E-COM-NET
首页
在线工具
Layui镜像站
SUI文档
联系我们
推荐频道
Java
PHP
C++
C
C#
Python
Ruby
go语言
Scala
Servlet
Vue
MySQL
NoSQL
Redis
CSS
Oracle
SQL Server
DB2
HBase
Http
HTML5
Spring
Ajax
Jquery
JavaScript
Json
XML
NodeJs
mybatis
Hibernate
算法
设计模式
shell
数据结构
大数据
JS
消息中间件
正则表达式
Tomcat
SQL
Nginx
Shiro
Maven
Linux
fastq
SRA数据转成
fastq
DownloadingandinstallingtheSRAToolkitstep1：下载并安装SRAtoolkit（DownloadtheToolkitfromtheSRAwebsite）Ifyouareusingawebbrowser,thefollowingpagecontainsdownloadlinkstothemostcurrentversionofthetoolkitforeacho
weixin_30687811
·
2020-09-16 14:22
数据库
操作系统
使用sratoolkit转换SRA文件格式
1.单端：
fastq
-dump--fastaSRR6470965.sra结果生成：SRR6470965.fastafastq-dumpSRR6470965.sra结果生成：SRR6470965.
fastq
2
飘羽
·
2020-09-16 14:38
生信软件 | Sratools (操作SRA文件)
文章目录1.介绍2.安装2.1Conda安装2.2传统安装3.使用3.1下载SRA3.2抽取
fastq
文件1.介绍Sratools是NCBI官方提供，用于操作SRA(readsandreferencealignments
白墨石
·
2020-09-16 14:37
生物信息
生信情报站
Linux下把sra文件转成
fastq
文件
记录下自己在安装sratoolkit和转换文件的摸索步骤转换文件需要使用sratoolkit软件，所以首先要下载，先说下下载、解压、安装这个软件。我事先在我的Linux目录下新建一个文件夹software用来存放下载的软件，新建文件夹命令：mkdirsoftware，然后就在这个文件夹下载软件了。1.在Linux下直接用wget来下载，输入如下命令：wgethttp://ftp-trace.ncb
铭&婵旭
·
2020-09-16 14:15
SRA下载
sra
fastq
linux
ncbi下载数据sra和转换
fastq
流程
https://www.cnblogs.com/chenpeng1024/p/9166988.htmlnohupprefetch--option-fileSRR_Acc_List.txt&$wget-ifilename.txt此命令常用于批量下载的情形，把所有需要下载文件的地址放到filename.txt中，然后wget就会自动为你下载所有文件了。$wget-chttp://example.com
qq_39306047
·
2020-09-16 14:43
其他
sra转
fastq
格式
NCBI上下载的原始数据为SRA数据，而适用于大部分生物软件的是
fastq
格式，所以我们需要将sra格式的原始数据转为
fastq
格式。NCBI提供了数据转换的软件
fastq
-dump。
dingsheng56656
·
2020-09-16 13:18
ubuntu下使用sratoolkit将sra文件转换成
fastq
文件
ubuntu下使用sratoolkit将sra文件转换成
fastq
文件：环境：ubuntu14.04sratoolkit.2.5.5-ubuntu641.下载下载地址：http://trace.ncbi.nlm.nih.gov
KeepLearningBigData
·
2020-09-16 13:39
云计算
window下使用sratoolkit将sra文件转换成
fastq
window下使用sratoolkit将sra文件转换成
fastq
并将
fastq
转换成fasta文件1.ncbi下载sra文件ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant
KeepLearningBigData
·
2020-09-16 13:09
云计算
使用cellranger-atac软件处理10x单细胞ATAC-seq测序数据（下）
image.pngGeneratingFASTQswithcellranger-atacmkfastqOverviewcellranger-atac软件提供了cellranger-atacmkfastq子程序，可以将Illumina测序仪产生的原始basecallfiles(BCLs)下机数据转换为
FASTQ
Davey1220
·
2020-09-15 11:54
QIIME 2用户文档. 8数据导入Importing data(2018.11)
文章目录前情提要QIIME2用户文档.8数据导入导入带质量值的
FASTQ
测序数据EMP标准混样单端数据EMP混样双端数据Casava1.8单端混样数据Casava1.8双端拆分后数据**
Fastq
样品文件清单格式
刘永鑫Adam
·
2020-09-15 06:02
扩增子
QIIME 2教程. 09数据导入Importing data(2020.2)
文章目录前情提要QIIME2用户文档.9数据导入导入带质量值的
FASTQ
测序数据EMP标准混样单端数据EMP混样双端数据Casava1.8单端混样数据Casava1.8双端拆分后数据**
Fastq
样品文件清单格式
刘永鑫Adam
·
2020-09-15 04:20
扩增子分析
使用cellranger-atac软件处理10x单细胞ATAC-seq测序数据（上）
该软件主要包括以下四个分析流程：cellranger-atacmkfastq：该子程序主要将Illumina测序仪产生的原始rawbasecall(BCL)测序文件转换为
FASTQ
文件，该命令中封装着bcl2
Davey1220
·
2020-09-13 21:57
16/10/2019 一步步学会分析ATAC-seq
原始名称为：larvae1_S1_L001_R1_001.
fastq
.gz,larvae1_S1_L001_R2_001.
fastq
.gz,larvae1_S1_L002_R1_001.
fastq
.gz
uqyuan0515
·
2020-09-13 03:33
BI
可能是下载公共数据
fastq
.gz最快的方法【new】
参考：批量下载SRR数据从NCBI-SRA和EBI-ENA数据库下载数据最近下载了一些比较大数据，自己感觉下载公共数据，最快的方法用ascp下载EBIsra数据，再使用faster-dump解压，如果需要压缩使用pigz进行压缩。举例Step1:准备数据列表$catdown.txtSRR7585921SRR7591443SRR7591444Step2:下载sra数据catdown.txt|whil
caokai001
·
2020-09-12 01:44
从
fastq
文件中批量提取/过滤序列【python】
介绍测序回来的
fastq
文件通常在分析之前，需要进行过滤，该脚本利用python实现
fastq
文件中提取指定ID的序列，并保存为新
fastq
文件，脚本一所有输入文件和输出文件都必须是压缩文件格式，脚本二是否压缩均可
冷月、无声
·
2020-09-11 23:31
生信脚本
干货 | 一文教会你如何使用VMware安装CentOS虚拟机
在学习生物信息学的过程中，不可避免的会经常接触到Linux系统，毕竟生物信息学软件大多都是基于Linux系统开发的，尤其对于生物大数据的处理如原始
FastQ
数据的比对、组装以及图形绘制等等，都需要用到Linux
拾柒Zzz
·
2020-09-04 11:13
如何将转录组数据mapping到自己的序列并可视化？(HISAT2+Samtools+IGV)
以小编自己最近在做的HBVmapping为例，前期的环境部署及软件安装找时间再细说，直接进入主题，如下：前期准备：Linux以及Windows操作系统，HISAT2、Samtools以及IGV等软件的安装，
fastq
拾柒Zzz
·
2020-09-04 11:26
生物信息数据存放类型之——
FASTQ
FASTQ
简介
FASTQ
用于保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式。其序列以及质量信息都是使用一个ASCII字符标示，最初由Sanger开发。
ypfzhao
·
2020-08-26 15:59
生物信息
seqkit——
fastq
/fasta快速处理
本文来自：https://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/seqkitSeqKit--across-platformandultrafasttoolkitforFASTA/QfilemanipulationVersion:0.9.1Author:WeiShenDocuments:http://bioinf.shenwei.me/seqkitSourcecode:htt
随风而逝*
·
2020-08-24 20:05
fastq
-dump并行版pfastq-dump的使用
fastq
-dump转换SRA文件到
fastq
文件很慢，并行版本成为趋势；无论怎么换，先要打好基础，使用并行版本的前提是要保证NCBI的
fastq
-dump可以在服务器上正常运行。
dulunar
·
2020-08-24 16:45
使用seqtk来分割混合的
fastq
序列
前几天从SRA数据库下载的.sra数据在解压的时候没有使用
fastq
-dump--split-filesDRR**来分割两个文件，而是直接生成了一个
fastq
文件然而我使用trimming来过滤的时候，
螺旋挖矿
·
2020-08-24 05:00
生信脚本代写
批处理数据，文本文件，
fastq
格式介绍，文件提取处理等。生信入门指导2，脚本处理拆分
fastq
，数据质控，过滤，比对结果分析等。
巴拉巴拉11
·
2020-08-22 10:25
ZT:lncrna分析流程
tophat2)bowtie2-buildgenome.fa*.bowtie2#建立索引tophat2-p16-Ggenome.gtf*.bowtie2MTncRNA1_1.fastqMTncRNA1_2.
fastq
felixhell
·
2020-08-22 00:39
sratoolkit_
fastq
-dump
软件包下载：wgetftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz解压：tar-xzfsratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz运行程序在解压文件夹中的bin文件夹中：ps：在运行程序之前，先检查linux系统的GLIBC的版本。本人下载的软
J_Fun
·
2020-08-21 18:10
Software
2、RNAseq(2)--测序原始数据处理（Clean data）
1、
fastq
文件一般我们从公司里得到的原始测序数据都是属于
fastq
.gz文件,.gz是一种压缩格式的缩写，于是首先第一步是对这些压缩格式进行解压操作gzip-d19R576_combined_R1.
莫讠
·
2020-08-20 08:45
fastq
文件格式处理工具系列学习
转自：http://ju.outofmemory.cn/entry/215236
fastq
文件格式说明（wiki）
FASTQ
_format维基百科NSC_2011_Illumina_fastqAndQCIlluminafastq
whiffen_cann
·
2020-08-20 02:09
bioinformatics
fastq
：怎么判断
fastq
是Phred33格式还是Phred64 格式
现在的一般都是Phred33的吧。。对于每个碱基的质量编码标示，不同的软件采用不同的方案，目前有5种方案：Sanger，Phredqualityscore，值的范围从0到92，对应的ASCII码从33到126，但是对于测序数据（rawreaddata）质量得分通常小于60，序列拼接或者mapping可能用到更大的分数。Solexa/Illumina1.0,Solexa/Illuminaqualit
whiffen_cann
·
2020-08-20 02:16
bioinformatics
GATK使用方法详解（原始数据的处理）
转自：https://www.plob.org/article/7009.html1.对原始下机
fastq
文件进行过滤和比对（mapping）对于Illumina下机数据推荐使用bwa进行mapping
whiffen_cann
·
2020-08-20 02:16
bioinformatics
将fasta模拟成
fastq
数据格式
模拟数据的脚本：脚本地址：https://github.com/levinyi/work/tree/master/script/simulate_fasta2
fastq
该脚本用于将基因组序列的reference
巴拉巴拉11
·
2020-08-19 17:38
Shell字符串截取处理文件路径
在生信处理流程中，从最初的
fastq
文件，经过分析处理后，会生成一堆的后续文件，如何在流程中合理的命名呢？
weixin_30556161
·
2020-08-19 04:25
测序与质控
一、测序数据处理1、bcl2
fastq
:convertingtheper-cyclebasecalls(storedinBCLfiles)intofastqformat.
pearlp
·
2020-08-19 03:40
chia pet2 output格式（chr10的部分）
rfq2-AlinkerA-BlinkerB-oOUTdir-nprefixname参数说明：-gbwa的基因组索引文件-b为bedtools提供的染色体大小文件（UCSC上下载）-f，-r输入的两个
fastq
qq_39306047
·
2020-08-18 08:26
其他
BioPerl--SeqIO
Bio::SeqIO处理fasta和
fastq
文件(2012-07-0511:12:41)转载▼标签：bioperlseqio分类：BioinformaticsBioperl里提供的Bio::SeqIO
海骆驼
·
2020-08-18 03:45
Perl
BioPerl
免疫组库
2sourceactivaterepecondainstall-yigblastflashcondainstall-cbiocondaseqkitforiin`seq-w710`;doprefetchERR34450${i}\doneforiin`seq-w710`;
fastq
-dump-AERR34450
nvzhang
·
2020-08-16 17:03
shell 命令多线程方法
生信流程中前后不互相影响的命令（就是后面的流程不依赖前面的输出,比如多个
fastq
文
quan575
·
2020-08-16 13:36
SHELL
送书 | 耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办？
在NGS基础：测序原始数据下载一文中提到可以使用SRA-toolkit中的命令
fastq
-dump从NCBI下载原始测序数据，命令如下。
生信宝典
·
2020-08-11 17:08
网络
java
python
编程语言
人工智能
学习全基因组测序数据分析2：FASTA和
FASTQ
本文转载自微信公众号解螺旋的矿工，作者为黄树嘉，已获得授权。黄树嘉写了WGS系列的文章，堪称教科书级别的生物信息学习材料。虽然本平台只关注宏基因组领域，但此系列文章知识体系完善、干货满满，是值得每位专门从事二代测序数据分析人员必读材料。欢迎大家关注公众号解螺旋的矿工。学习全基因组测序数据分析系列1测序技术在WGS数据的分析过程中，我们会接触到许多生物信息学/基因组学领域所特有的数据文件和它们特殊的
刘永鑫Adam
·
2020-08-11 14:45
SAM/BAM文件解读
第1列：
fastq
的readID第2列：FLAG（如果某一个数值不是下面的任意值，那么那个
Sepine
·
2020-08-09 20:46
利用TrimGalore去除adapter以及过滤
fastq
文件
学校网课笔记~今天的网课主要介绍怎么把原始的
fastq
文件根据fastqc结果进行去接头、以及过滤掉低质量的reads。
生信start_site
·
2020-08-09 04:45
一个细菌基因组完整分析脚本
mkdir result fastqc -f
fastq
-o result 130801_I249_FCC2BDTACXX_L4_SZAIPI030696-112_1.fq.gz 130801_I249
刘永鑫Adam
·
2020-08-08 01:22
fastp: 极速全能的
FASTQ
文件自动质控+过滤+校正+预处理软件
软件作者介绍陈实富博士，海普洛斯联合创始人/CTO海普洛斯是全球领先的精准医疗和基因大数据国家高新技术企业，拥有IlluminaNovaSeq、HiSeqX10、NextSeq等全系列测序仪，致力于整合液体活检、基因测序、人工智能、大数据等前沿新兴科技，让每一个生命健康120年。海普洛斯拥有很好的开源文化，发起和维护了开源基因数据分析项目组OpenGene。目前，陈博士正在招聘生物信息攻城狮(文末
刘永鑫Adam
·
2020-08-08 01:45
R语言笔记1：数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）
举个例子，扩增子分析从
fastq
到OTU表至多是denovo或reference两种套路(1-3天)。
刘永鑫Adam
·
2020-08-08 01:45
耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办？
在NGS基础：测序原始数据下载一文中提到可以使用SRA-toolkit中的命令
fastq
-dump从NCBI下载原始测序数据，命令如下。
刘永鑫Adam
·
2020-08-08 01:12
转录组1 分析简介学习
Fastq
：是二代测序技术中常见格式，@开头，四行为一个reads，通过index来区分是哪个样品信息，第二行为序列，第三行为“+”，第四行为质量。
jiarf
·
2020-08-06 11:02
Mac下使用Aspera Connect下载NCBI Sra 数据
SRAToolkitDocumentationSRAToolkit下载2，下载安装AsperaConnect的dmg文件AsperaConnect3，建议使用prefetch命令下载prefetch,
fastq
-dump
melodyhaya
·
2020-08-03 20:51
Mac
python生信小练习（三）
生信菜鸟团的编程练习：对
FASTQ
的操作5,3段截掉几个碱基序列长度分布统计
FASTQ
转换成FASTA统计碱基个数及GC%对FASTA的操作取互补序列取反向序列DNAtoRNA大小写字母形式输出每行指定长度输出序列按照序列长度
杨亮_SAAS
·
2020-07-30 23:58
2018-04-13 从genbank中下载SRA文件（SRA Toolkit的安装和使用）
最开始的时候，我只是从NCBI上面之间点击下载
fastq
文件，用浏览器自带的下载工具下载，但是有些时候，你会发现并没有
fastq
文件可以下载，取而代之的是SRA。那么什么是SRA呢？
小郑的学习笔记
·
2020-07-30 22:44
Fastq
格式详解
FASTQ
是基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式。
SHMILYRINGPULL
·
2020-07-30 19:37
bioinformatics
基因数据处理1之mapping_to_cram
AWorkedExampleObtainsomepublicdataWewillusethefirst100,000read-pairsfromayeastdataset.curlftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/
fastq
KeepLearningBigData
·
2020-07-30 18:52
基因数据处理
fastQC
这是一个基于java的分析程序，可以输入
FastQ
，BAM，SAM等格式的数据文件，然后程序将进行一系列评估分析。分析完之后提供一系列图表信息，从这个信息您可以知道您的数据质量怎么样，哪里存在问题。
晓佥
·
2020-07-30 13:27
上一页
4
5
6
7
8
9
10
11
下一页
按字母分类：
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
M
N
O
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
其他