单细胞转录因子分析

转录组分析实战第一节：Rawdata的质量控制与清理

在转录组数据拿到后，公司一般会给我们一个Rawdata和Cleandata如果喜欢折腾的可以直接拿着Rawdata进行一下数据清理后再进行后期的数据分析我们今天就对我们之前获得的一个Rawdata进行分析和质量控制为后期做数据分析做准备需要安装的软件是
Yeyuntian·2024-01-02 02:41

day01 | 利用深度学习从基因转录数据中预测药物疗效

图1读文献之前的几个基础概念：1.基因表达谱（changesintranscriptionalprofiles,CTPs）：是一种在分子生物学领域，借助cDNA、表达序列标签（EST）或寡核苷酸芯片来测定细胞基因表达情况（包括特定基因是否表达、表达丰度、不同组织、不同发育阶段以及不同生理状态下的表达差异）的方法。通过一次性测定大量基因构建起细胞功能的总体态势图，可以从图谱中区分出正在分裂的细胞，以
从你美丽的流域·2024-01-02 02:14

GO注释和富集分析概念介绍

当我们获得了一批生物数据时，例如转录组的数据，蛋白质组的数据，其中必然要做不同样本之间的差异基因分析这一步，例如空白对照组与实验组的差异基因或蛋白分析。
斗战胜佛oh·2024-01-02 01:05

一个有趣的效应，有时候“不思考”，其实也是一种思考方式

心理学家认为，所谓的“酝酿”过程并不是停止思维，而是将原先的整个思维过程转录
星沧·2024-01-01 20:37

是不是应该考虑下反转录……

今日之森人生就像是激起的一朵浪花，转瞬即逝，却也希望飞舞的日子里既能经历人性的可爱，也能经历物性的神奇。107篇原创内容-->公众号通常来说，真核生物的基因，这里主要指的是植物gene的克隆，常以cDNA为模板进行克隆。这就有个问题，很多同学想要的基因尝试克隆了N多次都拿不到，这就很恼火，连基因都拿不到，还搞什么？问题的关键应该首先考虑cDNA。只要cDNA没有问题，那理论上肯定可以克隆到想要的基
今日之森·2024-01-01 19:07

【Python】本地版 Whisper 自动转录器（附源码网址）

目录一、实时自动语音转录器简介二、开源Whisper实时转录器三、pyinstaller打包发布exe应用程序四、修改版源代码一、实时自动语音转录器简介实时自动语音转录器是一种能够自动将语音信号转换为文字的应用程序
十年一梦实验室·2024-01-01 06:15

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之基于代谢物介导的细胞间通讯

六一到了，遥想自己上小学，还是课间操的队长，我在的地方是长治市壶关县北大安村，六一就回去店上镇参加体操比赛，人生如梦，转眼马上就要进入而立之年，小时候的梦想实现了么？这么多年，有没有让自己觉得难忘的事情？今天我们来分享一个通讯分析的内容，当然，方法都在不断的更新升级，考虑的也更加全面，参考文章在MEBOCOST:MetabolicCell-CellCommunicationModelingbySi
单细胞空间交响乐·2024-01-01 03:21

【Acta Neuropathol ，IF=14.25】 揭开重症肌无力疾病面纱—如何通过单细胞蛋白组发现潜在免疫治疗靶点

✎文章导读文章导读：Single-cellprofilingofmyastheniagravisidentifiesapathogenicTcellsignature发表期刊/影响因子：ActaNeuropathol/2021-03/14.251研究样本：外周血、胸腺组织研究内容：1）CyTOF挖掘确定MG致病关键细胞亚群，且与疾病严重程度相关；2）大规模研究验证，该信号可作为监测疾病严重程度和指
普罗亭·2024-01-01 02:05

【基因组预测】braker2基因结构注释要点记录

流程使用braker2有很多流程，根据你的数据：组装的基因组、转录组、蛋白（同源，包括近缘或远缘）选择不同流程，官网有说明：https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER
生物信息与育种·2024-01-01 01:00

ggplot2 | 单细胞类间比较的火山图 - 经典效果

1.定义画图函数定义函数。VolcanoPlot=function(dif,log2FC=log2(1.5),padj=0.05,label.symbols=NULL,label.max=30,cols=c("#497aa2","#ae3137"),title=""){if(all(!c("log2FoldChange","padj","symbol")%in%colnames(dif))){st
biomooc·2024-01-01 00:06

单细胞 拟时序分析 | diffusionMap

1.简介DiffusionMap（扩散映射）是一款R软件，通过高斯模型和马尔科夫模型，把单细胞（scRNA）表达矩阵的非线性结构映射为连续性结构，并关联至对应细胞分组。
biomooc·2024-01-01 00:02

外泌体多组学14-血浆外泌体不同建库试剂盒和比对方法和稳定性测试

我们使用血浆RNA评估了六种长RNA测序方法在两个不同位点的性能，并报告了它们在基因组/转录组的reads（%）、检测到的基因数量、长RNA转录本多样性和可重复性方面的差异。使用最佳的方法
_十三·2023-12-31 20:13

测序深度和测序覆盖度，怎么估算？

下面就给大家解释下这两个概念：（图片来源于知乎余功旺）测序深度（depths）测序深度（depths）指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值，简单的说就是测序的数据量大小比上参考基因组/转录组的大小
朱渠成·2023-12-31 17:09

WeNet语音识别调用通义千问

WeNet语音识别调用通义千问WeNet语音识别对通义千问（Qwen-72B-ChatBot）调用，首先通过WeNet将用户的语音输入转录为文本，然后将此文本输入通用问答模型以获取答案。
陈增林·2023-12-31 16:56

Analysis of single cell RNA-seq data 学习笔记(七)

这个包的用法QC首先我们先介绍下UMI这个概念，UMI其实就是区分每个测序分子片段的barcode，这么做可以区分每个分子是哪一个cell表达的我们还是采用deng这个数据做例子首先我们构造Seurat的单细胞对象
小潤澤·2023-12-31 13:27

癌症基因组重测序第一讲

一、基本组学结构A,T,C,G所构成的人类基因组信息可经过修饰，由一套DNA遗传基因组延伸至带有甲基化、乙酰化等修饰的表观遗传组，同时基因组也可以按照中心法则衍生出RNA和protein，即分别为转录组和蛋白组
不想透明的小透明·2023-12-31 08:25

Day5+7组53号瓶小喵Yolanda+《学习力》第七-八章读书笔记

slash青年是如今热门话题，想想自己总是和他人开玩笑时，自嘲自己是个单细胞生物，八抓鱼
黄金屋中的小逗姑娘·2023-12-31 08:47

R-loop及两种测序技术的介绍

R-loop广泛存在于细菌、真菌、植物与动物的基因组中，在基因转录、DNA复制、表观遗传修饰以及DNA损伤修复等过程中都具有重要作用，并与许多重大疾病的发生和发展密切相关，是近年来分子生物学的一个新研究热点
许我少年·2023-12-31 02:15

点成案例 | 如何利用细胞计数仪在单细胞测序中评估细胞

一、概述单细胞测序技术能够用来表征异常细胞群，分析稀有细胞和细胞图谱网络，发现异质性等。由于单细胞测序巨大的应用潜力，目前此技术正在经历爆炸性增长。然而，单细胞测序需要成本和时间的大量投资。
点成生物科技·2023-12-30 19:42

2020-11-24: 文献阅读: 压力超负荷驱动的心衰小鼠免疫浸润的单细胞转录组测序揭示了免疫激活程度

论文信息Title:Single-CellSequencingofMouseHeartImmuneInfiltrateinPressureOverload-DrivenHeartFailureRevealsExtentofImmuneActivationJournal:CirculationIF:23.603Publishdate:2019Author:Martini,Elisa;Kunderfr
辛晓红·2023-12-30 16:47

单细胞转录组及空间转录组学习资源

(1).单细胞上游软件cellranger：单细胞上游软件cellranger从头说(2).singleR操作说明：singleR(3).seurat操作说明：seurat官网；seurat官方教程：seurat
小潤澤·2023-12-30 15:23

AUCell:单细胞转录组中识别每一个细胞对某个通路的富集程度

AUCell：能够看出某个通路在细胞中的激活情况，在文章中可以用于差异比较，即这个通路多数在巨噬细胞中激活，而在其他细胞群中不激活8f37c46e064b71c7fc55ec17806e6e2.png1.R包的下载if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")#Tosupportpar
汪汪队队长_莱德·2023-12-30 13:57

Featurecount to RPKM计算

挑选基因的最长转录本选取多个转录本长度的平均值非
caokai001·2023-12-30 12:23

既想学生物学，又想学计算机？——生物信息学了解一下

在这里，您将学习到3大板块的课程内容——生命科学、信息技术及生物信息学，让您轻松玩转职场，把同龄人按在地上使劲摩擦，基因组、转录组、蛋白组、代谢组等等各种复杂数据可以
Yolanda_44ad·2023-12-30 09:59

2022-07-18

CommBio|TAS-Seq提高单细胞测序准确性原创图灵基因图灵基因2022-07-1809:04发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术日本科学家开发了一种新的DNA扩增和测序方法，可提高单细胞RNA
图灵基因·2023-12-30 00:53

单细胞转录组数据分析课件||7. Clustering of scRNA-seq data

单细胞分析的一个亮点就是可以找出细胞的异质性，也就是可以对细胞进行分群，找出有意思的亚群。所以这节课很重要：数据聚类。
周运来就是我·2023-12-29 23:49

基于Wenet长音频分割降噪识别

最后，Wenet利用先进的语音识别技术对经过处理的音频段落进行识别，将其转换为文字或语音内容，从而实现对长音频内容的准确识别和转录
陈增林·2023-12-29 21:58

数据原理——1、ChIP-seq

文章目录1、背景介绍2、测序对象：三种类型组蛋白（组蛋白、转录因子、转录调控子）3、测序原理4、检测蛋白质与DNA序列的结合峰（1）测序片段匹配到参考基因组（2）检测峰（2）提高峰质量5、影响ChIPseq
很酷的女超人·2023-12-29 19:12

使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（四）：Basic analysis and clonality

基本分析在本节中，我们将使用immunarch包中的基本函数对免疫组库数据进行常规分析。常用函数如下：repExplore-计算基本统计数据，例如克隆数或长度和计数的分布。要探索它们，您需要将统计信息如“count”传递给.method参数.repClonality-计算TCR/BCR库的克隆性。repOverlap-计算不同TCR/BCR库的重叠性。repOverlapAnalysis-分析TC
Davey1220·2023-12-29 08:34

多元统计回归(6):因子分析

6.1因子分析的基本理论因子分析（factoranalysis）模型是主成分分析的推广。
Oasis of the World·2023-12-29 08:17

2022-09-23

NatComm|匹配患者转录谱揭示前列腺癌谱系可塑性的决定因素原创图灵基因图灵基因2022-09-2310:10发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制密歇根大学Rogel癌症中心的研究人员进行的一项研究表明
图灵基因·2023-12-29 01:09

学习：StatQuest-Chip-seq

什么是Chip-seqimage.png翻译下就是染色质免疫共沉淀技术,作用是研究体内蛋白质与DNA相互作用,找蛋白或者转录因子的结合Chip-seq建库过程image.png第一步就是要将蛋白和DNA
小潤澤·2023-12-29 01:16

2021-09-03

Cell|37万单细胞测序揭示人类结直肠癌中的多细胞免疫中心原创存在一棵树图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：存在一棵树IF=41.582推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、开发了一种基于scRNA-seq
图灵基因·2023-12-28 23:50

2022-03-05

NatComm|高级别卵巢癌单细胞肿瘤免疫微环境原创图灵基因图灵基因收录于话题#前沿分子生物学机制研究人员已经揭示了卵巢癌中肿瘤细胞与免疫系统的相互作用。
图灵基因·2023-12-28 20:28

ATAC-seq分析：Peak Calling（8）

1.寻找开发区域ATACseq的一个共同目标是识别转录因子结合和/或转录机制活跃的无核小体区域。该核小体游离信号对应于小于一个核小体的片段（如Greenleaf论文中定义<100bp）。
冷冻工厂·2023-12-28 17:07

细胞发育-胰岛类器官_Cell

获取单细胞领域最新研究动态，可关注微信公众号2019年共推荐81篇单细胞领域高分文章（81篇速递文章汇总)。
安哥生个信·2023-12-28 16:44

〖书评〗 八一八《肠道的小心思》 ——我们都是管状的培养皿

要知道，很久很久以前，地球首先在水中有了单细胞生物，或藻类、或细菌，这个阶段持续了几十亿年才演化出略微复杂的多细胞生物。由各类细胞各司其职而组合成的生物，为维持存在就必须靠有规律的新陈代
拜伊良·2023-12-28 15:00

【文献速度】综述-空间组学分析:平台、应用及分析工具

分子图谱数据生成细胞的遗传、转录和蛋白质组事件的深层特征，而组织图像捕获细胞的空间位置、组织和相互作用及其形态特征。这些数据，连同细胞和组织成像数据，为研究组织异质性和细胞空间组织提供了前所未有
六博说·2023-12-28 14:50

文献阅读1

Regulatoryactivitiesoftransposableelements:fromconflictstobenefits摘要：转座子（TEs）是受到严格调节的，具有生物化学活性的非编码元件，如转录因子结合位点和非编码
黑森林深处的小星星·2023-12-28 11:43

敬畏万千规律

如果要简单，你为什么不做单细胞生物呢？单细胞生物多简单？人类可能是最复杂的生命之一，消化系统，呼吸系统，眼球，更别说是大脑了。人类怎么可能简单！那到底什么是简单？规律是简单的。
李宗员·2023-12-28 10:50

GRNdb：解码不同人类和小鼠条件下的基因调控网络

这是利用scenic计算并制作的数据库，可以学习并使用一下摘要由转录因子（TF）及其下游靶基因形成的基因调控网络（GRN）在基因表达调控中发挥着重要作用。
生信小鹏·2023-12-28 09:14

单细胞分析（二）——细胞注释（SingleR自动注释）

单细胞分析数据后，得到族群后，如何将族群进行细胞名称注释是重要的步骤。这里使用SingleR进行简单的自动注释。安装需要的R包需要两个包SingleR和celldexif(!
生信小鹏·2023-12-28 09:43

基因调控网络重建：利用单细胞多组学数据

基因调控网络重建：利用单细胞多组学数据摘要IntroductionGRN推理的方法论基础Correlation-basedapproaches（基于相关性的方法）Regressionmodels（回归模型
生信小鹏·2023-12-28 09:43

用于单细胞基因调控网络分析（GRN）的SCENIC 工作流程

用于单细胞基因调控网络分析（GRN）的SCENIC工作流程摘要WorkflowPre-processing(Steps1–4)Networkinference(Step5)网络推理Modulegeneration
生信小鹏·2023-12-28 09:43

单细胞分析（五）——使用Harmony进行数据整合和去批次

单细胞分析（五）——数据整合和去批次为什么要进行数据去批次数据分次读入多个数据整合数据去批次处理数据质控去批次后数据分析后续分析参考文章为什么要进行数据去批次进行样本去批次（batchcorrection
生信小鹏·2023-12-28 09:13

scenic：单细胞调控网络推理和聚类

摘要我们提出了scenery，一种用于从单细胞rna-seq数据中同时进行基因调控网络重建和细胞状态识别的计算方法(http://scenic.aertslab.org)。根据肿瘤和大
生信小鹏·2023-12-28 09:42

基于神经网络的浮游植物种类图像分类

然而，最近的研究表明，水中的细菌存在，特别是称为浮游植物的单细胞生物的存在，可以帮助我们了解海洋活动和生态系统。由于浮游生物位于水生食物链的底部，这些细菌的不同物种可能对水下系统产生深远影响，并且
woshicver·2023-12-28 09:04

基因家族分析六(绘制转录本结构图)

一：准备文件1.拟南芥转录本id2.拟南芥gtf文件(不是gff)3.绘图工具：GeneStructureDisplayServer2.0二.gff文件获取gtf文件$gffread..
多啦A梦的时光机_648d·2023-12-28 09:29

sc-RNA数据分析教材 || Computational Methods for Single-Cell Data Analysis

这本详细的书提供了最先进的计算方法，以进一步探索由单细胞技术带来的令人兴奋的机会。
周运来就是我·2023-12-28 08:31

采用类药五规则成功设计药物的案例

在药物设计中采用类药五规则（Lipinski’sRuleofFive）的一个著名例子是非核苷类反转录酶抑制剂（NNRTI）伊法韦伦（Efavirenz）的开发。
CA&AI-drugdesign·2023-12-28 05:59
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