fastq

RNA-seq流程[sra->bam]

一：启动conda环境sourceactivateapa二：将sra转化为fastq格式ls*sra|whilereadid;do(nohupfastq-dump--split-3$id&);done三
Alex_cactus·2021-06-05 14:21

生信星球转录组培训第一期Day5——卖萌哥

数据质控昨天完成了数据格式的转换，接下来就可以对得到的fastq文件进行处理啦。
卖萌哥·2021-05-26 23:14

SortMeRNA 去除rRNA

单端测序文件foriin*IP*fastq;do~/Software/sortmerna-2.1b/sortmerna--ref/home/zhou/Software/sortmerna-2.1b/index
547可是贼帅的547·2021-05-20 08:54

Cancer基因组研究常见三格式

FASTQ,BAM,VCFFASTQFormatSpecificationIntroductionFASTQformatstoressequencesandPhredqualitiesinasinglefile.Itisconciseandcompact.FASTQisfirstwidelyusedintheSangerInstituteandthereforeweusuallytaketheSa
王诗翔·2021-05-18 03:30

RNA-seq(3):sra到fastq格式转换并进行质量控制

把RNA-seq(2)-2下载的sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量，理解各指标的意义。
Y大宽·2021-05-15 08:19

NovaSeq™ 6000 System Quality Scores and RTA3 Software - Illumina

/dam/illumina-marketing/documents/products/appnotes/novaseq-hiseq-q30-app-note-770-2017-010.pdf所以，下机fastq
上校的猫·2021-05-08 00:33

捕获区域测序数据找变异

文件大小如下;407MAug1922:051_S1_L001_R1_001.fastq.gz434MAug1922:001_S1_L001_R2_001.fastq.gz392MAug1922:052_
生信技能树·2021-05-07 14:31

fastq-dump安装及使用

fastq-dump是sratoolkit软件中的一个功能，首先安装sratoolkit1：安装Linux：curl-Ohttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk
二傻吧·2021-05-07 08:59

11月5日

如FASTA/FASTQ·学会做笔记
陈洪瑜·2021-05-03 15:11

（转载）ubuntu批量处理数据

使用生成的索引文件对RNA-Seq进行比对拼接nohuphisat2-p8-x/home/czou/lixin/b/chrX_data/indexes/-1ERR188044_chrX_1.fastq-
njmujjc·2021-05-03 11:24

四. 基因组数据可视化(BWA, Minimap2, samtools and IGV)

一.简介在基因组数据分析过程中，我们可以将fastq，fasta，ONT等不同格式的数据mapping到参考基因组上，然后通过IGV进行可视化，结合GFF3文件手工对感兴趣的区段进行校正，mapping
小飞虎·2021-04-30 09:46

利用luigi建立流程化的分析脚本

正如WGS或WES的Germline位点calling流程所说到的一系列的处理方法，从生信人一般来说接触到的最原始的fastq文件一直生成到vcf位点文件的流程。
栽生物坑里的信息汪·2021-04-28 04:49

双端测序的mRNA-seq处理过程

/fastq-dump--split-filesSRR1186241&结果：在执行命令的目录下出现SRR1186241_1.fastq和SRR1186241_2.fastq2.进行测序数据的质量检测fastqcSRR
也少女·2021-04-27 22:53

单细胞上游软件cellranger从头说

对于我们的10x数据上游分析，主要靠cellranger拆分bcl安装bcl2fastq这是它的官网：https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software
小潤澤·2021-04-22 16:41

miRNA-seq分析流程

/msj*.clean.fastq.gz|xargs-icp{}./msj/clean/查找所有的质控过的数据，移动到clean文件夹。我的是水稻的miRNA数据。所以先下载水稻的各种文件。
wo_monic·2021-04-19 15:01

RNA-Seq：差异表达分析及可视化

上一篇已经系统介绍了有参RNASeq上游分析，从测序数据fastq文件到最终生成表达矩阵。这一系列基本都是RNASeq通用常规分析，其下游差异表达及可视化则根据需求及研究目标而有所不同。
胡小兵plus·2021-04-19 12:38

教你3种方法下载NCBI GEO数据

1.常规下载方式：prefetch    对于常规下载sra数据来说，NCBI提供了它自己的一套工具(SRA-Toolkit)，其中用prefetch来下载数据，用fastq-dump来解压数据。
BioGou·2021-04-18 05:28

SRA数据下载

/fastq-dump:/lib64/libc.so.6:version`GLIBC_2.14'not
谢京合·2021-04-13 17:11

2021-03-22 转录组原始测序数据-ascp下载原始数据

因为GEO和SRA数据库互通，GEO不存fastq数据，只存别人定量好的下游的FPKM的值；TCGA原始的fastq数据需要有权限申请，但count数据是会有的；所以下载原始数据需要到SRA（美国的NCBI
乔帮主_d2ac·2021-04-11 00:10

Day2-xiaode

二代测序数据的分析学习目标解释测序技术如何形成NGS描述FASTQ、SAM/BAM和VCF数据格式比较将NGS数据与参考基因组对比的各种方法描述基因组变异的类型及其定义过程解释对比、组装和变异识别中的错误解释预测某个基因组中变异的功能后果方法
1c9f38e0bb6b·2021-02-24 09:27

[实战1] Polycomb associates genome-wide with a specific RNA polymerase II variant, and regulates me...

写在前面：参考-#给学徒ChIP-seq数据处理流程目录软件安装[公共数据的获取---sratoolkit--prefetch][得到fastq格式的测序数据----sratoolkitfastq-dump
shine_9457·2021-02-05 15:13

HiC学习记录（一）——HiC-Pro使用

的使用方法简单来讲主要有三个参数:$/usr/local/bin/HiC-Pro_2.11.1/bin/HiC-Pro-ipath/data-cpath/config-hicpro.txt-opath/outfile-i输入的是fastq
夸克光子·2021-01-26 10:55

如何对细菌基因组做SNP calling

本方法主要参考https://www.jianshu.com/p/e305f6824707bwa-mem2mem-t4-MPAO1.fastafqdata/WT-LCG7144_combined_R1.fastq.gzfqdata
Jung_He·2021-01-18 18:20

变异信息提取（call SNP pipeline）1(old version)

在此记录一下从重测序的fastq文件提取SNP，过滤VCF的一系列流程。之前的做法还是一步一步慢慢来，但涉及到更多的个体数据就很麻烦，因此写了一个小小的sh脚本，也算是节约时间吧。
Morriyaty·2021-01-13 19:21

转录组测序2-测序数据质控

将样品拿去测序获得原始测序数据，原始测序数据是fastq
纪伟讲测序·2021-01-02 12:03

【转录组03】报错分析&数据质控和过滤

数据质控背景知识数据量的统计方式image.pngsra转换成fastqimage.png#定义文件夹fqdir=~/project/Human_16-Asthma-Trans/data/rawdata/sra/fastq
呆呱呱·2020-12-15 17:40

fasterq-dump 人多力量大

界面作为小白用户，感觉还是很方便的（颜色真的不会改），主要是和windows本身文件互通，在/mnt下直接可以查看其它盘的文件小姐姐的家今天发现sra转fastq时候，使用
nanyisk2017·2020-12-13 20:43

生信分析学习笔记 - RNAseq （三） FastQC评估

某RNAseq分析流程FastQC可以生成fastq文件的质量报告。BasicStatistics从read水平，概
班朱朱UP·2020-11-13 08:42

cellranger使用前数据准备

但是也存在命名不规范，报错的情况，所以自己需要手动的修改文件的名称，查资料需要修改成为以下格式：SampleName_S1_L00[LaneNumber]_[ReadType]_001.fastq.gz
jjjscuedu·2020-11-04 10:08

RNA-Seq数据分析流程

文章目录RNA-seq数据分析流程相关软件安装下载数据sra转fastq格式数据质控数据质控，过滤低质量reads，去接头比对首先下载参考基因组及注释文件，建立索引比对sam文件转bam为bam文件建立索引
高美玲·2020-11-03 13:43

RNA-seq前期数据分析

自己在学习数据处理时候的笔记，希望能帮到大家~RNA-seq数据基本分析流程：参考文献：https://www.nature.com/articles/nprot.2016.095#procedure关于fastq
柴本chai·2020-10-11 05:19

转录组练习（3）

原文地址：https://www.jianshu.com/p/1174a53abe7d作业要求需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量
苏慕晨枫·2020-10-09 18:07

sra文件转为fastq

cmd=show&f=software&m=software&s=software下载后解压，找出其中的fastq-dump.exe文件，将其放入装sra的文件夹中，无论是在linux系统,还是windows
zhang_xiang_li·2020-09-16 17:18

将cram/bam文件转换为fastq文件

NCBI下载的cram文件无法直接使用，需要先转成bam/sam文件，根据官网说明下载了cramtools，发现早已没有维护，报错如下：$java-jarcramtools-3.0.jarError:Invalidorcorruptjarfilecramtools-3.0.jar所以就直接用samtools来转换，但是直接转换会报错：$samtoolsview-bNA12878.final.cra
Q.1·2020-09-16 17:38

下载sra原始数据（包含储存在sra-sos的数据）

sra文件可以理解为是fastq的压缩文件。sra文件可以通过SRAToolkit软件包下载。但是实际上，我尝试了无数次，aspera也装了，但都不能下载。
欧哎的人·2020-09-16 16:05

都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-dump吧

之前写过一篇文章Fastq-dump:一个神奇的软件，详细介绍了fastq-dump的用法。
weixin_33691700·2020-09-16 16:28

sratoolkit 的使用

一.主要功能有两个：1.下载分析所需的测序数据SRR2.将sra后缀的文件格式转换为fastq文件二：具体用法如下：1.下载数据：prefetchSRR35899502.文件格式转化：fastq-dump
weixin_30732487·2020-09-16 16:18

SRA数据下载以及转换格式

submission,之后就可以直接在NCBI上的sra选项上搜索如图，点击Runinfo会得到excel文件，里面有各个sra文件的下载链接，用windows的下载软件或者linux下的wget,axel下载sra转fastq
mym_74·2020-09-16 15:56

如何去除测序数据中的接头和低质量的reads？ 软件fastx

blog.sciencenet.cn/blog-1509670-914439.html我是参考上面这个帖子做的fastx_clipper-aAGATCGGAAGAGCACACG-l25-d0-Q33-iSRR306394_1.fastq-oSRR306394
biolxy·2020-09-16 15:02

fastq文件转化成fasta格式文件

方法1awk'{if(NR%4==1){print">"substr($0,2)}}{if(NR%4==2){print}}'fastq>fasta方法2：awk'BEGIN{P=1}{if(P==1|
dieshuli2209·2020-09-16 14:43

使用fastq-dump下载SRA数据

使用fastq-dump下载SRA数据环境和配置请见系列博文1.下载：fastq-dump-ZDRR047093然后会显示信息：如果文件过大会有很多可以显示制定条数fastq-dump-X5-ZDRR047093
KeepLearningBigData·2020-09-16 14:21

SRAtoolkit使用

view=toolkit_doc&f=std.sra转fastq文件：待完成
KeepLearningBigData·2020-09-16 14:21

SRA数据下载

SRA数据下载##SRA_TOOLKIT使用方法fastq-dump--defline-seq‘@KaTeXparseerror:Expectedgroupafter'_'atposition4:sn[
肉乎乎乎乎乎乎~~·2020-09-16 14:47

转录组入门3：了解fastq测序数据

目的：用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量。
Duke_of_Connacht·2020-09-16 14:00

sra 数据转成 fastq并改名

拿第一个样品做测试lsSRR5315196.sra|fastq-dump-gzip--split-3-O.
醉月伐桂戏嫦娥·2020-09-16 14:03

sra文件下载及解析的问题

昨天在NCBI上下载了一份sra文件，使用fastq-dump提取fastq文件时遇到报错：2019-12-24T08:59:08fastq-dump.2.9.6sys:timeoutexhaustedwhilereadingfilewithinnetworksystemmodule-mbedtls_ssl_readreturned
Q.1·2020-09-16 14:00

老曹的作业本之sra转fastq

如何让sra转fastq快一点由于之前下载的数据比较大，转fastq从财务跑了一趟回来还没转完一半，想着有没有快点的办法，人老了，心浮气躁。
玉树林峯·2020-09-16 14:12

本地blast的使用及SRA转fastq，解决sra转换成fastq后bwa无法识别的问题

BLASTinstaliiation直接下载编译好的balst，加入PATH导入PATH，使其在任何terminal中均可使用exportPATH=$PATH:yourdirectory/ncbi-blast-2.9.0+/bincd~vim~/.bash_profilesource~/.bash_profile使用命令建立数据库makeblastdb-inSRR5799563.fasta-out
XH生信ML笔记·2020-09-16 14:41

Fastq-dump: 一个神奇的软件

现在可以用fasterq-dump,速度更快，请阅读都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-dump吧做生信的基本上都跟NCBI-SRA打过交道,尤其是fastq-dump大家肯定不陌生
weixin_33734785·2020-09-16 14:56

如何用fastq-dump把sra格式转成fastq格式(fq格式)

sra是NCBI推出的存储高通量数据的格式，而平常我们工作用得多是fastq格式。
weixin_33901641·2020-09-16 14:25
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