fastq

微生物组16S rRNA数据分析小结：从fastq测序数据到OTU table

笔记内容：由二代测序产生的序列数据（fastq格式）到物种丰度的OTUtable，样本群落距离矩阵，物种多样性指数，序列的进化树及物种注释信息的分析结果，为常规分析流程。
GPZ_Lab·2019-12-12 01:53

GTAK4分析篇 -- 1.数据前处理

indexbwaindex-abwtsw-phg38/home/NGS/gatk_ref/Homo_sapiens_assembly38.fasta2.fastqc测序质量监控fastqc/home/NGS/raw_data/A921C10.R1.fastq.gz
面具男女·2019-12-10 09:40

【生信技能树】fa和fq格式文件的shell小练习

【生信技能树】fasta和fastq格式文件的shell小练习这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps
猫叽先森·2019-12-09 10:04

常用生物信息学格式介绍(fasta、fastq、gff2、gtf(gff2.5)、gff3、bed、sam、bam、vcf)

前言在各个行业都是有行业标准的，这样才能统一规范而方便后面的分析，在生物信息学领域中主要是各种大量序列数据、注释数据等，这些都是有特定的格式去表示，下面列举几种常见的格式。了解这些是进行后续生物信息学分析的必备知识，有些人虽说是在做生物信息学分析，但是到现在可能还不知道什么是GFF3格式等。fastafasta格式是最基本的表示序列信息（核苷酸或者蛋白质）的格式。http://genetics.b
天涯清水·2019-12-08 06:15

测序数据的格式转换与质控

一、测序数据的格式转换sra文件下载好后，使用fastq-dump转换数据格式：fastq-dump--split-filesSRR6232298.srafastq-dump--gzip--split-filesSRR6232298
草野py·2019-12-07 06:47

三代测序组装工具Canu学习笔记

下载测试数据#下载pacbio测试数据wget-chttp://gembox.cbcb.umd.edu/mhap/raw/ecoli_p6_25x.filtered.fastq-Opacbio.fastq
kongxx·2019-12-06 22:50

2018/12/11 作业 fasta和fastq格式文件的shell小练习

mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zipunzipbowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zipcd~/biosoft/bowtie2-2.3.4.3-linux-
labrador1986·2019-12-06 10:09

组装细菌基因组

Lactobacillusgenome（乳酸菌基因组），点击搜索结果2.点击第二条，找到文章记载的SRA登录号，点击进入结果1.PNG3.用prefetch下载SRA文件prefetchSRR9695707结果4.找到SRA文件并解压fastq-dump
我爱学习8273·2019-12-04 18:47

生物信息常用工具和网站

生物信息学常用工具fastq格式相关SRAtoolkitSRA数据库下载公用数据时的工具https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Trace
思考问题的熊·2019-12-02 03:08

批量修改文件名称

批量修改成相同的文件名称．思路：匹配到特定字符，-n确认是否正确-v进行修改rename-n's//Stm32/'*.nc/*rename-v's/Sam3/Stm32/'*.nc/*rename-n's/1.fastq.gz.fastq
赵会成·2019-11-18 16:57

从零开始完整学习全基因组测序（WGS）数据分析：第2节 FASTA和FASTQ

序列在WGS数据的分析过程中，我们会接触到许多生物信息学/基因组学领域所特有的数据文件和它们特殊的格式，在这一节中将要介绍的FASTA和FASTQ便是其中之一二。
黄树嘉·2019-11-08 16:05

Linux3天培训总结

fasta和fastq格式
小梦游仙境·2019-11-08 10:39

转录组分析流程

一、读文章获取下载数据1、读文章一般我都从NCBI上面下载文章，找到数据号2、下载数据进入NCBI的GEO数据库，输入数据号，通过FTP下载数据，并使用fastq-dump命令将SRR格式转换为FASTQ
黄思源_3a22·2019-11-07 18:58

(3)转录组之数据质控

一、输入数据的准备fastqc所需要的输入数据是fastq格式的reads数据或者bam/sam比对数据，所以我们需要先将从SRA上用prefetch下载的sra格式文件做下转换。
ZG_N1·2019-11-04 10:07

如何让RapperPlus和本地系统共享文件

RapperPlus的作用实际上是一个R计算平台，并不适合存放大量的文件，特别是像生物信息分析中经常遇到的fastq或BAM文件。文件的存储和备份最好是在本地系统进行。
Rapp·2019-11-04 05:19

转录组入门（5）：序列比对

直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。
_eason_·2019-11-04 01:19

fastp全新的数据质控软件

各位做生信的小伙伴都知道，对于下机的FASTQ数据需要进行质控和预处理，以保证下游分析输入的数据都是干净可靠的。
牧小熊·2019-11-03 16:11

NCBI下载SRA数据

我简单的比较一番，fastq-dump平均下载速度大概100kb/s，ascp能达到10M/s。我195M的数据刚敲完键盘就下载完了。然后用fastq-dump转换格式之fastq。
砖头机的灵感·2019-11-03 11:00

转录组入门三（mac 版）：了解fastqc测序数据

作业要求需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量！
thinkando·2019-11-01 01:09

2019-10-25 sga安装

使用SGA的注意事项：1SGA的输入文件为fastq文件，序列长度推荐为100bp及以上。较短的序列长度，则使用DeBruijn的
记号晴系·2019-10-25 15:58

提取未比对序列

将reads比对到参考序列bwaindexR1.fabwamem-t4R1.fa/mnt/e/SCN/FULL/full_k65_cov_TSLR/SCN_tr_1.00.0_0.cor.fastq.gz
nitrostarch·2019-10-22 08:44

生信分析01 名词扫盲

FASTQ格式说明i
风远陌·2019-09-29 11:28

CellRanger走起(四) Cell Ranger流程概览

reanalyze，还有一些小工具比如mkref、mkgtf、upload、sitecheck、mat2csv、vdj、mkvdjref、testrun首先是mkfastq拆分数据虽然这里用不到(因为我们下载的就是fastq
刘小泽·2019-09-20 11:09

CellRanger走起(三) 使用初探

刘小泽写于19.5.6首先对上次改好名称的fastq数据进行质控#以P2586-4为例mkdir-p$wkd/qccd$wkd/qcfind$wkd/raw/P2586-4-name'*R1*.gz'>
刘小泽·2019-09-20 11:30

CellRanger走起(二) 使用前注意事项

单细胞实战(二)CellRanger使用前注意事项刘小泽写于19.5.4-5.5上次拿到了sra原始数据，接下来就要使用10X官方的软件cellranger进行操作了，但使用前需要注意几个地方将SRA转为fastq
刘小泽·2019-09-20 11:42

fasta和fastq格式文件的shell小练习

这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zipunzipbowtie2-2.3.4.3-linux
雨念_3b86·2019-08-29 16:23

hic分析之分步工作原理

|--dixon_2M||--SRR400264_00_R1.fastq.gz|`--SRR400264_00_R2.fastq.gz`--dixon_2M_2|--SRR400264_01_R1.fastq.gz
Ray钱·2019-08-26 11:29

hic分析之 hic-pro 介绍与安装

GitHub]https://github.com/nservant/HiC-Pro[DOCUMENTATION]http://nservant.github.io/HiC-Pro/hicpro将下机的fastq
Ray钱·2019-08-21 15:35

TCGA的maf文件开始控制下载了

如果你还不了解maf格式，请看：https://docs.gdc.cancer.gov/Data/File_Formats/MAF_Format/非常久之前，整个TCGA数据库的全部数据都是提供下载的，包括fastq
生信技能树·2019-08-05 00:09

SingleCell DAY2︱LINUX 进阶命令 + 习题

gencode.v29.annotation.gtf.gz|cut-f1,3-5|less-Spasteseq10|paste----seq10|paste----|cut-f1,2image利用多种命令实现fastq
美式永不加糖·2019-07-24 02:41

fasta和fastq格式文件的shell小练习

这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zipunzipbowtie2-2.3.4.3-lin
DrKu·2019-07-17 15:37

质控软件fastp常用参数说明

去除质量过滤长度过滤低复杂度过滤adapter过滤通过质量值过滤每条readployG/ployXPE数据的碱基校正整体切除【globaltrimming】输出文件切分过表达序列分析写在前面fastp是用于处理fastq
喵小媛·2019-07-04 18:17

Usearch fastq_mergepairs 命令使用信息搬运

Allthefollowinginformationcomefromwww.drive5.com,Ijustusethisasanotebookformylearning,Ideclarenocommercialinterestwiththis.Everyonewhoseethisdocumentshouldrefertowww.drive5.com.IgotsomeproblemwhenIwas
代号北极能·2019-06-28 22:19

【小工具】按比例截取fastq数据量

生信需求：你有fastq文件，想按照5%，10%，20%，40%，60%，80%，截取fastq的数据量，或按照固定一个自定义比例截取数据量。
11的雾·2019-06-25 09:33

更改文件名

将连接符'-'替换成下滑杠'_'forfilein`ls*.fastq`;domv$file`echo$file|sed's/-/_/g'`;done更改后缀rename.fq.fastq*.fq
F_U_N·2019-06-24 17:02

fastq处理笔记

less-SSRR1039510_1.fastq#单行查看SRR1039510_1.fastq文件less-SSRR1039510_1.fastq|paste---|cut-f1|wc#统计文件中一共有多少条序列信息
Forest_Lee·2019-06-22 19:48

宏基因组--简单流程(代码)

软件1、cutadaptinput=test.fq.gzmkdir-pcutadaptcutadapt_input=$inputcutadapt_out=cutadapt/trimed.fastq.gzinterleaved
晓佥·2019-06-06 10:48

WES全外显子分析-生信技能树

whilereadid;do(prefetch${id});done#list.txt的内容是SRR5943131SRR5943132SRR5943133nohupls*|whilereadid;do(fastq-dump
bettermaan·2019-05-31 11:49

hisat2+featurecounts+DESeq2

/reference/hg19/hisat2/grch37_snp_tran/genome_snp_tran-1gjy2_1.fastq.gz-2gjy2_2.fastq.gz-Sgjy2.sam--summary-filegjy2
njmujjc·2019-05-31 10:49

生物数据库

2.FASTQ格式:FASTQ格式包括四部分信息：第一行为包含序列名称及其他信息，以@开头。第二行即为具体的碱基信息。第三行内容与第一行相同，但以+开头，内容可以省略，但是+不可以省略！！！
Andy宇·2019-05-30 10:27

fasta和fastq格式文件的shell小练习-解答

fasta和fastq格式文件的shell小练习原文链接这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps
天涯清水·2019-05-16 16:18

linux批量下载SRA数据并完成数据转换

目录结构每个文件中都有对应的SRR_Acc_List.txt文件记录了相对应的序列文件SRR***，格式统一，执行的操作一致，所以可以进行批量操作在当前目录所有文件夹下，统一新建SRA和fastq子文件夹
Oodelay·2019-05-05 13:05

bilibili视频-《转录组测序数据分析》笔记

接下来要从fa转fq文件ls-lhraw/|wc#看数据lessraw/nohup.out#有后台日志grepfailedraw/nohup.outzlessSRR1039508_1.fastq.gz#
小梦游仙境·2019-04-30 19:09

10x genomics RNAseq数据分析实战

10x数据类型：10x数据类型每个样本测出3个fastq，通过I1,R1,R2来区别，下载安装cellranger，下载所需要的reference，（一）跑cellrangercount/home/XXX
11的雾·2019-04-22 10:06

fasta和fastq格式文件的shell小练习

根据网上的教程，加上自已的理解，做出小练习。首先打开数据mkdir~/biosoftcd~/biosoftwgethttps://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zipunzipbowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zipcd~/bios
鱼啸九天·2019-04-21 19:45

Python：将fastq文件转为fasta文件

fastq格式如下：@HWI-ST1276:71:C1162ACXX:1:1101:1208:24581:N:0:CGATGTNAAGAACACGTTCGGTCACCTCAGCACACTTGTGAATGTCATGGGATCCAT
佳名·2019-04-21 12:38

Trimmomatic详细使用

软件介绍于2014年首次发表在Bioinformatics期刊上，Trimmomatic是一个快速的多线程命令行工具，可以用来整理和裁剪Illumina(FASTQ)数据以及删除adapter。
向往优秀的渣渣·2019-03-25 09:54

1转录组fastq文件处理

第一次转录组分析公司提供的数据为双端fastq.gz，省略了sra转换这步，sra转换为fastq这步可以以后再说了数据校验公司的测序文件提供了md5码fastq文件MD5文件内容，左md5码，右文件名
cakarote·2019-03-20 18:15

生物信息分析中的reads是什么

image测序得到的原始图像数据经basecalling转化为序列数据，我们称之为rawdata或rawreads，结果以fastq文件格式存储，fastq文件为用户得到的最原始文件，里面存储reads
潘高PG·2019-03-19 15:39

测序后直接对fastq进行分析

#####利用R作basefrequencyplot#####library(Biostrings)fastqSg2-0-cutleft.fastq##从3’端开始切割###cutadapt-j15-aAGATCGGAAGA-O3Sg2
njmujjc·2019-03-15 09:06
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