fastq

2018-6-23转录组学习2 测序数据质量检查

1.sra文件转换为fastq格式为了进行测序数据质量检查我们需要将下载好的sra数据转换为fastq格式：使用Sratoolkits中的fastq-dump命令进行格式转换Sratoolkits的官方文档中有
L_yivs·2020-06-22 00:06

数据格式

1.fasta和fastq1.1.fasta：序列以>开头gi|gi号|来源标识|序列标识（接收号/名称等）序列描述序列中允许空格，换行，空行，直到下一个>表示序列结束1.2.fastq：序列+质量第一行以
大吉岭猹·2020-06-21 08:20

基础知识复习之数据质控

刘小泽写于18.11.28上次说了关于测序的一些个人认为的重点，这次接着来关于得到数据的下一步质控的有关知识点【这个不是全面的，只是我在第二次学习中认为比较重要的】最常见的数据存储格式-fastq不管是
刘小泽·2020-06-21 01:35

bamtofastq 将bam文件转成fastq文件

目标通常比对好的bam，如果需要重新比对，需要将文件转成原始的测序文件的格式fastq。
果蝇的小翅膀·2020-06-16 16:28

bowtie2比对参考基因组（待续...）

准备文件物种A参考基因组，以及测序文件.fastq测序文件质控这里用trim_galore，为什么用trim_galore，因为它可以自动检测接头，并且不只是illumina的接头，还有nextera和
Devin561·2020-06-10 10:31

每日一shell-字符串分割-2020-05-14

llinux查看样本为单端测序还是双端测序：#catfindfile.test.shsamples=$(foriin$(ls*_R1*.fastq.gz);doecho"${i%%_*}";done)forIDin
爬山小虎·2020-06-01 17:20

【多线程优化】fastq文件MD5批量校验、批量解压、压缩处理脚本设计

目的：检查从下机fastq.gz文件的完整性可以只生成MD5文件，但不做检查可以多线程批量解压fastq.gz可以多线程批量压缩fastq#-*-coding:utf-8-*-#UseforMD5checkandcompress
Geekero·2020-05-13 19:54

bioinfo100-第6题-读懂FastQC报告 Part I

在实际操作和处理过程中，我们拿到的Illumina测序数据应该是.fastq.gz格式，其中gz表示的是使用gzip进行压缩，fastq表示使用fastq格式进行存储。获得
RachaelRiggs·2020-05-10 22:53

从BAM文件提取unmapped reads并转换成fastq格式

目标是将第一次比对的bam中unmappedreads提取出来，并转换成fastq进行下次比对。
牛角箱鲀·2020-05-09 16:45

2020-05-08 复现GSE137675 RNA-Seq结果(1)：上游分析

创建项目cd/data/projectmkdir-pGSE137675&&cdGSE137675workdir=/data/project/GSE137675下载原始FastQ数据cd${workdir
猫叽先森·2020-05-08 01:35

sra-toolkit新版本和fasterq-dump命令笔记

最高版本说明所以下载了sratoolkit.2.9.6-1-ubuntu64这个版本image.png在该版本中，添加了fasterq-dump工具：这是对更老的“fastq-dump”工具的替代
海岛眠·2020-04-17 09:14

2020-04-13 WGBS测序质控及分析记录

/cleandata/$seq\_R1.fastq.gz-o$seq.R1.clean.fq.gz\##read1-I..
xiaoguolaile·2020-04-13 11:04

利用linux处理fq/fa小练习

所以不用担心办法解决这份题不是我出的，数据也不是我的，我只是做了一遍并提取出了知识要点与一些好用的小技巧和大家分享，想看英文原版：看这里http://molb7621.github.io/workshop/Exercises/fastq_exercises.htm
刘小泽·2020-04-11 08:15

hisat2+stringtie+ballgown

hisat2-p8--dta-xchrX_data/indexes/chrX_tran-1chrX_data/samples/ERR188044_chrX_1.fastq.gz-2chrX_data/samples
njmujjc·2020-04-11 06:24

fastq-dump报错

fastq-dumpSRR1042xxx.sra2018-05-30T16:07:44fastq-dump.2.9.0err:fileinvalidwhileopeningdirectorywithinfilesystemmodule-failedSRR1042xxx.sra
_eason_·2020-04-11 03:27

BBQ(生物信息基础问题35，36)：RNA-Seq 数据的定量之RPKM，FPKM和TPM

那么理论上把测序的FASTQ文件mapping到参考基因组上，再结合参考基因组的GTF/GFF文件就可以
liu_ll·2020-04-09 19:49

fastq长度计算

pythonfromcollectionsimportCounterwithopen('srg1.r1.paired.fq','r')asFileout,open('srg1.r1.paired.results.txt','w')asFilein:i=4dic,arr={},[]whileTrue:line=Fileout.readline()i+=1ifi%4==2:arr.append(len
浩瀚之宇·2020-04-08 13:48

bam文件的理解

from_voters_page=truebam的来源  二代测序获得的是bcl格式的原始下机数据，通过bcl2fastq软件
静小沐·2020-04-08 12:01

生信星球转录组培训第一期Day4--郝志刚

用到软件fastq-dump,它属于sratools工具包中的一个。数据质控：检测原始数据质量如何，有没有接头，低质量碱基，用到软件fastqc和multiqc。
Captain_8659·2020-04-08 11:19

RNA-seq练习 第一部分（原始数据下载，提取fastq文件，fastqc质控）

原始数据来源于这篇文章https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE501771.下载原始数据https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE50177https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRX339951image.png点击697.2
生信start_site·2020-04-06 18:29

【生物信息笔记】fastq-bam (dry-5)

http://www.zyllifeworld.com/2017/07/17/ribo-seq数据分析笔记（二）/http://www.bio-info-trainee.com/tag/比对http://www.chenlianfu.com/?p=2103BWAblog.sciencenet.cn/blog-1339458-815241.htmlwww.chenlianfu.com/bioinfo
Ternq8·2020-04-05 20:02

【原创】hisat2-samtools-htseq转录组分析记录2018-10-08-09-11 hisat2-samtools-htseq

hisat2-t-x~/rna_seq_analysis/reference/index/hg19/genome-1~/rna_seq_analysis/fastq/SRR5894154_1.fastq.gz
酷睿_1991·2020-04-02 10:33

【生物信息笔记】fastq demultiplex（dry-6)

什么是illuminabcl格式和fastq格式：参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/26506787Illumina测序仪下机的数据通常为bcl格式，是将同一个测序通道（Lane
Runuply·2020-04-01 19:42

fasta和fastq格式文件的shell小练习题作业

这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zipunzipbowtie2-2.3.4.3-lin
秦城听雪·2020-04-01 01:51

SRA Toolkit 的下载和使用

第一次写博客，必须mark一下：2018.07.27sratoolkit是ncbi上将.sra文件转换为.fastq.gz文件的工具。
guguaihezi·2020-03-31 22:02

FASTX-Toolkit

FASTX-Toolkit介绍背景介绍高通量测序数据下机后的原始fastq文件，包含4行，其中一行为质量值，另外一行则为对应序列，高通量的数据处理首先要进行质量控制，这些过程包括去接头、过滤低质量reads
oddxix·2020-03-29 20:28

转录组（5）：序列比对

直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。接着用samtools把它转为bam文件，
Richard_Zhou·2020-03-29 18:31

学习小组Day3笔记---猫爪草

Miniconda3安装及fastq安装Miniconda3安装任意浏览器输入：tunaanacondaSnipaste_2020-03-25_10-59-53.png再次选择：Miniconda3Snipaste
TeeM0猫爪草·2020-03-28 12:37

癌症基因组重测序分析三/四

Pre-phasing2.碱基质量评估方法：Q20，Q30Q20：该碱基的出错率为0.01；Q30：该碱基的出错率为0.001；因此可以得到一个质量Q=-10Log（P-value）各碱基的质量一般会储存在fastQ
Cherie_Lee·2020-03-28 08:22

4、RNAseq(4)--Hisat2进行序列比对及Samtools格式转化

概况：使用处理后的fastq文件和基因组与转录组比对，确定在转录组或者基因组中的关系。在转录组和基因组的比对采取的方案不同。
莫讠·2020-03-27 17:44

fasta和fastq格式文件的shell小练习

这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zipunzipbowtie2-2.3.4.3-lin
mayoneday·2020-03-27 15:57

1.4hisat2相关语句

mkdir-pRNA-Seq/alignedforiin`seq5762`dohisat2-t-xreference/index/hg19/genome-1RNA-Seq/SRR35899${i}_1.fastq.gz
cakarote·2020-03-26 23:14

fasta和fastq格式文件的shell小练习

下载bowtie2软件后拿到示例数据：$mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zipunzipbowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip$cd~/biosoft/b
黄晶_id·2020-03-26 07:05

软件使用者系列（一）：sra与fastq数据下载

前言测序的生信数据往往体量庞大，动辄几十个G不在话下，常规的下载方式往往会遇到下载速度慢或者下载不成功的问题。但是呢，在复现论文或者学习生信流程的过程中，获取数据又是第一步的工作，所以总结了一些简单的数据下载的方式。这里的数据主要针对有SRA号的测序数据，这些数据是已发表文献中的高通量测序数据，因为作者也是一枚生信小白，所以记录成分更多。目录NCBI-SRA数据库与EBI-ENA数据库SRA数据库
Jihong_Tang·2020-03-22 02:53

C语言实战-让程序能够处理压缩文件

之前的程序不能够处理压缩文件，而事实上为了节约空间，基本上fastq都会压缩成gz格式，因此这一课就是让程序能够支持压缩文件。
徐洲更hoptop·2020-03-21 07:19

Fastq-dump: 一个神奇的软件

现在可以用fasterq-dump,速度更快，请阅读都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-dump吧做生信的基本上都跟NCBI-SRA打过交道,尤其是fastq-dump大家肯定不陌生
徐洲更hoptop·2020-03-21 00:01

10xgenomics做scRNA-seq

PATH=/media/pc/disk2/jjc/2018-9-5-scRNA-seq/cellranger-2.2.0:$PATH##fastq文件名字要改为SRR6230316_S1_L001_R1
njmujjc·2020-03-20 10:01

测序质量计分方式

全文移步https://en.wikipedia.org/wiki/FASTQ_formatEncoding[edit]SangerformatcanencodeaPhredqualityscorefrom0to93usingASCII33to126
井底蛙蛙呱呱呱·2020-03-19 05:29

都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-dump吧

之前写过一篇文章Fastq-dump:一个神奇的软件，详细介绍了fastq-dump的用法。
徐洲更hoptop·2020-03-17 05:21

STEP8:鉴定全新的lncRNA

这个时候已经不是表达矩阵的事情了，要从新从fastq测序数据开始。对测序后的fastq数据进行转录本的组装。
六六_ryx·2020-03-17 04:52

NCBI批量下载SRA文件并用SRA Toolkit提取Fastq文件

准备工作：先下载安装IDM（百度：internetdownloadmanager，收费软件，有绿色汉化版），IDM支持断点续传和多线程，并且可以自建下载队列批量下载，非常适合高通量数据下载：通过NCBI搜索关键词查询自己感兴趣的bioproject下载.png打开感兴趣的project选择SRA链接打开下载2.png打开SRA的详细信息，选择sendtofile然后选run_info下载csv格式
陈光辉_山东花生·2020-03-15 19:26

UV-M6A 数据分析流程

fastq测序文件去除rRNA、mappinginput（双端测序）foriinUV_12hUV_2hWT_2hWT_12h;dobowtie2-x~/RNASEQ/index/rRNA_index/hg38
547可是贼帅的547·2020-03-15 17:43

转录组入门

1.1使用fastq-dump命令从sra文件中提取fq文件sra数据
井底蛙蛙呱呱呱·2020-03-15 03:16

2018-01-05 fastq-dump

fastq-dump--defline-seq'@$sn[_$rn]/$ri'--defline-qual'+'--split-filesSRR2976716.srafastq-dump--defline-seq
国产在读博士·2020-03-13 08:20

测序数据类型整理（bam,sam,bw等）

fastq：测序返回的数据，主要是序列信息和对应的质量值fasta：用于序列存储sam：sequencealignment/mapformatfastq文件map到基因组之后的文件bam：sam的二进制压缩版本但我们并不需要具体某条
蜘蛛鱼·2020-03-11 23:50

linux下批量修改文件名

实现方式一通过正则替换对应的字段之后mv，实现修改文件名称：例1：批量替换fastq.gz的名称为fastq：forfinfastq_*;domv$f${f/%fastq.gz/fastq};done例
hygine·2020-03-11 16:48

Biostar学习笔记（4）GenBank, FASTA, FASTQ and download SRA files from NCBI

Sequencedataformats1.CommonsequencedataformatsincludingGenBank,FASTA,FASTQformats.GenBankandFASTAformatoftenrepresentcuratedsequencinginformation.FASTQoftenrepresentexperimentallyobtaineddata.(1)GenBa
天地本宽·2020-03-10 23:48

下载sra数据

下载srafiles的目的是为了获得相应的fastq或samfiles，进而进行分析。
记号晴系·2020-03-10 00:46

从零开始完整学习全基因组测序数据分析：第2节 FASTA和FASTQ

也欢迎大家订阅我们的微信公众号：基因学苑在WGS数据的分析过程中，我们会接触到许多生物信息学/基因组学领域所特有的数据文件和它们特殊的格式，在这一节中将要介绍的FASTA和FASTQ便是其中之一二。
基因学苑·2020-03-07 16:20

3、RNAseq(3)--对RNAseq测序数据的质量控制（fastqc）

质量汇报生成与读取fastq质量汇报使用命令fastqc-o来进行质量报告。
莫讠·2020-03-04 15:57
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