rdkit

rdkit MurckoScaffold 化合物骨架提取；基于骨架的相似化合物聚类检索

参考：http://www.rdkit.org/docs/source/rdkit.Chem.Scaffolds.MurckoScaffold.htmlhttps://cloud.tencent.com
loong_XL·2022-11-19 03:43

rdkit 获取化合物.FindMolChiralCenters手性；化合物各位置坐标GetConformer().GetAtomPosition()

参考：https://blog.csdn.net/weixin_60737527/article/details/1260839021、rdkit获取化合物.FindMolChiralCenters手性
loong_XL·2022-11-15 18:58

你的工具包已到货「GitHub 热点速览 v.22.31」

除了这个shellkit，我们还有dashboardkit——tabler，功能技能kitengineeringladders，网络模拟kitcomcast用来测试分布式系统。如果你在开发
削微寒·2022-08-01 08:00

使用 Docker 和 PyCharm 快速搭建 Rdkit 开发环境

Rdkit的本地安装是个让人比较头疼的问题，由于资源包在国外，各种办法的下载安装都比较困难。接下来我给大家介绍一个办法，不需要本地安装Rdkit也能进行本地开发和调试的。
金国群-GIN·2022-07-20 09:35

Rdkit学习-No.3-SMARTS

SMARTS1：简介：是一种用来描述分子模式以及属性的语言是SMILES规则的简单扩展可以在不同的尺度上描述特异性和通用性的结构特征2:用途可以用来进行分子亚结构的搜索也可以用来表征化学反应3:案例SMARTS提供了许多原始符号,描述的原子特性超出了SMILES中使用的特>性(原子符号、电荷和同位素规格)。（1）：按照元素的基团表示CHNOPSX（2）：原子Atom(3)：键各种键符号可用于表现原
ZeroDesigner·2022-02-17 08:23

VSCODE调试RDKit内核的方法步骤(C++)

目录安装RDKit所需环境配置VSCode使其能Debug配置Intellisense配置CMake新建调试文件进行调试Anaconda环境问题参考资料在研究RDKit的一些算法的时候，总希望能够“进入到代码中
·2021-08-23 11:51

化学分子的溶解度预测模型（Rdkit构建）

各位朋友好，今天我讲述如何用Rdkit构建化学分子的溶解度预测模型。首先我们要了解一个非常重要的包Rdkit。
python机器学习建模·2021-06-15 14:57

跳坑日记：RDKit+anaconda+pycharm+windows10

在已经弄好anacanda+pycharm的情况下$condacreate-crdkit-nmy-rdkit-envrdkit(这是创建新环境)或condainstall-crdkit-nbaserdkit
路滑鱼·2021-05-19 01:31

RDKit | 基于随机森林(RF)预测SARS-CoV 3CL蛋白酶抑制剂的pIC50

导入库importsklearnfromrdkit.ChemimportAllChemfromrdkitimportChemfromrdkit.ChemimportDescriptorsfromsklearn.model_selectionimporttrain_test_splitfromrdkit.ML.DescriptorsimportMoleculeDescriptorsimportpan
qq2648008726·2021-01-07 15:36

RDKit | 基于RDKit的氨基酸序列转换为SMILES

导入库fromrdkitimportChemfromrdkit.ChemimportDrawfromrdkit.Chem.DrawimportIPythonConsoleIPythonConsole.ipython_useSVG
qq2648008726·2020-12-30 13:45

预测化学分子的nlogP——基于sklearn, deepchem, DGL, Rdkit的图卷积网络模型

之前出了几个博客，都是关于如何使用deepchem的内置数据集、模型、以及分子特征化。到目前为止，都没有使用自己真是的案例进行流程化的尝试。这里就使用自己的test.sdf文件作为输入，到模型的建立和评估，建立一个真实的应用于分子的图神经网络模型案例。importdeepchemasdcimportos一、加载SDF数据，特征化，生成机器学习/深度学习可以接受的数据格式tasks:任务的列明,fe
wufeil·2020-12-24 18:22

基于PostgreSQL使用rdkit做化合物检索

文章目录基于`PostgreSQL`使用`rdkit`做化合物检索一、`rdkit`安装使用二、根据化合物SMILES生成相应的表用于子结构搜索与相似度搜索基础准备，假设表`compoundStructures
冂吉麒麟·2020-08-16 04:03

RDKit：基于RECAP生成片段

usr/bin/python3fromrdkitimportChemfromrdkit.ChemimportRecapfromrdkit.ChemimportDrawfromrdkit.Chem.DrawimportIPythonConsolemol
AspirinCode·2020-07-10 18:50

RDKit入门教程(1)——RDKit 安装 (Win10)

RDKit简介RDKit官网：https://www.rdkit.org/RDKit是干啥的：https://www.rdkit.org/docs/Overview.html#what-is-it言简意赅的翻译一下
慕蒿·2020-06-30 18:02

rdkit入门

Python中的RDkit包，是将化学与机器学习联系起来的、非常实用的库。可以在很多种化学文件如mol2，mol，Smiles，sdf等之间互相转化，并能将其展示成2D、3D等形式供开发人员使用。
Code Wang·2020-06-29 22:02

rdkit&python | 化学反应中心提取模板

将反应SMILES加载到RDKit中，作为代表反应物和产物的原子映射分子对象。
SLSLVLG·2020-06-29 07:17

二进制摩根分子指纹的输出

Ifyouarereferringtothenumberofbitsinacircular/Morganfingerprint,youcansetthisdirectlyinRDKitusingthe'nBits'parameter.Forexample
unsterbliche·2020-06-27 10:01

目标检测之CNN系列

host.robots.ox.ac.uk:8080/leaderboard/main_bootstrap.phpcoco:http://mscoco.org/dataset/#detections-leaderboardkitti
zbxzc·2020-06-27 09:45

RDKit：基于支持向量回归预测logP

RDKit一个用于化学信息学的python库。使用支持向量回归（SVR）来预测logP。分子的输入结构特征是摩根指纹，输出是logP。
qq2648008726·2020-06-27 03:32

RDkit＆mol2vec ：基于逻辑回归的靶标抑制剂活性二分类对比

逻辑回归(logisticsregression)逻辑回归又称logistic回归分析，是一种广义的线性回归分析模型，常用于数据挖掘，疾病自动诊断，经济预测等领域。逻辑回归从本质来说属于二分类问题。二分类问题是指预测的y值只有两个取值（0或1），二分类问题可以扩展到多分类问题。例如：我们要做一个垃圾邮件过滤系统，x是邮件的特征，预测的y值就是邮件的类别，是垃圾邮件还是正常邮件。对于类别我们通常称为
qq2648008726·2020-06-27 03:32

RDKit：可视化药效团（Pharmacophore）

药效团成药靶点中必定存在着能与药物结合的特异性结合位点。对某个靶点发挥活性的化合物在结构特征上必定有相似之处。这些化合物的最普遍的共有特性被定义为药效团（pharmacophore）药效团模型的重要意义：药效团模型不仅仅利用分子拓扑学相似性而且利用了基团的功能相似性，从而运用了生物电子等排体（bioisosterism）的概念使得模型更加可靠。如果仅仅考虑化合物之间形状的相似性，将会导致结合模式预
qq2648008726·2020-06-27 03:01

RDKit | 基于随机森林（RF）的机器学习模型预测hERG阻断剂活性

从分子相似性评估到使用机器学习技术的定量构效关系分析各种建模方法已应用于不同大小和组成的数据集（阻断剂和非阻滞剂的数量）。本研究中使用从公共生物活性数据开发用于预测hERG阻断剂的稳健分类器。随机森林被用来开发使用不同分子描述符，活性阈值和训练集合成的预测模型。与先前提取数据集的研究报告相比，该模型在外部验证中表现出优异的性能。#导入依赖库importpandasaspdimportnumpyas
qq2648008726·2020-06-27 03:01

RDKit：基于RECAP生成片段

RDKit代码：#导入模块，载入分子#!
qq2648008726·2020-06-27 03:00

RDKit | 基于机器学习的化合物活性预测模型

主成分分析（PrincipalComponentAnalysis，PCA）PCA是非常经典的降维算法，属于无监督降维，做机器学习的应该都有所了解。但是，除了基本的PCA推导和应用之外，还有SparsePCA、KernelPCA、TruncatedSVD等等，另外PCA和特征值、奇异值的关系以及SparsePCA和字典学习（DictLearning，Lasso）的关系等等，也是比较有趣的事情。PCA
qq2648008726·2020-06-27 03:00

RDKit：基于分子文件输出分子结构

/usr/bin/python3fromrdkitimportChemfromrdkit.ChemimportDrawspl=Chem.SDMolSupplier('molecules.sdf')#读入分子库
qq2648008726·2020-06-27 03:00

RDKit：化合物骨架分析（基于Python3）

基于RDKit的骨架分析代码实例：#In[1]:#!
qq2648008726·2020-06-27 03:00

RDKit：化合物亚结构（Substructure）搜索（基于Python3）

/usr/bin/python3fromrdkit.ChemimportAllChemaschfromrdkit.ChemimportDrawasd#载入分子库suppl=ch.SDMolSupplier
qq2648008726·2020-06-27 03:29

基于RDKit探索DrugBank

/usr/bin/python3fromrdkitimportChemfromrdkit.Chem.DrawimportIPythonConsolefromrdkit.ChemimportAllChemfromrdkitimportDataStructsfromrdkit.ChemimportDrawimportpandasaspd
qq2648008726·2020-06-27 03:29

RDKit | 基于神经网络的溶解度预测和回归分析

人工智能是一个主题，尝试使用神经网络作为模型建立化合物物理性质的预测模型。机器学习库是由Google开发和使用的TensorFlow。Keras是一个使TensorFlow的神经网络功能更易于使用的软件包。神经网络神经元神经元是神经网络的基本单位。它获得一定数量的输入和一个偏置值。当信号（值）到达时会乘以一个权值。如果神经元有4个输入，那么就有4个权值，权重可以在训练时调整。连接将一个神经元连接到
qq2648008726·2020-06-27 03:29

RDKit | 基于随机森林的化合物活性二分类模型

随机森林（RandomForest）随机森林是许多决策树组成的模型。这个模型不仅仅是一个森林，而且它还是随机的，因为有两个概念：随机抽样的数据点;基于要素子集拆分的节点;随机抽样随机森林背后的关键是每棵树在数据点的随机样本上训练。样本用替换（称为bootstrapping）绘制，这意味着一些样本将在一个树中多次训练。这个想法是通过对不同样本的每棵树进行训练，尽管每棵树相对于一组特定的训练数据可能有
qq2648008726·2020-06-27 03:29

RDKit：化学指纹（Chemical Fingerprinting）

公共版本包含166个键，即1660和1，其中每个键对应于特定的分子特征，例如存在羰基（键154：（'[＃6]=[＃8]'，0），RDkit中的#C=O.实现）.RDkit中可用的另一种指纹是摩根型指纹，
qq2648008726·2020-06-27 03:29

RDKit：化合物相似性搜索（基于Python3）

基于Python3和RDKit的化合物结构相似性搜索化合物相似性在化学信息学和药物发现中具有悠久的历史，许多计算方法采用相似度测定来鉴定研究的新化合物。
qq2648008726·2020-06-27 03:29

RDKit | 基于Pytorch和RDKit建立QSAR模型

QSAR定量构效方法（quantitativestructure-activityrelationship,QSAR）是应用最为广泛的药物设计方法。所谓定量构效方法就是通过一些数理统计方法建立其一系列化合物的生理活性或某种性质与其物理化学性质之间的定量关系，通过这些定量关系。可以预测化合物的生理活性或某些性质，指导我们设计出具有更高活性的化合物。早在1867年，Crum-Brow和Fraser就提
qq2648008726·2020-06-27 03:28

Python脚本：聚类小分子数据集

基于RDKit的Python脚本用于聚类分子#!/usr/bin/python3#coding:utf-8#http://www.rdkit.org/docs/C
qq2648008726·2020-06-27 03:28

基于RDKit的Python脚本：SDF格式转SMILES格式

RDKit:Open-SourceCheminformaticsSoftwarehttp://www.rdkit.org/简化分子线性输入规范（SMILES）是一种用ASCII字符串明确描述分子结构的规范
qq2648008726·2020-06-27 03:28

RDKit | Positional Analogue Scanning:药物设计中多参数优化的有效策略

生物医药研究中，将优化命中或先导化合物转化为高质量化学探针或候选药物所需的设计周期的数量和持续时间减到最少是一个持续的挑战。由于对分子和物理化学性质以及分子内和分子间相互作用的显着影响，对命中或先导化合物进行的小结构修饰可能会对药理学特性产生有意义的影响。快速有效地制备一系列位置类似物的药理学概况，是将次甲基与含芳族或杂芳族环的命中或先导化合物中的杂原子或其他取代基进行系统交换，是使设计周期最小化
qq2648008726·2020-06-27 03:27

RDKit | 基于RDKit绘制带原子和键的索引、注释和立体化学

基于RDKit绘制带原子和键的索引、注释和立体化学导入库fromrdkitimportChemfromrdkit.ChemimportDrawfromrdkit.Chem.DrawimportrdMolDraw2Dfromrdkit.ChemimportrdDepictorrdDepictor.SetPreferCoordGen
qq2648008726·2020-06-27 03:27

基于DeepChem的溶解度预测（图形卷积，神经网络）

环境Python3.6DeepChem1.1.0TensorFlow1.0.1RDKit2020.03.2基于DeepChem图卷积预测溶解度导入库importtensorflowastfimportdeepchemasdcimportnumpyasnp
qq2648008726·2020-06-27 03:27

RDKit | 基于RDKit绘制黑白颜色的分子

基于RDKit绘制黑白颜色的分子导入库fromrdkitimportChemfromrdkit.ChemimportDrawfromrdkit.Chem.DrawimportIPythonConsoleimportrdkitrdkit
qq2648008726·2020-06-27 03:27

RDKit | RDKit（2019.09）新增相似性图函数

RDKit（2019.09）新增相似性图函数导入库fromrdkitimportChemfromrdkit.ChemimportDrawfromrdkit.Chem.DrawimportSimilarityMapsfromIPython.displayimportSVGimportnumpyasnpimportrdkitprint
qq2648008726·2020-06-27 03:27

RDKit | 基于化合物结构式图像估算分子式

2环境系统：Win10工具：RDKit、OpenCV、Keras、TensorFlow3实验步骤训练数据300,000种化合物的SMILES字符串（足够的训练数据）。
qq2648008726·2020-06-27 03:26

Chemistry.AI | 基于图卷积神经网络（GCN）预测分子性质

GCN:GraphConvolutionalNetwork(图卷积网络)环境准备Python版本：Python3.6.8PyTorch版本：PyTorch1.1.0RDKit版本：RDKit2020.03.1
qq2648008726·2020-06-27 03:26

RDKit | 化学信息学与AI

RDKit|化学信息学与AI介绍RDKit相关知识点和运用以及RDKit作为处理化学、生物、药学和材料学科中分子数据作为可输入机器学习和深度学习模型的重要工具应用。
qq2648008726·2020-06-27 03:26

RDKit toolkit实战一：调用Python API

RDKit是一款开源化学信息学与机器学习工具包，提供C++和Python的API接口。
qq2648008726·2020-06-27 03:56

RDKit toolkit实战二：Generating Similarity Maps Using Fingerprints

Linux（CentOS7_x64位）系统下安装RDkit(修正)点击打开链接RDKittoolkit实战演练学习一下，参考网站点击打开链接相似性图是一种可视化分子与参考分子之间的相似性的原子贡献的方式
qq2648008726·2020-06-27 03:56

Linux（CentOS 7_x64位）系统下安装RDkit

RDKit:Open-SourceCheminformaticsSoftware点击打开链接RDKit安装包下载：点击打开链#######################################
qq2648008726·2020-06-27 03:56

RDKit：计算不同分子或构象之间的RMSD

RDKit：计算不同分子或构象之间的RMSDLinux（CentOS7_x64位）系统下安装RDkit(修正)点击打开链接有时我们需要计算两个（或更多）分子之间的RMSD，可以用来判断两个构象的接近程度
qq2648008726·2020-06-27 03:56

RDKit | 将rdMolDraw2D和RDKit生成的结构图输出到Excel

环境Windows10Python3.6.8RDKit2020.03.3导入库fromrdkitimportChemfromrdkit.ChemimportDraw,AllChemfromrdkit.Chem.DrawimportrdMolDraw2DfromIPython.displayimportSVGfromrdkit.ChemimportPandasToolsimportpandasasp
qq2648008726·2020-06-27 03:55

RDKit入门与进阶教程（30篇）

RDKitRDKit是用C++和Python编写的化学信息学和机器学习软件集。
qq2648008726·2020-06-27 03:55

RDKit：基于支持向量回归（SVR）预测logP

RDKit一个用于化学信息学的python库。使用支持向量回归（SVR）来预测logP。分子的输入结构特征是摩根指纹，输出是logP。
qq2648008726·2020-06-27 03:55
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