ssGSEA

免疫细胞丰度与基因表达量的相关性热图

3.代码实现3.1.ssGSEA计算免疫细胞丰度ssGSEA的代码已经在上一篇有过啦，这里就不再赘述。rm(list=ls())if(!
小洁忘了怎么分身·2024-02-06 11:33

GSA、GSEA、ssGSEA、GSVA的算法原理及它们的联系与区别

GeneSetAnalysis）、基因集富集分析（GeneSetEnrichmentAnalysis）、单样本基因集富集分析（SingleSampleGeneSetEnrichmentAnalysis,ssGSEA
生信小博士·2023-11-02 10:55

单基因gsea_GSEA：基因集富集分析和ssGSEA:单样本基因集富集分析

传统富集分析(基于超几何分布或者Fisher精确检验)：关注一列差异基因是否是随机分布在某一感兴趣的基因集中(某通路的基因)得到通路富集的结果时：(1)、一条通路中既有上调基因又有下调基因，无法确定这条通路总体的表现形式(是抑制还是激活)将上调和下调的差异基因分开进行分析。(1)这样分析会对结果产生偏倚，因为Fisher精确检验就是想要证明整个差异基因列表不是抽样得到的，如果将上下调基因分开，就对
weixin_39907289·2023-08-02 14:25

免疫浸润结果可视化

但是ssGSEA就不是这样了。只有理解了结果是什么样的，你才能选择合适的可视化
医学和生信笔记·2023-08-02 14:49

SCI 文章中单样本免疫浸润分析 （ssGSEA）

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你122篇原创内容公众号这期讲讲单样本基因富集分析，这个也蛮有意思的之前我已经介绍过基因集富集分析（GSEA），但是当时是用差异基因来分析，这期我们就通过单基因免疫浸润的方法来介绍一下。前言singlesampleGeneSetEnrichmentA
桓峰基因·2023-08-02 14:18

loy loss of y ssgsea

a=readClipboard()a=as.vector(a)a=c("DDX3Y","UTY","KDM5D","USP9Y","ZFY","RPS4Y1","TMSB4Y","EIF1AY","NLGN4Y","TBL1Y","HSFY2","PCDH11Y","SRY","HSFY1","PRY2","DAZ1","DAZ3","DAZ4","DAZ2","RPS4Y2","RBMY1A1"
Young.Dr·2023-08-01 19:16

ssGSEA分析

ssGSEA即单样本GSEA分析，主要可以用来量化免疫浸润。免疫浸润是什么？要是直白的解释就是免疫细胞渗透到肿瘤组织的程度。一般我们说肿瘤组织当中的成分，首先想到的是肿瘤细胞。
谢京合·2023-07-27 17:35

TCGA 数据分析实战 —— GSVA、ssGSEA 和单基因富集分析

前言前面，我们介绍过了差异基因的功能富集分析，今天，我们对这部分的内容作一些补充主要介绍一下GEVA、ssGSEA和单基因的富集分析GSVA我们知道，GSEA富集分析方法是针对两组样本来进行评估的，也就是说对基因列表的排列方式是根据基因与表型的相关度
名本无名·2023-07-23 14:50

ssGSEA算法原理及应用TCGA数据

zhuang_gj2020/10/11ssGSEA算法原理及应用基本原理实例演示1.数据清洗和整理1.2FPKM转为TPM2.获得基因集3.运行ssGSEA得到得到单个样本在不同基因集中的ES基本原理1
庄小尽·2023-04-21 21:02

ssGSEA算法原理及应用TCGA数据

zhuang_gj2020/10/11ssGSEA算法原理及应用基本原理实例演示1.数据清洗和整理1.2FPKM转为TPM2.获得基因集3.运行ssGSEA得到得到单个样本在不同基因集中的ES基本原理1
庄小尽·2023-04-21 21:01

百用不厌的基质-免疫分析又来啦

今天跟大家分享的是发表在FrontiersinOncology（IF:4.8483）上的一篇文章，主要是基于TCGA和CGGA中胶质瘤数据集，利用单样本基因集合富集分析(ssGSEA)算法根据胶质瘤基质细胞
概普生信·2023-04-11 18:05

单样本基因集富集分析 --- ssGSEA

1.概述单样本基因集富集分析（singlesamplegenesetenrichmentanalysis,ssGSEA），是GSEA方法的扩展，主要是针对单个样本无法做GSEA而设计。
林枫bioinfo·2023-04-11 00:43

单样本的GSEA(ssGSEA)

啥是ssGSEA呢？我们看到以上得到的差异基因均是来自群体的，否则怎么能叫差异基因，所以GSEA主要是针对有多个样本组成的表达矩阵，那对于单个样本来说，也能计算呀！
夕颜00·2023-04-05 13:02

GSVA + limma进行差异通路分析

但如果你没有条件进行差异基因分析也可以进行GSEA，这就是ssGSEA(singlesampleGSEA,单样品GSEA)对每个样品进行GSEA。
BeeBee生信·2023-04-02 20:45

CIBERSORT 免疫浸润(2023.1.2更新版)

目前主流的免疫浸润计算方法是CIBERSORT和ssgsea，今天介绍CIBERSORT。
小洁忘了怎么分身·2023-01-27 11:51

SCI 文章中单样本免疫浸润分析 （ssGSEA）

ssgsea<-gsva(as.matrix(expMatrix)
桓峰基因·2022-12-26 17:05

免疫浸润计算方法是CIBERSORT和ssgsea 画图

目前主流的免疫浸润计算方法是CIBERSORT和ssgsea，今天介绍CIBERSORT。
YoungLeelight·2022-12-26 17:32

配对样本 显著性检验 p值 willcox test 批量检验 批量ssgsea分析

(526条消息)数据可视化——R语言为ggplot图形添加P值和显著性水平_微露的博客-CSDN博客_vlnplot添加p值head(phe)ggplot(phe[phe$days_all_samples=="3_samples"&phe$status=='alive',],aes(days_status,AM3_Score))+geom_boxplot(scale="width",adjust=
YoungLeelight·2022-12-20 09:55

R语言---生信分析---ssGSEA基因集富集分析、免疫浸润

R语言---生信分析---ssGSEA基因集富集分析、免疫浸润背景介绍代码0.设置工作目录，加载需要的包1.读取TPM表达矩阵数据，或表型数据2.数据处理3.加载需要的包，数据4.读取基因列表，得到免疫细胞对应的特异的基因
毒鸡蛋·2022-12-15 08:20

GSA、GSEA、ssGSEA、GSVA的算法原理及它们的联系与区别

GeneSetAnalysis）、基因集富集分析（GeneSetEnrichmentAnalysis）、单样本基因集富集分析（SingleSampleGeneSetEnrichmentAnalysis,ssGSEA
annfall·2022-11-15 21:01

GSVA计算原理

但如果你没有条件进行差异基因分析也可以进行GSEA，这就是ssGSEA(singlesampleGSEA,单样品GSEA)对每个样品进行GSEA，R包GSVA(GeneSetVariationAnalysis
小潤澤·2021-05-15 11:31

TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析：从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID转换）

测序上游分析系列：mRNA-seq转录组二代测序从rawreads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】其他文章系列：ggplot2作图篇：（1
ZZZZZZ_XX·2021-04-19 11:34

复现详解：纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度

一.从GEO数据库中下载表达矩阵文件GSE112996_merged_fpkm_table.txtGSE112996_series_matrix.txt，把GSE112996_series_matrix.txt解压，得到如下两个文件，把这两个文件放到对应的project文件夹内（备注：GSE112996_merged_fpkm_table是这个数据集的补充表达矩阵，不是所有数据集都有这个格式的）i
mayoneday·2020-03-24 08:54

转录组学数据挖掘基本方法

使用CiberSort、xCell（ssGSEA）等
Bio_Learner·2020-02-20 18:17

复现：纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度

最近学习了生信菜鸟团的纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度,想复制作者的流程，但是发现了几个不一样的地方，所以重新整理流程，代码主要来自原作者Juan_NF。
土豆学生信·2019-07-02 18:21

复现：纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度

最近学习了生信菜鸟团的纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度,想复制作者的流程，但是发现了几个不一样的地方，所以重新整理流程，代码主要来自原作者Juan_NF。
土豆学生信·2019-07-02 18:21
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