基因组信息学第5页

scATAC文献：人类大脑皮质单细胞水平染色质和基因调控的动态发育图谱---方法

Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionsingularvalue:一scATACprocessing使用“cellrangeratacmkfastq”（10x基因组学

科研菜鸟·2024-02-03 05:20

一、二、三、四代测序技术原理详解

测序技术是基因组学的核心技术，上期的推送【LAI：基因组组装质量评估新标准】简单介绍了测序技术的发展进程。其实，测序技术的发展主要基于两个非常具有里程碑意义的理念：“生命是序列的”和“生命是数据的”。

生信空间·2024-02-02 22:24

【R语言】如何利用SNP的rs号提取坐标信息

前面给大家介绍了【R语言】获取基因组上某个区域内的SNP信息我们经常会从一些文献或者数据库里得到一些与疾病相关的SNP信息。

生信交流平台·2024-02-02 21:26

《Enforcing geometric constraints of virtual normal for depth prediction》论文笔记

这样的浅层次深度信息学习自然不能很好学习到GT深度中的一些细节与结构差异信息，因而这篇文章提出将预测深度通过预先假定的相机内参映射到同一模

m_buddy·2024-02-02 20:29

ATAC-seq发篇测序文章就结束了吗？看如何利用ATAC-seq数据为后续关键基因的转录调控研究提供重要依据

转座酶可及染色质测序分析（ATAC-seq）是常见的研究染色质可及性的方法，ATAC-seq联合RNA-seq是一种新的研究思路，为阐述基因组和特定生物过程中的基因差异表达提供见解。

爱基百客·2024-02-02 15:16

国自然热点：如何从表观遗传学方向入手进行炎症机制研究

表观遗传学则是研究基因组中不涉及DNA序列改变的遗传变化，包括DNA甲基化、组蛋白修饰以及非编码RNA等。近年来，越来越多的研究表明炎症与表观遗传之间存在密切的关联。

爱基百客·2024-02-02 15:16

FeatureExtract--extracts sequences and feature annotation from genbank format file

最近一直在看和植物叶绿体基因组有关的知识，其中有一项内容是分析叶绿体基因组的密码子偏向性，这就要求我们首先要拿到基因的CDS序列，在NCBI的organellegenome数据库中我们通常可以下载到叶绿体全基因组的

小明的数据分析笔记本·2024-02-02 11:45

全身治疗后转移性透明细胞肾细胞癌的基因组图谱（IF7+）

Thegenomiclandscapeofmetastaticclearcellrenalcellcarcinomaaftersystemictherapy系统治疗后转移性透明细胞肾细胞癌的基因组图谱发表期刊

生信学霸·2024-02-02 08:18

卡梅计算机生物专业怎么样,美国卡梅生物信息学专业录取案例

Carnegiemellonuniversity卡耐基梅隆大学computationalbiology计算机生物学Universityofmichigan,annarbor密歇根大学安娜堡分校bioinformatics生物信息学

weixin_39683863·2024-02-02 04:14

全基因组关联分析流程 ( 二 )

最佳线性无偏预测(BLUP)BLUP(BestLinearUnbiasedPrediction)，在线性混合模型中可以用来评估随机效应。随机效应的最佳线性无偏预测(BLUP)等同于固定效应的最佳线性无偏估计(bestlinearunbiasedestimates,BLUE).BLUP法具有估计值无偏、估计值方差最小、可消除因选择和淘汰等原因造成的偏差等特性，获得的个体育种值具有最佳线性无偏性，是当

正踪大米饭儿·2024-02-02 01:25

从表观遗传分析入手，揭示癌症免疫景观

Identificationofepigeneticdysregulationgenemarkersandimmunelandscapeinkidneyrenalclearcellcarcinomabycomprehensivegenomicanalysis通过综合基因组分析识别肾脏透明细胞癌的表观遗传失调基因标志物和免疫景观发表期刊

生信学霸·2024-02-02 00:06

2022-07-08

ageloc的由来及其背后的尖端科技:2003年，科学家们终于能够建立人类基因组图谱，这项发现为曾润海博士提供深入探究人体老化过程的基础。基因组图谱:提供了那篇关键的拼图让科学家们得以了解

雅静种小草·2024-02-01 20:04

《基因组学》课程-学习笔记之一

生信石头·2024-02-01 18:27

使用MAKER进行基因注释(高级篇之GeneMark-ET模型训练）

真核生物基因组预测主要会用到GeneMark-ES/ET,其中GeneMark-ES可用于无监督自训练，也就是只要提供一个基因组序列即可，而GeneMark-ET则是在GeneMark-ES的基础上整合了高通量的

xuzhougeng·2024-02-01 17:40

2020-02-25 Day30 利用生物信息学分析鉴定乳腺癌的潜在关键基因和关键通路

在本研究中，我们旨在通过公共数据集的生物信息学分析来鉴定乳腺癌中潜在的病原性和预后差异表达基因（DEG）。

卅衣·2024-02-01 15:13

《生物信息学：导论与方法》--新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq--听课笔记（十四）

第八章新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq8.1转录组介绍Atranscriptomeisacollectionofallthetranscriptspresentinagivencell.所谓转录组（transcriptome），是指特定细胞中全体转录本（transcript）的集合。也可以说是细胞特定时刻基因表达谱的一个快照（snapshotofexpressionprofile）在转录

盲人骑瞎马5555·2024-02-01 12:52

《生物信息学：导论与方法》----变异的功能预测----听课笔记（十一）

第六章变异的功能预测6.1问题概述Wheredidyourgeneticvariationscomefrom?inheritedfromparentsdenovomutations（70~100个新发突变）somaticmutations（体细胞突变，如癌症）有很多的先天的小儿疾病，就是这个孩子有一个Denovomutation，刚好落在了一个重要的基因上，它有可能有这种严重的疾病。肿瘤细胞一般都

盲人骑瞎马5555·2024-02-01 12:21

生信学习笔记1：学习如何用OPLS-DA分析代谢组数据（从入门到掌握）

它们广泛应用于化学计量学、生物信息学、经济预测等领域。偏最小二乘法（PLS）偏最小二乘法是一种多变量分析方法，主要用于找到两组数据（通常是预测变量集和响应变量集）之间的线性关系。

盲人骑瞎马5555·2024-02-01 12:18

BWT比对算法

序列比对对于两个序列进行比对，即pairwisealignment，我们可以按比对方式分为全局比对（NW算法）和局部比对（SW算法）：当然对于两条短序列，可采用上述算法进行比较，但是如果其中一条序列换成了较长的参考基因组序列

小潤澤·2024-02-01 10:11

单细胞转录组测序技术及各类数据分析方法总结

在过去的十年里，单细胞转录组测序技术得到了蓬勃的发展，从而使得可在单细胞水平揭示全基因组范围内所有基因的表达情况，可以更精准的开展细胞间的表达异质性研究、鉴定新的细胞亚型、解析早期胚胎的发育等。

AIPuFu·2024-02-01 09:22

发现拖延症的性别差异基因

拖延症普遍存在于人群中，从前对拖延症的分析主要基于心理层面，但现在有研究团队终于不再忍受各种陈词滥调，试图到人类的基因组的汪yang大海中去寻找到拖延症的线索，结果他们还可能真找到了一点东西，一个基因，

Oliver_G·2024-02-01 09:00

每日算法打卡：动态求连续区间和 day 31

文章目录原题链接题目描述输入格式输出格式数据范围输入样例：输出样例：题目分析示例代码树状数组线段树原题链接1264.动态求连续区间和题目难度：简单题目来源：《信息学奥赛一本通》题目描述给定n个数组成的一个数列

一只小松许捏·2024-02-01 08:43

信息学奥赛一本通 1364：二叉树遍历(flist)

【题目链接】ybt1364：二叉树遍历(flist)【题目考点】1.二叉树【解题思路】解法1：递归构造子树的中序遍历序列和层次遍历序列层次遍历序列第一个元素，一定是整棵树的根结点。在中序遍历序列中找到该根结点元素，其左边就是左子树的中序遍历序列，右边就是右子树的中序遍历序列。接下来我们需要构造左右子树的层次遍历序列。易知左子树、右子树的层次遍历序列是原树层次遍历序列的子序列。（子序列：在一个序列中

君义_noip·2024-02-01 04:17

2021-09-19

2、本研究利用巨噬细胞中的全基因组反筛选，发现G蛋白偶联受体GPR84介导APMAP缺陷癌细胞的增强的吞噬作用。3、这项工作

图灵基因·2024-02-01 03:49

魅力机器：“一童一电脑”（OLPC）的生、死和遗产

加州大学伯克利分校信息学院助理副教授摩根·格·艾姆斯（MorganG.Ames）在她的新书《魅力机器：“一童一电脑”的生、死和遗产》（TheCharismaMachine:ADeepDiveintoOneLaptopperChild

ConanXin·2024-02-01 02:09

隐马尔可夫模型系列——（二）模型参数

隐马尔可夫模型在自然语言处理、语音识别、生物信息学和金融领域等方面有着广泛的应用。本文将从模型参数的角度详细介绍隐马尔可夫模型中的三个关键要素：隐藏状态、观测状态和状态转移

飞影铠甲·2024-02-01 02:35

信息学奥赛一本通1949：【10NOIP普及组】数字统计

1949：【10NOIP普及组】数字统计时间限制:1000ms内存限制:65536KB提交数:8725通过数:6687【题目描述】请统计某个给定范围[L,R]的所有整数中，数字2出现的次数。比如给定范围[2,22]，数字2在数2中出现了1次，在数12中出现1次，在数20中出现1次，在数21中出现1次，在数22中出现2次，所以数字2在该范围内一共出现了6次。【输入】共1行，为两个正整数L和R，之间用

ptyz306·2024-02-01 00:18

信息学奥赛一本通1942：【08NOIP普及组】ISBN号码

1942：【08NOIP普及组】ISBN号码时间限制:1000ms内存限制:65536KB提交数:13176通过数:5200【题目描述】每一本正式出版的图书都有一个ISBN号码与之对应,ISBN码包括9位数字、1位识别码和3位分隔符，其规定格式如“x-xxx-xxxxx-x”,其中符号“-”是分隔符（键盘上的减号），最后一位是识别码，例如0-670-82162-4就是一个标准的ISBN码。ISBN

ptyz306·2024-02-01 00:47

信息学奥赛一本通1931：【05NOIP普及组】校门外的树

1931：【05NOIP普及组】校门外的树时间限制:1000ms内存限制:65536KB提交数:9210通过数:6928【题目描述】某校大门外长度为L的马路上有一排树，每两棵相邻的树之间的间隔都是1米。我们可以把马路看成一个数轴，马路的一端在数轴00的位置，另一端在LL的位置；数轴上的每个整数点，即00，11，22，……，LL，都种有一棵树。由于马路上有一些区域要用来建地铁。这些区域用它们在数轴上

ptyz306·2024-02-01 00:47

2021-12-27

NatRev丨癌症基因组测序数据的计算分析原创珍奇图灵基因2021-12-2707:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：珍奇IF：60.716推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文描述了癌症基因组生物信息学分析中涉及的主要步骤

图灵基因·2024-01-31 23:49

信息学竞赛考什么

不仅是信息学竞赛，包括计算机考级、大学生程序设计比赛、信息技术高考等相关考试竞赛的形式也无外乎这两种。信息学竞赛以上机测试为主，但是笔试也是重要的组成部分。

沈阳酷叮猫少儿编程·2024-01-31 23:49

#572. 【入门】国王

说明小T自幼学习中国象棋，小学时曾荣获龙城小学象棋比赛冠军，他对中国象棋情有独钟，外出参加信息学夏令营等活动时都要随身携带一副中国象棋，一有空就会摆开棋跟小伙伴们杀上几盘。

XTX54188·2024-01-31 19:33

血液DNA提取注意事项

本试剂盒采用独特的裂解液配方，可直接从新鲜、冷冻或陈旧的全血中提取高质量的基因组DNA，也可以直接提取得到血液

清风拂面vv·2024-01-31 18:16

计算机类杂志

计算机科学与探索网址:http://www.ceaj.org唯一标识:1673-9418电子与信息学报网址:http://jeit.ie.ac.cn/cn/volumn/home.shtml唯一标识:1009

朱雀333·2024-01-31 13:44

信息学院开展行政党支部与学生党支部面对面活动

10月31日下午，信息学院在文理大楼404召开行政党支部与学生党支部面对面活动，师生共同探讨学习十九大精神的心得体会。

ac49a69b0606·2024-01-31 07:24

基因投错票，肿瘤来报道

—理查德·道金斯《自私的基因》人类基因组计划英语：（HumanGenomeProject,HGP）是一项规模高，跨国跨学科的科学探索巨型工程。

uhuh拒绝吸烟·2024-01-31 04:53

精选推文 | 基于三代转录组的基因注释踩坑经历以及GSAman使用

相信这份推文可以为一些做功能基因组方面工作的朋友，提供实用参考。--CJ-陈程杰前言随着测序技术的进步和普及，现如今已经步入到“功能基因组学”（functionalgenomics)的时代。

生信石头·2024-01-31 04:39

双CpG位点DNA甲基化特征为LGG患者提供准确的生存风险分层(IF5+)

Genome-widemethylomicanalysesidentifyprognosticepigeneticsignatureinlowergradeglioma全基因组甲基组学分析确定低级别胶质瘤的预后表观遗传特征发表期刊

生信学霸·2024-01-31 01:39

天赋与汗水

今天，在本地的一个信息学竞赛群里，和家长们聊起“天赋与汗水”的话题。

黑与红·2024-01-31 01:07

特征选择综述论文阅读笔记

一特征选择（featureselection）的简介我们现在正处在大数据的时代，大量的高维数据在各种领域中无处不在，如社交媒体、医疗保健、生物信息学和在线教育。

wyn20001128·2024-01-31 01:23

LINUX的练习题

LINUX的练习题：最低要求是完成我的linux20题http://www.bio-info-trainee.com/2900.html其次完成生物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq

七七师姐·2024-01-31 00:14

2021：【例4.6】最大公约数信息学奥赛一本通（C++版）

2021：【例4.6】最大公约数时间限制:1000ms内存限制:65536KB提交数:43716通过数:28489【题目描述】求两个正整数mm，nn的最大公约数。【输入】输入mm，nn。【输出】mm，nn的最大公约数。【输入样例】46【输出样例】2【提示】【数据范围】对于全部数据：m,nusingnamespacestd;intmain(){inta,b;cin>>a>>b;intda,xiao;

SZefdsr·2024-01-30 23:06

【信息学奥赛-C++】2021：【例4.6】最大公约数

使用辗转相除法求两个正整数的最大公约数：正整数m和n的最大公约数等于n和m%n的最大公约数。#includeusingnamespacestd;intmain(){intm,n,r;cin>>m>>n;r=m%n;while(r!=0){m=n;n=r;r=m%n;}cout<<n<<endl;return0;}

雾里看花花里看雾·2024-01-30 23:06

【C++】2021：【例4.6】最大公约数（信息学奥赛）

好了，今天的内容就是2021：【例4.6】最大公约数了，内容的详细意思也就是求两个正整数m，n的最大公约数。（感谢大家一直以来对我的支持，现在我已经200粉了，我会更加努力的！下一步冲500粉）目录【题目描述及其目的】【题目描述】【输入】【输出】

信息开发者·2024-01-30 23:06

信息学奥赛一本通 2021：【例4.6】最大公约数

【题目描述】求两个正整数m，n的最大公约数。【输入】输入m，n。【输出】m，n的最大公约数。【输入样例】46【输出样例】2【提示】【数据范围】对于全部数据：m,nintmain(){intm,n,r;scanf("%d%d",&m,&n);r=m%n;while(r){m=n;n=r;r=m%n;}printf("%d",n);return0;}

Aftermath·2024-01-30 23:03

TCGA的ID转换可以一步到位了

0.背景知识TCGA或TCGA+GTEx的表达矩阵，行名都是ensambleid，因为TCGA数据的参考基因组版本是genecodeV22，xena重新分析的TCGA+GTEx数据参考基因组版本则是genecodeV23

小洁忘了怎么分身·2024-01-30 22:58

非模式物种GO/KEGG富集分析

本文主要针对非模式物种，但是有参考基因组可用1.R包安装及database下载#non-model,buthavethegenome>source("https://bioconductor.org/biocLite.R

谢俊飞·2024-01-30 20:23

生物信息网站集合

1.常用门户：美国国家生物技术信息中心(NCBI)：https://www.ncbi.nlm.nih.gov欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)：https://www.ebi.ac.ukUCSCGenome

庐山星晖·2024-01-30 16:27

[NOIP2010 普及组] 接水问题

信息学奥赛一本通1950：【10NOIP普及组】接水问题洛谷P1190[NOIP2010普及组]接水问题题解【题目描述】学校里有一个水房，水房里一共装有m个龙头可供同学们打开水，每个龙头每秒钟的供水量相等

longxuan01·2024-01-30 14:38

用Modules优雅地管理你的环境变量

我管理的基因组学群里，今天有人提出了这样一个问题，如果有多个版本的BLAST，并且都是用conda安装，应该如何调用不同版本的BLAST提问截图对于这个问题，其实存在多种解决方案：用绝对路径进行调用使用

xuzhougeng·2024-01-30 14:54

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