illumina测序

科研实用技能 | 运用软件分析snp，indel等之后如何设计引物进行验证呢

最近在做一批样本，是基于大规模基因组测序寻找新的疾病相关突变位点（snv）和indel等的。软件给出的结果一般都是以下形式，给出的只有突变所在基因组位置或者区间信息。
不想透明的小透明·2023-07-31 17:55

FG12组装注释全过程

测序：RNA-seq：100Xnanopore：80Xresequence：30X质控：使用fastp对RNAseq和Resequence测序数据进行质控ResequenceQ20，Q30皆为100%RNAseqQ20
马连洼小法师·2023-07-31 16:10

高通量数据中批次效应的鉴定和处理 - 系列总结和更新

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述
生信宝典·2023-07-31 14:44

SRA批量下载及转为Fastq格式

NCBI中会将测序等数据压缩成sra格式。本文介绍如何批量下载sra文件及转化为Fastq格式。下载SRA文件sratoolkit从NCBI官网下载sratoolkit选择合适的版本进行下载。
jlyq617·2023-07-30 12:54

雪花算法，在分布式环境下实现高效的ID生成

点3：利用掩码我们可以检测序列是否溢出，如果溢出的话，就强制等待到下一毫秒。/***@authorhard
ahardstone·2023-07-30 10:37

左手靶向基因，右手组学结合 — 多维发展的10x Genomics单细胞转录组

单细胞转录组测序允许在单细胞水平直接分析基因表达，并在单细胞水平分析细胞内群体异质性、定义细胞类型、细胞状态和细胞的动态转变。
贝瑞科服·2023-07-30 07:57

单细胞研究 | Cell BLAST：一个自带高质量参考数据库的scRNA-seq数据检索/注释工具

遇到批次效应做单细胞数据分析时，我们常常用到不同时期或不同测序平台的数据，即使是同样的细胞类型也可能不能聚类到一个细胞群中。
尐尐呅·2023-07-30 06:28

春化基因VRN-A1 发现新的等位变异？

PNAS经典品读-小麦春化基因（一）PNAS经典品读-小麦春化基因（二)PNAS经典品读-小麦春化基因（三）PNAS经典品读-小麦春化基因（四）：窥视小麦种质的多样性和地理适应性小麦三代测序数据使用以及
Neal_Bio·2023-07-30 03:21

变异毒株引发市场恐慌，变异到底会对我们经济生活带来什么影响？

据齐鲁壹点的报道，近日，世界卫生组织将最新报告的新冠病毒变异毒株B.1.1.529列为“需要关注”的变异毒株，并以希腊字母“奥密克戎”（Ο）命名，要求各国加强监测和测序工作。
慕容随风·2023-07-29 01:15

【NLP入门教程】十九、隐马尔科夫模型（Hidden Markov Models）

简介隐马尔科夫模型（HiddenMarkovModels，HMM）是一种统计模型，用于对观测序列和状态序列之间的潜在关系进行建模。它在自然语言处理领域中被广泛应用于语音识别、语言生成、机器翻译等任务。
晨星同行·2023-07-28 19:08

windows下批量拷贝目录下所有文件夹中的指定文件

主要是前段时间要从一个server上面拷贝一批数据，但是又不是linux，所以实验了一下windows下的批量拷贝；场景：测序的项目，每一个样本的数据都存放在各自的名称文件夹下，我需要下载一批数据的variant
dulunar·2023-07-28 16:57

【文献速递】-cell-颠覆性技术：DBiT-seq空间高分辨率的多组学技术

耶鲁大学樊荣教授团队提出了一种全新的空间高分辨率多组学研究方法——基于微流体条码标记的空间多组学测序(DBiT-seq)。
基因侦探·2023-07-28 15:53

学习小组Day7笔记--大羽

一、教程思维导图生信星球公众号教程二、知识点1.三种测序方法的区别及特点对比根据优缺点联想各种测序的应用。2.三种测序方法的过程和原理根据原理的方法名，记忆三种测序方法的过程，记忆原理。
海岛眠·2023-07-28 08:23

开展“稳健”的生物信息学研究的9个要点

我见过项目落在我的桌子上准备进行分析，花了数万元测序，但当数据放在这时，其实已经完全“死”了。无论如何，在实验结束后，我们都无法挽救设计糟糕的实验。大多数统计学入门课程和书籍都涵盖了实验设计中的基
沈博士·2023-07-28 07:50

单细胞DNA测序揭示胃食管交界处癌的基因组异质性和克隆进化

天津医科大学肿瘤医院副院长徐波发表在FrontiersinOncology的文章GenomicHeterogeneityandClonalEvolutioninGastroesophagealJunctionCancerRevealedbySingleCellDNASequencing摘要胃食管交界（GEJ）癌是一种发生在胃和食管交界处的肿瘤。GEJ癌经常转移到淋巴结，但其异质性和克隆进化过程尚不
亦是旅人呐·2023-07-28 07:21

Day7--测序基础知识

自刘小泽处学习，https://www.jianshu.com/p/101c14c3a1d2学习自相见很不晚https://www.jianshu.com/p/0ae1dc30bb041.Sanger测序每次测一条
东方不赞·2023-07-28 06:01

16S 测序和宏基因组测序分析有哪些？

宏基因组学宏基因组学（Metagenomics）又叫微生物环境基因组学、元基因组学。它通过直接从环境样品中提取全部微生物的DNA,构建宏基因组文库，利用基因组学的研究策略研究环境样品所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能。它是在微生物基因组学的基础上发展起来的一种研究微生物多样性、开发新的生理活性物质（或获得新基因）的新理念和新方法。其主要含义是：对特定环境中全部微生物的总DNA（也称宏基因组，
Seurat_Satija·2023-07-28 05:05

学习小组Day7笔记-鹅

一.测序过程和原理image.pngimage.png二.都有哪些类型的测序1.初涉测序image.png2.名词结构化名词结构化.pngimage.png测序技术原理及常用数据格式简介测序技术原理及常用数据格式简介
DoubleT_2aac·2023-07-28 05:10

精准医疗是谁都要独一无二的治疗方法？共识分子分型了解一下！

随着基因组学、转录组学及高通量测序等技术的发展，从2012年起，基于不同基因表达谱分
唯问生物·2023-07-27 19:37

【豆科基因组】鹰嘴豆Chickpea (Cicer arietinum L.)429个自然群体重测序2019NG

一、来源Resequencingof429chickpeaaccessionsfrom45countriesprovidesinsightsintogenomediversity,domesticationandagronomictraits.NatGenet.2019May;51(5):857-864.doi:10.1038/s41588-019-0401-3.Epub2019Apr29.单位：
米源MY·2023-07-27 19:43

FastQC

“Aqualitycontroltoolforhighthroughputsequencedata.”FastQC是JAVA语言编写的能够对高通量测序数据进行质控的软件。
希望你会好·2023-07-27 15:54

25高通量测序-线性模拟之t检验与单因素方差分析

线性模拟之t检验与单因素方差分析t-test快速回顾线性回归，我们测量了老鼠的重量和大小，我们想从中学到两件事:老鼠体重对预测老鼠大小有多大作用?(R平方告诉我们)这段关系是偶然的吗?(p值告诉了我们)image-20210108152401316.png下面我们看看能否将这些概念应用到t检验中。t检验(t-test)的目的是比较均值，看它们是否显著不同。如果同样的方法可以计算线性回归和t检验的p
不到7不改名·2023-07-27 13:59

生信基础-测序原理

生物信息分析的前提是获得了测序数据，关于测序原始数据也涉及非常多知识及细节，如果明白了测序原理及测序数据产生的过程，在理解关于原始数据的各个问题上也比较容易。
新欣enjoy·2023-07-27 05:54

生信课程笔记3-序列搜索算法

序列搜索算法的进化2Nextgenerationsequencingera第二代测序技术（NGS）出现后发生了重大的技术转变。
果蝇饲养员的生信笔记·2023-07-27 02:56

2023.07.05【bug笔记】|bwa比对报错：Segmentation fault

项目场景：通过BWA对单端测序的小片段序列（710bp）进行基因组分析，寻找突变位点。
穆易青·2023-07-26 19:43

基因测序之常见测序类型整理

高通量测序（二代测序）高通量测序技术（High-throughputsequencing，HTS）是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性的改变,一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定,因此在有些文献中称其为下一代测序技术
生信包工头·2023-07-26 18:46

靶向RNA-seq全面解决方案和加速分析，只看这篇就够了！

背景RNA-seq，即通过高通量测序技术进行的转录组测序分析技术。最初作为研究mRNA，smallRNA，non-codingRNA等表达水平、表达差异基因的应用，在过去的十几年内迅速发展。
chSNP·2023-07-26 16:33

当我读《基因传》时，我在想什么（8）？

书中内容也在叙述故事情节的场景中穿插了很多生物技术原理和应用（当然作者也是这个领域的学者，所以写起来得心应手，读起来也有趣一些，大学教材里如果加入这么多历史性的内容，可能会更容易让学生理解吧），比如内切酶和连接酶的发现和使用，桑格测序
老韩的读书笔记·2023-07-26 13:07

文章

RPKM与FPKM的区别：RPKM值适用于单末端RNA-seq实验数据，FPKM适用于双末端RNA-seq测序数据。
鬼孑孓·2023-07-26 09:49

HMM与CRF模型的使用过程有哪些差异？

HMM模型表示为:lambda=HMM(A,B,pi),其中A,B,pi都是模型的参数,分别称作:转移概率矩阵,发射概率矩阵和初始概率矩阵.接着,我们开始训练HMM模型,语料就是事先准备好的一定数量的观测序列及
传智教育·2023-07-26 06:49

单细胞分析识别控制B细胞发育和转化的动态基因表达网络

该研究利用单细胞测序技术精确地描述了B细胞发育的不同阶段，发现
晶典教你玩转科研·2023-07-26 02:19

生物信息学_玉泉路_课堂笔记_07 第七章 转录组学：基因芯片及RNA_sep数据分析

第七章转录组学：基因芯片及RNA_sep数据分析大部分是可以转录的大概70-80%可Rna从此区域出来的rna来看编码基因只占据很小的一部分2%左右更多的区域转录出来的是非编码rna转录组学的测序方法基因芯片
rookie_coder_996·2023-07-25 22:52

生物信息学_玉泉路_课堂笔记_05 第五章 从头基因组组装与注释

课程：生物信息学_玉泉路_课堂笔记中科院_2022秋季课第一学期个人笔记使用2023/7/20上周回顾从头基因组组装与注释第一节基因组调查最左边的error-peak是测序错误导致的杂合导致的峰重复序列在纯和峰值的右边
rookie_coder_996·2023-07-25 22:20

理解SAM文件格式以及过滤sam文件

RNA-seq或者ChIP-seq等等测序的上游分析流程里的比对步骤相信大家都知道，我之前也只是按照各种教程去走流程，并没有仔细的研究过每一步的内容。
生信start_site·2023-07-25 18:12

复现原文（一）：Single-cell RNA sequencing of human kidney（step by step）

s41597-019-0351-8imageNGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2023-07-25 15:57

如何利用单细胞测序研究乳腺发育分化

本研究利用单细胞转录测序（SinglecellRNAsequencing,scRNA-seq）确定不同发育时期MECs基因表达情况，构建MECs细胞动态图谱，为成人乳腺发育过程提供认识和见解。
基迪奥生物·2023-07-24 22:01

基因型分型的方法

基于分子杂交→基于DNA扩增→基于DNA测序Southern印迹（SouthernBlot）将DNA转移到硝酸纤维素膜上，利用DNA-DNA杂交检测特定DNA片段的方法。
没有眼镜·2023-07-24 13:54

单细胞免疫组库测序：助力免疫治疗应答机制研究

本研究中，研究者通过单细胞转录组+TCR测序技术对接受抗PD1治疗的乳腺癌患者治疗前、中样品进行分析，探究治疗前后肿瘤内细胞表达特征的变化。
SBC生物芯片·2023-07-24 11:57

评估组装中的污染

bwaindex-prefpart.genome.facatsample.list|whilereada;doecho"bwamem-t8-MrefR1.fastq.gzR2.fastq.gz-R\"@RG\tID:XX\tPL:ILLUMINA
涤生生·2023-07-24 08:50

免疫三千问—单细胞测序之肿瘤微环境

现在10xGenomics单细胞V(D)J测序技术在肿瘤免
贝瑞科服·2023-07-24 07:00

2018-06-06

其中，在医疗行业的应用上又包括精准医疗、基因工程、基因测序等学科前沿领域中。本文则是以数据挖掘的模型算法在医学临床数据和医院信息系统数据中所发挥的作用进行了论述。
旧灵魂curiosity·2023-07-24 05:45

2021-11-23

NatComm|单细胞测序跟踪肺癌细胞谱系进展原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：风不止步IF=14.919推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：对收集自LUAD四个组织学阶段的25名患者的268,471
图灵基因·2023-07-23 21:43

Trim Galore ——自动检测adapter的质控软件

之前分析过的测序数据，数据质量都很好，给了我一个错觉质控的前后差别不是很大，内心里对质控这一步也就不是很重视，跑完质控有时也懒得看结果，拿到一批测序数据后，也总是忽略了去看测序策略是什么，按照固定的流程用
六六_ryx·2023-07-23 17:15

通过Docker安装GATK分析工具包

分享者：栾生GATK是GenomeAnalysisToolKit的缩写，是一款从高通量测序数据中分析变异信息的软件，是目前最主流的snpcalling软件之一。
虾里巴人·2023-07-23 09:10

抗体药物开发平台

艾柏森生物的科学家已经建立了一个综合的抗体药物研发平台，从抗体的发现、到抗体测序、工程化改造到大规模制备，完美地整合抗体生产和抗体工程技术，以满足客户单克隆抗体药物研发需的要。
博迈伦生物·2023-07-22 23:03

文献解读| 利用单细胞转录组测序技术绘制人类发育图谱

该研究利用单细胞转录组测序技术绘制了高质量的人类胚胎时期肠道等内胚层器官的转录组图谱，并筛选器官发育过程中重要的调控因子，为胚胎组织与类器官的结合分析提供了研究思路。接
百奥益康·2023-07-22 01:31

7.30

实验室——常见仪器简介(二)建库是测序中十分重要的一步，随着科学技术的进步，很多步骤已经有仪器来代替人工操作，节省时间的同时提高了工作效率。下面介绍这些仪器有哪些是你听过或者感兴趣的呢？一、打断仪。
寒林_4c5c·2023-07-21 09:29

【环境软件】安装和配置生信测序分析环境

本文讲述了做生信分析时一种简单易行的软件安装方式，对于刚接触生信分析的小小白非常友好。第一部分主要讲conda安装、环境配置、使用过程中的基本步骤和方式。第二部分主要讲用conda安装软件，以ChIP-seq分析（以及cut&run数据分析）所需软件为例，做RNA-seq，ATAC-seq等也是适用的。末尾推荐几篇很实用的好文。”conda“有点儿像windows下的”MicrosoftStore
木语呆呆·2023-07-21 08:50

Nature子刊发布迄今为止最详细的胰腺癌免疫图谱 | 癌症数据资源

来自美国的研究团队通过多种技术相结合（质谱流式细胞技术CyTOF、单细胞转录组测序技术以及多重免疫组化技术），绘制了迄今为止最强大和最详细的胰腺癌免疫图谱，提供了PDA免疫景观的多模式特征，为未来的功能研究提供宝贵资源
尐尐呅·2023-07-21 00:51

DNA 3. SCI 文章中基因组变异分析神器之 maftools

癌症基因组图谱项目已经对30多种不同的癌症进行了测序，每种癌症的样本量都超过了200个。由体细胞变体组成的结果数据以突变注释格式
桓峰基因·2023-07-21 00:56
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