illumina测序第47页

R语言中的时间序列分析模型：ARIMA-ARCH / GARCH模型分析股票价格

p=18860原文出处：拓端数据部落公众号简介时间序列分析是统计学中的一个主要分支，主要侧重于分析数据集以研究数据的特征并提取有意义的统计信息来预测序列的未来值。时序分析有两种方法，即频域和时域。

·2021-10-21 17:58

喜大普奔，性能提速一倍，结果稳定重现！你的fastp该升级了！

Fastp的创建与发展NGS测序FASTQ文件的质量控制和预处理是为下游分析提供干净数据的关键。

生信君·2021-10-20 13:16

3K水稻SNP数据集的简单利用

3010份亚洲稻群体重测序项目是由中国农业科学院作物科学研究所牵头，联合国际水稻研究所、华大基因等16家单位共同完成。

Nuvolar·2021-10-10 22:23

安笙依萍·2021-09-29 10:44

转录组重建系统发育（一）使用fastp多rawdata进行处理

rawdata可以是从公司直接获得的测序数据或者是网上下载的数据，网上下载数据的流程参考使用SRAToolkit下载NCBI-SRA原始数据常规的质控和过滤数据是fastqc+trimmomatic，新出的

惊鸿影·2021-09-27 19:40

世界上有两种大熊猫？高质量大熊猫基因组带你解密国宝

本研究中大熊猫的全基因组测序数据和两个染色体水平的组装数据均已存储于国家基因库生命大数据平台（CNGBdb），项目编号为：CNP0000785。

尐尐呅·2021-09-26 13:59

Bulk RNAseq上游比对1：大致流程与conda环境

BulkRNAseq上游比对3：比对mapping-(jianshu.com)image.png要点一、大致流程如上流程图所示，一般包括三大步骤：下载数据--质控--比对1、下载数据主要包括两类数据：一是测序

小贝学生信·2021-09-23 08:37

Bulk RNAseq上游比对2：下载数据、质控

jianshu.com)BulkRNAseq上游比对2：下载数据、质控-(jianshu.com)BulkRNAseq上游比对3：比对mapping-(jianshu.com)Step1：下载数据1.1下载公共数据框的测序数据示例数据

小贝学生信·2021-09-21 19:50

差异表达1｜edgeR和DeSeq2

librarysize/compositionedgeR1.过滤低表达的基因仅保留在两个样品或更多样本中CPM>1的基因CPM=Reads/(totalreadsinthesample/1,000,000)问题：会受到测序深度的影响

糖尾酸·2021-09-21 10:59

测序质控和基因组组装原理

二代质控二代测序中，每测一个碱基会给出一个相应的质量值，这个质量值是衡量测序准确度的。碱基的质量值13，错误率为5%，20的错误率为1%，30的错误率为0.1%。

云养江停·2021-09-18 09:32

评估拷贝数变异预测工具在全基因组测序数据中检测缺失的性能

#No.4这次分享的是来自新西兰奥克兰大学大脑研究中心JessieJacobsen博士在2019年发表在JournalofBiomedicalInformatics上的文章Evaluationoftheperformanceofcopynumbervariantpredictiontoolsforthedetectionofdeletionsfromwholegenomesequencingdat

亦是旅人呐·2021-09-17 20:16

单细胞笔记3-scATAC-seq介绍

ATAC-seqATAC-seq（AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing）是利用转座酶研究染色质可及性的高通量测序技术

江湾青年·2021-09-16 20:53

非模式蓝细菌物种注释包构建

主要参考的教程如下：测序了，然后呢（四）有了OrgDb才能进行富集分析自己构建物种包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析相关

Akuooo·2021-09-16 16:18

单细胞测序助力肿瘤免疫治疗

之前我们分享了《从单个细胞入手的肿瘤研究》，让我们接着聊聊从单细胞入手怎样帮助解析黑色素瘤免疫检查点抑制剂治疗不良事件的发生机制，并发现潜在治疗靶点。肿瘤免疫治疗是目前该领域最具前景的发展方向之一。随着PD-(L)1、CTLA-4等免疫检查点抑制剂应用范围逐渐扩大，对复发、难治性肿瘤患者表现出了突破性疗效，给更多肿瘤患者带来希望。然而近60%的PD-(L)1、CTLA-4联合治疗患者出现严重的毒性

生物芯时空·2021-09-15 13:47

真核有参转录组测序标准分析

本篇文章主要站在你是分析数据者的角度来讲解，一些测序建库的原理与操作我只做简要说明，甚至一笔带过。关于更多详细内容大家都可以百度了解。主要的篇幅是从公司拿到双端测序的fq.gz后的故事。

生信分析实验室·2021-09-14 11:27

来势汹汹的德尔塔

针对本次福建莆田仙游县的疫情，当地已完成本次疫情19个相关病例的病毒基因测序送检工作，快筛结果初

万事随缘·2021-09-13 21:20

linux025 SRA数据下载工具ascp的安装及使用

1NCBI-SRA和EBI-ENA数据库SRA数据库:SequenceReadArchive：隶属NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation)，它是一个保存高通量测序原始数据以及比对信息和元数据

caoqiansheng·2021-09-13 11:09

2021-09-10 单细胞Ribo-seq

Ribo-seq，即Ribosomeprofiling，是一种大规模研究细胞中翻译组的高通量测序，它可以鉴定到某一时刻下所有核糖体结合的mRNA序列。

NAome·2021-09-10 21:49

实用干货|单细胞测序之细胞悬浮液制备知多少

单细胞测序技术可在单个细胞层面进行高分辨率的分析，从而揭示单个细胞的状态和功能，避免了传统基因组技术平均信号所产生的结果误差。

百奥益康·2021-09-09 15:12

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.11 CNV分析

目录前言方法简介从vcf文件里提取有用信息tidyvcfRvcf可视化1vcf可视化2测序深度覆盖度窗口缩放如何单独分离染色体利用vcf信息判断物种染色体倍数CNV分析在之前的文章里介绍了如何通过直方图来可视化等位杂合碱基的比例来判断物种的染色体倍数性

Jason数据分析生信教室·2021-09-06 12:39

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.10 利用vcf信息判断物种染色体倍数

目录前言方法简介从vcf文件里提取有用信息tidyvcfRvcf可视化1vcf可视化2测序深度覆盖度窗口缩放如何单独分离染色体利用vcf信息判断物种染色体倍数CNV分析vcf数据包含了所有的等位对立基因的信息

Jason数据分析生信教室·2021-09-06 12:33

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.9 如何单独分离染色体

目录前言方法简介从vcf文件里提取有用信息tidyvcfRvcf可视化1vcf可视化2测序深度覆盖度窗口缩放如何单独分离染色体利用vcf信息判断物种染色体倍数CNV分析从参照序列提取单独染色体会用到ape

Jason数据分析生信教室·2021-09-06 12:27

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.8 窗口缩放

目录前言方法简介从vcf文件里提取有用信息tidyvcfRvcf可视化1vcf可视化2测序深度覆盖度窗口缩放如何单独分离染色体利用vcf信息判断物种染色体倍数CNV分析vcfR可以对单独的每一段染色体进行分析

Jason数据分析生信教室·2021-09-06 12:20

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.7 测序深度覆盖度

目录前言方法简介从vcf文件里提取有用信息tidyvcfRvcf可视化1vcf可视化2测序深度覆盖度窗口缩放如何单独分离染色体利用vcf信息判断物种染色体倍数CNV分析vcf数据里除了位点的ATGC的对比

Jason数据分析生信教室·2021-09-06 12:14

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.6 vcf可视化2

目录前言方法简介从vcf文件里提取有用信息tidyvcfRvcf可视化1vcf可视化2测序深度覆盖度窗口缩放如何单独分离染色体利用vcf信息判断物种染色体倍数CNV分析在上一篇文章vcf可视化1里，主要介绍了针对数据全体

Jason数据分析生信教室·2021-09-06 12:08

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.5 vcf可视化1

目录前言方法简介从vcf文件里提取有用信息tidyvcfRvcf可视化1vcf可视化2测序深度覆盖度窗口缩放如何单独分离染色体利用vcf信息判断物种染色体倍数CNV分析本文介绍的案例和方法简介里一样，但是会有更加详细的说明

Jason数据分析生信教室·2021-09-06 12:03

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.4 tidy vcfR

目录前言方法简介从vcf文件里提取有用信息tidyvcfRvcf可视化1vcf可视化2测序深度覆盖度窗口缩放如何单独分离染色体利用vcf信息判断物种染色体倍数CNV分析相信经常使用R的同学们对tidy格式的数据并不陌生

Jason数据分析生信教室·2021-09-06 12:44

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.3 从vcf文件里提取有用信息

目录前言方法简介从vcf文件里提取有用信息tidyvcfRvcf可视化1vcf可视化2测序深度覆盖度窗口缩放如何单独分离染色体利用vcf信息判断物种染色体倍数CNV分析提取矩阵数据一般的VCF文件都很大

Jason数据分析生信教室·2021-09-06 12:38

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.2 方法简介

目录前言方法简介从vcf文件里提取有用信息tidyvcfRvcf可视化1vcf可视化2测序深度覆盖度窗口缩放如何单独分离染色体利用vcf信息判断物种染色体倍数CNV分析1.读取数据vcfR可以直接读取vcf

Jason数据分析生信教室·2021-09-06 12:31

单细胞多样本整合（同批次）

单细胞前期工作重要的是如何将测序得到的多样本整合同步分析：library(Seurat)folders=list.files('./')#列出文件夹folders=folders[-7]#删除第七个代码文件

好风凭借力·2021-09-05 12:52

扩增子测序简化版（Linux部分）

细菌16S.png测序引物.png双末端（PEreads）1.生成样品路径清单（filepath）文件echo'sample-id','

佳名·2021-09-05 10:17

【MOOC】散列冲突处理方法

1.线性探测法线性探测法导致的“聚集现象”当在某位置发生冲突，则附近区域的冲突会越来越多2.平方探测法平方试探是为了试图跳出“冲突聚集区”，但也有可能因为跳跃，错过了空闲位置如例子：探测序列在0,2之间来回跳跃

fftx_00·2021-09-04 00:56

ASV和OTU有什么不同？哪个更好？

扩增子测序和鸟枪法测序已经成为微生物组领域最常见的研究手段。尽管鸟枪法测序可以为我们提供更高分辨率和更全面的物种信息以及基因信息，但是该方法的成本高昂，对运算资源和样本的要求也更高。

jlyq617·2021-09-02 21:25

Kraken2+Bracken

1.简介Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度宏基因组序列分类软件，能够快速的将测序reads进行物种分类。

生信记·2021-09-02 15:08

使用Palantir进行单细胞发育轨迹推断分析

Palantir是一种对单细胞测序数据进行分化发育轨迹推断的算法，于2019年发表在NatureBiotechnology上。

Davey1220·2021-08-31 10:44

单细胞多组学技术 | 在流感疫苗作用机制研究的应用

在本文中，研究者使用包括单细胞ATAC测序、单细胞转录组测序等单细胞多组学技术综合分析了流感疫苗接种后引起的表观基因组变化，为流感疫苗作用的机制提供了新的见解。文章详情文章题目：Thesingl

生物芯时空·2021-08-31 10:05

重测序数据（简化基因组和非简化基因组）的Clean data 到snp-indel的vcf步骤

最近有多个朋友问我关于二代重测序数据的分析问题（cleandata到vcf），我写了一个完整的步骤如下，若你是多个样品进行分析，最好是写循环语句，这里我仅举一个例子“sample1”作为样品进行脚本编写

93830eddc2a4·2021-08-30 10:41

Science Bulletin发布世界首个家猪脑组织单细胞转录组图谱

此项研究依托深圳国家基因库完成全部单细胞测序

尐尐呅·2021-08-30 10:42

2021-08-27 学习小组Day7笔记--动感光波

测序技术第一代测序技术：Sanger测序原理由于ddNTP的2’和3’都不含羟基，其在DNA的合成过程中不能形成磷酸二酯键，因此可以用来中断DNA合成反应。

e4fdf8628246·2021-08-27 20:50

三种差异分析的整理

volcanoplot针对测序数据和芯片数据，目前常用差异分析的R包有edgeR、limma、DESeq2，做一简单比较，方便平时分析。内容多为搬运，主要方便下次寻找。

生信小鹏·2021-08-27 10:53

计算FPKM、TPM以及FPKM to TPM

之前已经简单学习了测序rawcounts的FPKM标准化，接下来就一个实际例子，利用R语言手动计算原始数据的FPKM值；并与官方给出的FPKM文件对比验证。

小贝学生信·2021-08-22 20:43

非因解读 | DSP空间全转录组+单细胞测序描绘新冠患者多器官空间组织图谱

DSP空间全转录组+单细胞测序描绘新冠患者多器官空间组织图谱由麻省理工学院，麻省总医院，哈佛大学的多个研究团队领导的一项在新冠病毒感染者的大型研究近日在《Nature》上发表。

FynnBio·2021-08-20 11:15

生信入门-2

统计基础、数据处理、作图是三大基础统计基础就找一本医学统计学简单了解就可以了；数据处理和作图的话还是看我之前推荐的两本R的书生信学习分三块序列比对Linux上使用各种软件对原始测序结果进行分析；GWAS

JamesMori·2021-08-19 09:24

易基因 | 微量样本RNA甲基化m6A技术比较 — 技术解读

RNA免疫沉淀后通过高通量测序（MeRIP-seq），是转录组范围内检测m6A修饰位置最为有力的技术方法。常规免疫沉淀富集需要上百微克的总RNA，这限制了其在许多领域的应用。

E_GENE·2021-08-17 16:58

SAM文件格式介绍

当测序生成的fastq文件比对到参考基因组后就会生成SAM文件或者BAM文件。大部分的数据分析都是始于SAM文件。SAM文件的结构SAM格式文件

我是爱哭虫小鱼·2021-08-13 11:17

TCGA数据库介绍

TCGA利用大规模测序为主的基因组分析技术，通过广泛的合作，理解癌症的分子机制。

我是爱哭虫小鱼·2021-08-13 11:09

数据表达定量

hisat2比对率至少70%饱和性曲线：20Mreads数据量即可检测到80%数据量碱基数目：（150+150）X20M（reads数）表达定量：subread--featurcounts第一步比对输入：测序数据

马连洼小法师·2021-08-12 10:50

细菌基因组拼接（一）

⭐总纲材料：Illumina双末端测序原始数据（通常是两个fastaq的.gz压缩文件，文中为：sequence_1.fastq.gz和sequence_2.fastq.gz）软件：FastQC、Trimmomatic

lkj666·2021-08-07 20:14

测序原理

主要参考：生信曲线、基因学苑1.第一代测序（Sanger测序）关键词：双脱氧测序、末端终止测序1.1正常DNA的合成过程在模板链和引物存在的条件下，核糖体RNA分别将四种脱氧核糖酸(dNTP)运输至引物末端

lkj666·2021-08-07 16:46

下载公共测序数据的另一种姿势（kingfisher）

写在前面一般在进行公共测序数据挖掘的时候，需要从公共数据库中（SRA、ENA、DDBJ等）下载自己所需的测序数据。

老饕_Ljw·2021-08-03 16:21

推荐频道

illumina测序