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基因组信息学
240124学习记录:查看/提取bam文件的reads
以下是BAM文件的主要结构和组成部分:文件头(Header):BAM文件的开头包含一个文件头,其中包含有关该文件的元信息,如测序平台信息、参考
基因组
信息、测序参数等。
丁优雅ya
·
2024-01-25 05:22
dyouya的生信相关
小D的Linux日记
linux
图形化编程到
信息学
奥赛:用Scratch和C++题库探索编程世界
从易于上手的图形化编程Scratch,到挑战性十足的
信息学
奥赛C++题库,再到充满竞技乐趣的蓝桥杯青少组真题,编程学习之路充满了探索与发现。
@小码农
·
2024-01-25 02:11
c++
开发语言
python
青少年编程
算法
Nat.Biotechnol|能靶向冠状病毒RNA的新型CRISPR工具问世
图片来源:纽约
基因组
中心基于CRISPR的遗传筛选已帮助科学家鉴定了镰状细胞贫血,癌症免疫疗法,肺癌转移以及许多其他疾病的关键基因。但是,这些基因筛选的范围有限:它们只能编辑或靶向DNA。
PaperRSS
·
2024-01-25 01:09
基因组
与转录组,深入挖掘基因表达信息--02
本研究对在中国广泛种植的杂合猕猴桃“Hongyang”(A.chinensis)的
基因组
进行测序分析。该
基因组
序列的可用性不仅为了解猕猴桃及其野生近缘种的特定农学重要性状的潜在分子基础提供了见解
百迈客生物
·
2024-01-24 23:12
业余爱好-生物
信息学
/生物化学/物理/统计学/政治/数学/概率论/AI/AGI/区块链
生物
信息学
高等数学—元素和极限-实数的定义高等数学—元素和极限-实数的元素个数高等数学—元素和极限-自然数个数少于实数个数高等数学—元素和极限-无穷大之比较高等数学—元素和极限-级数的收敛高等数学—元素和极限
amingMM
·
2024-01-24 16:52
概率论
方便的 Bash 终端技巧大集合
几年前我从事生物
信息学
方面的研究工作。对那些简单的bash命令感到惊讶,他们比我的枯燥脚本快很多。通过学习命令行的快捷方式和脚本帮助我节省了很多时间。
summerbluet
·
2024-01-24 14:21
【C++】全国青少年
信息学
奥林匹克竞赛(NOI)入门级-目录
【C++】全国青少年
信息学
奥林匹克竞赛(NOI)入门级大纲【C++】C++从入门到NOI学习路线一、基础知识与编程环境1.计算机的基本构成(CPU、内存、I/O设备等)2.Windows、Linux等操作系统的基本概念及其常见操作
明月别枝惊鹊丶
·
2024-01-24 13:24
C++从零基础入门到NOI竞赛
c++
MirusBio RevIT™AAVEnhancer,助力于AAV病毒大规模生产
-2023年7月底Mirus上市RevIT™AAVEnhancer,在不同AAV血清型别中,可提高AAV病毒
基因组
滴度1.2-4.9倍,并且在一定程度改善了实心率。
Neobioscience
·
2024-01-24 12:17
网络
基因组
评估软件gaep
基因组
组装评估指标
基因组
评估软件geap,overviewoftheGAEPpipelinemainworkflowoftheGAEPmisassemblydetectionmoduleGAEP是一款能够基于二代
花生学生信
·
2024-01-24 08:17
细菌
基因组
基本概念(一)
进化(Evolution)"生命之树(TreeofLife)"以原核生物界(Monera)开始,并通过原生生物(Protists)延伸。细胞、细胞器(如线粒体和叶绿体),以及所有主要的代谢途径(Metabolicpathways)都是从早期原核(Prokaryotic)细胞进化而来的。"生命之树"进化谱系(Evolutionarylineage)的五界系统(5种背景色)Monera,原核生物界;C
生信宝典
·
2024-01-24 07:19
人工智能
大数据
机器学习
编程语言
java
肿瘤分析数据挖掘及信息解读
癌症
基因组
研究趋势:小样本WES——大样本mul
生物信息与育种
·
2024-01-24 04:27
基因组
时代-1
《基因传》是普利策奖得主悉达多·穆克吉继医学普及畅销书《众病之王:癌症传》后的又一医学科普专著,讲述了基因理论的起源、发展与未来,对科学史上最具挑战与危险的概念进行了诠释。《基因传》可以看作一部反映基因发展史的传记,全书按照时间顺序展开故事情节,没有医学或生物学背景的读者不妨将其内容分为两个部分看,前一部分是基因的发现史,后一部分是基因技术的应用史。
中信书院
·
2024-01-24 03:22
张启发院士的肺腑之言,值得每一位硕士/博士细细品读
转载来源:宏
基因组
公众号原文链接:https://mp.weixin.qq.com/s/WzXmLVf4VXjC4_2_a-lzvQ最近我拜读了各位送交的年度工作计划,仔细推敲后,仍感到有三个方面的问题十分严重
M_321
·
2024-01-24 02:03
《生命密码》:人类
基因组
计划、阿波罗登月计划、曼哈顿原子弹计划并称自然科学史上的“三大计划”
本书最精彩的是最后的生命周期表,向读者展示了不同生物的
基因组
大小,感觉真
书摘迷
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2024-01-24 00:00
ChIP-seq数据质控
日常瞎掰 ChIP-seq可以用来研究某种转录因子或者组蛋白(后面统称为蛋白因子吧)在
基因组
上的结合位置,从而来确定蛋白因子可能调控的靶基因,继而推测出在生物过程中的相关调控功能。
生信云笔记
·
2024-01-23 17:36
石蜡包埋组织RNA提取步骤
产品特点◎裂解液、消化液经专门优化,无需过夜温育即可从福尔马林固定的、石蜡包埋组织中高效纯化
基因组
RNA;◎提取的RNA纯度高,A260/A280为1.8-2.0;◎产率高,同样的样本量提取的RNA更多
清风拂面vv
·
2024-01-23 17:03
凝血块DNA提取操作步骤
产品特点◎独有裂解液配方,凝血块消解快速,可在30分钟内获得
基因组
DNA;◎改性离子膜技术,提取DNA纯度高,无抑制剂,A260/A280为1.7-1.9;◎DNA提取得率高,可在相当于200μl全血的凝血块中提取
清风拂面vv
·
2024-01-23 15:46
StringTie在注释
基因组
时的注意事项
在利用RNA-seq注释
基因组
时,有一个问题就是,我将不同组织来源的转录组数据和参考
基因组
比对之后,那下一步是1)先将这三个比对结果进行合并,然后用StringTie进行预测,还是2)用StringTie
xuzhougeng
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2024-01-23 14:16
Scratch与
信息学
奥赛的交汇点—C++编程在蓝桥杯青少组题库中的应用
今天,6547网就来探讨一下如何通过Scratch入门编程,进而过渡到
信息学
奥赛和蓝桥杯青少组中常见的C++题库,以及这一过程中如何利用真题进行有效训练。首先,让我们从Scratch开始谈起。
@小码农
·
2024-01-23 10:25
c++
蓝桥杯
开发语言
3‘aTWAS—3‘adapter-based transcriptome-wide association study
3'aTWAS是一个生物
信息学
技术,全称为3'adapter-basedtranscriptome-wideassociationstudy。
m1chiru
·
2024-01-23 09:23
人工智能
标准化方法
转录组测序采取的打断基因序列获得基因测序的片段,再将reads比对到参考
基因组
上,并对读序定量,因而最初的表达矩阵是读序数。那么,当需要对样本进行差异分析时,就必须考虑影响读序数的几个因素。
新欣enjoy
·
2024-01-23 02:43
生物
信息学
导论-北大-新一代测序NGS:转录组分析RNA-Seq 1
ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义+搜索内容。Real-TimeqRT-PCR基于互补杂交反应(complementaryhybridizationreaction),PCR技术的发展促进了本技术的发展,缺点是:1.低通量2.需要有转录本序列的先验知识。步骤:Real-TimeQuantita
陆沙
·
2024-01-23 00:50
生物信息学
生物
生物信息
【科研集市】一文带你读懂Hi-C(附高分文献汇总)
High-throughchromosomeconformationcapture)技术源于染色体构象捕获(Chromosomeconformationcapture,3C)技术,以整个细胞核为研究对象,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全
基因组
范围内整个染色质
d5c9c866171f
·
2024-01-22 22:29
津恩一家亲,携手抗疫情
当晚,天津疾控对其中两名确诊病例新冠病毒全
基因组
测序确认为奥密克戎变异株。这也是中国本土新冠疫情(香港、台湾地区除外)中,首次与新冠奥密克戎变异株正面交锋。这20个阳
精进的医生
·
2024-01-22 21:41
关于文章发表中McrBC实验需配备的图
McrBC是一种检测
基因组
小部分区段的DNA甲基化情况的核酸内切酶。只能降解甲基化的区域,对未甲基化区域不起作用。
热衷组培的二货潜
·
2024-01-22 20:40
推荐植物生物
信息学
参考书Plant Bioinformatics Methods and Protocols》third edition
找论文的时候偶然发现的这本参考书,个人感觉内容还挺丰富的,在这里推荐给大家书名是《PlantBioinformaticsMethodsandProtocols》thirdedition我看了下是2022年出的是最新的一版,全书总共28章第一章UsingGenBankandSRA介绍了genbank和sra数据库的一些内容第二章ScriptingAnalysesofGenomesinEnsemblP
小明的数据分析笔记本
·
2024-01-22 17:11
Reads, Metagenomic assembly, and custom MAGs的区别与联系解读
当进行元
基因组
学研究时,研究者通常会涉及到以下三个数据类型,每个都有其独特的角色和应用:Reads(读数):定义:Reads是从原始测序数据(例如Illumina测序的FASTQ文件)中获得的短序列片段
WDPLA
·
2024-01-22 15:18
生物信息学
组装
linux
宏
基因组
组装软件mataSPAdes输出文件解读
#metaSPAdes作为宏
基因组
数据组装软件,数据结果表现优秀,以下对metaSPAdes软件输出的结果进行解读,若有不对之处请指正#共输出7个文件夹及16个单独的文件,下面进行逐一解读:7个文件夹:
WDPLA
·
2024-01-22 15:48
生物信息学
Linux
linux
linux系统下,将.fastq文件统一改为.fq文件
#高通量测序获得宏
基因组
/宏转录组进行后续分析的过程中,常碰到.fastq与.fq文件后缀不一致的问题#在Linux系统中,你可以使用rename命令或者mv命令来将文件名中的特定后缀进行修改。
WDPLA
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2024-01-22 15:47
Linux
生物信息学
linux
运维
服务器
Linux系统下,提取.fasta文件中序列长度>n的序列(举例:sqlen>1000)
#在宏
基因组
/宏转录组数据进行组装后,常需要去除短片段,筛选出较长的片段以供后续分析#在Linux系统中,您可以使用一些文本处理工具来提取长度大于n的序列。
WDPLA
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2024-01-22 15:17
linux
服务器
运维
宏转录组组装软件rnaSPAdes输出文件解读
mataSPAdes更适用于宏
基因组
组装,宏转录组组转推荐rnaSPAdes。
WDPLA
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2024-01-22 15:16
Linux
生物信息学
组装
linux
华南理工大学电子与
信息学
院《嵌入式系统理论与技术》完整实验报告
具体报告在下方链接,请按需自取链接:https://pan.baidu.com/s/1LNlg_OtjmjBtVu_aZIFFig?pwd=ooqj提取码:ooqj--来自百度网盘超级会员V5的分享
程序源_hytz
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2024-01-22 13:33
选修课资料
华南理工大学
嵌入式系统理论与技术
实验报告
加密猫基因遗传算法
(1)
基因组
成:显性和隐性基因在传统的遗传学中,显性和隐性基因和他们本身的特性有关(比如金色头发是黑头发的隐性基因)。
樱桃小丸子zz
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2024-01-22 13:12
研究
基因组
组织结构有啥意义?
在过去的50年中,从广义上讲,已经了解了控制基因表达的三个基本
基因组
元件:启动子(promoters),增强子(enhancers)和边界元件(boundaryelements)。
Ss_y
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2024-01-22 12:03
CUTANA™ CUT&RUN Assays ——实现超敏
基因组
定位
研究细胞内蛋白质-DNA相互作用的常用方法是染色质免疫沉淀(ChromatinImmunoprecipitation,ChIP),同时ChIP还常被用于确定
基因组
上与组蛋白修饰相关的特定位点(即组蛋白修饰酶的靶标
Neobioscience
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2024-01-22 11:14
CUTANA
CUT
RUN
Assays
表观遗传学
学校服务器hpc东南大学,下载国家
基因组
科技中心数据 gsa-human ascp chatpt建议 Linux系统中写代码
使用ascp批量下载数据Youfiles.csv帮我写个批量下载的脚本,批量下载时候,把路径中最后的HRR659816批量替换成Accession列的内容就行了。下面是示例ascp-v-QT-l300m-P33001-k1-i~/.aspera/connect/etc/
[email protected]
:gsa-human/
生信小博士
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2024-01-22 09:24
java
前端
服务器
转录组测序1-测序原始数据说明
RNAseq涉及到原始数据,数据质控,
基因组
比对,差异基因鉴定,差异基因功能富集分析,重要基因如转录因子激酶的靶基因预测等,我们用10讲的时间,全面讲解转录组测序报告,及在上百个项目中遇到的近百个常见问题
纪伟讲测序
·
2024-01-22 08:45
生物
信息学
必知必会的Linux/Unix命令
我们之前分享过一篇文章:清华大学生物
信息学
课件资料分享,各位屯资料的小松鼠,有没有认真跟着学习呢?我翻了翻,立马就看到了干货。
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-22 08:49
linux
运维
服务器
矩阵重叠问题判断
创作背景看到一道题目有感而发想写一篇题解,涉及的是一种逆向思维桌面窗体重叠-洛谷https://www.luogu.com.cn/problem/U399827题目来源于《
信息学
奥赛课课通》大致就是给一个长方形的左上顶点坐标
陌迹
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2024-01-22 08:42
信息学竞赛C++学习
算法
生物信息基础:pysam读写
基因组
文件
Pysam[1]是一个Python模块,它打包了高通量测序库htslib[2]的C-API,可用于读写
基因组
相关文件,如Fasta/Fastq,SAM/BAM/CRAM,VCF等。
简说基因-专业生信合作伙伴
·
2024-01-22 08:37
python
开发语言
2021-05-17 MAGeCK
ClusteredRegularlyInterspacedShortPalindromicRepeats)/Cas9是一种功能强大的技术,可以通过特定的sgrna(specificsingle-guideRNAs,sgRNAs)来定位所需的
基因组
位点进行基因编辑
谢某丶
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2024-01-22 05:08
临床蛋白组综述 | 如何利用蛋白组学技术进行癌症临床研究?
肿瘤
基因组
和转录组的分析现在已经成为发现新生物标记物的工具,但是蛋白质组表达的改变更可能反映肿瘤病理生理学的变化。过去,临床诊断依赖于基于抗体的检测策略,但这些方法有一定的局限性。
尐尐呅
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2024-01-22 04:38
OrthoFinder 进行直系同源基因分析教程
介绍OrthoFinder是一个快速、准确和全面的比较
基因组
学平台。
lixingze
·
2024-01-22 01:57
181010
唯一可说的是在万象城方所看了《基因传》的一小部分,主要看了基因治疗以及基因未来发展的段落,一开始被各种专业词汇以及我的空白冲昏了,冷静下来对于作者写得内容有一部分是迷惑的,利用病毒携带改写的基因写进人类
基因组
洛言1900
·
2024-01-22 01:45
北大公开课-2 生物
信息学
历史
在分子水平研究演化L.pauling1965sangerDNAsequencing19771988人类
基因组
计划2001年人类
基因组
计划2005二代测序1991年Linux系统系统特点由目的单一的小程序组成
番番番茄小姐
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2024-01-21 18:24
生物
信息学
导论-北大-变异的功能预测3(Comparative Modeling)
ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义。ComparativeModeling就是第一节提到的同源建模HomologyModeling,指利用序列的相似性去推测蛋白质结构。回放:同源建模HomologyModeling:SWISS-MODEL执行:先在数据库中搜索(i.e.BLAST)找到至少一个
陆沙
·
2024-01-21 17:34
生物信息学
生物
生物信息
生物
信息学
导论-北大-变异的功能预测2(SAPRED)
ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义。生物学问题:如何区分致病变异和中性变异?如何预测一个变异是否致病?方法:Conservation-based:SIFTRule-based:PolyPhenClassifier-based:PolyPhen2,SAPREDSAPRED:SingleAmino
陆沙
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2024-01-21 17:04
生物信息学
生物信息
生物
生物
信息学
导论-北大-变异的功能预测1
ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义。基因突变的来源Germlinemutation(胚系突变)来自父母的遗传,是生殖细胞携带的突变,可以遗传在个体每个细胞中都存在Denovomutation(新发突变)父母本身没有突变,一般来自精卵结合或受精卵发育过程中的自发突变很常见,一般不会带来功能性的问
陆沙
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2024-01-21 17:03
生物信息学
生物
生物信息
在线作图|如何绘制一个好看的堆叠柱状图
比如,在微生物组成谱和宏
基因组
测序中,堆叠柱形图常常用来展示微生物物种的组成情况。Question2:如何不
维凡生物
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2024-01-21 10:05
MCM备赛笔记——图论模型
图论的模型广泛应用于计算机科学、通信网络、社会网络、生物
信息学
、城市交通规划等多个领域。图论的基本模型无向图:顶点之间的边没有方向。无向图常用于表示双向关系,如社交网络中的友谊关系。
我我我想出去玩
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2024-01-21 10:47
数学建模
笔记
图论
数学建模
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