illumina测序第44页

2022-03-29确定测序数据污染源

1.从bam文件中提取未比对上的reads到新bam文件samtoolsview-bf4IP_988_1_H3K4me3.bam>IP_988_1_H3K4me3unmapped.bam2.提取出未比对上的双端reads（bamtofastq）bamToFastq-iIP_988_1_H3K4me3.bam-fqIP_988_1_H3K4me3unmappedR1.fastq-fq2IP_988_

AsuraPrince·2022-03-29 11:28

2022-03-13 GO和KEGG分析（一）---根据韦恩图交集的基因进行分析

针对某个基因敲除的斑马鱼，在12-25天会逐渐死亡，因此我们选择了8dpf和16dpf的由于进行转录组测序，根据差异基因我们绘制了如下的韦恩图，然后我们需要重点关注灰色区域的546个差异基因的部分，GO

zebra_mito·2022-03-27 16:03

单细胞数据标准化SCTransform

然而，这一指标会受到技术差异的影响，比如样本之间的测序深度差异，或者部分样本中未被检测到的表达基因。因此，要充分比较细胞间的基因表达水平，首先需要将它们归一化为相对的基因表达水平。

11的雾·2022-03-21 09:36

Science发布基因组比对革新技术：泛基因组学映射工具Giraffe

目前，基因测序普遍使用的DNA测序仪主要基于短读长测序技术，在获得基因组序列片段后，将其映射到参考基因组序列中来确定染色体位置，识别出其与基因组参照的差异。

生信宝典·2022-03-18 10:54

PACBIO：经历9件大事，终获一致认可？

2021-05-08|热心肠先生原创独家收藏(0)|阅读(19)■肠企简介PacBio总部在美国硅谷，为客户提供高精准的长读长测序技术，为致力于解决复杂的遗传挑战的科学家提供宝贵的见解。

wangchuang2017·2022-03-18 07:34

免疫组库分析实战/mixcr+vdjtools+R实现

关于免疫组库的背景，MIXCR和VDJTOOLS的使用可以参考之前的文章使用mixcr构建免疫组库及下游分析使用vdjtools进行免疫组库分析直接进入主题1.下载数据1.SRR_Acc_List.txt（所有测序数据的

不会生信·2022-03-14 09:46

使用mixcr构建免疫组库及下游分析

免疫组库分析是指运用高通量测序技术对个体免疫组库多样性分析，以及对T细胞和B细胞独特性分析。mixcr允许多种数据输入，特异性免疫组库测序或RNA-seq测序都可以作为输入。

不会生信·2022-03-14 09:59

【视频】时间序列分析：ARIMA-ARCH / GARCH模型分析股票价格

ARIMA-ARCHGARCH模型分析股票价格数据视频：时间序列分析：ARIMAGARCH模型分析股票价格数据简介时间序列分析是统计学中的一个主要分支，主要侧重于分析数据集以研究数据的特征并提取有意义的统计信息来预测序列的未来值

拓端研究室·2022-03-12 13:59

几种移动平均算法

因此，当时间序列的数值由于受周期变动和随机波动的影响，起伏较大，不易显示出事件的发展趋势时，使用移动平均法可以消除这些因素的影响，显示出事件的发展方向与趋势（即趋势线），然后依趋势线分析预测序列的长期趋势

闲人Ne·2022-03-12 13:21

单细胞测序上游1-数据下载

既往主要下载方法3种，wget、ascp，sra-tools(prefetch).ascp:速度快wget：不稳定sra-tools(prefetch)：官方工具，但速度慢但在使用过程中发现ascp对于某些数据无法下载。推荐EBI官网的另一下载工具ena-file-downloader下载地址https://github.com/enasequence/ena-ftp-downloader软件依赖

科研小徐·2022-03-11 16:23

RNA速率：细胞内部的指南针

https://towardsdatascience.com/rna-velocity-the-cells-internal-compass-cf8d75bb2f89发表时间：Sep1,2021单细胞RNA测序

whitebird·2022-03-07 16:35

基因大数据：一面是科技，一面是责任

基因数据从测序仪下机后，样本数据通过闪电立方或专线上传到云端的OSS对象存储中，再通过

·2022-03-07 11:29

2022-03-06 空间组学揭示肝脏巨噬细胞微环境的进化保守性与差异

Highlights健康和肥胖小鼠和人肝脏的空间组学单细胞图谱经流式细胞术和荧光显微镜验证LAM在正常和脂肪肝中的位置不同进化保守的BMP9/10-ALK1轴对KC的发生至关重要InBrief通过将单细胞和核测序与

corrt·2022-03-06 20:48

隐马尔可夫模型（《统计学习方法》、python实现）

转载地址：http://www.hankcs.com/ml/hidden-markov-model.html本文是《统计学习方法》第10章的笔记，用一段167行的Python代码实现了隐马模型观测序列的生成

learn_tech·2022-03-04 07:08

sctransform通过仿射变化对单细胞数据进行标准化

Normalizationandvariancestabilizationofsingle-cellRNA-seqdatausingregularizednegativebinomialregression》前言单细胞标准化的目的是消除技术误差对count数据的影响，但仍能保留生物学上的差异，以此良好的标准化应该具有如下特征：具有标准化后的表达水平不应该与cell的测序深度相关

小潤澤·2022-03-03 00:19

送你一个目录，一站式学习生信！众多干货，有趣有料！

也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作，但不懂得背后的原理，不知道什么参数需要修改，结果可以出来，却把握不住对还是错。学习生信从来就不是一个简单的事，需要做好持久战的心理准备。在学习时，我们都希望

生信宝典·2022-02-27 07:11

生信宝典文章集锦，一站式学习生信！众多干货，有趣有料

也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作，但不懂得背后的原理，不知道什么参数需要修改，结果可以出来，却把握不住对还是错。学习生信从来就不是一个简单的事，需要做好持久战的心理准备。在学习时，我们都希望

生信宝典·2022-02-27 07:11

纳米孔测序技术如何？

测序与纳米孔测序测序，在过去若干年的发展中，逐渐成为生物信息学中最重要的组成部分。

wangchuang2017·2022-02-25 09:34

TOOLs:高通量测序数据下载之aspera和SRA Toolkit

高通量数据库的数据，下载方法有三种：常规下载(wget,迅雷、IDM)asperaSRAToolkit的prefetchwget下载数据速度很慢，比较容易断。wget-c下载地址保持断点下载ENA数据下载方法汇总https://ena-docs.readthedocs.io/en/latest/retrieval/file-download.html#using-wget下载数据库优先选择快速下载

wo_monic·2022-02-24 16:09

2018-03-27

的编辑模式太难用了，以后会转到word，有时间会发到微信上今天解决的问题:高通量测序原理，FASTQ和FASTA格式问题。linux中的shell,vim/vi提RNA反转录，播种拟南芥，摇农杆菌

纤蹄马·2022-02-22 05:22

2019年9月week4 病毒感染与整合致癌

最近，大规模并行测序已被证明可有效发现新型病毒和病毒-肿瘤的关联，但该方法

aprilllm·2022-02-22 05:45

盘点宏转录组分析方法

导读1.宏转录组概念：宏转录组测序是对某一特定时期、特定环境样品中的全部微生物的RNA进行高通量测序，直接获得该环境中所有微生物转录组信息的一种测序技术的新应用。

小白菜学生信·2022-02-22 03:52

NGS数据前处理

大多数研究者所在的实验室没有条件进行基因测序的，有很多研究所会有测序仪，但是基本上是空置的。大部分研究者是让测序公司代理测序的。公司是以盈利为目的的，所以数据会出现各种各样的问题。

zhoujj2013·2022-02-21 04:50

Week27 — 单细胞综述 01

2018-11.12-11.17导读：在单细胞技术出现之前，测序材料通常是数百万甚至更多细胞的混合DNA样本，这种方法虽然能够得到全基因组序列信息，但是对其进行研究得到的结果只是一群细胞中信号的平均值，

六六_ryx·2022-02-21 02:43

新鲜出炉：RNA-seq数据分析指南

Paste_Image.png新一代测序技术在爆炸式发展的同时，也衍生出许多其他技术创新。

leoatchina·2022-02-20 21:58

aspera: 如何快速下载测序原始数据(raw data)

这样不仅能在学习的过程中掌握较多的生信知识，还可以深入理解测序数据分析并对此有一个全面的认识。对于处在金字

生信学社·2022-02-20 13:34

Qplotools024-序列对齐，查看序列间的关系

对双末端测序结果进行拼接，我们常常会因为拼不上而烦恼所以做了一个小工具，用来查看序列间是否存在overlap。或者用来查看一条序列在母序列中的位置。

quan575·2022-02-20 01:13

2018-06-14 跑gatk奔溃，释放你主机的内存buff cache

最近在自学广义线性模型，机器学习，还要跑重测序的数据，可以说没有一个重心。

小郑的学习笔记·2022-02-19 20:25

植物基因组学-fastp进行高通量测序数据的质控

对于各位小伙伴来说，无论是自己独立进行高通量测序数据分析，还是解读公司的测序结果，一个必须要面对的情况就是高通量测序数据的质量控制，又称QualityControl。

blue_unique·2022-02-19 19:31

微小基因无限可能—个人感悟

2018年7月19日上午产品市场部的赵经理用PPT讲解的方式给我们讲述了基因测序技术的前世今生。

龙_兔·2022-02-19 02:53

基因组-genome survey（2）

在实际基因组概貌调查中，流式细胞术、染色体基数观察和基因组调查测序往往是同时进行的。

Zhigang_Han·2022-02-19 02:53

ZINB(Zero-inflated Negative Binomial)

单细胞RNA测序(single-cellRNA-seq，scRNA-seq)数据是非常有特点的数据，具有很高的稀疏性(highsparsity)，具体表现为0非常多(zeroinflation)。

坐看云起时zym·2022-02-18 23:13

DRAGEN: 硬件和软件共同加速的变异检测工具

GATK的速度是有目共睹的慢，不过我平时就分析几个重测序样品，基本上过个两天就能出结果，所以速度不是我的刚需。如果想

xuzhougeng·2022-02-18 14:50

GEO的SRA|fastq下载

GEO的各种英文缩写GPLGEOPlatform平台GSEGEOSeriesSRA-----SequenceReadArchive存档来自高通量测序平台的原始测序数据和比对信息，包括Roche454GSSystem

Juan_NF·2022-02-18 12:18

从单细胞转录组数据识别细胞类型：Identification of Cell Types from Single-CellTranscriptomic Data

单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的空前的技术进步现在使以低成本和高通量分析单细胞中全基因组表达成为可能。

Sc_RNA_seq·2022-02-18 11:12

Filter the columns

单细胞测序counttableQC要filter掉lowqualitycells（columns）比如：cellswithfewerthan500detectedgenes--excludedcount500

Ternq8·2022-02-18 06:52

2019-12-12学习内容关于有参基因组下游分析

RPM方法：10^6标准化了测序深度的影响，但没有考虑

Clouddong·2022-02-18 03:45

Wilson病患者的肝脏和血液中的表观基因组特征包括肝脏特异性增强子的高甲基化

我们使用全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）来检查WD受试者的不同群组，以确定DNA甲基化是否可以区分

机器人会画画·2022-02-18 03:32

单靠全基因组测序也能发20分生信SCI

今天分享一篇今年5月在《CellResearch》发表的20分左右（IF=20.507）的生信文章，来看看别人文章用了什么套路。https://doi.org/10.1038/s41422-020-0333-6关键术语Esophagealcancer/EC食管癌Esophagealsquamouscellcarcinomas/ESCC食管鳞状细胞癌Whole-genomesequencing全基因

南博屹生物医学·2022-02-18 00:55

『珍藏版』单细胞转录组技术在病毒（COVID-19）方面的应用

概普生信·2022-02-17 21:47

【软件安装】---使用poretools分析原始nanopore测序数据

前言：nanopore的下机数据是fast5格式，通常在下游分析之前，需要转换成fastq，poretools是一款开源工具，可以针对原始的fast5文件进行各种操作。查看官方说明文档，可访问poretools主页poretools主页软件安装poretools是基于python2开发，所以可以先使用conda构建python2的环境condacreate-nPoreToolspython=2.7

卡布达b1·2022-02-17 17:13

RNA测序研究现状与发展

这样的重要问题都可以通过对这些不同细胞里的RNA进行研究来解决，比如转录组学（transcriptome）研究就是一个很好的方法，而这就需要用到RNA测序技术。

wangchuang2017·2022-02-17 07:31

Nature重磅综述 |关于RNA-seq，你想知道的都在这

摘要RNA测序（RNA-seq）在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着二代测序技术(NGS)的发展，RNA-seq的应用也越来越广。

生信宝典·2022-02-17 06:35

分析流程

基因组重测序数据目的：需要检测基因组中的变异，找到并定位这些突变位点条件：参考基因组、重测序数据、分析流程：SSStep1下载sra文件使用软件：AsperaAspera用法：ascp[参数]目标文件保存路径步骤

古月福_·2022-02-16 23:34

干货 | 全基因组CRISPR文库筛选数据分析——MAGeCKFlute

通过同时sgRNA文库同时敲除全基因组的不同基因，经流式或药物筛选目的细胞表型，并扩增sgRNA区域序列及NGS测序，由此获得显著富集或减少的sgRNA所对应的基因。

拾柒Zzz·2022-02-16 22:10

RNA-Seq相对基因表达芯片有什么优势？

来跟随本文了解一下RNA测序相对基因表达芯片有什么优势吧~~无假设的研究设计和更高的发现能力RNA-Seq是一种基于测序的强大方法，让研究人员能够打破传统技术的低效和花费，如实时定量PCR（RT-PCR

wangchuang2017·2022-02-16 04:34

经典：基因组测序数据从头拼接或组装算法的原理

原作者：https://www.cnblogs.com/aipufu/p/11596253.htmlhttps://www.cnblogs.com/leezx/p/5590159.html基因组测序数据的拼接

无理取now·2022-02-16 02:10

featurecounts的使用说明

原理文献参考：featureCounts:anefficientgeneralpurposeprogramforassigningsequencereadstogenomicfeatures摘要1、在高通量测序分析中用于下游分析的关键信息是比对到每个

一只烟酒僧·2022-02-15 21:23

2019年11月week1 EBV阳性弥漫大B细胞淋巴瘤

ComprehensiveGenomicProfilingofEBV-PositiveDiffuseLargeB-cellLymphomaandtheExpressionandClinicopathologicalCorrelationsofSomeRelatedGenes.全文病毒与肿瘤分析思路二代测序

aprilllm·2022-02-15 17:11

宏RNA测序去除宿主核糖体rRNA（一）-实验端去除

病毒宏基因组测序时，需从样本中提取总RNA核酸。总RNA中除含有病毒RNA核酸外，还包含宿主细胞转录RNA。

韩小早儿·2022-02-15 14:45

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