基因组信息学第8页

生物信息基础：pysam读写基因组文件

Pysam[1]是一个Python模块，它打包了高通量测序库htslib[2]的C-API，可用于读写基因组相关文件，如Fasta/Fastq，SAM/BAM/CRAM，VCF等。

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-22 08:37

2021-05-17 MAGeCK

ClusteredRegularlyInterspacedShortPalindromicRepeats)/Cas9是一种功能强大的技术，可以通过特定的sgrna(specificsingle-guideRNAs,sgRNAs)来定位所需的基因组位点进行基因编辑

谢某丶·2024-01-22 05:08

临床蛋白组综述 | 如何利用蛋白组学技术进行癌症临床研究？

肿瘤基因组和转录组的分析现在已经成为发现新生物标记物的工具，但是蛋白质组表达的改变更可能反映肿瘤病理生理学的变化。过去，临床诊断依赖于基于抗体的检测策略，但这些方法有一定的局限性。

尐尐呅·2024-01-22 04:38

OrthoFinder 进行直系同源基因分析教程

介绍OrthoFinder是一个快速、准确和全面的比较基因组学平台。

lixingze·2024-01-22 01:57

181010

唯一可说的是在万象城方所看了《基因传》的一小部分，主要看了基因治疗以及基因未来发展的段落，一开始被各种专业词汇以及我的空白冲昏了，冷静下来对于作者写得内容有一部分是迷惑的，利用病毒携带改写的基因写进人类基因组

洛言1900·2024-01-22 01:45

北大公开课-2 生物信息学历史

在分子水平研究演化L.pauling1965sangerDNAsequencing19771988人类基因组计划2001年人类基因组计划2005二代测序1991年Linux系统系统特点由目的单一的小程序组成

番番番茄小姐·2024-01-21 18:24

生物信息学导论-北大-变异的功能预测3（Comparative Modeling）

ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义。ComparativeModeling就是第一节提到的同源建模HomologyModeling，指利用序列的相似性去推测蛋白质结构。回放：同源建模HomologyModeling：SWISS-MODEL执行：先在数据库中搜索（i.e.BLAST）找到至少一个

陆沙·2024-01-21 17:34

生物信息学导论-北大-变异的功能预测2（SAPRED）

ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义。生物学问题：如何区分致病变异和中性变异？如何预测一个变异是否致病？方法：Conservation-based：SIFTRule-based：PolyPhenClassifier-based：PolyPhen2,SAPREDSAPRED：SingleAmino

陆沙·2024-01-21 17:04

生物信息学导论-北大-变异的功能预测1

ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义。基因突变的来源Germlinemutation（胚系突变）来自父母的遗传，是生殖细胞携带的突变，可以遗传在个体每个细胞中都存在Denovomutation（新发突变）父母本身没有突变，一般来自精卵结合或受精卵发育过程中的自发突变很常见，一般不会带来功能性的问

陆沙·2024-01-21 17:03

在线作图|如何绘制一个好看的堆叠柱状图

比如，在微生物组成谱和宏基因组测序中，堆叠柱形图常常用来展示微生物物种的组成情况。Question2：如何不

维凡生物·2024-01-21 10:05

MCM备赛笔记——图论模型

图论的模型广泛应用于计算机科学、通信网络、社会网络、生物信息学、城市交通规划等多个领域。图论的基本模型无向图：顶点之间的边没有方向。无向图常用于表示双向关系，如社交网络中的友谊关系。

我我我想出去玩·2024-01-21 10:47

专业137总分439东南大学920专业基础综合考研经验电子信息与通信电路系统芯片

我本科是南京信息工程大学，今年报考东南大学信息学院，成功逆袭，专业137，政治69，英语86，数一147，总分439。以下总结了自己的复习心得和经验，希望对大家复习有一点帮助。

一个通信老学姐·2024-01-21 09:08

基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--02

香蕉栽培种(Musassp.)是二倍体、三倍体和四倍体的杂交种，源自于Musaacuminata(A基因组)和Musabalbisiana（B基因组)。

百迈客生物·2024-01-21 08:08

小熊派HarmonyOS 鸿蒙·季开发-BearPi-HM Nano开发环境搭建

Linux开发环境安装Linux编译环境1.连接Linux服务器2.将Linuxshell改为bash3.安装Python环境4.安装SCons环境相关资料往期回顾作者介绍刘懿宵，男，西安工程大学电子信息学院

懿傕·2024-01-21 03:15

对待自己温柔一点，你只不过是宇宙的孩子，与植物、星辰没什么两样(4.25)

3互联网时代的标志是人人连接、物联网是万物互联、人工智能是人机合一、生命科学是基因组学、太空科学是星球殖民。今

胡同学的读书笔记·2024-01-21 01:24

第1篇：人类的卷曲乳杆菌分离物的比较基因组学揭示了糖基化和糖原降解的基因：阴道微生物群的体内优势

VM：阴道微生物群LVM：乳酸菌为主的阴道微生物群DVM：阴道微生物菌群失调的阴道微生物群Comparativegenomics：比较基因组学EPS：胞外多糖contig：拼接软件基于reads之间的overlap

不愧是你_a·2024-01-20 17:28

WisecondorX 拷贝数变异检测 NGS NIPT

背景低深度全基因组测序（sWGS），主要通过覆盖深度的方法（DOC）检测CNV。

茄子_0937·2024-01-20 16:45

Kimichat使用案例：将一大片无序文本内容整理成有序的Excel表格

月之暗面由清华大学交叉信息学院、智源青年科学家杨植麟教授领衔，其在过去五年内的NLP领域华人学者引用排名中位居前10，并在40岁以下排名第一。

AIGCTribe·2024-01-20 14:24

MetaHipMer2 - MHM2超算系统宏基因组短读长序列组装神器的介绍和使用

Downloads—Bitbucket文章：Terabase-scalemetagenomecoassemblywithMetaHipMer|ScientificReportsMetaHipMer(MHM)是一种从头开始的宏基因组短读组装器

小果运维·2024-01-20 08:26

遗传统计|MSMC推断群体历史动态

能够通过输入基因组序列推断群体分歧时间，预测有效群体大小。此算法下常用的软件包括PSMC，SMC++和MSMC。

学术程稻属·2024-01-20 01:08

通过VCF文件制作定制化的参考基因组

前言最近做的项目要对referencegenome基于突变进行一些modify，制作personalizedgenome或者说是psuedo-genome伪基因组。

dulunar·2024-01-20 01:58

springboot105基于保信息学科平台系统设计与实现

CV工程师HYJones·2024-01-19 21:33

bedtools intersect用法 (intersectBed)

bedtoolsintersect可以对两个基因组特征(genomicfeatures)进行overlap，找到两者重合的区域。

生信编程日常·2024-01-19 17:20

【信息学奥赛一本通提高组】第二章二分与三分

一、二分二分法，在一个单调有序的集合或函数中查找一个解，每次分为左右两部分，判断解在那个部分并调整上下界，直到找到目标元素，每次二分都将舍弃一般的查找空间，因此效率很高。二分常见模型1、二分答案最小值最大（或是最大值最小）问题，这类双最值问题常常选用二分法求解，也就是确定答案后，配合贪心，DP等其他算法检验这个答案是否合理，将最优化问题转化为判定性问题。例如，将长度为n的序列ai分为最多m个连续段

weixin_30609287·2024-01-19 15:12

三个月自我更新计划（第5周）

1)书籍阅读方面：《生物信息学》本周完成第13章的第3节第2和第3小节+第4节3个小节，共5个小节，20页；计划安排7天，每天2-3页或1个小节。

Diamondbacks·2024-01-19 12:48

基因组拼接中常见的名词解释

readsrawdatacleandatascaffoldcontigcontig50scaffold50N50L50pseudomolecules:pseudomoleculesaresuperscaffoldspseudochromosomes基因组拼接中常见的名词解释

灵动的小猪·2024-01-19 07:25

《基因的名义》读书笔记

这本书比较适合我这类入行不久的人来看，里面介绍了很多基因组学方面的应用和相关原理，内容涉及基因组学的发展历程、基因学和测序技术的应用（寻祖，亲人鉴定，性状预测，癌症检测和用药，出生缺陷预防，消费级基因检测等等

TOP生物信息·2024-01-19 07:26

PharmGKB数据库

轻枫柳曳1208·2024-01-19 03:20

纯生信分析套路甲基转移酶相关因子的预后分析

本文主要是基于TCGA数据和中国胶质瘤基因组图谱RNA测序数据集，通过一

音十千寻·2024-01-18 13:04

谷子功能基因组学数据库

谷子功能基因组学数据库谷子（Setariaitalica）最早在8700多年前在我国北方由野生物种驯化而来，在全球的自然和农业生态系统中，它被作为人类食物和饲料。

天明豆豆·2024-01-18 12:02

非肿瘤组织中的基因组也会对癌症预后产生影响吗？

HCCsubtypesbasedontheactivitychangesofimmunologicandhallmarkgenesetsintumorandnontumortissues基于肿瘤和非肿瘤组织中免疫学和标志基因组的活性变化的

生信学霸·2024-01-18 10:29

Microbiome揭示中国人群宿主遗传、肠道菌群与复杂疾病的关系

|本文转载自“宏基因组”公众号2020年10月，西湖大学、中山大学、中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室等单位的研究团队在《Microbiome》发表题为“Theinterplaybetweenhostgeneticsandthegutmicrobiomerevealscommonanddistinctmicrobiomefeaturesforcomplexhumandiseases

尐尐呅·2024-01-18 09:20

2018-04-30

信息学院举办新生入学教育之学生手册学习活动（冰花通讯社记者周润发）10月16日晚7：30，为了更好让新生了解学校相关政策，帮助学生解答教学常见问题，信息学院2016级新生入学教育之东北大学学生手册学习导读会在采矿管

东北大学2018·2024-01-18 06:27

序列比对原理

在生物信息学研究中，序列比对是一个非常基础的问题，在很多研究中都会用到。

生信自修室·2024-01-18 05:40

文献翻译--ASpedia:人类选择性剪切的综合百科全书

摘要：选择性剪接通过增加表达的mRNAs的多样性赋予人类基因组复杂性。通过高通量数据集的差异选择性剪接分析，已经鉴定出数百或数千个剪接区域。然而，很难解释每个拼接事件的功能影响。

ECHO1216·2024-01-18 03:06

AzuB专业介绍：信息学（双元制全学历段）

信息学是研究信息的产生、获取、传输、处理、分类、识别、存储及利用的学科。20世纪60年代以后逐渐形成，它的主要基础理论和科学方法论是神经生理学、心理学、计算机科学、系统工程、信息论、控制论等。

武汉安拙留学·2024-01-18 00:53

斯坦福大学机器学习中文笔记被公开，让无数自学党留下了感动泪水

是使计算机具有智能的根本途径，其应用遍及人工智能的各个领域，它主要使用归纳、综合而不是演译，所有内容均为全彩在过去的十年中，机器学习帮助我们自动驾驶汽车，有效的语音识别，有效的网络搜索，并极大地提高了人类基因组的认识

渔_7aec·2024-01-17 22:35

大模型最新动态-20240117

最近，波恩大学（UniversityofBonn）的化学信息学专家JürgenBajorath教授和他的团队取得了重大突破。他们设

程序无涯海·2024-01-17 14:34

“特定基因”驱动人类大脑发育和衰老。

现在，来自184个不同机构的360多名科学家--包括联合国大学教堂山--第一次在全球范围内努力寻找200多个基因组区域和300多个特定的基因变异，这些

浙江云皓·2024-01-17 13:23

什么是CNV？

CNV（拷贝数变异）是基因组遗传学中的一个术语，指的是在个体的DNA序列中与参考基因组相比存在的基因或DNA片段的拷贝数增加或减少。这些变异可以涉及很小的DNA片段，也可能涉及数百个基因。

生信分析笔记·2024-01-17 08:55

悠月

独坐月下一首情歌悠悠染浸了时光漂走了你看几度悲喜起起落落走了心走了心眼里定格了时光却留不住过往转身便不愿多说的你倔强的执着眼角的痕迹拆穿了谁已出口的安好清影自醉流年怀伤若情深缘浅岂非人意不尽是世间平淡何扰红尘无心安却一心于己渡惘世沉浮只是日日逢秋心已寂寥人亦空待山西农业大学信息学院穆永江

暮风与木·2024-01-17 04:54

帕金森氏症是一种遗传性疾病吗？

事实上，根据国家人类基因组研究所的数据，大多数患有帕金森病的人并不知道有任何其他家庭成员患有这种

怕得金森·2024-01-17 03:37

如何从Hi-C数据中快速分析影响疾病的DNA结构？

Hi-C，一种衍生于染色体构象捕获技术（3C）的高通量技术，实现了全基因组范围内染色体片段间相互作用的捕获检测，可得到染色体三个层级的三维结构：A/Bcompartment、拓扑相关结构域（TAD）、染色质环

尐尐呅·2024-01-17 00:25

第一章细胞和有机体的生物学和遗传学特性

1.1孟德尔建立了遗传学基本规律更高等的生命体的基因组又被称为二倍体等位基因：同一基因不同拷贝一个等位基因的支配地位不是由自身决定的，而是由与该基因其他等位基因的相互作用决定的。

白鸽坐飞机·2024-01-16 22:06

HDMAC-不会R语言也可以用Lasso筛选高维数据了

医科研·2024-01-16 22:18

ConvMolFeaturizer和WeaveFeaturizer分别是什么？

ConvMolFeaturizer和WeaveFeaturizer是深度学习和化学信息学领域中用于分子特征提取的工具，通常在药物发现和化学数据分析中使用。

CA&AI-drugdesign·2024-01-16 21:03

难治性结直肠癌的新疗法希望针对基因突变进行治疗

d691a545f139·2024-01-16 18:33

易基因：精子表观基因组异常与男性不育（DNA甲基化+组蛋白修饰+ncRNA）｜新研究方向

越来越多的证据表明了精子表观基因组在胚胎发育早期调控中所起的作用，以至于研究人员将重点放在研究精子表观基因组的表观遗传机制上，以寻找男性不育的新分子标记。

易基因科技·2024-01-16 13:52

易基因｜全基因组DNA甲基化测序（WGBS）揭示衰老对肝再生的表观基因组调控机制

肝脏体积、血流量和代谢等肝脏生理参数，以及损伤后的再生能力在人类和模型系统中均在老年时表现出下降，其中涉及许多分子机制，包括DNA甲基化依赖性基因组重塑。