illumina测序第45页

实验报告解析及方法论—微生物多样性（扩增子/16S rDNA测序）

1.实验报告的主体框架内容a)封面信息b)项目实施信息c)元基因组DNA提取过程及结果d)PCR扩增过程及结果e)样品是否成功的判定标准a）封面信息主要包含：客、服双方的主要联系人相关信息，样品对接人，实验操作组及实验主要负责人信息，报告生成时间、项目名称及唯一标识号等方面内容。主要目的：用于追溯实验流程过程，客、服双方在实验方面内容的沟通及对接。b）项目实施信息主要包含：样品的详细情况（客户方提

JarySun·2022-02-15 14:50

QIIME基础应用（一）

一、数据准备1、Mapping文件Mapping文件为描述测序样本信息的文件，“数据的数据”，文件格式为.txt，需手动建立，其基本格式如下：其中前三列与最后一列为必备列，分别为样品名，Barcode序列

小河海·2022-02-15 10:11

使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（一）：Analyzing PBMC scATAC-seq

目前，Signac包主要专注于分析单细胞ATAC-seq数据，之后还会添加其他基于染色质调控的单细胞测序数据分析的新功能。

Davey1220·2022-02-15 08:59

TBtools | 地球最友好的 GFF3/GTF 序列提取工具

写在前面伴随基因组测序的普及，越来越多物种的基因组测序项目开展并报道，为科研工作者提供了更为全面的参考序列信息。目前，单纯植物类已公布的基因组，应在400~500个物种之间。

生信药丸·2022-02-14 21:56

如果你愿意一层一层一层的剥开好奇心

一、人类与黑猩猩的那点事由美国、以色列、德国、意大利和西班牙的67名科学家组成的国际黑猩猩基因测序与分析联盟研究显示，黑猩猩和人类基因组的DNA序列相似性达到99%；即使考虑到DNA序列插入或删除，两者的相似性也有

尹小夕·2022-02-14 05:43

本周最新文献速递2021-01-17

通过整合批量RNA测序，单细胞RN

橙子牛奶糖·2022-02-14 01:03

Paper-47 综述：现有的肠道菌群采样方法及对更精确的设备的紧急需求（Front Cell Infect Microbiol. 2020） 2021-02-18

ACallforMorePreciseDevices原文链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7161087/DOI:10.3389/fcimb.2020.00151摘要：*下一代测序技术的发展使研究人员能够从更广泛

RashidinAbdu·2022-02-13 16:26

《学习小组Day7笔记-tdx》

今天是学习小组的最后一天，我们学习了测序的相关知识。呃呃，我感觉几代测序中我好像明白些的只有一代测序，所以思维导图中只写了一代测序的操作。image.png学习小组算是结束了，但我还会努力学习的！！！

TX_ab85·2022-02-13 16:29

2019-12-20 学习记录4

bowtie2测序数据分析软件，Bowtie是一个超快的，存储高效的短序列片段比对程序。它能够以每小时处理2500万35bpreads的速度，将短的DNA序列片段（reads）比对到人类基因组上。

o迷幻天使o·2022-02-13 11:56

关于spades的安装和使用

该软件主要用于illumina，IonTorrentreads的组装，也可以进行PacBio,Oxfordnanopore,Sangerreads的组装。

毛毛_a389·2022-02-13 05:52

隐马尔可夫模型

隐藏的马尔可夫链随机生成的状态的序列，称为状态序列（statesequence);每个状态生成一个观测，而由此产生的观测的随机序列，称为观测序列（observationsequence)。

wensong_kevin·2022-02-13 00:26

一款计算亲缘关系和祖先分析的软件-AKT

做好了数据质控，对下一步分析大有裨益，接下来的分享不可以错过喔~一般来讲，亲缘关系的计算有以下几方面作用：检测关联样品确定样品祖先计算突变之间的相关性检查孟德尔遗传一致性进行样品聚类在2017年，illumina

生信阿拉丁·2022-02-12 09:01

2019-12-20 学习记录5

BWA-backtrackBWA-SWBWA-MEMBWA-backtrack适合比对长度不超过100bp的序列；BWA-SW和BWA-MEM适合于长度为70-1Mbp的序列；其中BWA-MEM是最新开发的算法，对于高质量的测序数据

o迷幻天使o·2022-02-12 07:09

用requests爬取数据库并转换成EBL下载链接

之前老师给了我一个储存RNA-seq和Ribo-seq数据的数据库translatomedb让我在上面下数据，但是这个数据库本身并不存储测序数据，每一组数据需要点击后面的链接，得到相应的NCBI链接，再去根据链接自行下载

SunPython·2022-02-12 07:16

ChIP-seq需知问题及展望

参考文章：看到公众号这篇推文解读的很深入https://mp.weixin.qq.com/s/7BqcpR1bMJaZHV408-sv6Q染色质免疫沉淀后测序（ChIP-seq）是一种针对DNA结合蛋白

caokai001·2022-02-11 20:53

学习小组Day4笔记——单双

今天看了测序的世界，心里无比佩服，很难得的踏实钻研的精神，值得学习！

丹keepbetter·2022-02-11 18:35

RNA-seq测序数据模拟

在评估不同软件性能的时候，我们会需要模拟一些数据。由于模拟数据当中的情况是已知的，例如差异表达基因的数目。因此，通过比较不同软件在模拟数据上的效果，我们可以获得软件的量化性能指标，例如灵敏度、特异性和准确度等。本文根据DESeq2文章中的方法记录如何进行简单的基于负二项分布（NegativeBinomialdistribution）模拟RNA-seq基因表达数据。为了模拟基因表达数据，我们需要：从

尘世中一个迷途小书僮·2022-02-11 09:44

2019-06-10

恭喜上海基因检测中心成立，主要针对人体基因测序，染色体遗传筛查，生命密码解析，我们的理念是揭开神秘生命密码，通过科学健康的方式让你健康活到140岁，需要了解定制的朋友可以详细咨询我！

chuanyueshikong·2022-02-11 05:01

从国内寄送数据到欧洲

博导丢给我71G的fastq.gz格式测序数据，希望我用U盘寄送到欧洲某国家去，并提醒我，最好用U盘。经过询问了FedEx和顺丰，大体可以确定，确实移动硬盘可能无法寄送，难道是因为数携带的数据太多？

生信药丸·2022-02-10 21:40

DAY7 一二三代测序，重一二代测序原理，三代略看，必备words

image.png一代测序：Sanger测序原理简单概述双脱氧终止反应法，聚合酶延伸链(由于ddNTP的2’和3’都不含羟基，其在DNA的合成过程中不能形成磷酸二酯键，因此可以用来中断DNA合成反应)设置四个反应体系

喜喜66·2022-02-10 21:58

【单细胞入门必读】单细胞RNA-seq技术和数据分析简介

Single-CellRNA-SeqTechnologiesandRelatedComputationalDataAnalysis单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术允许在单细胞分辨率下解析基因表达

巴拉巴拉11·2022-02-10 19:00

[Paper] || 单细胞批次校正算法 Batch effects in single-cell RNA-sequencing data are corrected by matching m...

问题背景由于生物技术限制，有时一次实验可以测得的数据较少，我们需要将几个批次的细胞数据合并进行下游分析；数据合并时会出现批次效应（Batcheffects），不同实验人员、测序平台、时间等因素会给测序带去技术噪音

葵sunshine·2022-02-10 15:53

学习小组day7笔记-徐妙

番番番茄小姐·2022-02-10 10:02

samtools rmdup

仅作为自己笔记备份以便后续查看http://www.bio-info-trainee.com/2003.html仔细探究samtools的rmdup是如何行使去除PCR重复reads功能的这样的话，双端测序数据

Jennifer_Lee·2022-02-10 10:31

3 wes测序质量的控制

原视频6:测序质量的控制首先建立文件夹$cd~/project/wes/$mkdir{raw,clean,align,mutation,qc}这部分包括fastqc和multiqc两个软件查看测序质量，

Y大宽·2022-02-10 09:47

2018-11-18

因此随着基因芯片和深度测序等高通量数据的出现，计算方法在TFBS的分析中得到了广泛的

是杰宝呀·2022-02-10 05:48

本地化BLAST+进行目标序列比对

举个栗子：最近对拟南芥中的一个叫做CBF的基因非常感兴趣，现在我想看看这个CBF基因在一个新测序的物种Am基因组上是否存在，Am中有几个CBF基因？这样的查找可以通过本地化的BLAST+来实现。

Akoya·2022-02-10 03:38

梦

单独的，小巷、实验室玻璃门、盆景、服务台，不同医院实验室，选择，北京安诺测序间文库慢慢倒下，背后有人女的，催催

阿吉AI·2022-02-10 01:23

breakdancer检测结构变异

breakdancer是一款结构变异检测软件，专门针对双端测序数据进行开发，github地址如下https://github.com/genome/breakdancer分析原理图如下从原理图可以看出，

生信修炼手册·2022-02-09 20:40

全基因组测序——贰.质控

质控高通量测序数据下机后的原始fastq文件，包含4行，其中一行为质量值，另外一行则为对应序列，得到下机数据后我们首先进行质量检测，详细见质量检测：FastQC然后进行质量控制，这个过程包括去接头、过滤低质量

oddxix·2022-02-09 11:30

文献解析|基因组测序揭示结构变异对甘蓝多样性的贡献

文章名称：GenomesequencingshedslightonthecontributionofstructuralvariantstoBrassicaoleraceadiversification发表杂志：bioRxiv发表单位：北京农林科学院等发表时间：2020年10月甘蓝包括几种形态多样、具有重要经济价值的蔬菜作物。我们展示了花椰菜和卷心菜（结球甘蓝）两种形态的甘蓝的高质量染色体规模的基

贝瑞科服·2022-02-09 10:46

全外显子测序(wes)数据分析详细流程(小样本)

如果想看大样本的数据处理分析流程请移步总目录:三阴性乳腺癌全外显子分析(wes)(大样本727个)分析流程目录如下：1wes相关软件下载与安装并添加环境变量2下载GATK需要的参考基因组文件3wes测序质量的控制

Y大宽·2022-02-09 09:26

StringTie: 一款RNA-seq序列转录本重构软件

StringTie:一款RNA-seq序列转录本重构软件转录本测序方法通常会产生大于200million的短序列。针对这样的序列，StringTie可以用来组装转录本，包括denovo。

shenny_·2022-02-09 00:39

单细胞测序-scRNA-seq数据的预处理与质控

前两期scRNA-seq分享讲到了测序的原理、应用以及测序方法，今天就进入了数据分析阶段了。scRNA-seq与bulk-RNA-seq同样是RNA的通量测序数据，在前期质控与后期分析都有什么异同？

作图丫·2022-02-09 00:50

4 比对到参考基因组输出bam文件

进到align目录对质量好的测序数据进行比对1.一个个比对，生成BAM文件align目录sample=SRR7696207bwamem-t2-R"@RG\tID:$sample\tSM:$sample\

Y大宽·2022-02-08 21:40

本周最新文献速递2020-11-08

DegenerativeandregenerativepathwaysunderlyingDuchennemusculardystrophyrevealedbysingle-nucleusRNAsequencing不想看英文题目：单核RNA测序揭示杜氏肌营养不良的退化和再生途径杂志和影响因子

橙子牛奶糖·2022-02-08 20:44

单细胞分析seurat包学习笔记1

在IlluminaNextSeq500上对2,700个单细胞进行了测序。原始数据可以在这里找到。我们首先阅读数据。该Read10X函数从10X读取cellranger管道的输出，返回唯一分

麒麟991·2022-02-08 18:12

R语言极值分析：分块极大值Block-maxima、阈值超额法、广义帕累托分布GPD拟合降水数据时间序列

这种对（时间）观测序列的极值建模的方法是基于在一定的恒定长度序列内利用这些观测值的最大值或最

·2022-02-08 17:42

去PCR冗余

ref:你真的懂Illumina数据质量控制吗？

苏牧传媒·2022-02-08 14:28

SPAdes 安装与使用

1.SPAdes的使用目的当前版本的SPAdes与Illumina或IonTorrent读取一起使用，并且能够使用PacBio，OxfordNanopore和Sanger读取提供混合组件。

记号晴系·2022-02-08 12:19

Seurat学习与使用（一）

上篇介绍了单细胞rna-seq分析的第一个步骤——数据质控和定量（10X单细胞测序之cellranger介绍）。接下来将介绍下第二个步骤——细胞质控、聚类及差异分析。

小胡子老爷·2022-02-07 14:39

使用Aspera高速下载ENA/SRA测序数据

TEXT进行下载，生成文件:sample_alias.txt和fastq_aspera.txt[EBI网址]https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB78882、下载测序数据

husy_·2022-02-07 13:21

学习小组Day7笔记-Resolution

Day7测序相关知识集中充电.pngsmallRNA（sRNA）.png

ResolutionCC·2022-02-07 10:16

宏基因组—探秘肠道菌群与疾病作用机制

宏基因组测序可用于解析环境微生物的群落结构、物种组成、系统进化、基因功能和代谢网络等，已经广泛应用于肠道微生物的研究。一、构建人肠道微生物组的参考基因集宏基因组测

贝瑞科服·2022-02-07 09:41

SpatialDB引发的10x技术原理的探究

作者：椰子糖审稿：童蒙编辑：amethyst引言单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的出现极大的推动了现代细胞和分子生物学的发展。

生信阿拉丁·2022-02-07 03:29

【基因课】测序数据过滤和质控

1.课程大纲基础知识数据质控Fastqc结果解读数据过滤2.学习笔记2.1基础知识2.1.1测序原理SamplePrep：DNA随机打断加adapter；ClusterGeneration：桥式PCR；

猪猪头看世界·2022-02-07 03:57

「miRNA-seq」miRNA预测工具miRDeep-P2的简明教程

miRDeep-P2利用smallRNA二代测序结果识别植物中的miRNA基因，尤其是那些尚未得到较好注释的物种。

xuzhougeng·2022-02-07 02:04

TBtools使用讲演课程-录屏-

目前，高通量测序已然是生物实验室的常用研究手段。数据不断积累，而解读数据的难度也越来越大。从海量的生信数据中，抽取出有价值的生物信息，将有助于生物方向的确定与实验的开展。

生信药丸·2022-02-06 20:49

全外显子测序数据分析

TITLE:全外显子测序数据分析AUTHOR:ShuntaiYu[TOC]外显子是形成mRNA后剪接剩下的部分，包括UTR区与CDS，而CDS则是真正编码蛋白的CodingSequence；JWAwzn.jpgP1

简boo·2022-02-06 09:09

云计算中心和超算中心有何区别？

云计算的发展就是共享经济在计算领域的演进，面向所有需要信息技术的场景，应用领域和应用层次不断扩张，要支撑构造千变万化的应用；超算则主要提供国家高科技领域和尖端技术研究需的运算速度和存储容量，包括航天、国防、石油勘探、气候建模和基因组测序等

yijian2595·2022-02-06 08:56

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