illumina测序

基因检测，如何帮助患者对抗疾病？

在新冠疫情的溯源与药物研发中，病毒全基因组的测序，同样发挥着重要作用。然而，人类对基因的探索是一个漫长而艰辛的征程。号称生命科学领域“登月计划”的“人类基因组计划”于1990年启
·2022-06-23 15:03

基于Seq2Seq的机器翻译-PyTorch

动手学深度学习笔记一、机器翻译1.下载和预处理数据集2.构建词表3.加载数据集二、编码器-解码器架构三、Seq2Seq1.编码器2.解码器3.损失函数4.训练5.预测6.预测序列的评估一、机器翻译机器翻译指将序列从一种语言自动翻译成另一种语言
葫芦娃啊啊啊啊·2022-06-23 07:40

命名实体识别（NER）：LSTM + CRF

LSTM+CRF：框架对观测序列X，状态序列y，其误差函数利用Softmax函数，我们为每一个正确的tag序列定义一个概率值（Y_x代表所有的tag序列，包括不可能出现的）因而在训练中，我们只需要最大化似然概率即可
Tianweidadada·2022-06-23 07:44

Nat.Rev.Genet丨十二位分子遗传学家万字长文，烛照遗传学和基因组学的未来

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-06-22 12:46

基础——illumina测序原理与细节（以RNA-seq为例）

目前我们主要分析的数据还是二代测序的数据，也就是大家经常挂在嘴边的NGS，而这其中最大的赢家应该算是illumina测序公司了，其经典的边合成边测序（sequencingbysynthesis，SBS）
Bio_Infor·2022-06-22 01:13

全基因组重测序流程【超细致！！】

自己在研究生的第一个项目就是处理重测序数据，在做的过程中参考了很多资料，现在把整个重测序的上游分析流程分享给大家，一些关键环节已经帮大家踩过坑了，相信跟着学习实践一定能够收获很多。
云养江停·2022-06-21 23:42

《实战Google深度学习框架》之RNN学习笔记1

RNN的主要用途是处理和预测序列数据。从网络结构上说，RNN会记忆之前的信息，并利用之前的信息影响后面节点的输出。也就是说，循环神经网络的隐藏层之间的节点是有连接的，隐藏层的输入不仅包括输入
心之微光·2022-06-21 07:45

用k-mer分析进行基因组调查：（一）基本原理

1.基因组调查(genomesurvey)1.1.基因组调查基因组调查(genomesurvey)指基因组特征评估，一般指通过k-mer分析二代测序数据，获得基因组大小(genomesiz
·2022-06-20 00:48

数据分析：微生物数据分析注意事项

又因为在测序仪的检测极限下，微生物丰度（相对或绝对丰度）为0的概率又极大增加了。除此之外，比对所使用的数据库大小也即是覆盖物种率也会对最终的微生物丰度表达谱有较大的影响。
华仔少年·2022-06-16 11:32

从早期到晚期原发性和远处转移的 LUAD 的综合单细胞转录组分析(IF14+)

Single-cellRNAsequencingdemonstratesthemolecularandcellularreprogrammingofmetastaticlungadenocarcinoma单细胞RNA测序显示转移性肺腺癌的分子和细胞重编程发表期刊
生信学霸·2022-06-15 10:43

中国科学院大学2021年陈润生院士生物信息学期末思考题

为什么在大规模测序研究中，生物信息学至关重要？一、生物信息学有三个方面的含义：1.生物信息学是一个学科领域，包含着基因组信息的获取、处理、存储、分配、分析和解释的所有方面，是基因组研究不可分割的部分。
记录生活和美好·2022-06-13 22:32

2022.04.13【读书笔记】|10X单细胞转录组分析流程介绍

文章目录摘要课程目录流程分析软件基础分析流程数据质控测序统计细胞过滤表达定量聚类分群数据合并批次效应MNN矫正CCA矫正harmony矫正细胞过滤亚群聚类高变基因筛选与PCA分析聚类可视化亚群鉴定(关键
穆易青·2022-06-12 19:35

轨迹分析_Scanpy进行单细胞分析及发育轨迹推断

分享是一种态度最近看文献，发现越来越多的单细胞测序使用scanpy进行轨迹推断，可能因为scanpy可以在整体umap或者Tsne基础上绘制细胞发育路径，图片也更加美观，但是Scanpy是基于python
颜不良文丑·2022-06-12 19:04

单细胞和生信前沿知识-SCI文章：人类胸腺发育的细胞图谱定义了T细胞全谱系的形成

我们使用单细胞RNA测序技术创建了人类一生中胸腺的细胞普查，并重建了T细胞分化轨迹和T细胞受体(TCR)重组动力学。使用这种方法，我们原位鉴定并定位了CD8aa+T细胞群、胸腺
生信学徒·2022-06-12 19:01

Challenges in unsupervised clustering of single-cell RNA-seq data

我们从计算的角度讨论为什么聚类是一个具有挑战性的问题数据的哪些方面使它具有挑战性与已识别种类的生物学解释和注释相关的困难Introduction微流体技术的进步使分离大量细胞成为可能，随着RNA分离和扩增方法的改进，现在可以利用下一代测序技术分析单个细胞的转录组
缓慢的爬虫·2022-06-12 19:00

10w+细胞数的项目Seurat分析很慢，我推荐你scanpy

单细胞的测序自2009年开始，短短十几年的时间呈现爆发式的增长与普及，其在科研、医疗、诊断等多个领域发挥了重要的作用。
菌小落·2022-06-12 19:59

单细胞数据分析工具scvi介绍

scvi是NatureMethods在2018年12月发表的一个单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据的集成分析平台，预印版文章在2018年3月就已经在bioRxiv上线。
goodljq·2022-06-12 19:55

Mila唐建团队新作：可迁移、可解释的单细胞RNA测序模型

【栏目：前沿进展】近日，McGill大学的李岳老师和魁北克人工智能研究所Mila唐建老师团队共同提出了一种高效、易用、可拓展、可迁移、可解释的模型——scETM，用于单细胞RNA测序工作，并于NatureCommunications
智源社区·2022-06-12 19:54

基因组图谱——遗传图与物理图

测序发明以前，基因连锁或部分连锁都是通过表型观察确定的。对于部分连锁，人们早期通过表型发现不同基因间连锁发生的频率有差异。于是摩尔
Yizhe_Lin·2022-06-10 20:23

单细胞测序分析学习笔记

这一笔记的主要目的是记录学习和实践过程，所写皆尝试过为可用操作，看到的各位小伙伴有更好的操作欢迎随时交流~1.创建R4.0以上的conda环境[1]：condacreate--nameR--channelconda-forge"r-base>=4.0.3"r-devtools2.安装Seurat-Installthedevelopmentalversion[2]:condainstall-ccon
不想透明的小透明·2022-06-04 14:10

一篇文章详解：RNA-seq 数据分析加速

RNAseq，即通过高通量测序技术进行转录组测序分析技术，作为研究RNA的表达水平以及表达差异基因的应用，在过去的十几年内迅速发展。
Eric@Lee·2022-06-02 07:36

如何统计测序文件的reads长度分布

记录今天学会的一个小知识：统计测序文件的reads长度分布由于某些原因，需要统计reads长度分布对建库方法进行质控，对测序数据进行可用与否的评估。
不想透明的小透明·2022-06-01 19:28

单细胞笔记13-单细胞多组学测序技术汇总

在过去约2年中开发了几种方法，可以同时测量单细胞中的DNA可及性和基因表达。对我来说，这些联合检测方法是单细胞生物学中最令人兴奋的前沿之一，并将开辟一系列研究基因调控的新方法。这些新的单细胞共检测方法包括sciCAR、scCAT-seq、SNARE-seq、Paired-seq、ASTAR-seq、SHARE-seq，以及10xGenomics最近发布的商业解决方案。在这篇文章中，我将概述每种方法
江湾青年·2022-05-30 22:07

一文读懂微生物扩增子16s测序

微生物多样性测序结果如何看？
谷禾牛博·2022-05-30 07:05

HiFi全基因组测序技术与实例｜HiFi基因组组装软件推荐

HIFI技术的简介HiFireads（Highfidelityreads）是SequelII三代测序平台推出的兼顾长读长和高准确度的测序序列，一般采用CCS（CircularConsensusSequencing
生信技术·2022-05-28 01:22

使用hifiasm组装hifi基因组的方法介绍

目前用于PacbioHIFI测序数据的组装软件主流上有：FALCON、Hifiasm、Hicanu、NextDenovo。
生信技术·2022-05-28 01:52

宏基因组分析-基于组装

一般从环境样品中提取基因组DNA,进行高通量测序，从而分析微生物多样性、种群结构、功能信息、与环境之间的关系等。宏基因组的分析目前主要包括三种方法：基于组装分析、基于reads分析、基于bin分析。
微基生物·2022-05-27 07:14

Seurat数据结构学习.1

@data:原表达矩阵通过NormalizeData()归一化消除测序文库差异（对于每个细胞，将每个基因的表达量除以该细胞的所有基
倪桦·2022-05-23 14:47

开源LIMS系统miso LIMS（适用于NGS基因测序）

miso-limsgithub加速可使用：https://kfqbvpat.fast-github.tk/https://github.com/miso-lims/miso-lims项目简介适用于NGS基因测序医院检验实验室
马洪彪·2022-05-22 17:00

生物信息学的发展与未来

1.发展历史今天我们大部分人认为，现代生物信息学是最近出现的，有利于下一代测序数据分析。然而，生物信息学的起源发生在50多年前，当时台式计算机仍然是一个假设，DNA还不能测序。
Bioinfor生信云·2022-05-19 21:53

IF：7+ 基于转录组水平上探究种植周炎和类风湿性关节炎的相似性和潜在关系:一项生物信息学研究的结果

近几年除了癌症之外，测序成本的降低，一些常见病也陆续的在各大知名期刊发表，有很多基础医学的老师想发一些关于常见病的文章，苦于没思路，所以就给各位老师安排上，这期分享2021年11月发表在FrontinImmunology
90066456ace6·2022-05-19 12:10

一文了解为什么要研究同一细胞内的转录组和染色质可及性

单细胞转录组测序（scRNA-seq）能够解释细胞的转录状态，而单细胞染色质可及性测序(scATAC-seq)能够揭示相关的调控景观。
贝瑞科服·2022-05-19 09:44

前沿技术| 单细胞测序技术小讲

【引言】单细胞测序技术是21世纪生命科学领域的前沿技术，自诞生之日起就给科学的发展提供了很多新的发现，更是连续数年被Nature等顶级期刊评为“年度技术”。
生物医学小站·2022-05-18 14:48

研究进展 | 呜~开在稻田上的植物单细胞研究快车

自单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术问世，就被研究者应用到水稻的研究中，目前已在根、叶片和花序等多种组织中开展，相应产出了多篇高质量的文章（表1）。
贝瑞科服·2022-05-16 16:47

python文件操作与异常处理_Python文件操作及错误和异常处理

文件读写用python做数据分析不能总是临时创建一些数据集，更多的时候我们要分析从其它地方获得的数据，必输生信领域最多的就是测序数据，因此第一步就需要将数据读入到Pyt
weixin_39925813·2022-05-12 05:52

单细胞上游分析

原始数据下载现在大多数测序公司以及公共数据库给的都是上面所指的三个表达矩阵，不需要下载原始数据处理。但是如果我们希望用公共数据做一些特殊分析（比如lncRN
FionaMoon·2022-05-09 22:41

Nature | DNA甲基化测序助力人多能干细胞向胚胎全能8细胞的人工诱导｜易基因项目文章

深圳市易基因科技有限公司运用简化基因组甲基化测序、单细胞和微量细胞基因组DNA甲基
深圳市易基因科技·2022-05-07 15:00

项目文章｜DNA(羟)甲基化研究揭示铁离子依赖表观调控促进狼疮致病性T细胞分化｜易基因

易基因（羟）甲基化DNA免疫共沉淀测序（h）MeDIP-seq研究成果见刊《JournalofClinicalInvestigation》2022年5月2日，中南大学湘雅二医院赵明教授团队、中国医学科学院皮肤病医院陆前进教授团队合作在
深圳市易基因科技·2022-05-07 15:00

kaggle实战4.1--时间序列预测问题

这个时间预测序列对应的是kaggle上TimeSeries的course，course的连接贴在下方时间序列预测kaggle教程本文使用的数据集的地址：图书销售量数据集第一课线性回归和时间序列引言预测可能是机器学习在现实世界中最常见的应用
会震pop的码农·2022-05-07 07:06

科研小技巧 | 如何绘制突变mutation/插入Insertion在基因具体外显子/内含子的结构图

今天给大家分享一个实用技巧，RT，绘制标注外显子、内含子位置及大小、距离的基因结构图，从而更好地展示你的测序数据的结果，帮助完成下游实验的可视化。
不想透明的小透明·2022-05-04 23:54

Day7_测序知识

测序过程和原理测序原理：一代测序（Sanger测序）：（1）目前一代测序在验证序列（就是平时送公司测序返回来自己blast的那些）以及验证基因组组装完整性方面都是金标准。
萱_1014·2022-05-03 16:18

单细胞测序上游分析-从原始数据到cellranger定量

单细胞系列教程目录索引,持续更新...为避免造成环境污染，建议使用conda创建隔离环境进行分析#创建隔离环境condacreate-n10X#激活隔离环境condaactivate10X添加必要的conda镜像condaconfig--addchannelsconda-forgecondaconfig--addchannelsdefaultscondaconfig--addchannelsrco
科研小徐·2022-05-03 14:44

无生物学重复RNA-seq原始数据预处理

1：fastq检测测序质量，命令行如下使用tmux将命令挂后台运行，不用担心因为网络问题掉线导致运行终止tmuxnew-sfastqcfastqc-q-t3-o/home/wanghongli/teacherW
Apache_lin·2022-05-03 10:33

文献阅读 NBT：通过整合bulk和single-cell测序数据识别表型相关亚群

介绍一篇文献：Identifyingphenotype-associatedsubpopulationsbyintegratingbulkandsingle-cellsequencingdata，2021年发表于NatureBiotechnology，DOI号：10.1038/s41587-021-01091-3。算法已经写成了R软件包，放在GitHub上供使用：https://github.co
林枫bioinfo·2022-04-30 20:50

放弃Venn-Upset-花瓣图，拥抱二分网络

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-04-17 07:48

放弃Venn-Upset-花瓣图，在线拥抱二分网络

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-04-17 07:48

Jellyfish进行Kmer评估基因组大小

我们对一个新物种进行基因组测定时，一般需要先对该物种进行基因组survey，估计基因组大小、杂合率、重复序列比例、GC含量和倍性等信息，其中基因组大小直接影响我们后续三代测序的数据量。
吕强强学生信·2022-04-16 08:12

一篇所有研究生都该读的好文：阳光温热 科研静好

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-04-09 07:41

R语言缺失值（NA）的去除

我们处理的数据集经常会出现一些‘NA’，比如二代测序数据到DESeq2包处理后，padj以及pvalue这一行datadata<-na.omit(data)上述代码会将所有含NA的行去除但有的时候不需要将所有含有
佳名·2022-04-03 20:40

突破数据分析瓶颈，寻因生物单细胞测序数据分析迈入云时代

而其中，高通量测序（NGS）技术因其高度准确性和
·2022-04-01 10:47
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