illumina测序

“印度的病毒毒株会QJ？”

该研究团队的首席研究员达斯博士（Dr.JayashankarDas）表示，研究团队对包括752个临床样本在内的1536个样本进行了测序，最终首次在印度
热点冷读·2023-07-20 22:49

【转】第二代测序数据处理工具软件汇总

IntegratedsolutionsCLCbioGenomicsWorkbench–denovoandreferenceassemblyofSanger,RocheFLX,Illumina,Helicos
oddxix·2023-07-20 11:08

易基因｜3文一览：简化甲基化测序（RRBS）技术优势及研究成果（医学+物种保护+农学）

大家好，本期我们通过3篇高分文章来解读简化甲基化测序（RRBS）技术优势及研究成果（医学+物种保护+农学）。
E_GENE·2023-07-20 09:32

2022-01-28

SciAdv|HybridTech使用电镜和测序加速抗体发现原创图灵基因图灵基因2022-01-2814:42收录于话题#前沿分子生物学技术Scripps研究所的科学家们已经设计出一种方法，可能能够缩短现代疫苗开发的一大步
图灵基因·2023-07-20 03:56

SRA数据库及下载二代测序原始数据转换为fastq文件

/62914954，感谢作者分享，我只是Mark下来给自己看，再次申明，不是原创：自己补充概括三点：1.下载AccessionList；2.下载RunInfoTable，里面记录了样品信息、建库信息、测序信息
胡杨奋进·2023-07-20 01:28

如何从vcf文件中批量提取一系列基因的SNP位点？

需求客户的一个简单需求：我有一批功能基因位点，想从重测序的群体材料中找到这些位点，如何批量快速获得？
米源MY·2023-07-20 00:19

反卷积法推断bulk RNA数据中的细胞组成

在这篇文章中，作者使用肿瘤单细胞RNA测序数据的适应症特异性和细胞类型特异性参考基因表达谱（RGEP），深入分析如何通过数学反卷积从bulk数据中得出实体瘤的细胞组成数据。
麒麟991·2023-07-19 22:15

关于eccDNA能否做个测序发文章的讨论

eccDNA，(extrachromosomalcircularDNA，eccDNA)是细胞核内，独立于染色体的环状DNA，部分包含完整的基因拷贝。2019年11月，顶尖国际学术期刊《Nature》和《Cell》相继发表了关于染色体外环状DNA的重要研究，eccDNA携带癌基因，并可能促进肿瘤发生。使我们对肿瘤的研究开启了一个新热点。eccDNA是什么？在疾病跟正常组表达的分布是否有差异，肿瘤病人
纪伟讲测序·2023-07-19 09:36

【单细胞组学】CITE-seq-Count：分析CITEseq测序数据

导言昨天我们介绍了CITE-seq的测序原理和简单应用。目前很多国内外公司都能做CITE-seq测序，至少我们知道10xGenomics是可以做的。
SciNote·2023-07-19 04:38

RNA 9. SCI 文章中基因表达之 GO 注释

前言1.GO原理基因组测序已经表明，大部分指定核心生物学功能的基因是所有真核生物共有的。这种共享蛋白质在一个有机体中的生物作用的知识，往往可以转移到其他有机体。
桓峰基因·2023-07-18 23:04

sra与fastq数据简介及下载

测序的生信数据往往体量庞大，动辄几十个G不在话下，常规的下载方式往往会遇到下载速度慢或者下载不成功的问题。
Seurat_·2023-07-18 15:10

项目文章|Genome Biology-揭示苦荞的驯化历史并鉴定多个农艺性状候选基因

该研究对510份苦荞种质进行全基因组重测序，建
贝瑞科服·2023-07-18 04:32

对RPKM、TPKM、TPM最好的解释

RPKM、TPKM、TPM这里TPM计算出的“得分”（如3.33等）代表A基因在A测序数据中占据的比例。
桁_COLA·2023-07-17 22:49

bowtie序列比对软件的使用（2019.4.19）

换言之，bowtie非常适合下一代测序技术。下面是官方的简短介绍：Bowtieisanultrafast,memory-ef
L_bd68·2023-07-17 16:45

全基因组测序 从头测序(de novo sequencing) 重测序(re-sequencing)

全基因组测序全基因组测序分为从头测序(denovosequencing)和重测序(re-sequencing)。
flynnchan·2023-07-17 14:08

Laravel文档阅读笔记-How to enable CORS on Laravel

header('Access-Control-Allow-Origin','*')}}3.将中间件添加到Kernel.php中：protected$routeMiddleware=['auth'=>\Illumina
IT1995·2023-07-17 09:01

学习小组Day7笔记--Xiaofan1991

测序知识整理一、测序原理主要理解一代测序和二代测序的原理，分子生物学基本都有讲，基本都忘了。
xiaofan1991·2023-07-17 00:16

走向基因组3D世界 ——染色体构想捕获技术3C(chromosome conformation capture)

在过去10年中，染色体构象捕获（chromosomeconformationcapture3C）技术及其该技术的拓展技术(4C,5C,Hi-C,ChIA-PET)，使人们能够以超强的分辨率和高通量测序分析细胞核内的三维立体结构
Ray钱·2023-07-16 23:52

初试扩增子测序数据的meta分析

测序数据越来越多，发表文章大多被要求上传原始数据，这为进行meta分析提供了丰富的可用资源。近年来，越来越多学者开始尝试meta分析回答单一研究小样本无法回答的大问题。颇有‘一切皆可meta’的趋势。
Oodelay·2023-07-16 16:17

秦岭大熊猫的脾气怎么样？

2009年，中国科学家完成了大熊猫的基因组测序，结果发现大熊猫一共有21对染色体（比人类少2对），共有2万多个基因（跟人类差不多），最重要的是大熊猫应该属于食肉目熊科的一个亚种。那么，为
人生不正经·2023-07-16 13:12

易基因 | 表观技术：染色质结构构象与DNA互作：ChIP-seq、ATAC-seq

1、染色质免疫共沉淀测序技术（ChIP-Seq）染色质免疫共沉淀(ChromatinImmunoprecipitation,ChIP)，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。
E_GENE·2023-07-15 23:10

【MATLAB第55期】#源码分享| 基于MATLAB的LSTM长短期记忆网络的一列数据时间序列预测模型

为了预测序列的未来时间步长的值，可以训练一个序列到序列回归LSTM网络，其中的响应值移动了一个时间步长的训练序列。也就是说，在输入序列的每个时间步长，LSTM网络学习预测下一个时间步长的值。
随风飘摇的土木狗·2023-07-15 20:12

2021-11-22

NEnglJMed|全基因组测序作为血液病细胞遗传学分析的替代方法原创榴莲不酥图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：榴莲不酥IF=91.245推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：基因组分析对于急性髓细胞白血病
图灵基因·2023-07-15 14:45

机器学习---定义、用途、算法的分类、假设空间与归纳偏好、奥卡姆剃刀原则

2.机器学习能做什么机器学习已经有了十分广泛的应用，例如：数据挖掘、计算机视觉、自然语言处理、生物特征识别、搜索引擎、医学诊断、检测信用卡欺诈、证券市场分析、DNA序列测序、语音和手写识别、战略游戏和机器人运用
三月七（爱看动漫的程序员）·2023-07-15 06:23

文献解读| 单细胞联合空间转录组测序揭示脑神经炎性星形胶质细胞亚型

为探究小鼠大脑中的神经炎性星形胶质细胞亚型，纽约大学的研究人员利用单细胞转录组测序及空间转录组测序技术，对小鼠脑星形胶质细胞进行研究，揭示了小鼠大脑中的神经炎性星形胶质细胞亚型及其空间分布情况，相关成果于
百奥益康·2023-07-15 06:02

2022-05-10

现在，两个研究小组对免疫细胞进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq），并将数据与自身免疫疾病相关基因变异的
图灵基因·2023-07-15 04:39

Nebula Genomics——基于区块链技术的基因数据共享及分析平台

今天就分享下最近了解到的基于区块链的基因测序项目。基因测序听起来与我们普通人的生活相距甚远，其实不然。很多疾病，除了外界环境因素的变化，自身的基因也有很大的因素。
哈啦呼噜·2023-07-14 23:45

单细胞转录组分析食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境状态

年9月6日，清华大学王建斌团队和中国医学科学院肿瘤医院吴晨团队的研究人员在NatureCommunications上发表关于单细胞转录组分析揭示食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境的文章，研究人员采用单细胞转录测序技术对
晶典教你玩转科研·2023-07-14 21:54

Sentieon | 每周文献-Tumor Sequencing-第三期

肿瘤测序系列文章-1标题（英文）：Therelationshipbetweengeneticcharacteristicsandclinicalcharacteristicsandtheefficacyof131Itherapyinchildrenandadolescentswithlocallyadvancedormetastaticdifferentiatedthyroidcancer
毅硕科技·2023-07-14 13:54

生信在线讲座：Sentieon--基于机器学习的多组学分析

在二月份DahShu免费线上讲座中，我们将聚焦生物信息基因测序领域，邀请了来自硅谷的明星创业公司–基因测序数据软件Sentieon高级数据科学家胡晋南博士(Dr.FrankHu)同我们分享Sentieon
毅硕科技·2023-07-14 13:53

10X Genomics V(D)J测序：免疫分析从零起步学（三）

上回书说到，测序数据下机经过了配套的分析流程cellranger的洗礼之后，生成了一系列的结果文件。闲言少叙，这一期我们就来看这些结果文件的解读。首先要说的第一个是总览的summary。
概普生信·2023-07-14 02:43

基于GPT构建单细胞多组学基础模型

通过利用呈指数增长的单细胞测序数据，作者首次尝试通过对超过1000万个细胞进行生成式预训练来构建单细胞基础模型。scGPT有效地
tzc_fly·2023-07-13 21:16

windows下载SRA数据--NCBI单细胞测序数据

NCBI数据库下载单细胞测序原始SRA数据如果想要分析数据库中的数据，可以从文献中获得数据的GSE号，举个例子：image.png然后到NCBINationalCenterforBiotechnologyInformation
生信小白花·2023-06-27 16:41

【机器学习】-机器学习入门概述

机器学习已广泛应用于数据挖掘、计算机视觉、自然语言处理、生物特征识别、搜索引擎、医学诊断、检测信用卡欺诈、证券市场分析、DNA序列测序、语音和手写识别、战略游戏和机器人等领域。
·2023-06-24 11:24

复现原文（二）：Single-cell RNA sequencing of human

imageimageNGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：
生信宝典·2023-06-24 11:04

派森诺细菌完成图标准分析轻松发文

该研究从藏红花的根际土壤中分离得到了铜绿假单胞菌YY322，通过拮抗实验发现该菌株对藏红花的病原菌具有较强的拮抗，全基因组测序揭示了该菌株在植物生长促进和生物防治机制中的作用，为铜铝假单胞菌作为植物促生菌用于藏红花生产提供了证据
·2023-06-24 11:22

simspec：基于细胞簇谱系相似性整合单细胞数据

简介在单细胞数据分析中，如何对跨不同实验、条件、批次、时间点或其他技术因素的单细胞测序数据进行多样本整合仍然是一个重大的挑战。
Davey1220·2023-06-23 18:50

用组装出来的线粒体序列call SNP

一个思路是从文献中看到的，将线粒体序列的13个蛋白编码基因分别先mafft比对，然后再串联到一起建树另一个思路用线粒体基因组callSNP，详情见下图第一种做法是用个体的重测序文件比对到参考(线粒体)基因组上
深山夕照深秋雨OvO·2023-06-23 17:12

SMRT测序文献阅读笔记

单分子实时定量测序技术（SMRT）写这篇笔记是因为可能以后的工作中会用到这个技术，而我之前并不了解它。所以这篇文献阅读笔记就算是对SMRT先有个大体的认识。
生信start_site·2023-06-23 00:54

2021-09-17

由美国国家癌症研究所（NCI）的研究人员领导的国际科学家团队对232例从未吸烟的肺癌患者进行了高覆盖率的全基因组测序(WGS)。他们的结果首次确定了从不吸烟者(LCINS)肺癌的三种分子亚型。
图灵基因·2023-06-22 18:33

易基因｜m6A RNA甲基化MeRIP-seq测序分析实验全流程解析

从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和研究套路等四方面详细介绍。
易基因科技·2023-06-22 16:18

bioconvert：各种各样的生物信息数据格式转换工具

今天找计算测序覆盖度的时候发现了这个工具，github主页是https://github.com/bioconvert/bioconvert；帮助文档的链接是https://bioconvert.readthedocs.io
小明的数据分析笔记本·2023-06-22 08:46

多基因风险评分较低的患者，可以优选罕见的致病变异

方法我们在英国生物库中进行了外显子组测序的44,550名患者中，鉴定出患有五种常见复杂疾病之一的患者。我们推导了这五种疾病的PRS，并确定了致病的稀有变异杂合子。我们测试了患有疾病和PRS低的个体
无聊先知·2023-06-22 05:19

软件安装不上，可能是网速慢！Conda/R/pip/brew等国内镜像大全拿走不谢~~

NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典·2023-06-21 12:39

hifiasm对HiFi PacBio进行组装

hifiasm是一个能有效利用PacBioHiFi测序技术，在分型组装图(pahsedassemblygprah)中可靠的表示单倍体信息的算法。
xuzhougeng·2023-06-21 09:10

全基因组测序的前世今生

从1965年开始第一个酵母的片段测序到现在，测序的读长依然不足以覆盖大多数物种整个基因组的大小，因此基因组组装技术也一直是不断研发改进的关键技术。
生信阿拉丁·2023-06-21 07:01

生信学习——转录组测序分析的大致流程

如果想要从最原始的测序结果开始分析，如何分析？
Lifelrving·2023-06-20 19:50

玩转ChatGPT：R代码Debug一例

二、踩坑过程（1）先看原始的咒语咒语：我已经使用synapser包计算得到了每个基因的干性权重标准值（第一列是基因名，第二列是权重值），现在需要计算TCGA中HCC的RNA-seq测序数据（第一行是样本名
Jet4505·2023-06-20 09:08

HMM-Forward/Backward算法实现

M个隐状态-长度为T的观测序列-转移矩阵-发射矩阵-初始概率分布-EvaluationProblem给定,其中方法：找出所有的隐状态，，M是隐状态的数目从所有的隐状态序列中，找到生成观测序列的概率数学表达
IntoTheVoid·2023-06-19 18:55

二代测序原理的初步了解

2005年，罗氏推出了第一款二代测序仪罗氏454，生命科学开始进入高通量测序时代。后续随着Illumina系列测序平台的推出，极大降低了二代测序的价格，推动了高通量测序在生命科学各个研究领域的普及。
上官万尘·2023-06-19 17:47
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