illumina测序

每周文献 2021-04-13

Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuce（445份莴苣种质的全基因组测序揭示了栽培莴苣的驯化历史
杨博士聊生信·2022-02-06 04:27

NCB|心咽发育多样化的单细胞转录轨迹分析

单细胞文献解读·CNS：Cell深度|一套普遍适用于各类单细胞测序数据集的锚定整合方案Nature系列|整合单细胞转录组学和质谱流式确定类风湿性关节炎滑膜组织中的炎症细胞状态|详细解读Nature首次对阿尔茨海默病进行单细胞转录组分析
生信宝典·2022-02-05 20:55

使用SnapATAC分析单细胞ATAC-seq数据（三）：Integrative Analysis of PBMC scATAC-seq and scRNA-seq

这三个数据集均来自10Xgenomics测序平台产生的数据，可以直接在10x官网下载使用。
Davey1220·2022-02-05 20:17

学习小组Day7笔记--纸心

各代测序各代测序原理介绍以下引自美格基因第一代测序（Sanger测序）第二代测序第三代测序各代测序对比以下引自生信星球生信星球最后是各组学的介绍（引自生信星球）1.基因组学（核酸序列分析）（1）全基因组测序
纸心_67f1·2022-02-05 06:57

单细胞入门【1】：单细胞测序方法该如何选择？

单细胞转录组测序（scRNA-seq）已成为鉴定和表征细胞类型、状态、谱系和网络的核心工具。Get单细胞技术也成为科研人的必修课。如何快速入门单细胞？
尐尐呅·2022-02-05 05:36

使用scater包进行单细胞测序分析（三）：数据降维与可视化

本次教程学习使用scater包进行单细胞转录组数据降维与常用的一些可视化方法。plotExpression:plotcellexpressionlevelsforoneormoregenes;plotReducedDim:plot(and/orcalculate)reduceddimensioncoordinates;加载所需的R包和示例数据library(scater)data("sc_exam
Davey1220·2022-02-05 05:04

StatQuest学习笔记24——RPKM FPKM TPM

测序的度量单位在RNA-Seq中，我们通常使用RPKM（全称为ReadsPerKilobaseMillion）或FPKM（FragmentsPerKilobaseMillion）来进行均
backup备份·2022-02-05 04:37

利用重测序数据Call SNP,并尝试构建遗传图谱

/usr/bin/envbashforiin{s1,d1,fuben,muben}do#将重测序的cleandata回帖到参考基因组上bwamem-t28-M./data/genome.fasta.
IANMOONE·2022-02-05 03:51

【三代】浅谈三代测序平台

2011年，美国PacificBiosciences公司正式发售第三代测序系统—PacBioRS。
XuningFan·2022-02-04 23:51

单细胞测序-scRNA-seq数据的标准化处理

我们都知道，从数据质控开始已经进入了scRNA分析阶段，在这个阶段开始测试代码，进行实操是很重要的。测试过程中出现的各种问题可能成为你学习路上的拦路虎。作图丫为大家总结单细胞数据分析时，标准化处理的方法和策略。序言上一期我们介绍了如何对scRNA-seq数据进行预处理与质控，在得到高质量的barcodebycell计数矩阵之后，我们需要通过基因在不同细胞间的差异表达来对细胞聚类。而数据的标准化（n
作图丫·2022-02-04 21:12

单细胞测序-配体受体互作分析原来可以这么简单又高大上！

NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典·2022-02-03 14:05

单细胞转录多样性是发育潜能的一个标志

单细胞转录多样性是发育潜能的一个标志本篇文章首发于单细胞天地单细胞RNA测序（scRNA-seq）是重建细胞分化轨迹的有力方法。然而，同时推断分化的状态与方向是一项具有挑战性的工作。
天涯清水·2022-02-03 14:21

单细胞测序-scRNA-seq数据的降维和可视化

在scRNA-seq数据通过一些列的预处理，质控以及标准化之后，后续分析步骤需要通过识别细胞间的基因表达差异来进行聚类，分析不同细胞群的差异性。这就涉及到了单细胞RNA数据处理中的特征选择，降维以及如何使数据可视化。数据降维的必要性如果将单个细胞看作一个数据点，那么检测的基因数就是其对应的变量数，也就是我们所说的维数。一般一个人类scrna-seq能检测到～25k基因，于是基因表达数据也被称为高维
作图丫·2022-02-03 14:45

三代测序入门

移步github测序原理共有的特点：优点：无需前期扩增，不引入偏向性；读长长缺点：错误率高；10XGenomics：Illumina二代测序的升级版10XGenomics，是常规Illumina二代测序的升级版
UnderStorm·2022-02-03 13:00

单细胞scRNA-seq学习笔记1-单细胞测序基础知识

单细胞测序基础知识一、单细胞测序学习scRNA-seq先了解一下BulkRNA-seqBulkRNA-seq：测量一个大的细胞群体中每一个基因的平均表达水平，对比较转录组学（例如比较不同物种的相同组织）
天涯清水·2022-02-03 11:13

RNA-Seq测序数据分析和差异表达基因鉴定，注释

本文是由比利时列日大学MarcHANIKENNE课程整理。陆陆续续花费1个月完成，根据需要做的主要内容分为四个部分。第一部分：将RNA-seq数据映射到参考基因组上第二部分：将RNA-seq数据映射到参考转录组上，并且生成基因表达矩阵，用于第三部分分析第三部分：使用DESeq包鉴定差异表达基因（成对），第四部分：对差异基因进行后续的GO和KEGG注释1目标RNA-Seq模块的目标是说明如何处理和分
Hello育种·2022-01-27 01:07

2022-01-12 Seurat官网单个样本标准流程

一、设置Seurat对象使用的示例数据集来自10XGenome测序的PBMC。
徐添添·2022-01-24 13:28

HMM数学推导—开篇

HMM定义隐马尔可夫模型（HiddenMarkovModel，HMM）：由一个隐藏的马尔科夫链随机生成一个不可观测的状态序列（隐变量序列），再由各个状态（隐变量或者骰子）随机生成一个观测，由此产生一个观测序列的随机过程
PrivateEye_zzy·2022-01-21 16:04

上传测序数据到GEO数据库

AUTHOR：余顺太DATE：2021年10月1日4oguOe.png注：Filezilla软件的设置一定要根据下图重新设置，不然可能会一直中断4oL69U.png具体数据传输方法如下图所示：FileZilla软件，将左侧相对应信息填入到FileZilla中，然后将需要上传的文件直接拉入到红星号的文件夹中。72nNFg.png全部传输结束之后对比文件大小，提交4HCFr6.png等待邮件通知是否上
简boo·2022-01-21 11:06

序列比对 —— Hisat2

HISAT2是一个快速和敏感的比对软件，用于将二代测序数据（DNA和RNA）比对到基因组数据。
Wei_Sun·2022-01-20 18:25

Seurat包------标准流程

1、数据介绍此次分析所有数据来源于PeripheralBloodMononuclearCells(PBMC)，使用10XGenomics，IlluminaNextSeq500进行测序
村长吃火锅·2022-01-19 17:51

易基因｜3文解读：微量样本甲基化测序在肿瘤中的应用

大家好，本期我们通过3篇高分文章来解读微量样本甲基化测序在肿瘤中的应用。
E_GENE·2022-01-18 14:08

标准化之CPM/RPKM/FPKM/TPM

-差异分析时，需考虑实验设计（样本组成）和测序原理向（测序深度、基因长度、RNA组成）-转录组下游分析时，采用DESeq2、edgeR和limma，需要的输入数据类型是counts（正整数）image.png-RPKM
超级可爱的懂事长鸭·2022-01-12 16:56

标准化单细胞RNA测序数据—陷阱和建议

博文名称：NormalizingsinglecellRNAsequencingdata—PitfallsandRecommendations博文链接：https://towardsdatascience.com/normalizing-single-cell-rna-sequencing-data-pitfalls-and-recommendations-19d0cb4fc43d博文发表时间：Ja
whitebird·2021-12-30 11:16

TIMER20和cibersort一个既能分析测序数据（最好是TPM格式），又能分析芯片数据的网站

细胞免疫浸润网站使用1.cibersort数据输入格式：输入数据的要求：1.不可以有负值和缺失值2.不要取log3.如果是芯片数据，昂飞芯片使用RMA标准化，Illumina的Beadchip和Agilent
小白兔和小毛驴·2021-12-29 11:08

单细胞RNAseq常规分析流程（10X）

降维聚类，类型鉴定，差异分析近年来，单细胞测序的成本逐渐降低，使得大众研究从组织水平转移到单个细胞水平的分析成为可能。
QXPLUS·2021-12-27 17:36

SARS-CoV-2 Genome Sequencing Protocol

本文档采用ARTICNetwork流程进行实验，可用于illumina平台和nanopore平台对SARS-Cov-2病毒进行基因组测序。
NoWordsLand·2021-12-22 13:47

单细胞 | 单细胞数据格式转换：Converting from loom/h5ad to Seurat

最近看到FlyCellAtlas(FCA)公布果蝇的多个组织的单细胞核转录组测序数据，虽然FCA组织提供了多个在线平台（例如SCope）进行非常方便的可视化和多种分析。
尘世中一个迷途小书僮·2021-12-22 09:51

基因组文章 | 蝾螈《Nature》2018

近期在中国和欧洲各实验室的合作下，完成了D/D蝾螈基因组的测序和组装，下面让我们一起来探索其神秘。
生信师姐·2021-12-14 19:08

RNA-seq分析（STAR-RSEM-DESeq2）

>md5.txtmd5sum-cmd5.txt#结果为OK既可，否则再次准备RNA-seq文件二、fastqc生成质量报告（multiqc提高查看效率）fastqc为每个样本生成质量报告，可视化的报告测序数据的质量
清零2000·2021-12-14 15:00

候选基因功能验证

目的：利用高通量测序数据进行致病基因的挖掘，可根据样本情况采用不同的分析方法，但无论哪种方法最终都将面临从众多confounder中筛选出候选基因（narrowdown）并验证基因与表型关系的问题。
bioyangyang·2021-12-09 11:48

RNA-Seq data analysis

数据准备数据来源测序下机数据直接进行质控和后续分析；已发表数据以“ThePP2A-interactorTIP41modulatesABAresponsesinArabidopsisthaliana”，这篇文章为例
胡小兵plus·2021-12-03 15:22

奥密克戎来了

今天，我看到这样一条新闻：世卫组织认为，全面旅行禁令无法阻止奥密克戎毒株的国际传播，只会给人民生活和生计造成沉重负担，抑制各国报告和分享新冠流行病学和测序数据的积极性，进而对全球抗疫努力产生不利影响。
百分百拒绝吗·2021-12-02 15:29

技术 | 单细胞转录组测序之10x Genomics

10XGenomicsplatform10XGenomics是一个综合的单细胞测序技术平台，可以应用于多种单细胞测序上，包括Singlecellgeneexpression,SinglecellImmuneProfiling
尘世中一个迷途小书僮·2021-11-27 15:23

微生物基因组学及比较基因组学分析管道PGCGAP的安装及使用详细教程

PGCGAP是用于原核生物基因组学和比较基因组学分析管道，该管道包含12个模块，可以接受Illumina双端reads、Oxfordreads或PacBioreads作为输入，可以完成基因组组装、基因预测和注释
了尘兰若·2021-11-22 09:40

htslib 的使用( C++ 处理BAM文件）

随着测序深度的提高，尤其是UMI技术的普及，上万层的测序数据下，我们需要提高分析软件的效率，C++是比较好的选择。C++中可以读写BAM的库有htslib、bamtools、Seqan3等。
茄子_0937·2021-11-18 14:45

用ANNOVAR自建数据库注释基因组

annovar简介在我们做重测序，或者比较基因组学分析的时候，我们往往在callsnp或者indel的时候，需要对我们的变异位点进行注释，而annovar官网提供的注释库往往是人类的居多，但是我们所研究的物种却不仅限于人类
云养江停·2021-11-16 08:18

根据引物定位PCR产物序列及基因组位置

查阅文献或者专利时，有一个序列是你非常需要，但是相关文献/专利只提供了相关引物以及该引物所在基因名，并没有提供可扩增得到的具体序列以及位置信息，当然可以进行PCR实验扩增出目标序列，再进行测序即可得到目标序列
玩转ATGC·2021-11-13 00:54

海洋生物基因组学白皮书

2017年，全球科学家合作启动了大规模地球生物基因组计划（EBP），该项目旨在十年内对大约150万种已知真核生物进行测序。2018年，PNAS杂志发表文章介绍了该计划的详细内容。
尐尐呅·2021-11-09 10:25

2.单细胞 RNA-seq：计数矩阵的生成

image图片来源：PapalexiE和SatijaR.探索免疫细胞异质性的单细胞RNA测序，NatureReviewsImmunology2018(
denghb001·2021-11-08 16:11

机器学习 - 隐马尔可夫模型

1隐马尔可夫模型-定义隐马尔可夫模型（hiddenmarkovmodel,HMM）是可用于标注问题[自动分词、词性标注、命名实体识别等]的统计学习模型，描述由隐藏的马尔可夫链随机生成观测序列的过程，属于生成模型
nlpming·2021-11-06 01:57

单细胞笔记9-scATAC-seq测序方法和数据分析

引言转坐酶（Transpose）检测染色质开放性（Accessibility）结合高通量测序（AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhigh-throughputsequencing
江湾青年·2021-11-03 16:19

BSA 操作实战

bwamem-t24-M-P-R'@RG\tID:2447-20\tSM:2447-20\tLB:WES\tPL:Illumina'zm437../origin/fastp_ou
牛牛_4b27·2021-11-02 10:36

GEO2R的limma差异分析流程【芯片microarray数据】附limma+RNAseq

但大致思路不变，即使用limma包对芯片测序数据进行差异分析(暂未涉及可视化的代码)。
小贝学生信·2021-11-01 23:40

诺禾致源公司简要分析

公司发展历史业务布局公司提供基因测序服务、分子仪器、ivd试剂盒，并与一些科研机构和药企开展合作研究。
王德福哔哔哔·2021-10-31 11:13

2021.10.13-10.21 MIXCR学习笔记

mixcr.jaraligninput.fastq.gzoutput.vdjca切换工作路劲：cdC:\mixcr-3.0.13输入：java-jarmixcr.jar>>背景知识典型的MiXCR工作流程主要由三个部分构成：align：将测序结果比对到
千容安·2021-10-30 01:02

表观组学：call peak概念和MACS2算法原理，最简明清晰的call peak一文通

概念CallPeak其实是一种计算方法，用于识别基因组中由测序得到的比对reads富集的区域。其实通俗的来说Callpeak就是把我们有蛋白富集到核酸时的区域给找出来。
xizzy·2021-10-27 20:50

16S测序分析（一）菌属丰度表获取

导读Miseq16SampliconV3V4PE300测序是目前菌群结构谱研究最为常用的测序手段。
胡童远·2021-10-26 11:00

机器学习进阶HMM

是关于时序的概率模型，描述有一个隐藏的马尔科夫链生成不可观测的状态随机序列，再由各个状态生成观测随机序列的过程隐马尔可夫模型随机生成的状态随机序列，称为状态序列，每个状态生成一个观测，由此产生的观测随机序列称为观测序列
yzy_1117·2021-10-24 17:25

2021-10-24

此次疫情基因测序为德尔塔毒珠，与境外输入无交集。流病调查源头初步指向额济纳旗，不出意外与我早期判断的“物—人”传播可能一致。此次疫情，疫苗的作用居功至伟，核酸检测功不可没！
水木清华fql·2021-10-24 09:52
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