作物现代产业技术协同创新中心程祝宽教授课题组，联合在“PlantBiotechnologyJournal”杂志题为“LowcellnumberChIP-seqrevealschromatinstate-basedregulatio
易基因科技·2022-11-19 11:55

技术解读｜CHIP技术简介

由于二代测序技术的巨大进步，ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。
易基因科技·2022-11-19 11:22

Enzo Life Sciences AMPINEXT DNA 文库制备试剂盒

该试剂盒适用于使用Illumina测序仪为下一代测序应用准备DNA文库，包括基因组DNA-seq、ChIP-seq、MeDIP/hMeDIP-seq、亚硫酸氢盐测序和靶向重测序。
Sylvia_sc·2022-11-03 19:07

2021-05-23 ChIP-seq数据从头到尾比对及分析汇总（个人分析记录贴）

chip-seq数据分析大体流程，引自微信公众号《生信技能树》0_2用到的软件或脚本测序数据质控：fastp；测序数据比对：bowtie2；比对数据排序等：samtools;callPeaks:MACS3
xiaoguolaile·2022-10-24 10:57

小王的ChIP-seq傻瓜学习教程(纠错更新中)

一套H3K4me3的数据，GSE167940，单端single，无input!!有了！一翻邮件交流发给我了一套H3K27ac的数据，GSE165809，单端single，有inputH3K4me3H3K27ac1、使用SRA-Toolkit转换SRA为fastq并压缩moduleloadSRA-Toolkitfastq-dumpSRR*(通配符表示对该文件夹下所有SRR开头的文件操作)#解压这步的
pudding815·2022-10-07 15:01

单细胞文章专列——细胞图谱

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-10-01 19:21

染色质调控区域的研究：对CHIP-seq和ATAC-seq发展的深入思考

表观基因组测序技术，如染色质免疫共沉淀测序(CHIP-seq)和转座酶开放染色质高通量测序(ATAC-seq)，使我们能够通过检测特定的染色质状态及其相应的转录因子，在时间和空间维度上剖析细胞和组织的基因组调控格局
易基因科技·2022-09-24 07:39

ChIP-seq应用领域、研究思路、数据挖掘、下游实验、实验关键 | 易讲堂

在ChIP的基础上，用二代测序检测ChIP实验的DNA产物，将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术，可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛
易基因科技·2022-08-19 07:34

跟随美国博导12年，我学到最深刻的不是科研，而是这个。。。

▼生物信息学习的正确姿势（第三版）NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-07-22 10:06

文献学习012--[sc]心脏免疫细胞单细胞转录组分析揭示Rel驱动CD72阳性巨噬细胞诱导心肌损伤

拟时序分析和ChIP-Seq分析发现Rel是诱导CD72hi巨噬细胞分化的关键转录因子。RelKD和Rel-/-骨髓嵌合小鼠施行TAC手术后心肌损伤减轻，细胞因
Hayley笔记·2022-07-14 15:13

基因表达趋势分析-1：TCseq

TCseq包可以应用于转录组，单细胞转录组，ATAC-seq，Chip-seq等的表观基因组时序型数据分析。该包主要用于不同时间点的差异分析，时间趋势分析及可视化作图。
Hayley笔记·2022-07-01 10:27

Nat.Rev.Genet丨十二位分子遗传学家万字长文，烛照遗传学和基因组学的未来

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-06-22 12:46

2022-05-19 Peak注释学习总结

23ChIP-seq数据从头到尾比对及分析汇总（个人分析记录贴）https://www.jianshu.com/p/96688fecd864使用R包ChIPseeker实现对ChIP-seqpeaks的注释（注释ChIP-seq
AsuraPrince·2022-05-19 14:16

在Windows下完成ChIP-Seq分析

纯粹就是记录下如何在Window下完成ChIP-Seq,并没有详细讲解ChIP-Seq的原理和每一步背后的含义。想深入了解可以翻生信技能树，生信宝典，组学大讲堂等等公众号。
Nuvolar·2022-05-17 07:53

放弃Venn-Upset-花瓣图，拥抱二分网络

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-04-17 07:48

放弃Venn-Upset-花瓣图，在线拥抱二分网络

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-04-17 07:48

一篇所有研究生都该读的好文：阳光温热 科研静好

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-04-09 07:41

ChIP-seq简介

在B站上找到一个介绍ChIP-seq的视频：AgentleintroductiontoChIP-Seq。
TOP生物信息·2022-02-16 22:11

ChIP-Seq/ATAC-Seq/DNAse-Seq的一站式质量控制和分析流程

一个分析流程是针对ChIP-Seq的，包括转录因子和组蛋白修饰，链接在这里。另一个分析流程是针对ATAC-Seq或者DNAse-Seq的，链接在这里。
傅小潇·2022-02-12 13:58

ChIP-seq需知问题及展望

参考文章：看到公众号这篇推文解读的很深入https://mp.weixin.qq.com/s/7BqcpR1bMJaZHV408-sv6Q染色质免疫沉淀后测序（ChIP-seq）是一种针对DNA结合蛋白
caokai001·2022-02-11 20:53

2018-11-18

与之相比，ChIP-seq技术的分辨率可以达到100bp，甚至更高。因此随着基因芯片和深度测序等高通量数据的出现，计算方法在TFBS的分析中得到了广泛的
是杰宝呀·2022-02-10 05:48

第4篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（一）——phantompeakqualtools

学习目标：探讨ChIP-seq数据质量低的来源理解链交叉相关性（strandcross-correlation）使用phantompeakqualtools计算交叉相关性和其他相关的质控度量值评估交叉相关图
六六_ryx·2022-02-08 14:16

哇！单细胞测序-配体受体互作分析原来可以这么简单又高大上！

NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典·2022-02-03 14:05

组学技术—— CUT&Tag

而在蛋白质与DNA之间的相互作用研究当中，ChIP-seq当属经典技术，可以说为后来一系列技术的发展开拓了很好的思路，但是传统的ChIP-seq也存在一些问题：信号比较杂，背景噪声很大，所以常常需要input
Bio_Infor·2021-12-26 17:03

[R]bioconductor之ChIPseeker学习

ChIPseeker包南方医科大学Y叔大牛写的许多有名的生信R包之一，其最初设计用于chip-seq的macspeakcalling结果分析以及可视化，后来逐渐也适用于相关的peak分析。
小贝学生信·2021-12-01 01:34

单细胞笔记9-scATAC-seq测序方法和数据分析

AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhigh-throughputsequencing，ATAC-Seq）技术能够一次性检测样本中染色质的开放性，无需像ChIP-Seq
江湾青年·2021-11-03 16:19

表观组学：call peak概念和MACS2算法原理，最简明清晰的call peak一文通

在诸如：ChIP-seq、ATAC-seq、MeRIP-seq(m6A)、Cut&Tag中我们常常听到一个词CallPeak。CallPeak究竟是什么东西，得到的结果又有什么生物学意义呢？
xizzy·2021-10-27 20:50

Chip-seq

from生信技能树paper:Brookes,E.etal.Polycombassociatesgenome-widewithaspecificRNApolymeraseIIvariant,andregulatesmetabolicgenesinESCs.CellStemCell10,157–170(2012).GSEaccession:GSE34518，总共是9个样本，但是很多样本都分开在多个l
超级无敌大蜗牛·2021-06-27 01:18

Seurat的单细胞免疫组库分析来了！

使用Seurat进行单细胞VDJ免疫分析NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2021-06-24 18:47

Motif scanning tool: FIMO（在线版分析笔记）

换言之，你需要提供你的序列（比如ChIP-seq峰，或者ATAC-seq峰，或任何你感兴趣的序列片段）；并且，你还需要提供motif文件，目的就是要查看感兴趣的序列里有没有这些motif。
生信start_site·2021-06-21 01:54

ChIP-seq和CUT&Tag技术

ChIP-seq：利用染色质免疫共沉淀+高通量测序研究某种蛋白质结合的基因组区域染色质由DNA、组蛋白等组成：1.pngDNA将组蛋白“打包”，起到调控基因比如激活/沉默的作用：2.png1.甲醛交联：
Ann_0822·2021-06-20 10:41

反思录2021-01-10

今日文献：DynamicmapsofUVdamageformationandrepairforthehumangenome今日反思：连续两天高强度运动，再加上今天工作强度较大，有些疲惫，实验间隙只想休息，CHIP-Seq
考拉王的桉树·2021-06-20 10:39

讨厌又迷人的reads去重复

太长不看系列RNA-seq一般不去重复ChIP-seq一般去重复callS
鹿无为·2021-06-14 15:20

我可能是最后一个知道IGV也可以overlap Track的

image因为我们做ChIP-Seq的时候，会有IP和Input。尽管我们可以在发文章的时候，在IGV上只放IP，但放上input会显得更加的严谨。
城管大队哈队长·2021-06-12 22:39

Chip-seq的原理2020-02-11

https://www.bilibili.com/video/av86858532?p=2212屏幕快照2020-02-11下午2.42.31.pngH3表示组蛋白K4组蛋白上的氨基酸，甲基化的位点H3K4me2H3K4me3AcetylationH2AZ对启动子起到激活作用H3K36me3H3K79me2对转录起激活作用H3K4me1H3K4me2H3K27ac对增强子激活CTCF绝缘子，抑制增
机器人会画画·2021-06-04 04:09

安利一个Chip-seq数据分析指南

首先附上书的地址：https://www.taylorfrancis.com/books/e/9780429487590练习数据地址以及脚本：http://anaisbardet.cnrs.fr/practical-guide-to-chip-seq-data-analysis/参考：https://www.jianshu.com/p/57f77267f0bf?utm_campaign=haruk
小潤澤·2021-05-16 10:14

关于multiple mapping我想说的

很多时候，我们都要选取uniquemapped的reads，尤其是在RNA-seq和CHIP-seq的时候，但是如何保留，各种教程都不一致，我稍微总结了一下，是因为使用的比对工具不一样导致的！
生信技能树·2021-05-04 01:29

bedtools intersect简单介绍

整理ChIP-seq/CUT&Tag分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。
尘世中一个迷途小书僮·2021-04-29 20:56

MACS2 进行peak calling

整理ChIP-seq/CUT&Tag分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。
尘世中一个迷途小书僮·2021-04-29 10:13

ChIP-seq数据分析实战训练（一）

ChIP-seq数据分析实战训练（一）一、安装软件（conda）###创建小环境condacreate-nchip###激活小环境condaactivatechip###安装软件condainstall-ysratoolstrim-galoresamtoolsdeeptoolshomerbowtie2bowtieMACS2
小西瓜f·2021-04-22 10:52

WGCNA分析，简单全面的最新教程（在线做，但也需要懂原理）

生信学习的正确姿势（第三版）NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述
生信宝典·2021-04-05 22:00

ChIp-Seq,ATAC-seq, DAP-seq

1ChIP-seq染色质免疫共沉淀（ChromatinImmunoprecipitation,ChIP)研究体内蛋白质与DNA结合的技术。简单原理：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的D
斩毛毛·2021-03-13 15:43

Encode数据下载很慢怎么办？

最近我要下200个ChIP-seq的数据，在下载的过程中发现，有的数据下载非常的慢！就像下面这种，我排除了大型机网络的问题，那么我应该咋办。。。？
liu_ll·2021-03-06 17:44

NGS reads去重知多少

NGS数据reads去重的一般总结：RNA-seq一般不去重ChIP-seq一般要去重CallSNP一般要去重RRBS一般不去重Targeted-seq（
Peter_iris·2021-03-02 10:08
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