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易基因 | 单细胞甲基化测序（scBS-seq）比对率奇低？你的文库方向性参数可能没选对！

问题的提出近年来单细胞测序真是火得一塌糊涂，在BS数据分析中，最常用的比对工具就是BSMAP和bismark。

E_GENE·2023-08-10 01:38

纪伟讲测序·2023-08-10 01:22

测序数据比对到基因组正负链？

关于bam文件第二列的flags:第一列代表的是二进制，我们在bam文件里看到的其实是十进制，下面有个例子，讲述了怎么把十进制转成二进制。但是我不明白第二列为什么是0*1,0*2等等。比如bam文件里的flag是1169，我们把它转变成二进制，并且对应到每个description.#bamflag1169echo'obase=2;1169'|bc======10010010001把这个二进制倒着按

Amelie_ec72·2023-08-09 18:14

scRNA-seq揭示BLM诱导肺纤维化后内皮细胞异质性

Characterizationoftheheterogeneityofendothelialcellsinbleomycin‐inducedlungfibrosisusingsingle‐cellRNAsequencingXiuchengLiuXichunQinHaoQin对博来霉素诱导肺纤维化（4周）的大鼠肺组织进行单细胞测序

yingyonghui·2023-08-09 13:01

生信学习DAY7-森森

今天的学习内容主要包括：怎么区分一二三代测序、二代测序大体流程、NGS组学都包括哪些分类。归纳如下：

森森_486c·2023-08-09 08:31

文献解读| 单细胞测序揭示抑郁症发病机制

为探究重度抑郁症（MDD）脑组织单个细胞类型中基因变化，加拿大道格拉斯心理健康大学研究所的研究人员对17例MDD患者和17例健康对照组的背外侧前额皮质进行了10xGenomics单细胞测序，发现最严重的失调发生在深层兴奋性神经元和未成熟少突胶质细胞前体细胞

百奥益康·2023-08-09 05:28

股票下跌的加仓技巧

昨天的热点机场航运，基因测序今天回落。5G带动科技板块走强。但量能不济，只能小幅震荡。今天盘面最大的亮点就是5G和创投，以及创投延伸的独角兽了。5G的意华股份，宜通世纪等涨停。

易阳川·2023-08-09 02:04

基因的号角

去年十一月份，深圳华大发表声明，未来几年内可以将个体基因测序的价格控制在百元内，而现在美国的个体基因测序服务价格为99美元。

小墨鱼天天很开心·2023-08-09 02:43

学习小组Day7笔记--尹露茜

最后一天在豆豆花花的引导下成长教程的知识总结特别好是我一直接触又疑惑的部分喜欢这样的系统归纳真诚致谢学习内容怎么区分一二三代测序二代测序大体流程NGS组学都包括哪些分类测序过程和原理原理介绍视频：https

尹露茜·2023-08-09 00:09

Python时间序列scikit-learn回归预测电力需求

在处理时间序列时，很少需要只预测序列中的下一个元素(t+1)\left(t_{+1}\right)(t+1)。

亚图跨际·2023-08-08 05:39

CGT Asia嘉年华 | 2023单细胞测序与精准医疗论坛10月广州召开

单细胞测序技术是生物技术发展史中的里程碑式技术，目前在肿瘤研究、免疫研究、神经生物学研究及发育研究等领域都有越来越广泛的应用。

TaasLabs·2023-08-08 03:15

序列比对BWA（Docker篇）

它有三个不同的算法：BWA-backtrack:是用来比对Illumina的序列的，

组学大讲堂·2023-08-07 23:54

单细胞轨迹（拟时间）分析软件方法选择指导原则

使用轨迹推断（TI，trajectoryinference）的方法可以根据测序的细胞之间表达模式的相似性对单细胞沿着轨迹进行排序，以此来模拟细胞动态变化的过程。轨迹推断也常

seqyuan·2023-08-07 22:41

bamdst安装及使用

得到测序文件进行比对后经常需要对bam文件进行覆盖深度、靶向捕获效率的统计分析进行初步质控。

xianmao123·2023-08-07 22:34

区分Bulk测序和高通量单细胞测序中的提高细胞通量

区分Bulk测序和高通量单细胞测序中的提高细胞通量首先区分下单细胞测序和Bulk测序：单细胞测序(scRNA-seq)与bulk测序（BulkRNA-seq）的不同之处是BulkRNA-seq是提取组织

hyena_7·2023-08-07 15:17

生物信息学与功能基因组学（2）

二代测序数据的分析二代测序数据的分析.png

顺昕如意·2023-08-07 13:43

10X单细胞核转录组 + 10X单细胞ATAC的联合分析（WNN）

hello，大家好，最近呢，10X单细胞核转录组+10X单细胞ATAC的多组学测序技术日渐成熟，因为这样技术同时可以获得一个细胞表达的转录组信息和ATAC的信息，所以很多学者和公司开始关注和推广这项技术

单细胞空间交响乐·2023-08-07 11:44

单细胞测序基础知识

构建文库上机测序根据不同的荧光检测不同的碱基质量控制（质控QC）去除低质量的序列表达定量统计reads数，进而得到表达矩阵标准化让所有样本处在同一起跑线上主成分分析PCA图中每个点都代表一个样本，不同颜色表示不同类别

来份芒果布丁·2023-08-07 05:42

单细胞测序数据的降维方法和细胞亚型鉴定聚类方法

单细胞测序数据的降维方法和细胞亚型鉴定聚类方法是单细胞转录组分析中常用的技术。

来份芒果布丁·2023-08-07 05:42

植物重测序---变异检测（samtools+bcftools篇）

植物基因组重测序除了GATK的方法进行变异检测以外，还有samtools+bcftools去进行变异检测。

LiuYueRR·2023-08-07 00:24

先进公司的年龄

苹果公司其实才41岁；现在人工智能领域里面的领头羊NVIDIA公司其实才24岁；甚至连传统的服装企业里面的挑战者UnderArmour安德玛公司才21岁；基因工程里面最牛的公司，我们都知道基因工程的核心就是DNA测序

晌晌·2023-08-06 20:43

2022-12-12

蛋白复合物和mRNA原创huacishu图灵基因2022-12-1210:11发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=47.99推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、作者提出了近距离测序

图灵基因·2023-08-06 15:03

2022-01-20 文献-Nature阿尔兹海默症

神经组织比较复杂，通常用单细胞核测序单细胞核测序的特征：1、每个样本细胞量基本<40002、每个细胞里的基因基本<1000甚至<500单细胞结果描述marker基因的展示很有欣赏性！！

徐添添·2023-08-06 15:57

2022-03-09

Nature|单细胞RNA测序揭秘神经元网络连接的时间控制机制原创旧岛望月亮图灵基因收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：旧岛望月亮IF=49.962推荐度：⭐⭐⭐⭐亮点：1.通过计算时间动态分数和细胞类型变化分数

图灵基因·2023-08-06 12:28

GEO数据库

www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/),是由美国国立生物技术信息中心于2000年创建并维护至今的高通量量基因表达数据库2.GEO是一个国际公共数据库，收录并整理了全球范围内研究工作者上传的微阵列芯片、二代测序及其他形式的高通量基因组数据

数据控的迷妹·2023-08-06 11:57

一文看懂病原微生物检测（下篇）

作者：biofan审稿：童蒙编辑：amethyst继一文看懂病原微生物检测（上篇）介绍了样本采集、实验建库及测序的相关内容，这篇让小编带领大家了解一下病原微生物检测的信息分析流程。

生信阿拉丁·2023-08-05 18:55

链特异性建库测序原理

RNA-seq基本流程下图是一个大概的RNA-seq基本流程[图片上传失败...(image-8ca9c-1586161495252)]把RNA破碎成小片段，然后将RNA转变成一条cDNA，这一步需要用到反转录酶reversetranscriptase(RT)才能用RNA作为模板合成DNA。不论是转录还是反转录都需要引物。通常如果我们要mRNA，那就可以用oligo-dT作为RT的引物，但是用它有

Ju_sir·2023-08-05 13:35

在windows系统下解压ncbi下载的man后缀文件（找到很慢的原因了）

软件安装手动在ncbi下载了一些sra文件，一看后缀.man，查了下发现是一个压缩包，双端测序文件，解压后可以得到两个fastq文件。那么问题来了，怎么解压？第一种：直接尝试改后缀为.7z，解压失败。

一只红天蛾·2023-08-05 13:45

NTT DATA利用相干伊辛机模拟基因组组装和疾病治疗的潜力

结果表明，通过基因组测序和基因组组装，科学家可以识别与某些疾病和病

Qforepost·2023-08-05 11:55

实用干货|单细胞测序组织保存液那些事

众所周知，为了保证细胞悬液的质量，单细胞测序对样本新鲜度要求极高，如果采样后无法立即进行细胞悬液制备，如需要运输，或需要暂存与后续样本同批实验等，就需要对样本进行合适条件的保存/运输，否则可能无法保证样本最原始组织细胞状态

百奥益康·2023-08-05 05:04

2019-08-18-02-fastq/sam和bam文件

fastqfastq查看：zcatfilename.fq.gz|head-n8#显示前8行文件内容（前8行代表2条序列）格式说明：fastq文件每4行代表一条序列第一行：记录序列测序时所用仪器以及在测序通道中坐标信息

jing_我愿·2023-08-04 21:17

ArchR分析scATAC-seq数据(1)-基础入门

1.1ATAC-seq术语介绍"fragment"是ATAC-seq实验中的一个重要概念，它指的是通过Tn5转座酶对DNA分子进行酶切，然后经由双端测序得到的序列。

夕颜00·2023-08-04 13:50

亚马逊云科技HPC解决方案，帮助浙江大学实现成本和科研任务的双丰收

AmazonWebServicesCloudCreditsforResearch）的多次支持下，运用亚马逊云科技的高性能计算和专属行业解决方案，浙江大学土壤学科研团队整体在2个月内，成功完成了土壤微生物宏基因组数据自动化处理，总计超过5000个测序

Discovering_·2023-08-04 12:44

PGCGAP v1.0.35版本更新

PGCGAP是用于原核生物基因组学和比较基因组学分析管道，目前该管道包含12个模块，可以接受Illumina双端reads、Oxfordreads或PacBioreads作为输入，可以完成基因组组装、基因预测和注释

了尘兰若·2023-08-04 10:39

基因组测序在细菌基因组中的应用（一）

比较基因组在微生物领域的应用微生物基因组研究文章解读-1微生物基因组研究文章解读-21.判断物种是什么？即新种/未知种鉴定，相似性判断IsolationofanovelspeciesinthegenusCupriavidusfromapatientwithsepsisusingwholegenomesequencingdoi:10.1371/journal.pone.0232850主要结论：使用I

上海唯那生物·2023-08-04 04:11

数据单位的转化

最近突然有朋友问到，在高通量测序的时候，6Gb的碱基数据量换算成300bp的读长，应该怎么换算成多少reads呢？经查询，大家一定要记住的是1G=1024M。

本木大·2023-08-04 02:55

网站服务器配置计算,服务器配置计算公式

服务器配置计算公式内容精选换一换简要介绍HTSlib是一个C库，用于读取和写入高通量测序数据。HTSlib是SAMtools使用的核心库。

许多的小兵器·2023-08-04 00:16

GEO数据挖掘（一）--简单快速下载GEO数据

GEO数据库储存着海量的二代测序数据（特别是转录数据）和芯片数据，就像一座“藏宝山”，我们可以通过挖掘前人研究数据，提取相关研究结果，构建自身研究方向的基础架构，再辅以“湿实验”验证或针对性的

诺禾致源·2023-08-03 22:15

马尔可夫链模型总结

隐藏的马尔可夫链随机生成的状态序列，称为状态序列；每个状态生成一个观测，而由此产生的观测的随机序列，称为观测序列。序列的每个位置又可以看做是一个时刻[1]。

Black先森·2023-08-03 06:14

宏病毒组（四）|病毒注释软件介绍

测序数据的组装及病毒的分类注释直接影响项目分析结果的准确性。在上篇推文中小编给大家详细介绍了组装软件——Megahit超详细安装及应用教程，接下来给大家介绍2款常见的病毒分类注释软件。

百易汇能生物·2023-08-03 00:49

【分享】使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析易如反掌

原文来自这里，略编辑摘要简单且高效地分析RNA测序数据的能力是Bioconductor的核心优势。

王诗翔·2023-08-02 19:42

12-19 利用高通量tRNA测序和调控分析描绘微生物组群特征

Microbiomecharacterizationbyhigh-throughputtransferRNAsequencingandmodificationanalysis题目：利用高通量tRNA测序和调控分析描绘微生物组群特征作者

MC学公卫·2023-08-02 17:34

gwas简介

随着高通量测序成本的降低，标记数量越来越多，不得不进入linux和脚本操作的时代，因此我也陆陆续续的学习了R和Python等编程语言，但是在编程的世界里，只是一个小菜鸟，大部分的脚本都是“借来的”。

生信学习小达人·2023-08-02 14:47

微生物菌群多样性研究—原始数据质控

菌群多样性分析是通过测序技术对微生物基因组中的marker基因（细菌为16S序列，真菌为18S或ITS序列）全长区段或部分区段进行测序从而得到环境样本中微生物种类和丰度信息的，基于现在的基因测序技术和菌群多样性的研究目的

上海唯那生物·2023-08-02 11:16

2022-06-27肝脏发育学习

使用转基因Foxa2eGFP报告小鼠系，我们对从E7.5到E15.5的10个胚胎阶段分离的内胚层和肝细胞进行了单细胞全长mRNA测序。

科研与生信记录·2023-08-02 07:13

生信软件 | bowtie2（测序序列与参考序列比对）

1.介绍Bowtie2是将测序reads与长参考序列比对工具(适用于将长度大约为50到100或1000字符的reads与相对较长的基因组,如哺乳动物,进行比对)。

白墨石·2023-08-02 01:13

2010年郭国骥老师的开篇作（一）

ResolutionofCellFateDecisionsRevealedbySingle-CellGeneExpressionAnalysisfromZygotetoBlastocyst利用单细胞基因表达分析揭示从受精卵到胚泡细胞命运决定的解析作者程凉皮老师文章点评2010年汤老师与郭老师的研究（（汤富酬老师2009年的文章使得单细胞测序成为现实

不如好好学生信吧·2023-08-01 20:16

WGS完整流程介绍(原始数据质控、数据预处理、变异检测、数据注释)

一、原始数据质控1.原始测序数据(也是reads)从测序仪中直接取下来的数据，它包括了所有的碱基，无论是测序质量低的，还有可能包含测错的，可能还会包含实验误差。

如意的小家·2023-08-01 01:21

面试生信工程师2

面试者A，两年工作经验，在大厂呆过，做过科服、病原感染、肿瘤检测分析，其中动植物重测序交付项目较多。

米源MY·2023-07-31 23:07

GATK-变异流程2

一、使用GATK前须知事项：对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据，而且全部是基于illumina数据格式，目前还没有提供其他格式文件（如IonTorrent）或者实验设计（RNA-Seq

家和建材广场·2023-07-31 19:47

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