fastq

全基因组完整数据实战

1、从DNA到fastq；2、从fastq到bam；3、从bam到vcf；4、从vcf到pdf；一、从DNA到fa
awk_bioinfo·2020-07-29 22:59

NGS小技能（2）：如何进行SRA到fastq格式的快速转换

下面，我就简单介绍一下如何将下载的sra格式数据转换成为常用的fastq等格式。
魚晨光·2020-07-29 19:01

NCBI SRA格式转换

最近NCBI的数据格式由于空间缘故都转换成了*.sra格式，不再支持*.fastq.gz，因此需要一个特别的转化工具来转换下载的*.sra数据文件。
doudou8486·2020-07-29 18:18

BBQ(生物信息基础22)：samtools 操作 bam&sam

这样很好，但也存在很多问题：1：比如我的原始FASTQ文件是100G，那么我的SAM文件一定是大于100G的，也就是占用了更多空间；2：mapping的结果是没有排序，无论是按reads的name排序还是按在基因组上的位置排序
liu_ll·2020-07-29 14:16

干货 | 一文教会你如何采用Linux系统处理RNAseq测序数据

在获得原始测序数据（FASTQ文件格式）后，该如何就FASTQ测序文件进行后续分析处理呢？下面，让我们一起
拾柒Zzz·2020-07-29 10:00

xmxjy 报告流程

登录ip:192.168.0.331.生成fastq文件cd/workdir/datallmkdirresult_190422datacdresult_190422datacp/workdir/data
线断木偶人·2020-07-29 02:09

sam/bam格式：源于别人的最全的

file=http%3A%2F%2Fsamtools.github.io%2Fhts-specs%2FSAMv1.pdfsequencealignmentmap/format：sam文件，是fastq
Amy_Cui·2020-07-28 00:08

Seqtk、Seqkit两个处理fa/fq神器的学习记录

Seqtk安装#Conda也可gitclonehttps://github.com/lh3/seqtkcdseqtkmake1.将fastq文件转换成fasta文件seqtkseq-Ainput.fastq
凯凯何_Boy·2020-07-22 16:22

Hi-C分析练习（从fastq文件到contact矩阵）

最近纽约复工，因为每天要做实验（还得全程戴口罩，非常闷得慌），比不了之前每天都在家可以为所欲为的自学生信，所以更新也少了很多~Hi-C的技术相关背景学习笔记我在之前有写过（Hi-C技术的初步了解）。本篇笔记按照哈佛医学院贴在网上的教程走一遍流程，虽然这个教程是2018年的，但我觉得仍然很有参考价值。具体可参考网址：https://github.com/hms-dbmi/hic-data-analy
生信start_site·2020-07-19 09:11

skewer过滤软件的安装及使用

一、安装软件condainstall-cbiocondaskewer=v0.2.2二、skewer命令参数详解USAGE:skewer[options][paired-reads.fastq]orskewer
husy_·2020-07-15 10:02

RNA-seq，生信技能树

文件地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/下载测序数据#循环下载sra文件1，for((i=677;i1ls*2.fastq.gz
bettermaan·2020-07-15 00:59

用python进行项目实训的计划

perl脚本能够熟练地改写成python，以达到熟练运用python的目的主要的项目内容有：1.完成基本的用perl编写的，而且代码量在100以内的小程序，如统计GC含量、fasta序列的长度、提取序列、fastq
tangxc10·2020-07-14 23:16

【原创】新一轮的sra2fastq2018-10-15

fastq-dump.shfastq-dump--gzip--split-3-O~/microRNA_seq/fastq/-A~/microRNA_seq/sra/SRR5593145fastq-dump
酷睿_1991·2020-07-12 11:40

高速下载 EBI NCBI 测序数据（SRA，Fastq等）

文章目录一、测试环境及工具二、Aspera下载三、安装及配置1.解压2.安装3.配置许可4.配置程序环境变量5.配置秘钥四、测试1.一个例子2.常用参数介绍3.下载地址的构建4.EBI查询整个项目的资源文件6.查看下载链接五、为什么这里要建议选EBI，而不用NCBI？一、测试环境及工具Linux（Ubuntu18.04.1）Aspera（AsperaConnectversion3.9.9.1778
白墨石·2020-07-12 02:15

python实现fastq文件GC含量的计算

python实现fastq文件GC含量的计算fastq格式是生物信息分析中最常见的格式之一通常我们可以将测序的数据分为双端测序和单端测序双端测序的数据含有两个fastq格式的文件，单端测序的数据只有一个
狗蛋儿张·2020-07-11 15:14

NCBI SRA数据预处理

参阅：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK47540/二、SRA格式转换成FASTQ格式./f
OpenHero·2020-07-10 23:01

Biopython常用功能模块

它包含表示生物序列和序列注释的类，并且能够读取和写入各种文件格式（FASTA，FASTQ，GenBank和Clustal等），支持以程序化方式访问生物信息的在线数据库（例如，NCBI）。
weixin_30721899·2020-07-10 19:49

fastqc 批处理文件

当我们获取到许多的测序数据的fastq文件，我们为了方便，通过shell编程写一个批处理脚本来对许多文件进行质控。
李则果·2020-07-10 18:45

biopython：2：序列组成

itertoolsfromBioimportSeqIOimportitertoolsforr1,r2initertools.izip(SeqIO.parse(gzip.open('*.R1.fine.fastq.gz
genome_denovo·2020-07-10 16:07

生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式

生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式生信分析过程中，会与很多不同格式的文件打交道，除了原始测序数据fastq之外，还需要准备基因组文件fasta格式和基因注释文件gtf格式。
少奶奶的猪·2020-07-10 00:15

生信分析过程中这些常见文件（fastq/bed/gtf/sam/bam/wig）的格式以及查看方式你都知道吗？

生信分析过程中，会与很多不同格式的文件打交道，除了原始测序数据fastq之外，还需要准备基因组文件fasta格式和基因注释文件gtf格式。
生信宝典·2020-07-09 21:45

三代测序组装工具Canu学习笔记

下载测试数据#下载pacbio测试数据wget-chttp://gembox.cbcb.umd.edu/mhap/raw/ecoli_p6_25x.filtered.fastq-Opacbio.fastq
kongxx·2020-07-09 18:40

Illumina下机数据bcl格式转为fastq

BCL2FASTQIllumina刚下机的数据为bcl格式文件（per-cycleBCLbasecallfile），但是下游的分析一般都需要fastq格式文件，所以在进行下游分析之前，需要使用CASAVA
chen_amiao·2020-07-09 14:19

基因数据处理100之bwamem算法处理100万条paired-reads数据GRCH38chr1L3556522N1000000L100paired12

GRCH38chr1L3556522.fastaGRCH38chr1L3556522N1000000L100paired1.fastqGRCH38chr1L3556522N1000000L100paired2.fastq
KeepLearningBigData·2020-07-09 13:48

基因数据处理8之BWA_MEM小数据集处理（成功）

基因数据处理8之BWA_MEM小数据集处理环境：ubuntu14.046G内存参考基因：GRCH38来源请参考【1】1.fastq数据：SRR003161.fastq的头20行，即5条reads操作记录
KeepLearningBigData·2020-07-09 13:16

基因数据处理7之BWA_MEM运行太长

data/test20160310$bwamemGCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fnaSRR003161.fastq
KeepLearningBigData·2020-07-09 13:16

BWA软件安装和使用

/dmel-all-chromosome-r5.37/dmel-all-chromosome-r5.37.fastaDRR047093.fastq>RAL357_1.sai[bwa_aln]17bpreads
KeepLearningBigData·2020-07-09 13:16

组装三代番木瓜基因组——by Serenity Fang

#估算测序深度、reads数目、N50等值（自写perl程序）：$perl~/TangerScript/fqStat-isunset.raw.subreads.fastq-g372m统计结果如下：#基因组组装三步走
aosi1971·2020-07-09 13:50

可以直接cat 多个fq.gz压缩文件

案例描述：需要将Sample_test1_R1.fastq.gz和Sample_test2_R2.fastq.gz合并为test.fastq.gz操作方法1：先zcat再gzipzcatSample_test
aosi1971·2020-07-09 13:19

基因数据处理49之cloud-scale-bwamem运行成功

1.先使用art生成数据：请看前一篇2.上传fastq到hdfs：hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$spark-submit
KeepLearningBigData·2020-07-09 07:03

基因数据处理84之cs-bwamem处理小数据集

/home/hadoop/xubo/tools/cloud-scale-bwamem-0.2.1/target/cloud-scale-bwamem-0.2.0-assembly.jarupload-fastq01fastq
KeepLearningBigData·2020-07-09 07:03

使用tophat2和cufflinks进行转录组分析

将比对所需参考基因组的索引文件和基因组注释文件存放于hg19文件夹，并将sra文件解压至Fastq文件夹。主要步骤：1.用Ttimmomatic对fastq数据去接头。
孤久成瘾_1180·2020-07-09 06:20

QIIME2导入数据-fq数据转换成qza数据-使用方法心得

mkdirqiime2-importing-tutorial##建立新的文件夹cd*/*/qiime2-importing-tutorial将fq数据转换成qza数据1.清单文件的建立由于我们拿到的数据多为FASTQ
醉月伐桂戏嫦娥·2020-07-09 05:26

生信小白学习日记-day1——NGS基础 FASTQ格式解释和质量评估

2019年5月25日，一个普通的周六，正在听的歌——北京东路的日子，开始学习生信，写博客。说明：阅读生信宝典和查阅文章的总结，原文请关注公众号生信宝典，参考的博文都附有链接，仅供参考。生信宝典系列教程关于编程学习的一些思考知乎专栏：https://zhuanlan.zhihu.com/Data-Analysis这篇文章讲述两个问题：系统学习还是遇到问题再找答案？是否要写博客。第一个问题，两种途径都
weixin_42953727·2020-07-08 21:17

ChIP-seq基础入门传送门

分析流程都是fastq-->bam-->vcf/expression/peaks，中间选择不同软件，不同参数而已。视频在生信技能树公众号后台回复“组学”可拿到。本次其实已经有不少人已经完成了
生信技能树·2020-07-08 00:51

记一次开源软件的篡改

项目传送：https://github.com/neufeld/pandaseq/（编译安装前需要libtool-devel）所谓科技服务和科研态度有的时候真的不统一，在pandaseq拼接的时候，如果输出fastq
didang1878·2020-07-07 06:05

fasta和fastq格式文件的shell小练习 2019-05-04

fasta和fastq格式文件的shell小练习1统计reads_1.fq文件中共有多少条序列信息grep-n"^@"reads_1.fq|wc-l10219awk'{if(NR%4==1)print}
盼玉·2020-07-06 15:13

0049-【宏基因组】-16S分析qiime1极简教程2

原始数据$ltrawdata/total3.8M-rw-r--r--1toucantoucan65Sep232017A.mf-rw-r--r--1toucantoucan698KSep232017A_1.fastq-rw-r
leadingsci·2020-07-02 07:47

tophat2+cufflinks转录组测序（2)—去接头>比对>差异分析

在将原始数据和参考基因组数据处理好以后，就开始开始比对分析了比对所用到的参考基因组的索引文件和基因组注释文件都存放在hg19文件夹将sra文件解压至Fastq文件夹主要步骤有下列几步1用Ttimmomatic
孤独巡礼_435a·2020-07-02 04:55

Rosalind工具库：使用Fastx-toolkit或trimmomatic进行质量控制

测序仪的下机数据一般都是FASTQ，第二列存放序列，第四列存放对应碱基的质量。由于空间有限，所以无法直接以0.01%这类形式存放概率，必须要做一些转换，从P值先还算成q值Q值i
徐洲更hoptop·2020-07-01 23:05

sra-tools 新 feature

sra-tools新feature官方文档–2020-3-2618:02:21–最近重装了conda环境,于是重新安装了sra-tools.使用时发现fasterq-dump的功能已经转移到fastq-dump
weixin_44881875·2020-06-29 14:26

RNA-seq：转录组数据分析处理（上）

RNA-seq：转录组数据分析处理（上）目录RNA-seq：转录组数据分析处理（上）一、流程概括二、准备工作1.fastq测序文件2.注释文件和基因组文件的获取三、软件安装四、质量汇报生成与读取1.fastq
super_qun·2020-06-29 13:13

Bowtie2错误：Could not locate a Bowtie index corresponding to basename "/home/s45/mouse"

(base)s45@HP45:~/下载$bowtie2-x/home/s45/mouseSRR3151474.fastq-SSRR3151474.samCouldnotlocateaBowtieindexcorrespondingtobasename
庄无因·2020-06-29 00:10

转录组分析实战第三节： RESM对Trinity得到的转录本进行定量

前面三节，我们得到了Trinity拼接的Fasta文件（Trinity.fasta)以及通过Bowtie2将Fastq中的Reads进行回贴到Trinity.fasta文件的sam文件。
Yeyuntian·2020-06-28 23:36

转录组入门（5）： 序列比对

直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。
weixin_34372728·2020-06-28 18:49

lachesis辅助组装流程

准备工作：准备数据参考基因组：Ler-1.allpaths_lg.final.assembly.fastaHiC数据：data_1.fastq.gzdata_2.fastq.gz安装所需软件并软连接到~
weixin_33699914·2020-06-28 03:42

生物信息数据格式：fastq格式

文章目录格式说明实例演练判断fastq序列编码是Phred33(Illumina1.8+)orPhred64(Illumina1.3+)fastq转换fasta格式Linux操作fastq获取数据统计reads
sunchengquan·2020-06-26 15:55

生物信息的文件格式解析（转自 基因学苑）

有生物信息学家开玩笑说自己每天的工作就是文本格式转换，其实是这样的，例如常见的从qseq到fastq，从fastq到bam，从bam到vcf等。
生信start_site·2020-06-26 06:41

生信文件格式fastqc

资料推荐生信菜鸟团的浅谈FastQ和FastA格式,以及测序数据质量控制之FastQC生信技能书论坛的blat简介与格式解读还有视频讲解：英语视频；中文视频生信技能书系列视频：https://www.bilibili.com
泥人吴·2020-06-25 08:23

如何从NCBI下载SRA数据

经常需要在GEO中下载测序数据原始文件，得到sra编号之后，有两种方法下载：一、可以通过在ebi（http://www.ebi.ac.uk/）中搜索SRA编号，然后用aspera直接下载fastq文件，
wangyunpeng_bio·2020-06-25 04:20
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