fastq

RNA-seq：转录组数据分析处理（上）（2019/05/07更新）

的过滤和清除不可信数据（cleanreads）reads回帖基因组和转录组（alignment）计数（count）基因差异分析（GeneDE）数据的下游分析二、准备工作学习illumina公司测序原理测序得到的fastq
superqun·2019-01-28 10:28

PluriTest在线工具测定干细胞“干性”的注意事项

TheprotocolofusingPluriTest.orgtoproceedpluripotencyassessmentviaftpserver，简单介绍了一下使用ftp协议上传数据的方法，该方法主要针对于fastq.gz
冻春卷·2019-01-25 19:59

fasta和fastq格式文件的shell小练习

FASTA:在生物信息学中，FASTA格式是一种用于记录核酸序列或肽序列的文本格式，其中的核酸或氨基酸均以单个字母编码呈现。该格式同时还允许在序列之前定义名称和编写注释。这一格式最初由FASTA软件包定义，但现今已是生物信息学领域的一项标准。FASTA简明的格式降低了序列操纵和分析的难度，令序列可被文本处理工具和诸如Python、Ruby和Perl等脚本语言处理。格式说明：FASTA格式中的一条完
看远方的星·2019-01-22 21:59

mmtv插入位点的分析

reads##grepAAGGTTCTGATCTGAGCTCTGAGTGTTCTATTTTCCTATGTTCTTTTGGAATCTATCCAAGTCTTALTR3-2_L4_P704504.R1.clean.fastq-B1
njmujjc·2019-01-17 16:16

hbctraining-Introduction to ChIP-Seq Lesson 2

QualityControlofSequenceReadsUnderstandingtheIlluminasequencingtechnologyUnmappedreaddata(FASTQ)FastqformatevolvedfromFastainthatitcontainssequencedataandqualityinformation.Therearetwomainkindsofquali
horsefish·2018-12-20 20:31

Day4_2 RNA-seq实战

第一步：将下载的sra格式的数据转换成fastq格式的数据输出到./project这一部免费的云服务器就已经扛不住了fastq-dump--gzip--split-3-O./project.
陈宇乔·2018-12-12 23:35

shell统计fastq文件中特定序列出现次数

grep-o'CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA'F1-1_combined_R1.fastq|sort|uniq-c
赵会成·2018-11-30 17:22

APAtrap的使用

sourceforge.net/projects/apatrap/说明书：https://sourceforge.net/p/apatrap/wiki/User%20Manual/1.fatsq的QC2.fastq
苏牧传媒·2018-11-18 14:40

Qiime1-1.介绍

Overview本系列将分成以下几个部分：处理加工FASTQ序列文件生成OTUtableO
jlyq617·2018-09-20 15:12

fasta/fastq格式解读

1）知识简介--------------------------------------------------------1.1）测序质量值首先在了解fastq，fasta之前，了解一下什么是质量值。
djx571·2018-08-17 16:00

关于OptionParser的使用

就是可以将写过的脚本保存留下来，而不是写了就丢掉我将几个脚本合并后，如下ubuntu@VM-0-17-ubuntu:~/practice/bowtie/bowtie2-2.2.9/script$python3fastq_s
天秤座的机器狗·2018-07-11 22:44

编程实战综合

题目对FASTQ的操作5,3段截掉几个碱基序列长度分布统计FASTQ转换成FASTA统计碱基个数及GC%对FASTA的操作取互补序列取反向序列DNAtoRNA大小
生信技能树·2018-07-01 16:14

0044-【宏基因组】-16S分析qiime1极简教程

1.数据介绍FASTQ数据下载-EBI-SRA数据地址：https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJNA246490Study:PRJNA24649016SrRNAsequencingofsoilmicrobialcommunitymetagenome
leadingsci·2018-06-15 11:15

RNA-seq常用命令（无参）

0.前期准备先在工作目录下创建以下几个目录：01.raw_data#用于存放原始数据02.fastq#用于存放fastq格式数据03.fastqc#用于存放QC结果04.trinity_result#用于存放
卖萌哥·2018-04-11 17:50

转录组测序流程

1.获得测序数据，Fastq格式，称之为Rawdata。Fastq文件说明；每四行为一个单元。第一行：序列名称第二行：序列的碱基第三行：序列名称，可以使用+代替第四行：碱基的质量。
Doris_xixi·2018-04-10 15:47

linux入门学习1之FastQC

linux入门基础11.linux常用命令：pwd:显示当前工作目录exit或者ctrl+d:退出echo:打印例如x=1,echo$xgzip:压缩或解压缩例如:gzipsample.fastq(压缩
Doris_xixi·2018-04-09 14:27

转录组学习五（reads比对）

转录组学习五（reads的比对与samtools排序）转录组学习六（reads计数与标准化）转录组学习七（差异基因分析）转录组学习八（功能富集分析）任务各种比对软件的简单探究比对软件hisat2明白其基本用法将fastq
Dawn_天鹏·2018-03-29 20:16

SOTON私人定制：利用Python进行数据分析（ 数据导入导出）

数据导入导出pandas支持多种类型的数据的读取，但是目前存放数据还是文本，比如说存放参考基因组的fasta文件，存放测序结果的fastq文件，为了降低宽带压力一般都会压缩一下文本。
xuzhougeng·2018-01-07 21:08

5 Biostar 第五课 FASTA和FASTQ格式

Fasta和Fastq格式作为测序分析的基础，绝对是重中之重，所以了解这两个文件的构成和格式就非常重要Fasta格式以>为headerline另起一行开始序列，序列包含ATGCN五种字母。
bingli·2017-12-11 14:48

fastq序列质量Q30统计软件

FaQCs使用perl编写，R画图。不仅可以统计质量，Q30，还可以trim序列。安装简单准备好两个需要的perl模块,下载github上的文件，然后直接cdlib;./INSTALL.sh。https://github.com/LANL-Bioinformatics/FaQCsfastqcwindowslinux版都有，java写的，速度快，结果清晰，但结果没有Q30比值http://www.b
quan575·2017-12-11 03:51

从原始的FASTQ生成TPM

比对使用STAR计算counts使用featureCounts转化counts使用脚本readsToTPM.pl$usage="perlfeartureCountsfeatureCounts.summary";die"\t\"theusageis$usage\"\t"if@ARGV==0;openFILE,$ARGV[0]ordie$!;openFILE2,$ARGV[1]ordie$1;open
风中的鱼儿·2017-12-11 03:15

fastq2fasta 转换小脚本

/usr/bin/perl-wusestrict;useGetopt::Long;useFile::Basename;my($fastq,$out,$pre,$type,$help);GetOptions
正踪大米饭儿·2017-12-08 16:01

biostar handbook(四)|生物数据及其下载和基本操作

2017/11/9第一版：生物数据库，基本数据类型（genbank，fasta/fastq），数据上传站点2017/11/12第二版：如何利用esearch,efecth快速获取SRR序列号生物数据库目前绝大部分数据由
徐洲更hoptop·2017-11-09 09:08

转录组入门(3)：了解fastq测序数据

转录组入门(3)：了解fastq测序数据需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量！
_eason_·2017-09-11 22:40

ascp下载ebi ncbi数据库大文件

ebi千人基因组计划数据下载代码ascp-iasperaweb_id_dsa.openssh-Tr-Q-l6M-P33001-L--k1era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq
zd200572·2017-08-22 16:54

转录组（3）：了解fastq测序数据

学习目标：前面下载了SRR3589956.sra-SRR3589962.sra的RNA-seq数据，本次用sratoolkit.2.6.3软件解压，并查看fastq数据的格式，用fastqc软件检验其数据质量
Richard_Zhou·2017-08-04 18:19

SRA下载工具fastq-dump参数理解

fastq-dump是常用用来下载NCBI原始测序SRA数据的工具，但是它的参数也是比较杂乱，我根据查到的数据说下我的体会--outdir#输出文件夹名--gzip#使用gzip压缩结果（目的是减少占用硬盘大小
bioinfo2011·2017-07-31 21:08

转录组入门（3）：了解fastq测序数据

作业要求需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量！
lxmic·2017-07-23 09:23

转录组入门（5）： 序列比对

直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。
徐洲更hoptop·2017-07-19 12:03

转录组入门（3）：质量控制

需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量！
徐洲更hoptop·2017-07-11 18:35

RNA_seq表达分析

输入文件input_v1.0.txt（三列，分别是*.1.fastq.gz,*2.fastq.gz,*.sam）hisat2运行参数与流程（hisat2_IWGSCv1.0.py）#!
msw521sg·2017-03-17 11:50

RNA_Seq差异表达分析流程

RNA_Seq差异表达分析流程1、数据下载ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR122/005/SRR1228245/SRR1228245_1.fastq.gz;ftp.sra.ebi.ac.uk
msw521sg·2017-02-28 14:14

基于RNA-seq的基因表达分析

AdapterRemoval--file1input1.fastq.gz--file2input2.f
msw521sg·2016-09-23 14:17

Adam学习16之SAM/BAM在Adam中的初始存储格式AlignmentRecord

1.SAM/BAM和Fastq一样的Avro，不详细就写了2，数据：{"readNum":0,"contig":{"contigName":"chrUn_KN707606v1_decoy","contigLength
bob601450868·2016-05-01 02:00

Adam学习15之Fastq在Adam中的初始存储格式AlignmentRecord

1.参考2中提高了具体的，cp过来：{"readNum":null,"contig":null,"start":null,"oldPosition":null,"end":null,"mapq":null,"readName":"chrUn_KN707606v1_decoy_1204_1728_0:0:0_1:0:0_0","sequence":"CTCCTCGCCA","qual":"22222
bob601450868·2016-05-01 02:00

Adam学习13之Fasta/Fastq/SAM/BAM文件格式数据读取

0.代码（读取方法）：packageorg.bdgenomics.adamLocal.algorithms.test importorg.apache.spark.SparkConf importorg.apache.spark.SparkContext importorg.apache.spark.sql.SQLContext importorg.bdgenomics.adam.rdd.ADA
bob601450868·2016-04-30 22:00

perl 利用管道读取压缩文件内容

perl的文件句柄不仅支持普通文件，还支持管道，今天需要统计一个fastq文件中的序列数和碱基数，而NGS的fastq文件一般都是gzip压缩的，所以需要读取压缩文件中的内容，代码如下：my($fastq
庐州月光·2016-01-15 16:00

BWA软件安装和使用

/dmel-all-chromosome-r5.37/dmel-all-chromosome-r5.37.fastaDRR047093.fastq>RAL357_1.sai[bwa_aln]17bpreads
KeepLearningBigData·2016-01-13 20:48

BWA软件安装和使用

/dmel-all-chromosome-r5.37/dmel-all-chromosome-r5.37.fastaDRR047093.fastq>RAL357_1.sai [bwa_aln]17bpreads
bob601450868·2016-01-13 20:00

使用fastq-dump下载SRA数据

使用fastq-dump下载SRA数据环境和配置请见系列博文1.下载：fastq-dump-ZDRR047093 然后会显示信息：如果文件过大会有很多可以显示制定条数fastq-dump-X5-ZDRR047093
bob601450868·2016-01-13 19:00

ubuntu下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq文件

ubuntu下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq文件：环境：ubuntu14.04sratoolkit.2.5.5-ubuntu641.下载下载地址：http://trace.ncbi.nlm.nih.gov
bob601450868·2016-01-13 13:00

window下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq

window下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq并将fastq转换成fasta文件1.ncbi下载sra文件ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant
bob601450868·2016-01-12 22:00

SRAtoolkit使用

view=toolkit_doc&f=std.sra转fastq文件：待完成
bob601450868·2016-01-12 22:00

fastq-dump 报错 解决方案

命令行： ~/tools/sratoolkit/sratoolkit.2.3.2-5-centos_linux64/bin/fastq-dump --split-spot --gzip rhesus_b_heart.sra
·2015-11-13 09:36

FastQ思考系列之EasyUI页面按钮权限控制

将权限粒度细化至按钮,实现拥有权限时，显示按钮，否则不显示页面代码1 2$(function(){ 3$('#admin_yhgl_datagrid').datagrid({ 4url:'${pageContext.request.contextPath}/userAction!datagrid.action', 5fit:true, 6fitColumns:true, 7border
xiaohan2826·2015-10-30 13:00

fastq-dump 报错 解决方案

命令行： ~/sratoolkit/sratoolkit.2.3.2/bin/fastq-dump --split-spot --gzip xxxx.sra 报错信息: fastq-dump.2.3.2
·2015-10-23 08:37

如何把sra格式转成fastq格式(fq格式)

sra是NCBI 推出的存储高通量数据的格式，而平常我们工作用得多是fastq格式。
·2015-10-23 08:29

R处理xml文件

library(XML) url_experiment="ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA001//DRA0018
Forever_YCC·2015-02-26 03:00

【积累】表格列表CSS样式

HTML示例源代码： Latinname fastqfile fastafile snp Article Latimeriachalumnae fastq fasta snp article
lutinghuan·2013-10-21 15:00

Gaea

初级分析部分的输入是原始read文件（FASTQ格式或经gz压缩的FASTQ文件），输出是可供变异检测分析的比对文件（BAM格式）。
lilinji·2013-10-19 10:27
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