KMer

Jellyfish进行Kmer评估基因组大小

我们对一个新物种进行基因组denovo测序时，一般需要先对该物种进行基因组survey，估计基因组大小、杂合率、重复序列比例、GC含量和倍性等信息，这些结果会直接影响我们后续测序的数据量及估计组装难度。公司一般会先用二代测个100x的数据量来做这一步，现在二代已经很便宜了，测50X和100X也差不了多少钱(当然也不是越多越好)，但在测序之前，建议通过核型分析和流式等方法预估一下基因组大小是多少再安
吕强强学生信·2024-02-04 18:45

Velvet安装与运行

比较不同kmer值对velvet组装结果的影响在输入代码时运行错误是因为没有删掉每段后续的空格，并且对齐也是使用speace而不是tabk值后面的的数值是红色可能是因为没有运行过，而且没有输入权限。
月时有青天·2024-01-11 20:09

Megahit, metaSPAdes, metabat2, GTDB-tk, checkM

Megahit（宏基因组组装工具）原理基于kmer迭代的DBG算法。kmer：kmer指将reads切碎
苦中作乐613·2024-01-07 12:48

基因组survey——K-mer频谱

Kmer是从测序数据中滑窗提取出的长度为k的寡聚核苷酸序列，可以评估基因组大小、杂合度、重复序列比例等。
徐诗芬·2024-01-01 16:52

Kmer评估基因组

参考使用kmer来评估基因组特征-知乎，https://www.jianshu.com/p/94da86093843,用k-mer分析进行基因组调查：（一）基本原理_生信技工的博客-CSDN博客1.基本定义
qq_54867493·2023-12-25 04:48

bioinfo100-第10题-FastQC报告之adapter与kmer

今天，我们要聊得是adapter与kmer的问题。
RachaelRiggs·2023-11-19 09:20

基因组组装数据分析专题

二代测序的基因组组装以kmer为序列的最小单位基因组组装中的kmer究竟是何方神圣jellyfish:快速计算kmer分布GenomeScope评估基因组大小和杂合度Gerbil:支持GPU加速的kmercount
生信修炼手册·2023-11-04 13:27

Jellyfish-2的安装与使用

说在前头啥是kmer？kmer就是一条长度为kbp的DNAstring。Jellyfish有啥用？计算输入的基因组数据（fasta）、测序数据（fastq）等，长度为k的DNA序列的频数分布。
陈有朴·2023-10-31 23:46

免疫组库数据分析||immunarch教程：Kmer 与 Motif 分析

immunarch—FastandSeamlessExplorationofSingle-cellandBulkT-cell/AntibodyImmuneRepertoiresinR10×Genomics单细胞免疫组库VDJ分析必知必会免疫组库数据分析||immunarch教程：快速开始免疫组库数据分析||immunarch教程：克隆型分析免疫组库数据分析||immunarch教程：探索性数据分析
周运来就是我·2023-10-27 12:55

基因组组装项目的十二步建议

www.zbi.ee/fungalgenomesize)animals(http://www.genomesize.com)plants(http://data.kew.org/cvalues)估计：流式细胞仪和kmer
生物信息与育种·2023-10-23 23:23

生信学习笔记：生物信息学测序分析基本流程入门笔记

文章目录前言短序列比对软件sam文件insertsize基因差异表达计算变异检测物种组成与丰富度计算kmer估计基因组大小序列拼接Pregraph常用序列拼接软件基因组污染分析RNA-seq与meta序列拼接基因功能注释非编码
twocanis·2023-10-13 20:54

FG12组装注释全过程

fastp对RNAseq和Resequence测序数据进行质控ResequenceQ20，Q30皆为100%RNAseqQ20，90%Q30，89%基因组SurveyFG12jellyfish.shpre=Kmer
马连洼小法师·2023-07-31 16:10

基因组比对及T2T kmer可视化软件---RAviz功能介绍

老规矩，先和同学们介绍一下为什么要做这么一款软件？基因组比对paf格式文件：基因组比对paf格式文件当同学们需要进行基因组层面的序列比较时，通常要面对如上所示的比对结果文件，这个文件可能有几十万甚至几百万行，那么想要从如此大量的数据中筛选出所需要的信息将成为一个无比繁琐且耗时的过程，其痛苦不言而喻。而目前所发表的可视化软件在处理大文件（超过1GB）时又表现出卡、顿等不佳的情况。因此，为了解决基因组
许东·2023-07-30 18:47

kmergenie报错

组装之前想评估一下用多长的kmer合适，找到了kmergenie软件：它可以进行k-mer分析及基因组大小评估。
TheMoonAsaKite·2023-03-10 09:06

如何做Genome survey，2018.11.8

总共只需两个软件jellyfish和Genomescope一般二代测50X的数据，得到下机数据后（两个fq文件）1.先用jellyfish得到kmer频率的数据，一个histo文件（网上有很多jellyfish
bettermaan·2023-02-02 22:57

「干活」基因组组装 学习笔记 - 入门知识点和Genome Survey

1）基因组大小/genomesize：一般有两种办法，使用流式细胞来估计，或者使用Illuminashortreads，也就是基于Kmer的方法，对基因组大小进行估计，但由于流式细胞需要考虑到用什么物种
陈有朴·2022-11-20 03:13

「干活」基因组组装 学习笔记 - 入门知识点和Genome Survey

1）基因组大小/genomesize：一般有两种办法，使用流式细胞来估计，或者使用Illuminashortreads，也就是基于Kmer的方法，对基因组大小进行估计，但由于流式细胞需要考虑到用什么物种
陈有朴·2022-10-13 23:14

khaper 去除基因组重复

详情请查看githupNote软件需要内存>100G该软件要求基因组大小40x的Illuminareads构建kmer频率表，然后基于该频率表去除基因组重复的序列。
斩毛毛·2022-09-01 13:49

Jellyfish进行Kmer评估基因组大小

我们对一个新物种进行基因组测定时，一般需要先对该物种进行基因组survey，估计基因组大小、杂合率、重复序列比例、GC含量和倍性等信息，其中基因组大小直接影响我们后续三代测序的数据量。公司一般会先用二代测个100x的数据量来做这一步，现在二代已经很便宜了，测50X和100X也差不了多少钱(当然也不是越多越好)，但在测序之前，建议通过核型分析和流式等方法预估一下基因组大小是多少再安排送测序。综上，通
吕强强学生信·2022-04-16 08:12

学习笔记3-遇到的问题及解决方法：

1.比较不同kmer值对velvet组装结果的影响的问题问题1输入命令.
福悦子·2021-11-03 17:15

分析测序杂合度

home/train/biosoft/gce-1.0.0/kmerfreq/kmer_freq_hash/kmer_freq_hash-k17-lread_list-i450000000-t64-pspecies
记号晴系·2021-06-27 03:31

jellyfish:快速计算kmer分布

jellyfish可以统计DNA序列中Kmer的分布，它运行速度快，内存消耗低，支持并行，是最常用的kmer统计软件之一。
生信修炼手册·2021-06-23 21:14

基因组文章构成

数据过滤去除测序原始数据中可能包含低质量、接头污染以及含N过高的readsNT比对通过BLAST对下机数据过滤后的有效数据进行NT比对评估，如果有较高比例的序列同时比对到非近源物种的基因组上，可能是样品存在污染引起的Kmer
颤抖吧__小虫子·2021-06-20 12:03

测序数据质控和预处理之fastp

(qualitycurves,basecontents,KMER,Q20/Q30,G
吴十三和小可爱的札记·2021-06-19 14:42

jellyfish:快速计算kmer分布 2019-07-24

download/v1.1.12/jellyfish-linuxmvjellyfish-linuxjellyfishchmod+xjellyfishjellyfish有很多个子命令，下面介绍常用的子命令1.计算kmer
沙子_要变努力·2021-06-08 17:43

【KM峰会焦点】蓝凌CEO：“知识+”，组织升级的源动力无标题文章

尊敬的知识管理大咖们，亲爱的KMer们，上午好：每次来参加知识管理高峰论坛，心里总是觉得特别亲切、特别激动！亲切的是十几年来，不管环境怎么变
芸儿·2021-06-06 04:05

gce基因组特征评估 2019-07-24

GCE主要包含两个主程序：kmer_freq_hash，用于k-mer频数统计；gce，用于基因组特征评估。gce，基因组特征评估可首先使用“gce-h”查看参数。
沙子_要变努力·2021-05-19 08:20

【KM峰会焦点】蓝凌CEO：“知识+”，组织升级的源动力

尊敬的知识管理大咖们，亲爱的KMer们，上午好：每次来参加知识管理高峰论坛，心里总是觉得特别亲切、特别激动！亲切的是十几年来，不管环境怎么变
雯丽·2021-05-11 12:54

【KM峰会焦点】蓝凌CEO：“知识+”，组织升级的源动

尊敬的知识管理大咖们，亲爱的KMer们，上午好：每次来参加知识管理高峰论坛，心里总是觉得特别亲切、特别激动！亲切的是十几年来，不管环境怎么变
往事并不随风·2021-04-30 14:57

kmer分析的几款软件介绍

1.jellyfish安装jellyfish$wgethttp://www.cbcb.umd.edu/software/jellyfish/jellyfish-1.1.10.tar.gz$tarzxvfjellyfish-1.1.10.tar.gz$mkdirjellyfish$cdjellyfish-1.1.10$./configure--prefix=$PWD/../jellyfish如果安装
线断木偶人·2021-04-26 19:26

【KM峰会焦点】蓝凌CEO：“知识+”，组织升级的源动力

尊敬的知识管理大咖们，亲爱的KMer们，上午好：每次来参加知识管理高峰论坛，心里总是觉得特别亲切、特别激动！亲切的是十几年来，不管环境怎么变
芸儿·2021-04-24 15:01

KmerGenie kmer

一般来讲，对于较为复杂的基因组，我们通常会在基因组正式组装之前进行k-mer分析，以评估基因组杂合度、重复序列比例，并初步预估基因组大小，以及测序深度等，为后续基因组的正式组装提供参考信息。k-mer分析简介可参见：http://blog.sciencenet.cn/blog-3406804-1162384.html此处给大家介绍一款可以进行k-mer分析及基因组大小评估的工具，KmerGenie
wanghaihua888·2021-04-14 20:17

Kmergenie

在进行基因组正式组装前，很重要的一步就是评估基因组的Kmer，这直接影响基因组组装的准确度。这次介绍的软件Kmergenie运行简单，不需要干预即可预测Kmer的“最优”值。
希望你会好·2021-04-13 16:47

基因数据处理94之使用kmer分析SRR003161数据的kmer分布

1.分两组(1)kmer长度为：5to21(2)kmer长度为：5to55by102.代码：packageorg.gcdss.cliimportjava.text.SimpleDateFormatimportjava.util
KeepLearningBigData·2020-09-17 02:09

单菌 | jellyfish && GenomeScope评估基因组

jellyfish+GenomeScope评估基因组大小和杂合度##计算kmer分布jellyfishcount-t24-C-m17-s4G-okmer17.out1.clean.fq2.clean.fq-m
rojyang·2020-09-15 14:59

BBNorm官方指导文档翻译

此外还有：基于深度的-binning，kmer频度直方图，错误矫正，错误标记，基因组大小估计BBNorm有
热爱大自然的小和尚·2020-08-20 17:17

Adam学习之6代码解读kmer.scala（附源码）

更多代码请见：https://github.com/xubo245/SparkLearningAdam学习之6源码解读kmer.scala代码：packagetestAdamimportorg.apache.spark
KeepLearningBigData·2020-08-08 14:23

宏基因组实战7. bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计

宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC,khmer3组装拼接MEGAHIT和评估quast4基因注释Prokka5基于Kmer
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

宏基因组实战6. 不比对快速估计基因丰度Salmon

宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC,khmer3组装拼接MEGAHIT和评估quast4基因注释Prokka5基于Kmer
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

宏基因组实战5. sourmash基于Kmer比较数据集

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC,khmer3组装拼接MEGAHIT和评估quast4基因注释Prokka测试数据百度云分享经常被和谐，请读者自行从原始地址下载测试数据，无法下载请使
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

[R语言]调整坐标、设置坐标轴、标题居中

文件‘CF17.kmer’部分内容154431233682528695169316001115347708702054631586163256363672510092282080766191832182310170087251116532083121667943613173248371418363977
scxyz_·2020-08-05 02:16

生信小工具专题：BBTools/BBMap Suite 的使用 (2)

如果具有足够的覆盖率，还可以通过kmer扩展合并非重叠的reads。Kmer模式需要更多内存，应与bbmerge-auto.sh脚本一起使用。Usagefor
lakeseafly·2020-07-31 21:21

本地使用Python通过染色体id+位置查询基因名列表

简介通常使用bwa做mapping后会获得sam文件，而sam文件包含2个重要的字段：该序列mapping上的染色体id和位置(比如第2列(chr5)和第3列(36345037))KMER_440chr536345037377M1D24M
PJ-Javis·2020-07-29 19:37

字符串（如DNA序列，蛋白质序列）的编码和用于机器学习和神经网络

在处理dna序列或这蛋白质序列时，常常需要把序列转化为数字，这样才能形成矩阵输入模型训练，一般而言，有三种方法用于序列编码：顺序编码，独热编码，kmer编码。
XH生信ML笔记·2020-07-10 11:49

宏基因组实战8. 分箱宏基因组binning, MqaxBin, MetaBin, VizBin

宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC,khmer3组装拼接MEGAHIT和评估quast4基因注释Prokka5基于Kmer
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:25

宏基因组实战10. 绘制圈图-Circos安装与使用

宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC,khmer3组装拼接MEGAHIT和评估quast4基因注释Prokka5基于Kmer
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:25

de Bruijn graph组装基因组的时候，Kmer数必须是奇数的原因

如果kmer是偶数，我们会发现基因组上有些序列（如，CGCGCGCG，kmer=4）的Kmer在反向互补后得到的序列仍然是它自身！这是不能允许发生的。
黄树嘉·2020-03-19 02:26

数据算法 Hadoop/Spark大数据处理---第十七章

kmer计算简介kmer计算类似字符串的移动窗口取值一样，主要在map端进行切分，在reduce进行整合相加即可实现方法1.用hadoop实现2.用sparkJAVA实现3.用scala实现hadoop
冷梦颜爱楠楠·2020-03-09 18:52

关于转录本定量

刘小泽写于19.2.9转录本定量一般有两种方式，一个是基于比对定量（如RSEM、eXpress）；另一种是不基于比对的方法（转录本划分成kmer,用kmer出现的次数来衡量转录本丰度，如kallisto
刘小泽·2020-03-06 07:34

基因组从头组装软件

该算法将已经非常短的reads再分割成更多个kmer短序列（k小于reads序列的长度
Lillian李李安·2020-01-02 13:18
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