基因组信息学第4页

表观遗传研究常用数据库

基本数据库1.UCSC数据库网站：http://genome.ucsc.edu/index.html简介：UCSC数据库给浏览基因组数据提供了可靠和迅速的方式；支持数据库检索和序列相似性搜索。

笺牒九州的怪咖·2024-02-07 11:40

学习：StatQuest-RNA-seq技术重复

概念首先我们先辨析一下生物学重复和技术重复，我们的RNA-seq的data产生差异是正常的，关于差异来自于几个方面：生物学多样性，个体间差异，即便是同一物种（基因组相同），其转录本也未必都相同image.png

小潤澤·2024-02-07 09:11

理解生物信息学FASTA格式

在生物信息学中，FASTA格式是一种基于文本的、用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来表示，且允许在序列前添加序列名及注释。

陈佶1·2024-02-07 09:36

2021-12-10

尽管这些差异部分归因于核基因组的遗传和表观遗传修饰，但

图灵基因·2024-02-07 08:30

少儿编程教育新趋势：信息学奥赛与Scratch等级考试融合实践

近年来，信息学奥林匹克竞赛（简称信息学奥赛）以其独特的魅力吸引了大量热爱编程的青少年参与。这项赛事不仅考察参赛者的编程技能，更注重逻辑思维能力、问题解决能力和创新能力的培养。

@小码农·2024-02-06 23:47

子宫肌瘤研究的新方向！meta分析揭示平滑肌瘤发展的两种遗传途径！

研究人员对来自冰岛或英国Biobank的16595例医院平滑肌瘤病例和523330例未受影响的对照基因分型阵列数据进行分析，追踪到21个与子宫肌瘤相关的变异体，这些变异位于基因组中的16个位点，当他们进一步挖掘这些位点

南博屹生物医学·2024-02-06 20:08

Cytoscape软件下载、安装、插件学习[基础教程]

关于Cytoscape，对于做组学或生物信息学的同学基本是陌生的，可能有的同学用这个软件作图是非常溜的，做出来的网络图也是十分的好看，“可玩性”很高，就像前面分享的aPEAR包一样aPEAR包绘制功能富集网络图

小杜的生信筆記·2024-02-06 18:28

体重管理，2个重要检测、4个基本指标需要get！

2、肠道菌群基因检测肠道菌群作为人体的“第二基因组”，其失调会影响营养的吸收和代谢，并引发持续性的慢性炎症，与肥胖的发生密切相关。通

程陌and颜易·2024-02-06 15:48

捏脸时代

1990年，国际人类基因组计划启动。2000年，人类基因组工作草图公布。2018年，人体基因改造技术临床实验隐秘开展。2026年，荷兰率先通过决议使人体基因改造技术合法化。

傅立叶柏拉图·2024-02-06 15:20

Redis面试题41

它可以分析医学影像、病历数据和基因组数据，识别疾病特征和风险因素，并提供准确的诊断和预测结果。医疗影像分析：人工智能可以利用深度学习网络，自动分析和解读医学影像，如CT扫描、X射线和病理切

CrazyMax_zh·2024-02-06 13:16

GenVisR包：突变类型不在waterfall函数指定范围？

GenVisR包是一个用于基因组可视化的包。为我们提供了多种用于展示基因组突变、基因突变等图像，包括我们熟知的基因突变瀑布图等。今天介绍该包中的waterfall函数功能。

jlyq617·2024-02-06 12:09

NC发布迄今最大规模猪肠道微生物基因集！

因此，迫切需要完整的微生物基因集和参考基因组序列信息来研究肠道微生物组与猪重要经济性状和疾病的因果关系。近日，江西农业大学科研团队在国际顶级学术期刊NatureCommunications发表大规模

尐尐呅·2024-02-06 09:45

cout保留小数位

cout保留小数位对于参加信息学奥赛的同学来说，写代码时通常会用到调试输出数据。当我们碰到保留小数位的题目时，要么用printf()函数，要么用cout语句。

CodeAlan·2024-02-06 08:15

基因组学（课程笔记）-- 基因型与表型关联分析

遗传学中具体使用的基因型往往是指某一性状的基因型表型（Phenotype）：具有特定基因型的个体，在一定环境条件下，所表现出来的性状特征（形态、结构、生理、生化、行为等）或疾病状态表型=基因型+环境GWAS基本概念全基因组关联分析

懒猪曼达·2024-02-06 08:30

Paper_7: Natural killer/T cell淋巴瘤的基因组、转录组特征

HighlightsIntegratedanalysisprovidesinsightintothemolecularclassificationinNKTCLEBVlyticgenesplayanimportantroleonNKTCLpathogenesisGenomicalteration-basedmolecularsubtypesassociatewithclinicaloutcomes

TOP生物信息·2024-02-05 23:47

利用Geneious对叶绿体基因组进行注释及查看

使用软件：Geneious目的：对组装好的叶绿体基因组进行注释，注释好后进行查看，无误后绘制圈图【注释部分】1.首先从NCBI上下载一段与要注释的物种（目标序列）同源的物种的叶绿体基因组序列（参考序列）

恭弥家的凤梨君·2024-02-05 15:15

2.QTL定位：Rqtl —— Two-QTL scans

有些位点之间可能存在连锁，即加性效应或上位性效应，本篇文章将介绍如何通过二维双QTL基因组扫描，对复杂数量性状多位点之间的QTL连锁或相互作用进行分析。

Wei_Sun·2024-02-05 14:53

支持向量机

支持向量机在许多领域都有广泛的应用，如文本分类、图像识别、生物信息学、金融预测等。支持向量机的应用：（1）文本分类：支持向量机可以用于文本分类任务，如垃圾邮件过滤、情感分析、主题分类等。

小森( ﹡ˆoˆ﹡ )·2024-02-05 10:24

2021-10-19

这种基于“功能精准医学”方法的诊断测试可以将患者与最有效的可用疗法相匹配，对缺乏基因组生物标志物的癌症和药物特别有帮助。“功能精准医学背后的理念是，对于癌症，你可以在给患者用

图灵基因·2024-02-05 09:32

修改bam文件的染色体信息

背景在运行wes的数据流程的时候，生成marked.bam文件之后的染色体是12这样的，但是下载的gatk的人的基因组的fa文件的染色体是chr1chr2这样的信息，所以进行后续的recal和bqsr的时候会报错

jiarf·2024-02-05 09:11

一文读懂环状RNA

与病毒不同的是，类病毒没有蛋白质外壳包被，基因组是单链、闭合、RNA分子。1979年洛克菲勒大学的Hs

Seurat_Satija·2024-02-05 09:01

基迪奥的新书（基因表达调控-新组学技术介绍与应用）是否值得买？

--谈谈你入门生物信息学时遇到的那些坑先说答案，不值得买。相信很多朋友在新学一门技术时，会通过购入书籍、购买课程等手段来迅速地提高自己的知识储备，笔者也不例外。

浪子刀客·2024-02-05 08:41

比对软件索引构建与效率比较

最近接触下组学的rawdata分析，慢慢学咯~下载参考基因组【直播】我的基因组（五）:测试数据及参考基因组的准备比对原创10000+生信教程大神给你的RNA实战视频演练比对效率5款流行比对工具大比拼

王诗翔·2024-02-05 08:18

2022-01-19

医学上还存在着一种还原论的观点，这在“人类基因组计划”中得到了充分的体现。它的前提假设是：理解基因组的变异能够告知每个人患病和治疗的风险。

冬之物语·2024-02-05 02:23

2021-10-14

这些研究揭示了神经胶质瘤异质性和细胞可塑性的表观基因组基础，提供了对细胞进行状态转换和应对环境或治疗压力的机制的深入了解

图灵基因·2024-02-05 01:12

2023-04-07

•软件：GATK•文件准备：基因组文件：genome.fasta比对结果文件：S1.sort.markdup.bam•参考脚本：第一步：创建tmp目录创建临时文件目录$mkdi

小谷头·2024-02-05 00:49

信息学奥赛一本通1332 参考代码

题目假设在周末舞会上，男士们和女士们进入舞厅时，各自排成一队。跳舞开始时，依次从男队和女队的队头上各出一人配成舞伴。规定每个舞曲能有一对跳舞者。若两队初始人数不相同，则较长的那一队中未配对者等待下一轮舞曲。现要求写一个程序，模拟上述舞伴配对问题。输入467输出11223344152631参考代码#includeusingnamespacestd;intmain(){intn1,n2,s;cin>>

小马斯不定期·2024-02-04 21:59

每日paper - 20211111 - 哺乳动物基因表达调控的全局定量分析

虽然基因表达是生命最为基础的过程之一，但是整体的级联过程还从未在基因组层面被定量研究过（当时，2011年）。研究者们通过对哺乳动物细胞的超过5

阿芃·2024-02-04 21:49

小麦基因组测序研究进展

3/15本期作者：大胖丫最近几年，麦类作物基因组学发展迅速，物理图谱的相继完成将大大加速麦类作物遗传学、比较基因组学以及进化等方面的研究，同时也将大大加速重要农艺性状基因的分离和鉴定。

Neal_Bio·2024-02-04 20:11

探秘海洋生物，来看看海洋生物公开基因组数据集吧！

近日，由青岛华大基因研究院规划的海洋生物公开基因组数据集（PublicMarineGenomeResources,PMGR）系列在国家基因库生命大数据平台（CNGBdb）正式上线。

尐尐呅·2024-02-04 18:57

Jellyfish进行Kmer评估基因组大小

我们对一个新物种进行基因组denovo测序时，一般需要先对该物种进行基因组survey，估计基因组大小、杂合率、重复序列比例、GC含量和倍性等信息，这些结果会直接影响我们后续测序的数据量及估计组装难度。

吕强强学生信·2024-02-04 18:45

【年度盛会征稿】第二届全国精准营养与生命健康创新大会（PNHIC 2024）

“精准营养”研究借助多组学、可穿戴、影像学、生物信息学、人工智能等多种新技术和新理论对不同个体营养状况和需求开展系统研究，提供量身定制的膳食和生活方式干预和指导，从而更有效地促进健康和防控重大疾病。

搞科研的小刘选手·2024-02-04 14:41

使用3D-DNA流程，结果不升反降怎么破？

之前我写过一篇利用3D-DNA流程基于Hi-C提升基因组组装，那个时候我做的项目并不多，也没有遇到坑，直到最近我用3D-DNA流程进行基因组组装，发现结果出乎意料Fig1在上图中，蓝色框表示组装出来的scaffold

xuzhougeng·2024-02-04 12:26

GWAS:网页版的基因型填充（genotype imputation）

在全基因组关联分析中，处理芯片数据时，必须走的一个流程就是基因型数据填充（imputation）。当然，如果你拿到的是全测序的数据，请忽略这一步。下面直奔主题，怎么在网页版进行基因型填充。

橙子牛奶糖·2024-02-04 10:33

信息学竞赛中的数学习题集1301-1310（10题）

StackingCylinders2194--StackingCylindersTriangle2079--TriangleTheFortifiedForest1873--TheFortifiedForestTheDoors1556--TheDoorsSpaceAnt1696--SpaceAntAtlantis1151--AtlantisPicture1177--PictureAStarnotaT

dllglvzhenfeng·2024-02-04 09:02

信息学竞赛中的数学习题集1281-1290（10题）

TheBalance2142--TheBalance1635：【例5】StrangeWaytoExpressIntegers信息学奥赛一本通（C++版）在线评测系统CleverY3243--CleverYGSEP202312

dllglvzhenfeng·2024-02-04 09:01

文件格式——FASTA

FASTA文件的格式在生物信息学中，FASTA格式（又称为Pearson格式）是一种基于文本的、用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。

oddxix·2024-02-04 03:57

USACO历年白银组真题解析 | 2023年1月Following Directions

记录下USACO（美国信息学奥赛）备考白银组别比赛学习过程中的题目，记录每一个瞬间。

热爱编程的通信人·2024-02-04 02:13

USACO历年白银组真题解析 | 2023年1月Find and Replace

记录下USACO（美国信息学奥赛）备考白银组别比赛学习过程中的题目，记录每一个瞬间。

热爱编程的通信人·2024-02-04 02:43

社群运营的方法

人类的本质是不会变的，现在人和古代人没有什么两样，所以基本的信息学原则依然牢靠，因此你不需要将学过的心理学原则全部打破、重新建立。——霍普金斯《科学的广告》人性并没有随着互联网的发展而改变。

云海过客·2024-02-04 02:48

BioTech - 小分子药物设计与优化概述

小分子药物设计与优化的过程包括以下步骤：靶点识别和验证：通过分子生物学、结构生物学、基因组学等方

SpikeKing·2024-02-03 22:12

如何用基因组绘制代谢通路？

只有基因组，想画一个代谢图，折腾了好几天，最后发现仔细看官网文档是最快的，网页搜到的很少有详细讲解的，大多都是只讲一个部分，所以老老实实看官网是最快的。

python明·2024-02-03 22:50

scRNA-seq | Windows下的R、RStudio下载和安装

2020/5/25，下定决心用R语言了，Python虽然顺手但是生物信息学尤其是单细胞测序领域主要还是R的天下。（发现一篇Naturecommunication居然用R调用了Tensorflow！

切瓜少年·2024-02-03 20:37

【C++动态规划学习总结】

1.动态规划：初识动态规划（英语：Dynamicprogramming，简称DP），是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法

PP mod·2024-02-03 17:30

信息学奥赛一本通 1322：【例6.4】拦截导弹问题(Noip1999)

【题目链接】ybt1322：【例6.4】拦截导弹问题(Noip1999)原题有两个问，本题为第2问【题目考点】1.贪心【解题思路】设hhh表示当前系统可以拦截的最高的高度。贪心选择：高度小于等于hhh的导弹中高度最高的导弹。如果当前系统无法再拦截导弹，而且存在未被拦截的导弹，那么增加一个拦截系统，将hhh设为无穷大，继续进行贪心选择。各导弹高度构成一个数字序列，每个拦截系统拦截的导弹的高度为原序列

君义_noip·2024-02-03 17:50

信息学奥赛C++编程：人口增长问题

描述：我国现有x亿人口，按照每年0.1%的增长速度，n年后将有多少人？输入：一行，包含两个整数x和n，分别是人口基数和年数，以单个空格分隔。输出：输出最后的人口数，以亿为单位，保留到小数点后四位。1<=x<=100,1<=n<=100</

江天一色无纤尘_春江·2024-02-03 16:58

软件系统架构黄金法则17：图形数据存储架构法则

禅与计算机程序设计艺术·2024-02-03 15:47

200826 Circ之旅3-构建人类基因组索引

注：后面可能还会构建鼠源的x参考：RNA-seq(5):序列比对：Hisat2人类基因组hg19、hg38构建bwa索引生物信息学习——bowtie2使用手册bwabowtie2salmonsubreadhisat2

dicklim·2024-02-03 15:13

scifi-RNA-seq 2021

Ultra-high-throughputsingle-cellRNAsequencingandperturbationscreeningwithcombinatorialfluidicindexing期刊：NatureMethods通讯作者：ChristophBock奥地利科学院分子医学研究中心，维也纳，奥地利人工智能研究所，医学统计、信息学和智能系统中心

韧_7e6f·2024-02-03 12:07

细胞器基因组（叶绿体、线粒体）组装神器GetOrganelle介绍

GetOrganelle是中国科学院昆明植物研究所金建军和郁文彬两位老师共同开发的质体组装软件，论文发表在GenomeBiology，十分简单易用，对没有计算机基础的使用者十分友好。1、安装软件可以直接使用conda进行安装condacreate-nchloroplast#创建一个虚拟环境condainstall-nchloroplastgetorganelle#将getorganelle安装在虚

惊鸿影·2024-02-03 12:12

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