cancer

【TCGA】批量下载WSIs(GDC Transfer Tool-UI)

从TCGA中批量下载WSIs1.下载TCGA原生工具TCGA官网链接：https://portal.gdc.cancer.gov/由于目前TCGA改版了，如果不太适应新版本界面的，可以点击红色部分，回到第一版
LansinBlog·2024-08-30 07:08

《重疾不重》分享文摘（癌症）

癌症的英文名称为CANCER，与星座中“巨蟹座”的英文名称一样。。两者之间也的确有相似之处：癌细胞通常会像螃蟹那样四处蔓延、横行无阻。癌的基本单位是癌细胞。
帆宝妈妈·2024-02-08 18:32

机器学习本科课程 实验3 决策树处理分类任务

实验3.1决策树处理分类任务使用sklearn.tree.DecisionTreeClassifier完成肿瘤分类（breast-cancer）计算最大深度为10时，十折交叉验证的精度(accuracy
11egativ1ty·2024-02-05 08:05

CD73 on cancer-associated fibroblasts enhanced by the A2B-mediated feedforward circuit enforces a...

本文选自Naturecommunication，https://doi.org/10.1038/s41467-019-14060-x，喜欢的朋友可以自行下载。不废话，上图。咋一看挺复杂啊。CD73可以产生EADO,细胞外ADO通过腺嘌呤能A2A受体4-6施加免疫抑制作用。CD73在CAF高表达，且CD73与多种肿瘤预后相关，因此，作者就作了CAF与肿瘤免疫相关的内容。然后作者作了一波生信分析，相当
一个没有感情的文献阅读机·2024-02-03 15:46

TCGA-302-下载数据实战

官网数据存放中心：https://portal.gdc.cancer.gov/image-20190619115407536image-20190619115504685先下载caseimage-20190619115611503image
小梦游仙境·2024-01-31 20:25

Seer*Stat乳腺癌分类模型-下载最新数据

Seer*Stat筛选字段说明官网链接：https://seer.cancer.gov/data-software/documentation/seerstat/nov2021/TextData.FileDescription-nov2021
m0_51876286·2024-01-26 20:14

Cancer Cell | PCF空间单细胞蛋白组鉴定三阴乳腺癌不同的治疗反应轨迹

目前临床上需要制定策略来更好地识别哪些患者可以从单独的免疫疗法中受益，或者哪些患者可能需要化疗或放疗等额外疗法来克服耐药性。尽管一些联合放射治疗（RT）和免疫检查点抑制（ICI）的临床研究取得了成功，但许多研究结果好坏参半，部分原因是我们对RT如何影响免疫反应的机制了解有限。近期Cancercell杂志发表了一项题名“Single-cellandspatialprofilingidentifyth
华盈生物·2024-01-26 17:20

华西医院研究团队建立滤泡性甲状腺癌诊断的血浆胞外囊泡分类器

2024年1月，Br.J.Cancer（IF:8.8）杂志在线发表了一篇题名为“Circulatingsmallextracellularvesicle-basedmiRNAclassifierforfollicularthyroidcarcinoma
华盈生物·2024-01-26 17:12

塔罗测试｜2020年巨蟹座发展趋势

巨蟹座(Cancer)黄道十二宫第四宫，出生日期阳历6.22~7.22风元素：圣杯骑士正位圣杯骑士的出现有两个含义：（1）若工作与创作相关，有崛起的趋势。
戴靖宸Louis·2024-01-19 04:29

学习小组Day5笔记-陈冰雪

从向量中提取元素根据元素位置1.png根据元素值2.png34其他从向量中提取元素的命令可参考学习R语言笔记数据框读入数据当数据文件所在目录被设为工作目录时，读入文件只需要写文件名（read.table('cancer.txt
陈冰雪·2024-01-17 17:19

Survival curve for TCGA

www.cbioportal.org/")test(mycgds)###allcancerstudiesall_tcga_studies%droplevels()time_status$PERSON_NEOPLASM_CANCER_STATUS
osho_c837·2024-01-15 07:51

TCGA数据库与数据下载

网址：https://portal.gdc.cancer.gov/TCGA只对授权的用户开放Level1
吴小玥·2024-01-13 10:00

科学美国人——糖生物学指向癌症新疗法

://www.scientificamerican.com/article/the-biology-of-sugars-points-to-a-sweet-strategy-for-treating-cancer
Aletheia_W·2024-01-08 17:25

KNN 分类（选择最佳的 K 值，并可视化模型精度与 n_neighbors 的关系）

importmatplotlib.pyplotaspltfromsklearn.datasetsimportload_breast_cancerfromsklearn.model_selectionimporttrain_test_splitfromsklearn.neighborsimportKNeighborsClassifier#导入乳腺癌数据集cancer
写进メ诗的结尾。·2024-01-05 12:17

获取癌症数据-International Agency for Research on Cancer

全球癌症数据探索-国际癌症研究机构在探索癌症的全球影响和趋势时，国际癌症研究机构（IARC）为您提供了最全面、最权威的数据资源。我们的数据库覆盖了全球各地的癌症数据，无论您身在何处，都可以轻松访问并分析这些宝贵的信息。无需，您就可以获取到全球范围内的癌症统计数据、流行病学研究和临床试验结果。这些数据来自世界各地的权威机构和科研项目，经过严格的审核和整理，为您提供了一个全面、可靠的癌症数据平台。此外
Wency(王斯-CUEB)·2024-01-02 13:15

7+WGCNA+机器学习+泛癌生信思路,非肿瘤也能结合泛癌分析

今天给同学们分享一篇生信文章“AnalysisandExperimentalValidationofRheumatoidArthritisInnateImmunityGeneCYFIP2andPan-Cancer
生信风暴·2023-12-30 07:01

数据挖掘（作业3

“tutorial3_DataExploration”中的鸢尾花数据集“iris.data”“tutorial4_DataPreprocessing”中的癌症数据集“breast-cancer-wisconsin.data
全是头发的羊羊羊·2023-12-28 11:59

Smart cancer nanomedicine 智慧型癌症纳米医学

AbstractNanomedicinesareextensivelyemployedincancertherapy.Wehereproposefourstrategicdirectionstoimprovenanomedicinetranslationandexploitation.(1)Patientstratification（成层，层理）hasbecomecommonpracticeino
Garfield_04ad·2023-12-27 18:38

Victory

Cancer.Readtheresultofthediagnosis.Stumblingaimlesslyalongthecorridor,thesoundofthewordreverberatedinhermind.Itwasasifsomeonewasshoutingthewordrepeatedlyatthetopofhislung
Nepenthee·2023-12-26 13:05

elk7.10.2安装（vm版）

elk7.10.2分布式集群安装（centos7）ELK安装主机规划192.168.31.101cancer01esmaster/esdatanode/logstash192.168.31.102cancer02esmaster
leveretz·2023-12-14 22:46

7+WGCNA+机器学习+实验+泛癌分析，多要素干湿结合

今天给同学们分享一篇生信文章“AnalysisandExperimentalValidationofRheumatoidArthritisInnateImmunityGeneCYFIP2andPan-Cancer
生信风暴·2023-12-06 03:38

1-The future of early cancer detection

DOI：10.1038/s41591-022-01746-xABSTRCT检测手段越来越敏感，导致难以发现导致癌症的关键因素。在未来，传感器、造影剂、分子方法和人工智能的进步将有助于实时检测癌症特异性信号。INTRODUCTION早期癌症检测是主动识别组织（包括血液）异常，表明癌前或原位阶段，异常细胞入侵超出通常的空间环境渗透到邻近结构或迁移到淋巴或血管。随着技术的改进，检测的灵敏度更高也带来了问
怎么不是呐·2023-12-01 23:00

癌症恶病质可以用anamorelin治疗

图片来自网络2017年12月4日，《Cancer》杂志刊登的双盲、随机对照（ONO-7643-04）试验结果显示，anamorelin增加了晚期非小细胞肺癌患者瘦体重、改善了厌食症状。
亨利福特健康·2023-11-29 00:46

使用numpy，pandas读取csv文件数据

使用numpy，pandas读取csv文件数据先使用numpy对csv文件进行读取data=np.loadtxt(open('breast_cancer.csv',"r"),delimiter=",",
xzn52moon·2023-11-26 02:11

论文阅读：Molecular subtypes classification of breast cancer in DCE-MRI using deep features

论文标题：MolecularsubtypesclassificationofbreastcancerinDCE-MRIusingdeepfeatures翻译：基于深部特征的DCE-MRI对乳腺癌分子亚型的分类摘要利用乳腺DCE-MRI识别分子亚型本研究使用了1359张DCE-MRI图像的人工注释数据集，其中70%用于训练，其余用于测试。从该数据集中提取了12个深度特征。数据集首先由具有乳腺MRI解
小源0·2023-11-23 17:02

Autophagy promotes immune evasion of pancreatic cancer by degrading MHC-I

本文选自Nature，https://doi.org/10.1038/s41586-020-2229-5，喜欢的朋友可以自行下载阅读。废话不说，先上图。Gatingstrategyusedforflowcytometryanalysis.在胰腺癌(PDAC)中，尽管MHC-I表达经常下调，但导致MHC-I丢失的突变很少。PDAC细胞在细胞表面的MHC-I表达减少，而在自噬小体和溶酶体中表现出明显的
一个没有感情的文献阅读机·2023-11-21 17:45

机器学习算法-随机森林初探（1）

机器学习算法-随机森林之理论概述表达数据集来源于https://file.biolab.si/biolab/supp/bi-cancer/projections/。
生信宝典·2023-11-21 00:10

机器学习---初识贝叶斯分类器

引入问题有两个可选的假设：病人有癌症、病人无癌症，可用数据来自化验结果：正+和负-有先验知识：在所有人口中，患病率是0.008，对确实有病的患者的化验准确率为98%，对确实无病的患者的化验准确率为97%总结如下：P(cancer
三月七꧁ ꧂·2023-11-20 07:05

Exosomal long noncoding RNA LNMAT2 promotes lymphatic metastasis in bladder 1 cancer

本文选自看不懂的杂志，一起看看得了，应该没有什么花样。摘要：有临床淋巴结转移的膀胱癌患者预后极差。VEGF-C在BCa淋巴结转移中起重要作用。然而，约20%有淋巴结转移的BCa中VEGF-C表达较低，提示BCa的LN转移与VEGF-C无关。在此，我们证明了BCa细胞分泌的胞外体介导的淋巴管生成促进了BCa的LN转移，这是以VEGF-C无关的方式进行的。我们鉴定了外泌体长非编码RNA（lncRNA）
一个没有感情的文献阅读机·2023-11-19 13:17

Cancer Letters|早期肺腺癌复发signature

今天跟大家分享的是四月份发表在CancerLetters杂志（IF：6.508）上的一篇文章Clinicalsignificanceandinflammatorylandscapesofanovelrecurrenceassociatedimmunesignatureinearly-stagelungadenocarcinoma，文章主要讲的是基于LASSO算法和逐步的Cox比例风险回归模型来识别
概普生信·2023-11-06 10:38

单细胞108篇文献解读之2---Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated fibrob...

2、天罡星玉麒麟卢俊义2018年12月的NC文章：Spatiallyandfunctionallydistinctsubclassesofbreastcancer-associatedfibroblastsrevealedbysinglecellRNAsequencingimage.png附件在：https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.10
Seurat_Satija·2023-11-01 02:14

Broadening horizons: the role of ferroptosis in cancer（下）

FerroptosisincancertherapySystemictherapy传统的细胞毒性和靶向药物通过多种机制发挥作用，一般目的是通过诱导癌细胞死亡来减缓或阻止肿瘤生长，而不影响非转化细胞。然而，对靶向治疗的抵抗仍然是一个难以克服的挑战。越来越多的临床前证据表明，铁死亡的诱导可能是一种有用的治疗策略，可防止对几种癌症疗法的获得性耐药性，如拉帕替尼、埃罗替尼、曲马替尼、达布芬尼和vemura
一个没有感情的文献阅读机·2023-10-31 07:10

Exosomes promote pre-metastatic niche formation in ovarian cancer

本文选自molcan，喜欢的可以自行下载阅读。综述文章，只翻译，不评论，为了开拓眼界。摘要：卵巢癌是妇科最常见的恶性肿瘤之一。经初步诊断，大多数患者表现为腹腔内广泛的转移性生长。这种转移性生长是分阶段发生的，转移前生态位的形成发生在宏观肿瘤细胞侵袭之前。原发性卵巢肿瘤释放的外泌体是一种细胞外小泡，为加速转移侵袭准备了远处肿瘤微环境。它们调节肿瘤细胞与正常间质、肿瘤相关成纤维细胞和肿瘤微环境内局部免
一个没有感情的文献阅读机·2023-10-31 02:08

cancer

忘记是哪一天的晚上在两个多小时的争吵后我提了分手他没有任何犹豫答应了无比的平静一如之前我提出在一起的时候一样我追的他没有任何阻碍的我成功了我们在一起了其实一直都是我在努力我主动主动找他聊天主动说要一起出去努力的制造两个人见面的机会努力的想要维持一这段感情他非常的被动被动的很过分我累了我不想继续了提出分手的时候我还抱有一丝侥幸希望他能有这么一点点的挽留但是他很快的换了头像名片背景着急的想要抹掉一切有
然而是北·2023-10-29 07:56

GDC Data Transfer Tool 下载TCGA数据

、GDCDataTransferTool下载GDCDataTransferTool是TCGA官方基于python开发的下载程序，在TCGA官网GDC部分可以找到：https://portal.gdc.cancer.gov
勤劳的管道工·2023-10-29 05:04

与您的医生谈谈疼痛

因此，为了让这项任务顺利进行，Cancer.Net博客正在要求医生们分享他们的建议和见解，来讨论在诊断、治疗和后续护理过程中可能出现的一些可能敏
陈功Kyle·2023-10-27 17:17

【Nature Review Cancer】癌症中染色质修饰的“language”

这篇文献阅读笔记是一篇综述笔记，这篇综述于今年5月17日发表在NatureReviewCancer上，题目是“Thelanguageofchromatinmodificationinhumancancers”。通讯作者是GangGregWang，但署名第二位是C.DavidAllis（这位大佬不用我介绍了）。该综述对于癌症中染色质修饰的失调进行了详细的描述。由于文章写的特别细致，导致我完成这篇笔记
生信start_site·2023-10-27 16:38

自噬相关文献【自找01】

term=autophagy-related+genes+cancer&filter=datesearch.y_10&size=200https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33457234
医只蜗牛·2023-10-26 12:42

从特朗普确诊新冠的推特中能学到什么英语表达

但是用主动sbtestpositive/negativeforCOVID-19补充：2.某人患上癌症可以说sbgetcancer也可以说sbisafflictedwithcancer在英译汉里面，出现cancer
南有城墙·2023-10-26 11:24

2022-06-28

Cancer|诱导治疗和巩固治疗之间的“桥接疗法”提升疗效原创图灵基因图灵基因2022-06-2810:04发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制据报道，大约一半患有神经母细胞瘤的儿童复发的可能性很高
图灵基因·2023-10-25 22:12

2022-09-16 A Case of Gastric Cancer Treated with Resection and Adjuvant Chemotherapy in Japan aft...

日本的经典杂志之一，《癌与化疗》报道了经过1疗程FOLFOX6后，达到2级治疗反应，后得到根治性手术的病例。作者的目的是探讨，在日本的指南中引入新辅助治疗这样的治疗方式。可供学习思考的思路术前诊断是否存在过度诊断。是否应该在新辅助后，手术前再做一次CT，对比CT报告与病理报告的符合度。病理诊断为Por/Sig，是否有更多的病理或分子病理分型，研究FOLFOX6发挥作用的原因。包括临床特征等。对于日
朗月斋主·2023-10-25 20:32

TCGA Pan-Cancer 中患者生存结果整合

文献来源AnIntegratedTCGAPan-CancerClinicalDataResourcetoDriveHigh-QualitySurvivalOutcomeAnalytics临床生存结局终点的定义OverallSurvival(OS)OSistheperiodfromthedateofdiagnosisuntilthedateofdeathfromanycause.Thecensore
上校的猫·2023-10-25 18:58

Python 数据集：乳腺癌数据集（from sklearn.datasets import load_breast_cancer）。

数据集：乳腺癌数据集（fromsklearn.datasetsimportload_breast_cancer）。
蒙娜丽莎的Java·2023-10-21 10:10

肿瘤相关数据库资源汇编

Cancer-relatedDataResourcesArrayMapURLhttp://www.arraymap.orgWhatyougetcopynumberdatafrom8594breastcancersamples
医科研·2023-10-17 03:52

文献解读---Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of class...

文献详解栏目每个人的时间精力有限，必须优先阅读相关文献，开设这个栏目也是希望为大家推荐高质量的单细胞相关文献。如果大家对单细胞转录组感兴趣可以关注一下，哪怕每天只学一点点，积土成山，积水成渊。当然一个人的力量终归是小的，我也希望汇聚一群人，形成一个场，这里头最重要的生产力不是单个人多聪明，多厉害，而是每个人相互作用，形成的那个氛围。希望大家能有所收获！文章信息这一篇是免疫相关，美国FredHutc
Seurat_Satija·2023-10-16 05:01

2020-01-05 批量做ROC曲线

library(pROC)par(mfrow=c(2,5))#两行五列group_number=as.factor(ifelse(group=="cancer",1,0))#一定要设置成factor，记住不要随便更改
海阔天空周·2023-10-14 11:16

Nature Reviews Cancer:实体瘤"劫持"组蛋白变体互作网络

这篇是一篇很新的综述，于今年2月10日发表在NatureReviewsCancer上(IF53.030)。文章题目：Solidtumourshijackthehistonevariantnetwork文章主要介绍了在实体瘤中，组蛋白变体以及它们的分子伴侣在肿瘤中的作用，并介绍了一些针对性的治疗方案。其中主要集中讨论了H2A和H3组蛋白变体家族成员。这篇综述比较长，我没有翻译全文。图中表格部分我也只
生信start_site·2023-10-14 00:09

Vaccine could virtually eliminate cervical cancer: study

Vaccinecouldvirtuallyeliminatecervicalcancer:study研究：疫苗有望基本消灭宫颈癌•Clinicaltrials临床实验•amajorpublichealthproblem重大公共卫生问题•cervicalcancer宫颈癌•scale-up扩大[名词]•humanpapillomavirus(HPV)ˌpæpɪˈləʊməˌvaɪrəs•projec
遇见_E·2023-10-12 01:22

Python机器学习实战-特征重要性分析方法（7）：主成分分析 PCA（附源码和实现效果）

fromsklearn.decompositionimportPCAimportpandasaspdfromsklearn.datasetsimportload_breast_cancerimportmatplotlib.pyplotaspltX,y=load_breast_cancer
数据杂坛·2023-10-10 12:52

Python机器学习实战-特征重要性分析方法（9）：卡方检验（附源码和实现效果）

fromsklearn.feature_selectionimportchi2importpandasaspdfromsklearn.datasetsimportload_breast_cancerimportmatplotlib.pyplotaspltX,y=load_breast_cancer
数据杂坛·2023-10-10 12:07
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