fastq

转录组入门（5）：序列比对

直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。
lxmic·2020-03-04 02:33

关于TCGA（癌症基因组数据集）使用指南

TCGA网站）TCGA收录的了很全面的癌症基因组数据，包括突变，拷贝数变异，mRNA表达，miRNA表达，甲基化数据等##TCGA上储存的数据分为三个级别，level-1为原始的测序数据（fasta,fastq
小一_Sherry·2020-03-02 12:27

call variations from wheat DNA_seq

fastq文件是在ncbi上下载的SRA格式。小麦基因组单条染色体往往大于500Mb，所以要使用part版本的。
Neal_Bio·2020-03-01 22:35

生物信息学-2-data format

FAQformat.htmlFASTQhttp://blog.sina.com.cn/s/blog_46d703950101c42f.htmlhttp://en.wikipedia.org/wiki/FASTQ_formatFASTQ
Waste_Land·2020-03-01 21:03

Perl 命令行实战2 - fastq文件的相关操作

Perl命令行实战2-fastq文件的相关操作注：部分代码可能不太实用，但是可以用来作为perl的单行程序的练习。本文会不断更新...目录fastq文件的介绍前期准备注意!!
白菜代码小推车·2020-02-28 21:02

hisat2的使用, samtools

一、获得fastq文件参考：bam文件转换fastqPS:我获得的公司汇报的数据是.bam格式的,所以需要将bam文件转换fastq我的bam文件在/home/lchen/circ/;讲bam转换为fastqc
vicLeo·2020-02-28 08:23

Fastq文件格式解析

Fastq是测序数据下机格式，其中包含测序序列(reads)的序列信息及其对应的测序质量信息。
井底蛙蛙呱呱呱·2020-02-28 08:07

转录组入门(3)：了解fastq测序数据

需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量！
宇天_ngs·2020-02-28 02:29

Harvard FAS Informatics出品的ATAC-seq测序指南

AMethodforAssayingChromatinAccessibilityGenome-WideATAC-seq测序推荐双端测序，推荐数据量：15G(150PE)分析流程1.FastQC查看测序数据质量ls*.fastq
天地本宽·2020-02-23 00:32

mRNA-seq学习（六）：转录本的de novo组装

catsample.txtcond_Acond_A_rep1/ifs1/Grp3/huangsiyuan/learn_rnaseq/mRNA-seq/Trinity/data/SRR3286802_1.fastq.gz
presentlife·2020-02-22 03:49

BBQ（生信基础问题1-5问 ）：illumina测序初探

先放上前面5个BBQ的问题：一：生物信息学100个基础问题——第1题FASTQ与FASTA二：生物信息学100个基础问题——第2题测序技术初探三：生物信息学100个基础问题——第3题Il
liu_ll·2020-02-21 23:29

转录组入门(5)： 序列比对

直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。
宇天_ngs·2020-02-21 09:24

Python 入门之文件操作（一）

文件读写在日常的生物信息学分析中，我们一般都是直接面对一些文件进行操作的，比如测序数据fastq文件，在比如比对结果bam或者sam文件，还有gtf或者gff3格
正踪大米饭儿·2020-02-21 08:47

Fastq 格式说明 & (Phred33 or Phred64)

Fastq格式是一种基于文本的存储生物序列和对应碱基（或氨基酸）质量的文件格式。
陈光辉_山东花生·2020-02-19 11:16

fastq文件详解

@EAS139:136:FC706VJ:2:2104:15343:1973931:Y:18:ATCACGEAS139theuniqueinstrumentname136therunidFC706VJtheflowcellid2flowcelllane2104tilenumberwithintheflowcelllane15343‘x’-coordinateoftheclusterwithinthe
风中的鱼儿·2020-02-17 12:01

使用MutMap快速定位突变基因：流程篇

1.对重测序数据进行质控，挑出高质量的reads（1）使用软件：FASTX-Toolkit①fastq_quality_filter：过滤掉低质量的reads使
曹务强·2020-02-17 08:15

转录组入门五（mac 版）：序列比对

直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。
thinkando·2020-02-16 12:53

生信技能树团队推出-aspera下载fastq数据终极工具

生信技能树团队推出-aspera下载fastq数据终极工具现在把这个技巧分享给大家，让我们的讲师助教团队总结了经验如下：国内从NCBI下载高通测序数据时候，由于数据量比较大，下载速度是个瓶颈，高速下载软件
天涯清水·2020-02-11 20:15

用bowtie2去除fastq文件中的rRNA

一、在NCBI上下载rRNA的fasta序列，用于建立索引1.参考：https://ucdavis-bioinformatics-training.github.io/2017-June-RNA-Seq-Workshop/wednesday/contamination.html2.下载步骤2.1打开NCBI,select“Taxonomy”andsearchfor“Homosapiens“2.2点
547可是贼帅的547·2020-02-10 18:19

一文读懂单细胞测序分析流程

摘要一文介绍单细胞测序生物信息分析完整流程，这可能是最新也是最全的流程基础流程（cellranger）单细胞流程cellranger数据拆分cellrangermkfastq可用于将单细胞测序获得的BCL文件拆分为可以识别的fastq
小光amateur·2020-02-08 04:44

这一次我要真正学会C语言

你让我用C语言具体的完成一些事情，比如说读取一个FASTQ文件将其转成一个FASTA，我甚至都不会打开文件。
徐洲更hoptop·2020-02-06 20:42

如何从BAM文件中提取fastq

虽然高通量测序分析最常用的操作是将fastq比对到参考基因组得到BAM文件，但偶尔我们也需要提取BAM文件中特定区域中fastq。
徐洲更hoptop·2020-02-06 14:41

BBQ（生信基础问题6-10问）：Fastqc专题

以及测序得到的结果的fastq的基本格式。那么我们对刚下机的数据进行结果统计就比较重要了。问题：如何对刚下机的数据进行统计？1：利用什么软件？2：利用该软件的什么参数？
liu_ll·2020-02-05 18:09

使用aspera下载.fastq.gz和.sra数据

asperaSRA数据库:SequenceReadArchive：隶属NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation)，它是一个保存高通量测序原始数据以及比对信息和元数据(metadata)的数据库，所有已发表的文献中高通量测序数据基本都上传至此，方便其他研究者下载及再研究。其中的数据则是通过压缩后以.sra文件格式来保存的。ENA数据库：Europe
Chipcui·2020-02-02 18:11

2020-01-17 【转录组】一、下载SRA、安装并使用fasterq-dump（SRA to fastq）

prefetch已不支持aspera，原因是ncbi数据存储已改成云模式，ascp并不支持，速度没优势prefetch--option-file~/data/mmussr.txt-O~/data/之前用fastq-dump
my_derek·2020-01-27 23:15

2020-01-12 FASTQ文件可视化和质控（QC）

XII部分讲数据的质控，因为已经拿到数据了，就先从这一步开始做吧：换算成第三张图的errorvalues就可以可视化了。但是errorvalue非常不可靠，将errorvalues作为一种建议而非精确的测量值（“treatthemasanadvisoryratherthanaccuratemeasurements”）FastQC工具FastQC并不进行质控，只是可视化数据的质量。也是目前最好的FA
王子威PtaYoth·2020-01-12 21:24

单细胞分析1（一文读懂单细胞测序分析流程）

cellranger）(细胞管理员)170336847_1_20190906045326454.jpgcellranger数据拆分cellrangermkfastq可用于将单细胞测序获得的BCL文件拆分为可以识别的fastq
成静_fcf9·2020-01-11 10:58

GATK4.0和全基因组数据分析实践（下）

HGP前言在上一篇文章中我已经用例子仔细跟大家分享了WGS从原始数据到变异数据（Fastq->VCF）的具体执行过程。
黄树嘉·2020-01-08 20:53

用fastp对转录组数据做QC

链接fastp:极速全能的FASTQ文件自动质控+过滤+校正+预处理软件github地址看到介绍的时候是真的心动不已↓↓↓fastp可以仅仅扫描FASTQ文件一次，就完成比FASTQC+cutadapt
卖萌哥·2020-01-08 05:26

MutScan软件介绍

发现MutScan软件可以基于输入的位点进行验证，从fastq序列入手，不经过bwa比对，而是进行字符串匹配（当
京古·2020-01-07 09:39

编程实战综合

题目对FASTQ的操作5,3段截掉几个碱基序列长度分布统计FASTQ转换成FASTA统计碱基个数及GC%对FASTA的操作取互补序列取反向序列DNAtoRNA大小写字母形式输出每行指定长度输出序列按照序列长度
生信技能树·2020-01-07 06:41

fasta/fq文件处理万能工具——Seqkit学习记录

shenwei爪哥开发的处理Fasta/Fastq文件的万能工具。之前处理fq/fa文件时花时间写的一些脚本发现在seqkit里直接能一行命令就解决。实在是提升效率，整合流程中十分好的工具。
Dawn_WangTP·2020-01-06 20:17

生物数据库

2.FASTQ格式:FASTQ格式包括四部分信息：第一行为包含序列名称及其他信息，以@开头。第二行即为具体的碱基信息。第三行内容与第一行相同，但以+开头，内容可以省略，但是+不可以省略！！！
Andy宇·2020-01-04 16:35

转录组学习三（数据质控）

注释探究）转录组学习五（reads的比对与samtools排序）转录组学习六（reads计数与标准化）转录组学习七（差异基因分析）转录组学习八（功能富集分析）对原始测序fq文件数据进行质量控制任务了解fastq
Dawn_WangTP·2019-12-30 12:26

金黄葡萄球菌RNA-seq数据分析

注：已经有了fastq.gz格式数据，一个对照，一个突变株，每个处理三个重复。
Y大宽·2019-12-30 11:19

基于富集的5fC测序分析思路

一、过滤与质控测序获得一对fastq文件，命名为treatment和control，各含两个生物学重复，即：treatment_1、treatment_2；control_1、control_2首先，回贴测序
浩渺予怀·2019-12-30 00:38

Fastq 格式介绍

FASTQreadfromtheNCBISRATherearefourlinetypesintheFASTQformat.Firsta‘@’titlelinewhichoftenholdsjustarecordidentifier.Thisisafreeformatfieldwithnolengthlimit—allowingarbitraryannotationorcommentstobeinc
keaidelele·2019-12-28 03:35

Bioinformatics Data Skills

-大教堂和集市埃里克·斯蒂芬·雷蒙德在生物信息学中，核苷酸（和蛋白质）序列普遍以两种纯文本格式存储：FASTA和FASTQ，发音分别为fast-ah（或fast-
yangliunk1987·2019-12-27 15:56

bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程

samtools参考文档GATKcallsnp流程图一、原始数据处理测序得到的RAWDATA，使用NGSQCToolkit进行过滤$PATH/IlluQC.pl-peread1.fastqread2.fastq2A-l70
bio·2019-12-25 08:13

微生物组16S rRNA数据分析小结：从OTU table到marker物种

笔记内容：由二代测序产生的序列数据（.fastq）到OTUtable，距离矩阵，物种多样性指数，序列的进化树及物种注释信息的可分析数据，为常规分析流程。
GPZ_Lab·2019-12-25 04:37

perl实战练习-计算fastq文件中每条序列的长度

计算FASTA文件中每条序列的长度输入文件fasta.txt>con1GTTCATAACTTACCATTGACTGTTCATGATTTAAACTGTGTCTTCCTGTTCTTTTAGTTGCTTTGGATACTATAAGGTCAGAACTAGAA>con2GGGACCAGGTGGGAAGCTGCTGCTTTCTTTTCCCTTTTGGTCTTCTTGGGCCCACCCTTCAGCTTCTGCTT
下午三点的闲暇·2019-12-24 16:04

分析现代序列文件

FSATA格式是一个古老的格式了，现在生物信息学从业者更多地使用的是FASTQ格式。首先，我们先来获取我们此次要分析的FASTQ文件。
兰宇轩·2019-12-23 03:23

微生物组16S rRNA数据分析小结: qiime2-2019.1

本次笔记内容：qiime2-2019.1的16s分析流程，以没有barcode，以demultiplexed的fastq文件为input.同微生物组16SrRNA数据分析小结：从fastq测序数据到OTUtable
GPZ_Lab·2019-12-22 02:37

Fastq-dump：我的日常命令

原文地址：Fastq-dump:一个神奇的软件-byhoptop感谢我洲更学长~记录一下看完学长的这篇文章之后对于我自己的fastq-dump使用建议：默认命令：fastq-dump/path/to/#
卖萌哥·2019-12-21 02:19

豆豆和花花用代码P了个K

豆豆和花花用代码P了个K豆豆和花花写于19.11.7问题&起因给定一个fq文件，不论用什么方法，把它变成fa上班路上，花花说能用R解决的事情就不会想用linux，比如以前线下培训会讲的：什么fastq转
小洁忘了怎么分身·2019-12-19 09:45

fastq 数据格式解析

概念介绍Read读段Read中文翻译：读段，来自测序仪的rawdata一个Read可能由多个片段组成，Read的索引是测序时的顺序Sequencingquality测序质量测序仪在测序的时候，每次测出来的结果可能都不一样（仪器误差序列长度等各方面因素），所以往往需要多测几次，最后开决定是哪一个碱基。Phred_Figure_1.jpgSequencingquality是度量测序仪测序质量的指标。测
1Z实验室阿凯·2019-12-18 05:56

组装细菌基因组

1.上GenenomeAnnouncements上面找一篇细菌基因组文章的SRR号，我找的是SRR8892199prefetchSRR88921992.fastq-dump解压该文件fastq-dump
胡浩明c·2019-12-16 19:44

RNA-seq(5):序列比对：Hisat2

直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。
Y大宽·2019-12-16 08:07

STEP4: 得到表达矩阵的流程

SRA—>FASTQ—>BAM—>COUNTS这几个步骤而已，中间穿插一些质控的手段，每个步骤选择好合适的软件即可。
六六_ryx·2019-12-13 08:16

【微信归档】转录组学习笔记

AsurveyofbestpracticesforRNA-seqdataanalysisPANDA姐的转录组入门(1)：计算机资源的准备PANDA姐的转录组入门(2)：读文章拿到测序数据PANDA姐的转录组入门(3):了解fastq
沈梦圆1993·2019-12-13 06:07
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