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Nature Cell Biology项目文章 | 通过单细胞测序分析儿童B细胞急性淋巴细胞白血病微小残留病

程涛团队与清华大学古槿团队在NatureCellBiology上发表了题为“ElucidatingminimalresidualdiseaseofpaediatricB-cellacutelymphoblasticleukaemiabysingle-cellanalysis

诺禾致源·2023-04-20 05:30

[文献分享]Single-Cell Characterization of Malignant Phenotypes and Developmental Trajectories of Adre...

Single-CellCharacterizationofMalignantPhenotypesandDevelopmentalTrajectoriesofAdrenalNeuroblastomaGraphicalAbstract

cbio_Yan·2023-04-19 07:49

OpenBLAS warning: precompiled NUM_THREADS exceeded, adding auxiliary array for thread metadata.

目录解决办法参考链接OpenBLASwarning:precompiledNUM_THREADSexceeded,addingauxiliaryarrayforthreadmetadata.解决办法或者在

赵孝正·2023-04-18 18:37

20230417 -- 处理多个VHH sanger测序序列

#20230417#序列来源生工测序：sanger序列#目的：整理成fasta，并且将上下游序列拼接组成contigs，然后igblast#有些.seq文件没有配对文件，有些.seq文件是多行输出结果，

All_Will_Be_Fine噻·2023-04-18 13:26

本地Blast的安装与使用

Blast的安装说明：BLAST工具是由NCBI所提供。

中午打个盹·2023-04-17 19:27

linux下载blast软件

linux下载blast软件/pub/software/里面下载下载ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz(rpm结尾，红帽操作系统，src文件为源代码，需要准换为二进制格式

μμ豆奶·2023-04-17 07:27

RuntimeError: CUDA error: CUBLAS_STATUS_INTERNAL_ERROR when calling `cublasCreate(handle)`

##RuntimeError:CUDAerror:CUBLAS_STATUS_INTERNAL_ERRORwhencallingcublasCreate(handle)最近在使用pytorch训练神经网络时出现了标题所示的错误

汉德萨姆ys·2023-04-17 00:30

Install metawrap-env

metaWRAPcondainstall-ymambamambacreate-y--namemetawrap-env2--channelurskymetawrap-mg=1.3.2速度特别快condaactivatemetawrap-env2condainstall-yblas

小白菜学生信·2023-04-16 19:30

教授专栏52 | 王吉光团队: 整合数据科学与生物技术, 揭秘肿瘤抗药异质性, 助力精准医疗...

杂志发表了一篇题为《PharmacogenomicprofilingrevealsmolecularfeaturesofchemotherapyresistanceinIDHwild-typeprimaryglioblastoma

香港科大商学院内地办事处·2023-04-16 12:02

2022-12-06加油！！！！L3局部对齐

https://www.jianshu.com/p/e20994e5e33chttps://zhuanlan.zhihu.com/p/388359186blastalgorithm----in

八段锦1134·2023-04-16 11:04

回顾UCL经验 Recapping my UCL experience!

I’mattheendofmyleghereinLondon,ithasbeensuchablastgettingtolearnallthedifferentfacetsofeducationtechnologytodaywithmylovelyfolksatt

NicholasTan尼克·2023-04-16 11:41

python中tensorflow_python – 如何解释TensorFlow输出？

Itensorflow/stream_executor/dso_loader.cc:105]successfullyopenedCUDAlibrarylibcublas.solocallyItensorflow

weixin_39759589·2023-04-16 08:21

GWIPS-viz + hORFeome

用bowtie2比对blast匹配到lncRNA的序列到基因组上bowtie2-p24-x~/RNASEQ/index/bowtie2_index/GCA_000001405.15_GRCh38_no_alt_analysis_set.fna.bowtie_index

547可是贼帅的547·2023-04-16 06:53

BLAST -help

blastp-helpUSAGEblastp[-h][-help][-import_search_strategyfilename][-export_search_strategyfilename][-

喜欢吃土豆的彭某人·2023-04-15 21:27

Tensorflow在Pycharm中报错：找不到 libcublas.so.8.0

ImportError:libcublas.so.8.0:cannotopensharedobjectfile:Nosuchfileordirectory解决办法在Pycharm中添加环境变量进入菜单Edit

玖月初识·2023-04-15 10:09

Docker 基本操作

退出镜像后删除容器(container)#-it交互式进入容器#-v将某一文件夹下目录映射到docker/work工作目录#最后加上选择进入的镜像ID#-w加默认进入目录常见命令dockersearchblast

奔跑的Forrest·2023-04-14 09:07

硬核原著 · 读圣经，学西语（第2期）

原文展示：Génesis1：2Ylatierraestabasinordenyvacía,ylastinieblascubríanlasuperfi

胡老师的英语课·2023-04-13 13:02

多组学高分文献19-胶质母细胞瘤的整合药物蛋白质组学

Integratedpharmaco-proteogenomicsdefinestwosubgroupsinisocitratedehydrogenasewild-typeglioblastomawithprognosticandtherapeuticopportunities

纪伟讲测序·2023-04-12 01:52

文献学习046--[st (FFPE)]肾细胞癌中三级淋巴结构是抗肿瘤浆细胞的生成和散播场所

HighlightsTertiarylymphoidstructuresaresitesofinsituBcellmaturationtowardplasmacellsIgG+andIgA+plasmacellsdisseminateintothetumortissuealongfibroblastictracksTumorcellsarelabeledbylocallyproducedIgGPa

Hayley笔记·2023-04-12 00:26

宏基因组之物种注释（基于nr库）

软件需求：blast，diamond，taxonkit(安装自行百度)构建细菌子库blast方法可能会准确点，但是它的速度简直让我怀疑人生，俩种软件的方法我都说下吧，因为我比对的主要是细菌，我首先想到是干脆按照网上的方法构建一个细菌的子库可能速度会更快点

凯凯何_Boy·2023-04-11 21:02

blast 用法汇总

11的雾·2023-04-11 14:08

单细胞scRNA-seq学习笔记3-示例文献理解

基础）课程分析的示例文章来自：2018年12月的NC文章：Spatiallyandfunctionallydistinctsubclassesofbreastcancer-associatedfibroblastsrevealedbysinglecellRNAsequencing

天涯清水·2023-04-11 10:05

10X单细胞（10X空间转录组）整合分析之nature文献思路整理

关于多样本整合分析，之前我的公开课和宣讲课讲了很多，听过的都应该有一些整合的思路，今天我们来实地运用一下，看看高分文献是如何进行整合分析，文献在Cross-tissueorganizationofthefibroblastlineage

Evil_Genius·2023-04-11 09:27

非模式生物基因GO富集分析：以水稻为例

模式生物做什么都简单，非模式生物则很多缺少注释，没有注释你就没法做，只能是借助于各种软件比如blastgo，自己跑电子注释。

sober01·2023-04-11 03:22

儿童髓母细胞瘤单细胞转录组学-表观组学联合分析

Single-CellTranscriptomicsinMedulloblastomaRevealsTumor-InitiatingProgenitorsandOncogenicCascadesduringTumorigenesisandRelapse.png

Insc·2023-04-11 01:44

新刊Nature Cancer: 单细胞分析揭示GBM肿瘤干细胞异质性

GradientofDevelopmentalandInjuryResponsetranscriptionalstatesdefinesfunctionalvulnerabilitiesunderpinningglioblastomaheterogeneity

概普生信·2023-04-10 10:58

data2text-entity踩坑记录

Thefollowingvariablesareusedinthisproject,buttheyaresettoNOTFOUND.PleasesetthemormakesuretheyaresetandtestedcorrectlyintheCMakefiles:CUDA_cublas_device_LIBRARY

简为2016·2023-04-09 19:15

Blast本地化快速上手教程

（*图片来自NCBI官网）https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi在线提交地址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi官方文档

爱上生物大数据·2023-04-09 02:46

AI学习杂记--tensorflow(1)

01GokulaKrishnanSanthanam认为，大部分深度学习框架都包含以下五个核心组件：张量（Tensor）基于张量的各种操作计算图（ComputationGraph）自动微分（AutomaticDifferentiation）工具BLAS

「已注销」·2023-04-08 21:20

BlastBufferQueue 机制介绍

BBQ机制介绍：https://www.jianshu.com/p/50a30fa6952eBBQ原理解读：https://www.jianshu.com/p/cdc60627df90BBQ运用场景：https://www.jianshu.com/p/384a5cd2e304一、背景AndroidS版本之前，关于应用显示方面面临几个问题：应用程序在缓冲区的提交中灵活性不足，窗口与应用绘制之间无法做

大天使之剑·2023-04-08 20:17

「TBtools Plugin」使用openBLAS或Apple''s BLAS是你的R矩阵运算速度起飞

MacOS12.0以后的系统更改了blas的位置，具体去哪了现在不清楚，目前的办法是brew安装openblas，然后把openblas软连接过去问题与思考在写OneStepWGCNA插件的时候我就遇到过一个奇怪的现象

ShawnMagic·2023-04-08 12:23

安装 Tensorflow 遇到的坑

如果装完还是在importtensorflowastf时报ImportError:libcublas.so.8.0:cannotopensharedobjectfile:Nosuchfile

阿o醒·2023-04-08 11:54

如何从NCBI中获得16S rRNA序列

NCBI收集了16SribosomalRNAsequence，可以进行下载：ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/dbimage.png解压后是已经建好索引的文件：image.png

scdzzdw·2023-04-07 06:45

3-【blast】的安装和使用（2021.5.1）

安装时间：2021.2.31.简介BLAST(BasicLocalAlignmentSearchTool)，是一套在DNA数据库或蛋白质数据库中进行局部相似性比对分析的工具，其中包括blastn（核酸比核酸

lkj666·2023-04-07 06:34

2019-03-13

1安装依赖包brewinstall-vdsnappyleveldbgflagsglogsziplmdbbrewinstallopenblasbrewinstallhdf5opencv#boost需要在后续配置中注意

玉晨君·2023-04-06 03:54

单细胞108篇文献解读之12---Promotion of cholangiocarcinoma growth by diverse cancer-associated fibroblast s...

利用单细胞转录组研究发现促进胆管癌生长的癌症相关成纤维细胞亚群图片研究背景在肝癌中，癌症相关成纤维细胞(CAF)的特性还有许多没有被研究明确。本文研究了CAF在肝内胆管癌(ICC)中的功能作用，通过遗传谱系追踪、单细胞RNA测序和配体-受体分析发现肝星状细胞(HSC)是CAF的主要来源，而HSC来源的CAF是与肿瘤细胞相互作用的主要亚群。单细胞RNA测序将CAF分为炎性和生长因子富集(iCAF)和

Seurat_Satija·2023-04-06 03:17

(Cont.) OpenPose OpenCV Caffe QT

Cont.condadeactivateRemembertodeactivatecondabeforecompilingcondadeactivatecaffecolas.hPath:openpose/3rdparty/caffe/include/cblas.hCase1

Cmy_CTO·2023-04-05 12:25

基因家族共线性分析

共线性分析mcscan共线性分析12Jcvi教程最全的本地blast教程安装jcvicondainstalljcvi准备文件gene.gff3cds.faprotein.facolineanalysis

wo_monic·2023-04-04 23:50

2021-04-24 分析Reads比对基因组后5和3端的序列情况

采用的斑马鱼线粒体基因组为标准序列将去掉接头的序列文件fq.gz变为fasta文件格式2.由于fasta文件过大，可以切割为多个文件下载blast软件，构建标准数据库4.对多个文件进行本地blast（构建的标准数据库

zebra_mito·2023-04-04 09:20

儿童 ALL 细胞系的深入多组学分层分析（IF14+）

Integrativemulti-omicsanddrugresponseprofilingofchildhoodacutelymphoblasticleukemiacelllines儿童急性淋巴细胞白血病细胞系的综合多组学和药物反应谱分析发表期刊

生信学霸·2023-04-04 04:10

linux BLAST序列比对

安装本地blast序列比对软件，我们可以搜索一个查询序列定制数据库，例如想研究一个新测序的基因组，或者感兴趣的一组蛋白质序列。

夕颜00·2023-04-03 16:32

易基因：m6A mRNA甲基化修饰调控CTNNB1促进肝母细胞瘤增殖的机制研究｜Mol Cancer

MolecularCancer》（IF:41.444/Q1）杂志上发表了题为“m6AmRNAmethylationregulatesCTNNB1topromotetheproliferationofhepatoblastoma

易基因科技·2023-04-03 12:18

动手学深度学习001

使用的数据集是许多形如((area,age),price)的样本对损失函数如下优化方式使用梯度下降首先我们需要注意要多使用矢量加法，python的for循环调用解释器进行操作效率较低，而矢量加法的底层使用了一些C++和BLAS

狂蛆如龙·2023-04-02 14:08

cuBLAS Level-3 Function

cuBLASLevel-3FunctionLevel-3进行的是矩阵和矩阵之间的操作。

Junr_0926·2023-04-01 22:25

2021-03-04 blast+ 比对两个denovo RNAseq序列

因此我觉得用BLAST应该可以达到他的要求。以下为解决步骤方便以后再遇到类似情况：1.安装blast+sudoaptinstallblast2

hopi_bai·2023-04-01 14:23

Biopython学习笔记（三）Blast

使用BLAST通常可以分成2个步。这两步都可以用上Biopython。第一步，提交你的查询序列，运行BLAST，并得到输出数据。第二步，用Python解析BLAST的输出，并作进一步分析。

生信start_site·2023-04-01 06:00

TensorFlow DLL文件缺失的解决方案：cudnn64_8.dll not found&cusolver64_10.dll not found

本文目的：解决cublas64_11.dllnotfound，cublasLt64_11.dllnotfound，cufft64_10.dllnotfound，curand64_10.dllnotfound

ACMSunny·2023-03-31 16:06

一文搞懂NCBI Blast本地数据库（NT/NR等）构建

背景介绍blast+：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATESTblastdb：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast

简佐义的博客·2023-03-31 16:13

blast+

makeblastdbmakeblastdb-inar14.fa-dbtypeprot-parse_seqids-outar14

nitrostarch·2023-03-31 00:12

纤维化机制：Myofibroblast的来源和功能

1.简介纤维化是由肌成纤维细胞在慢性炎症反应中过度沉积细胞外基质（ECM）蛋白引起的疤痕和组织硬化。多种有害刺激（包括毒素、传染性病原体、自身免疫反应和机械应激）能够诱导纤维化细胞反应。纤维化会影响身体的所有组织，如果不加以控制，会导致器官衰竭和死亡。目前对调节纤维化发生的关键信号转导通路的研究已经确定了潜在的治疗靶标，以阻止纤维化的进展并恢复细胞功能。MyocardialInterstitial

Hayley笔记·2023-03-30 21:15

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