illumina测序

北鲲云超算平台对于基因组学研究能够提供哪些帮助？

随着众多生物基因组测序项目的完成，生物学数据正在加速度增长。
北鲲云_beikun·2022-11-11 11:11

机器学习笔记之隐马尔可夫模型(六)解码问题

本节将介绍使用维特比算法(Viterbi)处理解码问题(Decoding)解码问题介绍在隐马尔可夫模型中，解码问题被看做为给定长度为TTT的观测序列{o1,o2,⋯ ,oT}\{o_1,o_2,\cdots
静静的喝酒·2022-11-09 13:36

机器学习NLP领域入门

1.HMM的基本定义：HMM是用于描述由隐藏的状态序列和显性的观测序列组合而成的双重随机过程2.HMM的假设马尔科夫性假设。当前
noobiee·2022-11-08 13:42

Enzo Life Sciences AMPINEXT DNA 文库制备试剂盒

EnzoLifeSciences艾美捷AMPINEXT™DNA文库制备试剂盒(Illumina)是一套完整的优化试剂，可用于成功进行DNA文库制备。
Sylvia_sc·2022-11-03 19:07

php 生存分析,KM-plotter在线做生存分析

目前网站可以针对54,675个基因、18,674个癌症样本展开研究，涉及了乳腺癌、肺癌等等；数据类型有芯片数据、高通量测序数据，涉及mRNA和miRNA，并且在不断丰富之中。
繁心花少·2022-11-02 11:24

芯片数据分析笔记【01】 | 基因芯片的基本原理

基因芯片的测序原理是杂交测序方法，即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法，在一块基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探针。
【云森】·2022-10-31 21:24

Seq2Seq - 序列到序列的学习(RNN循环神经网络)

文章目录序列到序列学习(Seq2Seq)编码器解码器损失函数训练预测预测序列的评估小结序列到序列学习(Seq2Seq)正如我们在之前中看到的，机器翻译中的输入序列和输出序列都是长度可变的。
Gaolw1102·2022-10-30 03:22

全长转录组分析-小麦

前言近期分析了一部分小麦的全长转录组数据，参考了网上许多流程，收获良多，在此记录一下全长转录组测序基于PacBio单分子实时测序技术（SMRTcell）,凭借超长读长的优势，建库过程中无需打断RNA分子
郝永超M1racle·2022-10-27 10:24

2021-05-23 ChIP-seq数据从头到尾比对及分析汇总（个人分析记录贴）

chip-seq数据分析大体流程，引自微信公众号《生信技能树》0_2用到的软件或脚本测序数据质控：fastp；测序数据比对：bowtie2；比对数据排序等：samtools;callPeaks:MACS3
xiaoguolaile·2022-10-24 10:57

Nature子刊|“二代+三代”宏基因组学揭示肠道微生物群的个性化结构变异

Short-andlong-readmetagenomicsexpandindividualizedstructuralvariationsingutmicrobiomes”研究论文中，通过建立了ONT三代测序和
SHANGHAILINGEN·2022-10-22 07:34

六倍体小麦重测序WGS分析-染色体拆分，snp，indel，sv及circos画图(待调整)

背景：最近慢慢走起了小麦基因组重测序分析，进行分享。小麦基因组庞大（17G），所以其他物种的流程能出来，小麦的bug会让你怀疑人生。
dandanwu90·2022-10-20 15:22

文献学习061--[sc]纵向单细胞分析揭示stress促进转移性卵巢癌的耐药性

ObtainingscRNA-seqdatafromHGSOCpatientsamplesbeforeandafterchemotherapyFig1a：作者对11例卵巢癌患者治疗前后的卵巢组织进行了单细胞测序
Hayley笔记·2022-10-19 13:53

单（核）细胞、VDJ、ATAC个性化分析大合集

作者，EvilGenius~~~被隔离了，受单细胞测序网的邀请做了一次直播课，PPT放给大家，希望大家都能有所收获，每次都有人问我关于单细胞空间的分析问题，之前呢，大多数教程都是关于空间转录组的，其实我是最早做单细胞分析的一批人
单细胞空间交响乐·2022-10-17 20:18

全基因组重测序数据分析

注：本次使用的数据为不同品种李子重测序1.准备工作首先下载相应的参考基因组及注释文件{本次使用的参考基因组为三月李的，参考基因组从蔷薇科植物基因组数据库下载（GDR)}安装好GATK,samtools,
PS小易同学·2022-10-14 23:31

基于RNA测序技术的转录组从头拼接算法研究

基于RNA测序技术的转录组从头拼接算法研究摘要：生物信息学主要研究分子生物学领域,而对于分子生物学领域，转录组的从头拼接又是其核心内容,即利用转录组的测序片段拼接出整个转录组中的所有表达的转录体。
wangchuang2017·2022-10-14 18:55

一文阐述链特异性测序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?

伤脑筋……今天尝试把自己对于stranded、reverse-stranded、un-stranded这个问题的理解给讲清楚，有不对的地方还请大家批评指正，相互交流学习~其实这个问题的是伴随着链特异性测序的兴起而产生的
Bio_Infor·2022-10-13 12:52

易基因｜宏病毒组测序技术介绍

大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。病毒宏基因组学（Meta-virome）是在宏基因组学理论的基础上，结合现有的病毒分子生物学检测技术而兴起的一个新的学科分支，是某类样本中所有病毒(virus)或病毒类似物(virus-like-particle)及其所携带遗传信息的总称。宏病毒组直接以环境中所有病毒的遗传物质为研究对象，能够快速准确的鉴定出环境中所有的病毒组成，在病毒发
易基因科技·2022-10-10 19:18

自然语言处理（NLP）学习笔记——HMM与CRF模型

举个列子：给定一段文本:"人生该如何起头"我们看到的这句话可以叫做:观测序列我们可以将这句话以词为单位进行划分得到:["
池佳齐·2022-10-10 16:39

RNA-seq | 转录组标准分析流程和常用工具软件介绍

差异表达分析是对mRNA测序后获得表达矩阵，研究不同基因的表达量差异，除此之外，还有功能富集分析、联合分析等多种手段。转录组分析标准流程数据准备测序数据测序
·2022-10-08 18:42

纳米孔测序高错误区域恢复率高达99%，肖传乐/刘奕志/王建新等在Nature子刊发表新校正组装算法

纳米孔测序高错误区域恢复率高达99%，肖传乐/刘奕志/王建新等在Nature子刊发表新校正组装算法2021-01-0715:54新基因组组装是基因组学最重要的任务之一。
wangchuang2017·2022-10-07 13:33

文本识别综述 ＜软件学报_王建新等＞

基于时序特征分类的方法基于时序特征分类的方法首先利用卷积网络将图像转换为图像特征序列,然后采用循环神经网络或者卷积网络将图像特征序列识别为字符概率预测序列.鉴于图像特征序列长度和字符概率预测序列长度相同
ZZE15832206526·2022-10-07 13:57

T2T基因组的研究进展

基因组研究发展进程1）1.0时代：使用二代测序，组装得到的是draftgenome，特点是组装完整性比较差的非染色体水平的基因组2）2.0时代：使用的测序策略是PB（CLR）/ONT（N50>20k）+
懒猪曼达·2022-10-07 10:05

链偏倚（strand bias）对Illumina短序列测序数据的影响

1摘要背景：当使用Illumina高通量仪器进行短序列测序时，有些时候正链和负链显示的变异类型却显著不同，一个可能显示是纯合突变，一个可能显示是杂合突变，这种现象被称为
生信小书童·2022-10-05 22:52

scBERT：用于scRNA-seq细胞类型注释的大规模预训练语言模型

目录背景与动机结果scBERTgeneembeddingexpressionembedding结果表现背景与动机单细胞RNA测序（scRNA-seq）已广泛用于在单细胞水平表征复杂组织和生物体，这给转录组学研究带来了革命性的变化
tzc_fly·2022-10-04 16:22

SCS【5】单细胞转录组数据可视化分析 (scater)

首选看下转录分析教程整理如下：Topic6.克隆进化之CanopyTopic7.克隆进化之CardelinoTopic8.克隆进化之RobustCloneSCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生
桓峰基因·2022-10-04 07:43

Fundamentals of Recurrent Neural Network

对于语言模型的介绍https://blog.csdn.net/RokoBasilisk/article/details/104303197我们的目的是基于当前的输入与过去的输入序列，预测序列的下一个字符
BrianYan_CSU·2022-10-02 07:11

单细胞文章专列——细胞图谱

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-10-01 19:21

回归预测 | MATLAB实现RNN循环神经网络多输入单输出数据预测

使用LSTM神经网络使用一组训练序列和目标值来预测序列的数值响应。程序设计数据是一个numObserva
机器学习之心·2022-09-24 08:31

染色质调控区域的研究：对CHIP-seq和ATAC-seq发展的深入思考

表观基因组测序技术，如染色质免疫共沉淀测序(CHIP-seq)和转座酶开放染色质高通量测序(ATAC-seq)，使我们能够通过检测特定的染色质状态及其相应的转录因子，在时间和空间维度上剖析细胞和组织的基因组调控格局
易基因科技·2022-09-24 07:39

全基因组测序数据分析--导

目前，高通量全基因组测序(WGS)和全外显子组测序(WES)被广泛用于研究DNA序列变异对人类多样性的影响，识别与人类复杂性或孟德尔病相关的遗传变异，并揭示不同人群的变异。
亦是旅人呐·2022-09-20 14:18

hifiasm软件安装与使用

HiFi测序以及hifiasm软件的使用，目前是市场上二倍体动植物基因组组装的最佳选择，没有之一，多倍体目前也是最佳选择,也正因为HiFi跟hifiasm软件，使得动植物基因组组装变得简单了很多，组装质量提高了很多
geneonto·2022-09-20 09:11

单细胞-目录索引

本目录为单细胞相关分享索引，持续更新....1.上游数据处理01.单细胞测序上游-数据下载（适用于图形化界面）02.单细胞测序上游-从原始数据下载到cellranger定量2.单细胞下游分析01.单细胞入门
科研小徐·2022-09-18 22:57

Sequence定义

基本操作符号2.and操作符号3.intersect操作符号4.or操作符号5.and/or应用6.first_match操作符号7.throughout操作符号8.within操作符号9.if操作符号10.检测序列的终点
Bunny9__·2022-09-15 09:13

生信步骤|kmc+genomescope进行基因组调查

在组装未知基因组时，往往需要利用重测序数据提前进行基因组调查，以获取其基因组规模，杂合率，重复序列比例，GC含量等信息。从而更好地拟定后继测序策略。基因组调查可以采用kmers方法。
学术程稻属·2022-09-14 10:25

二代群体遗传与重测序（下）

因此我们可以从有效群体大小来推断整个种群历史过程：比如在有效群体降低后迅速恢复说明正在遭遇瓶颈效应（驯化过程）对于野生物种来说，有效群体的降低往往是由于气候变化PMSC分析需要极高的测序深度，提供突变速率
曹草BioInfo·2022-09-13 22:04

SCS【6】单细胞转录组之细胞类型自动注释 (SingleR)

首选看下转录分析教程整理如下：Topic6.克隆进化之CanopyTopic7.克隆进化之CardelinoTopic8.克隆进化之RobustCloneSCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生
桓峰基因·2022-09-10 19:59

SCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生

文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你123篇原创内容公众号今天开启单细胞之旅，单细胞其实我也算接触较早的项目，之前在老东家参与开发单细胞测序的实验开发以及后期生信流程的搭建
桓峰基因·2022-09-10 19:28

SCS【3】单细胞转录组数据 GEO 下载及读取

点击关注，桓峰基因今天来介绍一下GEO单细胞转录组下载数据以及整理，单细胞测序的原理以及数据结果都与bulk测序的方式有一定的差距，所以我们单独说一下。
桓峰基因·2022-09-10 19:57

SCS【7】单细胞转录组之轨迹分析 (Monocle 3) 聚类、分类和计数细胞

首选看下转录分析教程整理如下：Topic6.克隆进化之CanopyTopic7.克隆进化之CardelinoTopic8.克隆进化之RobustCloneSCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生
桓峰基因·2022-09-10 19:27

Integration and Label Transfer_FindTransferAnchors_TransferData_predictions.assay

https://satijalab.org/seurat/archive/v3.1/integration.htmlSeurat3引入了用于多个单细胞测序数据集进行整合分析的新方法。
YoungLeeyou·2022-09-08 04:34

Spring Boot项目结构

目录SpringBoot项目结构一、代码层结构二、资源目录结构三、测试测序目录结构四、项目结构示例SpringBoot项目结构一、代码层结构根目录：src/main/java入口启动类及程序的开发目录。
巅疯黑羊~·2022-09-06 14:51

顺丰2023秋招笔试 第二题(C++ 二叉树思想)

猜测序列小明有一个由1到n的整数组成的排列，他让你来猜出这个排列是什么。你每次可以猜测某一位置的数字，小明会告诉你所猜测的数是“大了”、“小了”或是“正确”。
大土蛋挞蛋·2022-09-05 14:01

【动植物研究动态】20220828文献解读

germplasm-omics”datasharingandmining:acasestudyofSoyFGBv2.0该研究团队在《中国科学生命科学（SCIENCECHINALifeScience）》发表的代表性大豆种质资源重测序和表型数据基础上
生物信息与育种·2022-08-28 15:11

单细胞个性化分析之轨迹分析篇

作者，追风少年i随着单细胞测序技术的飞速发展和相应分析工具的大量出现，单细胞测序的应用逐渐走向成熟，能解决的生物学问题也越来越广泛。
单细胞空间交响乐·2022-08-23 14:25

Sonar代码质量管理

七个维度检测序号维度检测内容1不遵循代码标准更多操作Sonar可以通过PMD、C
勤快的小蚂蚁·2022-08-21 12:36

ChIP-seq应用领域、研究思路、数据挖掘、下游实验、实验关键 | 易讲堂

在ChIP的基础上，用二代测序检测ChIP实验的DNA产物，将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术，可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛
易基因科技·2022-08-19 07:34

粒子滤波 PF（Particle filter）算法

从统计角度来看，它是一种顺序蒙特卡罗重要抽样方法，用于根据观测序列估计动态系统的潜状态变量。
·2022-08-18 16:59

圣庭医疗联合创始人谷红仓：高通量基因测序在药物研发和靶向治疗中的应用

摘要：2022年8月5日，2022阿里云生命科学与智能计算峰会在北京望京昆泰酒店举行，圣庭医疗联合创始人&首席科学家谷红仓博士，带来了题为《高通量基因测序在药物研发和靶向治疗中的应用》，以下是他的演讲内容整理
·2022-08-18 10:47

【生信】第一二三代测序技术原理的理解

【生信】第一二三代测序技术原理的理解本文部分图片来源网络或学术论文，文字部分来源网络与学术论文，仅供学习使用。
朝荣·2022-08-14 00:05

基因测序3——三、四代测序技术来势汹汹，国产化仍在布局二代测序？

基因测序3——三、四代测序技术来势汹汹，国产化仍在布局二代测序？
wangchuang2017·2022-08-14 00:35
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