illumina测序

四十而不惑——DNA测序技术的前世今生和未来

生信技能树自上1953年DNA分子双螺旋结构被发表以来，生物学研究进入到了一个更精细化的分子时代，越来越多的科学家开始投入分子生物学研究，尤其是对DNA序列的研究，从而DNA测序技术应势而生。
生信小白白·2022-08-14 00:35

文献学习038--[sn+CRISPR-knockout screen]人类DCM和HCM的单核细胞profiling

在这篇文章中，作者对来自11个DCM患者心脏、15个HCM患者心脏和16个non-failinghearts的左心室样品进行了单核细胞测序。DCM和HCM的心脏转录图谱在组织和细胞水平具有广泛的重合。
Hayley笔记·2022-08-10 21:47

阿里云新增三大高性能计算解决方案，助力生命科学行业快速发展

5日，在2022阿里云生命科学与智能计算峰会上，阿里云高性能计算研发负责人何万青发布了《生命科学行业云上解决方案及最佳实践》白皮书，同时推出高性能容器、大内存、高IO等三大高性能计算解决方案，满足基因测序与
·2022-08-09 14:01

day42 失败：转录组-软件安装

但是有些没安装成功，有些还有GLIBC2.14报错，总之就是失败（后来day44在北鲲云上全都安装成功，略有安慰）-----------下面是这段痛苦的记录----------学习资料B站视频：生物技能树第八季转录组测序数据分析非
meraner·2022-08-07 20:20

单细胞测序解析结直肠癌进展中的细胞变化

文章题目：Single-cellanalysesdefineacontinuumofcellstateandcompositionchangesinthemalignanttransformationofpolypstocolorectalcancer发表杂志：Naturegenetics（IF41.307）发表时间：2022-6-20DOI：10.1038/s41588-022-01088-x摘
生物医学小站·2022-08-03 16:56

文献学习035--[sc]单细胞测序揭示小鼠心脏非心肌细胞之间的异质性和互作

18年发的，文章比较早了，但是是第一篇小鼠心脏非心肌细胞图谱，很多综述里都提到了这一篇，意义还是比较大的。HighlightsComprehensivetranscriptionalprofilingofnon-myocytecellsintheadultmouseheartDetectionofmajorcelltypesandcharacterizationoftranscriptionalh
Hayley笔记·2022-08-02 14:47

真菌和细菌高通量测序引物选择

最常用的真菌ITS1区引物细菌内生菌测序引物进行巢式PCR引物选择及反应条件一些引物选择相关文献：ThefungalprimersITS5-1737-F(5′-GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG
周欣5518·2022-07-25 14:02

跟随美国博导12年，我学到最深刻的不是科研，而是这个。。。

▼生物信息学习的正确姿势（第三版）NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-07-22 10:06

一步步教你NCBI_SRA上传测序数据

测序文章在审稿期间，审稿人往往需要作者上传原始数据至NCBI。而搜索引擎搜到的参考资料甚少，不得不边摸索边总结，几番倒腾终于上传成功。
谢俊飞·2022-07-20 14:27

小麦三代转录组融合基因定量

二代转录组测序得到的结果通常都是打断后的序列，长度一般为150bp左右，一般下机质控后需要进行拼接处理，对于多倍体，重复序列多的物种而言，在拼接的过程中易造成错拼。
生信小白杀手·2022-07-19 23:14

全基因组关联分析（GWAS）软件：Tassel5

Tassel是比较经典的关联分析软件，但是因为运行速度没有优势，所以在重测序等数据量比较大的研究中不太常用。这是记录一下Tassel5命令行进行关联分析的过程。
Gossie·2022-07-19 22:41

关于如何用二代测序数据注释单细胞细胞群

起因是因为看到了曾老师的一篇推文(https://mp.weixin.qq.com/s/S5TJ2JDOYAOynhjXwTH-FQ)，其中是关于复现一篇cancerresearch《Single-celltranscriptomicheterogeneityininvasiveductalandlobularbreastcancercells》的细胞分群结果，见下图。简单解释下图片内容，就是作者
药物型尖端扭转性室性心动过速·2022-07-18 22:24

牛客机器学习面试刷题（二）

判别式模型常见的主要有：knn是判别模型（下图中错误）EM算法：只有观测序列，无状态序列时来学习模型参数，即Baum-Welch算法维特比算
加油学python·2022-07-17 07:51

11.EM算法、HMM模型

例子HMM简介例子例子进阶解决问题二解决问题一解决问题三HMM模型基础定义⻬次⻢尔科夫链假设观测独⽴性假设HMM模型实例HMM观测序列的⽣成HMM模型的三个基本问题前向后向算法评估观察序列概率前向后向算法是前向算法和后向算
C--G·2022-07-15 13:25

小目标完成情况记录(第一周)

早上到中大后读了《生物信息学》第二章中的第一代测序技术的章节；然后浏览了pubmed中“BPHresistanceinrice”搜索结果(243)的7篇文献的摘要，并整合至pubmed中Tan,PCR,
Diamondbacks·2022-07-15 09:56

转录组分析_转录组

基于Illumina高通量測序平台的转彔组测序技术，能够在单核苷酸水平对任意物种的整体转录活动进行检测，在分析转录本的结构和表达水平的同时，还能发现未知转录本和稀有转录本，精确地识别可变
weixin_39709674·2022-07-15 07:35

转录组分析_20个必须知道的转录组知识点！

随着测序成本的不断下降，转录组测序分析已然成为生物学及医学研究不可或缺的技术手段。但是，对于大多数初学者来说，会遇到各种各样的问题。这里，小编就给大家重点介绍一下转录组测序分析的相关知识。
weixin_39633500·2022-07-15 07:35

空间转录组学（Spatial Transcriptomics）

01、空间转录组技术的发展近年来单细胞转录组测序技术的应用大大拓宽了人们的视野，使人们能够深入了解组织中细胞的构成的多样性和基因表达状态。
youngleeyoung·2022-07-15 07:32

单细胞转录组测序和空间转录组学

2、转录组转录组广义上来讲，是指转录过程中出现的所有RNA，狭义上来讲，特指mRNA3、转录组测序就是记录转录组的过程4、单细胞转录组测序（singlecellRNA-sequencing）对单个细胞进行的转录组测序
xiao_kong_long_·2022-07-15 07:01

SpatialDB |单细胞空间转录组数据分析可视化平台

单细胞测序技术是一种在单细胞水平上对基因组、转录组、表观组等进行高通量测序分析的技术。(单细胞转录组教程汇总)单细胞测序技术能够在组学水平揭示细胞间的异质性。
生信宝典·2022-07-15 07:55

阿里云架构师马颂：云上高性能计算助力基因测序

本篇内容主要分为三个部分：寻因生物简介单细胞测序及其痛点寻因生物基于E-HPC的大内存实例解决方案01寻因生物简介寻因生物创始团队及公司于2018年正式启动组建运营，是一家专注于单细胞技术的生物科技企业
·2022-07-14 23:11

文献学习012--[sc]心脏免疫细胞单细胞转录组分析揭示Rel驱动CD72阳性巨噬细胞诱导心肌损伤

目标：这个研究的目的是通过单细胞测序探究TAC小鼠心脏巨噬细胞的异质性，寻找与心脏损伤有关的巨噬细胞亚群。
Hayley笔记·2022-07-14 15:13

二代群体遗传与重测序（上）

上已完结，中见https://www.jianshu.com/p/0147afc3334c零.软件安装singularity实在太方便了。这个问题后面再更一.变异分析技术路线：bwa进行参考基因组比对→samtools和picard排序和去除重复，以免造成duplication干扰→GATK的变异检测：HaplotypeCaller分样本变异检测，GenomicsDBImport（各样品）以数据库
曹草BioInfo·2022-07-14 11:03

文献学习020--[sc]单细胞核测序揭示扩心病儿童细胞特征调节的新机制

Age-DependentChangesinCellularCompositioninPediatricDCM作者对6例因终末期扩心病进行心脏移植的患儿（0.5,0.75,5,6,12和13岁）的左室组织进行了单细胞核测序
Hayley笔记·2022-07-10 11:35

基于R语言的微生物群落组成多样性分析——α多样性及其可视化

对于许多做微生物的同学来说，基于高通量测序的16S扩增子测序是对细菌群落组成及多样性进行分析的重要手段。
科研那点事儿·2022-07-08 08:36

免疫组库数据分析1-scRepertoire

免疫组库基础知识见：单细胞免疫组库：TCR基因重排原理和TCR测序建库方法scRepertoire由华盛顿大学的NickBorcherding博士开发，是一款针对10XV(D)J数据的免疫组库分析工具。
Hayley笔记·2022-07-01 10:17

loom文件的生成

在单细胞测序的轨迹推断中，我们介绍了RNA速率分析的原理，进行速率分析的前提就是需要得到未剪切的(unspliced)和剪切的(spliced)mRNA信息。
Hayley笔记·2022-07-01 10:24

单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity

RNAvelocity原理此前已经介绍过，参考单细胞测序的轨迹推断。
Hayley笔记·2022-07-01 10:01

液滴型单细胞测序技术的比较

单细胞测序方法和原理系列：1.单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10Xgenomics2.DNA文库构建和Illumina测序化学原理3.单细胞免疫组库：TCR基因重排原理和TCR测序建库方法
Hayley笔记·2022-07-01 10:56

CITE-seq：同时测细胞表面蛋白和RNA的单细胞测序

单细胞测序方法和原理系列：1.单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10Xgenomics2.DNA文库构建和Illumina测序化学原理3.单细胞免疫组库：TCR基因重排原理和TCR测序建库方法
Hayley笔记·2022-07-01 10:46

单细胞ATAC-seq原理介绍与报告解读

单细胞测序方法和原理系列：1.单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10Xgenomics2.DNA文库构建和Illumina测序化学原理3.单细胞免疫组库：TCR基因重排原理和TCR测序建库方法
Hayley笔记·2022-07-01 10:40

单细胞免疫组库：TCR基因重排原理和TCR测序建库方法

单细胞测序方法和原理系列：1.单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10Xgenomics2.DNA文库构建和Illumina测序化学原理免疫组库（immunerepertoire,IR
Hayley笔记·2022-07-01 10:35

Read count、CPM、 RPKM、FPKM和TPM的区别

1.为什么我们要进行Normalization测序深度：某些低表达量的基因只有在较高的测序深度时才能检测到。一般而言，随着测序深度的增加，基因种类以及可变剪接体的数目也会增加。
Hayley笔记·2022-07-01 10:46

基因检测，如何帮助患者对抗疾病？

在新冠疫情的溯源与药物研发中，病毒全基因组的测序，同样发挥着重要作用。然而，人类对基因的探
·2022-06-30 14:21

文献学习030--[sc+st]单细胞核测序和空间转录组解析肥厚性心肌病的心脏病理性重构的谱系特异性调节改变

周洲老师，胡盛寿老师和王水云老师共通讯的文章，预印版21年7月发在bioRxiv上面（但是现在好像还没有发出来哎）1.Single-nucleusandspatialtranscriptomicsequencingofthecardiacIVStissuesfromHCMpatientsandhealthydonorsFig1A：作者对10例肥厚性心肌病患者和2例正常对照(healthydonor
Hayley笔记·2022-06-30 09:27

文献学习028--[sc]单细胞转录图谱揭示稳态和感染状态下中性粒细胞的异质性

20年的一篇natureimmunology，做的是中性粒细胞的单细胞测序。因为中性粒细胞存活时间很短，所以研究相对较少。这一篇做的比较全面，有比较好的参考意义。
Hayley笔记·2022-06-30 09:13

文献学习025--[sc]CD177调节肿瘤浸润Treg细胞的功能和稳态

这篇文章里作者对三例ccRCC患者的外周血和肿瘤中的Treg进行了单细胞测序，鉴定出了不同功能的TITreg亚群，发现CD177+TITreg细胞群可能作为TITreg特异性免疫治疗靶点。
Hayley笔记·2022-06-30 09:57

文献学习024--[sc]单细胞测序揭示病毒性心肌炎细胞图谱和转录网络

刚刚发在iScience上的文章1.髓系细胞，T细胞和成化学纤维细胞是心肌炎小鼠心脏中主要富集的细胞作者对CON和CVB3造模21天的小鼠心脏进行了消化，annexin-V和propidiumiodide染色，随后进行了annexin-V-PI-流式分选。CON和D21每组消化了7个心脏，每组上了16000个细胞（每组就一个样）(Fig1A)。一共测的了22985细胞（CON:9734,CVB3:
Hayley笔记·2022-06-30 09:53

文献学习021--[sc]单细胞测序揭示心梗后的心脏免疫动态变化

TemporalImmuneCompositionintheHeartbySingle-CellRNASequencingafterMIFig1A：分选了sham和MI后d3(急性炎症期)，d7(急性炎症期)和d14小鼠(重构期)心脏中的免疫细胞，进行了10x单细胞测序
Hayley笔记·2022-06-30 09:35

文献学习018--[sc]单细胞测序鉴定出特殊炎性巨噬细胞亚群可作为减轻急性肾脏损伤的治疗靶点

MononuclearPhagocyteAtlasatSingle-CellResolutioninMicewithIRI-AKIFig1A：分选了肾脏缺血再灌NC，D1和D3的脾脏，肾脏和外周血的单核巨噬细胞，进行了单细胞测序
Hayley笔记·2022-06-30 09:18

文献学习017--[sc]单细胞测序揭示心衰患者循环免疫细胞的广泛变化

这一篇是21年发在CardiovascularResearch上的文章，看完的感觉就是单细胞的文章还是好发啊(＞﹏＜)...思路上没啥学习的地方，不过单核细胞三群的区分方法还是值得借鉴的免疫细胞在心脏损伤中具有双向作用，它在介导损伤引起心衰的同时也可以促进血管生成和损伤修复。此前有研究显示急性心衰患者外周血intermediate和非经典的单核细胞数量增加，而且intermediate单核细胞数目
Hayley笔记·2022-06-30 09:12

文献学习013--[sc]单细胞轨迹重建揭示病理性心肌肥厚干预原则

Single-CellAnalysisofPathologicalCardiacHypertrophyinaMouseModelofPressureOverloadFig1A：送样流程，取了0,2,5,8,11周的TAC小鼠心尖区和非心尖区的心肌和非心肌，分别送了单细胞测序
Hayley笔记·2022-06-30 09:51

文献学习010--[sc]重症新冠患者外周血抗原呈递细胞单细胞测序揭示多种抗病毒免疫过程缺陷

文章代码见：https://github.com/MelissaSaichi/Covid_scRNAseq.主要发现：1.plasmacytoidDCs促凋亡通路上调2.pDCs和CLEC9a+DC分别有TLR9和DHX36的下调3.单核细胞亚群出现抗病毒的ISGs的下调4.cDC1c+DCs出现MHCII相关基因和MHC反式激活因子活性的下调，提示病毒抑制抗原呈递。一.所有样本整体情况分析1.C
Hayley笔记·2022-06-30 09:36

数据分析-3 pandas

比如：单细胞测序的结果中除了数值之外还有样本信息、基因信息等。所以，numpy能够帮助我们处理数值，但是pandas除了处理数值之外(基于numpy)，还能够帮助我们处理其他类型的数据。
Hayley笔记·2022-06-30 09:53

canu 组装PacBio数据

基因组组装的三个层次，contig,scaffold和chromosomes.contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。
木夕月·2022-06-29 16:58

基因检测，如何帮助患者对抗疾病？

在新冠疫情的溯源与药物研发中，病毒全基因组的测序，同样发挥着重要作用。然而，人
·2022-06-28 18:52

年终盘点：2021年AI领域值得关注的十件事

来源：科技日报几年前提到人工智能，人们的第一反应是全球流行、网络热门、预见未来，但如今，人工智能早已褪去神秘色彩，语音识别、图像识别、智能阅片、病毒测序、药物设计……皆已成为唾手可得的应用。
人工智能学家·2022-06-28 07:05

R语言使用cgdsr包获取TCGA数据示例详解

数据获取病例列表的临床数据从cBioPortal下载点突变信息从cBioPortal下载拷贝数变异数据把拷贝数及点突变信息结合画热图TCGA数据源众所周知,TCGA数据库是目前最综合全面的癌症病人相关组学数据库，包括的测序数
·2022-06-25 13:29

粒子滤波（PF）原理详解

我们所看到的序列被称为观测序列，每个观测值背后都有一个隐变量，这个
cofisher·2022-06-25 07:41

基因检测，如何帮助患者对抗疾病？

在新冠疫情的溯源与药物研发中，病毒全基因组的测序，同样发挥着重要作用。然而，人类对基因的探索是一个漫长而艰辛的征程。号称生命科学领域“登月计划”的“人类基因组计划”于1990年启
·2022-06-23 15:03
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