单细胞转录因子分析第10页

成人、猕猴和猪海马和内嗅细胞的转录组学分类和神经源性轨迹（1/2）

CR细胞：Cajal-Retzius细胞是发现的一类瞬态神经元哺乳动物发育中的大脑皮层的表面。它们以SantiagoRamónyCajal和GustafRetzius的名字命名，他们在19世纪末首次描述了它们。这些“特殊细胞”，正如Cajal最初所说的那样，从发育的早期阶段就占据了皮层的边缘区域（图1），因此具有影响其组织的战略地位。Cajal-Retzius细胞具有独特的形态和独特的水平树突，它

科研菜鸟·2023-12-27 18:37

scVelo||通过动力学建模产生瞬时细胞状态的RNA速度

在单细胞中引入RNA速率开辟了研究细胞分化的新方法。最初提出的RNAvelocity是通过计算推断的稳态剪接和未剪接的mRNA的比率。

生信编程日常·2023-12-27 17:31

【Amazing brain】之基于空间转录组揭秘ALS分子病理时空变化

空间转录组经典重磅编辑：ANIMUS校对：ANIMUS编者按：2014年开始风靡全球的“冰桶挑战”，让ALS(肌萎缩侧索硬化症，俗称“渐冻人症”)为普通大众知晓。

ANIMUS爱丽慕斯·2023-12-27 12:10

R语言ggplot2做柱形图展示富集分析的结果

做完转录组差异表达或者其他的一些分析拿到一些基因名称之后下一步通常是做一些注释，比如GO或者KEGG的注释，注释好以后通常是富集分析。

小明的数据分析笔记本·2023-12-27 11:01

单细胞质控和标准化

1.单细胞转录组主要应用于：深入了解组织中的细胞异质性。鉴定未知的细胞类型。鉴定已知细胞类型的亚型，原理是在感兴趣的细胞群中寻找差异基因表达模式。

maliming·2023-12-27 08:54

哺乳动物临产期睾丸发育中的单细胞表观遗传调控

今天和大家分享一篇预印版的文献，一句话概括为：小鼠睾丸4个发育阶段的染色质开放图谱题目：Thesingle-cellepigeneticregulatorylandscapeinmammalianperinataltestisdevelopment期刊：预印版bioRixv预印时间：2021-5-17物种：小鼠时间点：E18.5；P0.5，P2.5，P5.5样本数：4只小鼠技术：scATAC-se

科研菜鸟·2023-12-27 07:21

2019汇总之从4个关键词看单细胞与肝癌文献

image文献汇总|2019的单细胞与病毒感染在讲单细胞与肝癌之前，我们先去看一下单细胞揭示正常肝脏细胞特征的分析，该文章于2019年7月发表于Nature，研究团队对来自9位人类供体的正常肝脏组织中的大约

生信宝典·2023-12-27 07:53

2021-03-01文献阅读

DefiningtheTeratomaasaModelforMulti-lineageHumanDevelopment数据：179,632cellsacross23teratomasfrom4celllines细胞类型：approximately20celltypesacrossall3germlayers观点：单细胞实验

Zane_bio·2023-12-27 00:05

henauOJ 1097: DNA转录

题目描述输入一串只包含A,G,C,T字符，输出转录后的字符串。

GordrnGhost·2023-12-26 22:43

10X单细胞空间联合分析揭示慢性Trypanosoma brucei感染期间小鼠大脑中的相互小胶质细胞-浆细胞crosstalk

周三了，又是新的一周的最黄金的时间，不知道为什么，29岁的自己如此的焦虑，可能自己是个loser吧，又到了我们单细胞空间联合分析的内容了，今天分享的文章在Integrativesinglecellandspatialtranscriptomicanalysisrevealreciprocalmicroglia-plasmacellcrosstalkinthemousebrainduringchro

单细胞空间交响乐·2023-12-26 20:13

外泌体多组学04-外泌体sRNA转录组数据饱和度评估

文章信息文献标题：SmallRNASequencingacrossDiverseBiofluidsIdentifiesOptimalMethodsforexRNAIsolationDoi：https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.03.024发表时间：2019,Cell作者：[email protected]关注重点用什么方法进行数据评估？评估参数是什么？文章结论如何

_十三·2023-12-26 19:07

10X空间转录组之组织区域临近通讯实现方法

作者，追风少年i周五了，我就不整那些难以理解的了，给大家分享一个简易的空间转录组通讯的分析的方法，其实原理跟下面的一样，但是具体的细节我们要探讨一下。

单细胞空间交响乐·2023-12-26 19:23

周运来就是我·2023-12-26 14:25

ChIP实验原理精讲

这项技术主要用来分析目标基因有没有活性、或者分析一种已知蛋白(转录因子)的靶基因有哪些。真核生物的基因组DNA以染色质的形式存在。

斗战胜佛oh·2023-12-26 13:03

普通PCR、原位PCR、反向PCR和反转录PCR的基本原理和操作步骤（三）

反向PCR普通PCR、原位PCR、反向PCR和反转录PCR的基本原理和操作步骤（三）反向PCR(reversePCR)是用反向的互补引物来扩增两引物以外的未知序列的片段，而常规PCR扩增的是已知序列的两引物之间

天明豆豆·2023-12-26 13:41

cellranger更新到6.0啦（全新使用教程）

cellranger是10XGENOMICS单细胞上游分析的软件，主要有4个流程mkfastq、定量count、组合aggr、reanalyze。

Seurat_Satija·2023-12-26 08:27

SEM结构方程模型（零基础

目录1.概念介绍1.1结构方程模型是什么：1.2因子分析是什么：1.3结构方程模型步骤：2.优点：3.效果：小结：1.概念介绍1.1结构方程模型是什么：SEM结构方程模型是一种基于因子分析、线性回归方法

天玑y·2023-12-26 03:20

2021-10-23

从无到有当然这是质的飞跃，比如产生单细胞生物，这是奇迹有了动物，从此地球繁荣。可是研究草履虫无法了解人类。

尘尘肥妈·2023-12-26 02:56

发展心理学第二章读书笔记

一、最早的发育：人类个体最早始于单细胞，这些细胞被称为“配子”每个配子含有大量的遗传信息，当男女的生殖细胞相遇，精子进入卵子约一个小时后，两者融合会变成受精卵，两者的遗传最终结合在一起。

e50396cab161·2023-12-26 02:17

人类为什么要吃盐

是因为所有生物体内，包括单细胞体内全都含有一个原始盐分，也就是我们通常所说的生理盐水的那个含盐量0.9%。它是因为原始海洋，海洋实际上是不含任何物的纯净水，覆盖在地球表面，然后溶

姜地主·2023-12-26 02:26

成人、猕猴和猪海马和内嗅细胞的转录组学分类和神经源性轨迹

Transcriptomictaxonomyandneurogenictrajectoriesofadulthuman,macaque,andpighippocampalandentorhinalcells成人、猕猴和猪海马和内嗅细胞的转录组学分类和神经源性轨迹发表时间

科研菜鸟·2023-12-25 16:41

喜讯连连捷报传，文章累累创佳绩，平均IF 18分!!!

爱基百客专注于提供领先的表观组学服务，目前已在表观组学、单细胞时空组学和高通量测序等方向积累了大量的项目经验。

爱基百客·2023-12-25 15:34

十大开源语音识别项目

AutomaticSpeechRecognition（ASR）是一项自动语音识别技术，其目标是通过计算机自动将人类口头语音转录为文本。

virtaitech·2023-12-25 15:39

单细胞分析实录(18): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (上篇)

细胞通讯分析可以给我们一些细胞类群之间相互调控/交流的信息，这种细胞之间的调控主要是通过受配体结合，传递信号来实现的。不同的分化、疾病过程，可能存在特异的细胞通讯关系，因此阐明这些通讯关系至关重要。CellPhoneDB配有详实的受配体数据库，其整合了此前的公共数据库，还会手动矫正，以得到更加准确的受配体注释。此外，针对受配体有多个亚基的情况，也进行了注释。下面这张图显示了CellPhoneDB配

TOP生物信息·2023-12-25 13:00

体外转录法制备dsRNA

该方案是简单而且得到广泛应用的、利用PCR模板制备双链RNA的体外转录反应。该方法制备的dsRNA可以用于在某些细胞或者组织中诱发RNA干扰。

英格恩·2023-12-25 12:00

sc-RNA-seq数据分析|| UMAP与t-NSE的区别

一样作为高纬数据可视化的利器，并且优于tsne.UMAP与t-SNE均是非线性降维，多用于数据可视化UMAP结构与t-SNE一致UMAP计算更快UMAP能更好地反映高纬结构，比t-SNE有着更好的连续性这种连续性反映到单细胞分析中就是能更好滴可视化细胞的分化状态

周运来就是我·2023-12-25 07:59

2022-04-28

MolCell|单细胞分析转录组和组蛋白修饰细化表达调控研究图灵基因图灵基因2022-04-2813:44收录于合集#前沿生物大数据分析单细胞技术的进步不仅使分析单个细胞中的多个分子家族成为可能，而且还使科学家能够解析由于测量参数的细胞间多样性引起的数据分析的局限性

图灵基因·2023-12-25 01:00

2021-12-01每日文献

LepRb激活信号转导子和转录激活子（STAT，包括STAT1、STAT3和STAT5）以控制基因表达。由于STAT3对瘦素的生理作用至关重要，使用TRAP-seq检测了切除

橘子味儿的小蜜蜂·2023-12-25 00:33

大队列免疫治疗测序数据的巧妙切入

接受PD-L1单抗治疗的患者中，B细胞转录特征与较长的OS有关作者首先利用两个平行的临床数据集（每个数据集都包含免疫治疗和化疗的病人），分别在免疫治疗、化疗病人里面，将

Carrington·2023-12-24 19:20

chatgpt告诉你如何设计RNA引物？

答：RNA引物设计是指设计一段短的RNA序列，用于在反转录过程中特异性地与目标RNA分子结合，并在此基础上进行扩增、检测等操作。

伍鸿荣·2023-12-24 19:48

Trinity软件对转录组进行无参比对教程

写在前面2023年将结束，小杜的生信笔记分享个人学习笔记也有2年的时间。在这2年的时间中，分享算是成为工作、学习和生活中的一部分。自己为了运行和维护社群也算花费大量的时间和精力，自己认为还算满意吧。对于个人来说，自己一直的目的都是分享自己的学习笔记，以及多多少少可以帮助解决一下需要帮助的同学。我们这里所说的是需要帮助的人，而不是大部分人。自己的能力和精力自己清楚，自己研究的方向也是比较局限，我们并

小杜的生信筆記·2023-12-24 17:46

转录组无参比对教程

写在前面2023年将结束，小杜的生信笔记分享个人学习笔记也有2年的时间。在这2年的时间中，分享算是成为工作、学习和生活中的一部分。自己为了运行和维护社群也算花费大量的时间和精力，自己认为还算满意吧。对于个人来说，自己一直的目的都是分享自己的学习笔记，以及多多少少可以帮助解决一下需要帮助的同学。我们这里所说的是需要帮助的人，而不是大部分人。自己的能力和精力自己清楚，自己研究的方向也是比较局限，我们并

小杜的生信筆記·2023-12-24 17:45

组学无参比对教程

转录组无参比对教程当作物是没有参考基因组时，需要无参进行比对。Trinity是现在使用最广泛的转录组Denovo组装软件。

小杜的生信筆記·2023-12-24 17:43

空间转录组

空转写在前面一些概念下载数据三级目录写在前面尝试尝试理解空转参考：1.Seurat空间转录组分析（一）数据读入：https://mp.weixin.qq.com/s/06qiP4_yE8UOvXt4eP6org

愿航·2023-12-24 17:37

教程 | 规模化物种同源基因分析 - orthofinder [上篇]

相比于几年前火爆的通过转录组测序挖掘生物学问题策略，通过基因组，尤其是比较基因组分析，往往可以给我们带来更多确定性结果，如相比于近源物种A为何物种B的果皮更红？这完全有可能是特定家族成员扩张导致。

生信石头·2023-12-24 17:22

android语音识别服务,使用语音服务 API 的语音识别 - Xamarin | Microsoft Docs

AzureSpeechService是一种基于云的API，它提供以下功能：AzureSpeechServiceisacloud-basedAPIthatoffersthefollowingfunctionality:语音到文本转录音频文件或

柯西饭·2023-12-24 10:52

超详细讲解CTC理论和实战

CTC简介对于语音识别来说，训练数据的输入是一段音频，输出是它转录的文字(transcript)，但是我们是不知道字母和语音是怎么对齐(align)的。这使得训练语音识别比看起来更加复杂。

奈何缘浅wyj·2023-12-24 08:00

RNA-seq数据库（ChatGPT）

截至我最后更新知识的时间（2022年1月），存在许多RNA测序（RNA-seq）数据库，这些数据库提供了大量的基因表达和转录组学数据。

素材积累·2023-12-24 07:11

评价模型（二）主成分分析、因子分析、二者对比及其对应 PYTHON 实现代码和例题解释

：以下是个人在准备数模国赛时候的一些模型算法和代码整理，有空会不断更新内容：评价模型（一）层次分析法（AHP）,熵权法，TOPSIS分析及其对应PYTHON实现代码和例题解释评价模型（二）主成分分析、因子分析

herry_drj·2023-12-24 07:28

一种具有翻译功能的circRNA在肌细胞生成中的作用

Circ-ZNF609isacircularRNAthatcanbetranslatedandfunctionsinmyogenesis期刊：MolecularCell影响因子：14.248主要技术：RNA-Seq、CRISPR/Cas9、circRNAFISH研究背景环状RNAs（circRNAs）是一个具有独特结构的转录子家族

d5c9c866171f·2023-12-24 04:04

2021-12-15

NatBiotech|深度数据融合得到超分辨率空间转录组学原创huacishu图灵基因2021-12-1509:00收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=54.900推荐度：⭐⭐⭐⭐

图灵基因·2023-12-24 02:22

论“水”的神秘性

地球是从水里，孕育出来单细胞生物，暗涵水相生的情况，逐渐生成其他五行。就连生物进化到人类这种高级动物的时候，也自然离不开水。胎儿在母体中孕育的时候，周围由羊水包裹，也代表在水中孕育形成生命。

胡承元·2023-12-24 02:31

如何引导孩子拥有平稳良好的情绪与性格（转录）

一、接纳情绪，坚持原则，引导反思教育不是刻意地发生在某一个特定时段，而是发生在每一个时段。所以，生活即教育。有的父母还会问：我也理解孩子的情绪，但当他大发雷霆的时候，我到底该怎么做呢？第一，家长需要去接纳孩子的情绪。有情绪是非常正常的表现，完全没有情绪才更需要担心。要告诉自己，孩子哭哭闹闹是正常的，不要立刻去批评、指责他们，更不要压制孩子的情绪。喜怒哀惧是每个人天生就拥有的情感，过度地压抑一个孩子

绿叶_d570·2023-12-23 23:11

2022-04-13

NatBioEng|光标记与单细胞测序快速识别侵袭性癌细胞原创图灵基因图灵基因2022-04-1307:03收录于话题#前沿分子生物学机制即使在肿瘤被手术切除或用药物缩小后，一些残留的侵袭性癌细胞也会刺激新肿瘤的生长和扩散

图灵基因·2023-12-23 21:49

汇总 | 转录本表达矩阵到基因表达矩阵

写在前面前天，我写了一个TBtools插件，意在让所有人都能自主分析转录组测序数据，进而获得基因表达量矩阵（TPM）和基因读段计数矩阵（Count）。

生信石头·2023-12-23 09:13

送女儿:

好友郑忠诚女儿今日参加高考，他为女儿作诗两首，转录于此。祈盼考试顺利，如己所愿！(一)十年磨砺忆峥嵘，今朝出鞘露青锋;有梦无畏仗剑去，慈恩塔下定题名。

我心依然绽放·2023-12-23 07:59

知识分享 | 转录组个性化分析(4)——蛋白互作分析

蛋白质-蛋白质相互作用（protein-proteininteraction,PPI）是指两个或两个以上的蛋白质分子通过非共价键形成蛋白质复合体（proteincomplex）的过程。在进行数据挖掘的时候往往会得到很多的差异表达的基因，当你对着一堆基因毫无头绪时，此时PPI数据库对你的数据挖掘起了很大的助攻作用。接下来，跟着小编一起来学习下PPI分析吧！文中附详细代码，小伙伴们可以使用自己项目数据

百易汇能生物·2023-12-23 07:57

如何快速了解接触的质粒(三)

---启动子启动子(promoter)顾名思义就是用来启动目的基因表达的一段DNA序列，位于目的基因前端，本身不被转录，是RNA聚合酶识别，结合和开始转录的一段序列。

小乔爱科研·2023-12-23 04:42

单细胞从理论到实践-这一本书就够了

生信交流平台·2023-12-23 03:13

单细胞分析流程之Cell Ranger

单细胞分析流程之CellRanger图片大家好，我是新加入的小编Immujent，很高兴能够在这里和大家一起学习很分享单细胞的分析流程，以后就请大家多多关注啦~话不多说，直接上干货！

生信宝库·2023-12-23 00:10

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