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基因组学
蹭热点的代价是失去科研深度!
多年前,蛋白组学、
基因组学
火了。很多人便立即着手将研究内容往组学上靠。无论研究什么,你没点组学内容,都不好意思说自己是做科研的。于是,大家在检索文献时,会发现组学相关
聊点学术
·
2023-12-16 20:59
基于BWA,Bowtie2,samtools、checkm等工具计算宏
基因组学
序列分析中Contigs与Genes在样品中的丰度,多种计算方式和脚本对比
计算contigs和genes相对丰度可以提供有关微生物群落结构和功能的信息。以下是计算这两个指标的意义:1.Contigs的相对丰度:contigs是利用基因组测序技术获得的碎片序列,通过计算contigs的相对丰度可以了解微生物群落中不同菌种的相对丰度。这可以帮助研究者理解微生物群落的物种组成和群落结构。2.Genes的相对丰度:基因是生物体内功能的基本单位,通过计算基因的相对丰度可以了解不同
小果运维
·
2023-12-16 18:28
生信分析-bioinfo
contigs
samtools
CheckM
宏基因组
相对丰度
BWA
宏
基因组学
及宏转录组学分析工具MOCAT2(Meta‘omic Analysis Toolkit 2)安装配置及常用使用方法
MOCAT2(Meta'omicAnalysisToolkit2)是一个用于宏基因组和宏转录组数据分析的工具集,旨在处理和分析来自各种环境样品(如土壤、水体、肠道等)的宏
基因组学
和宏转录组学数据。
小果运维
·
2023-12-15 20:36
生信分析-bioinfo
科学数据分析
MOCAT.pl
宏基因组学
宏转录组学
【生信分析】
基因组学
导论
由于工作需要,现在开始跨行学生信!祝我成功目标:通过一周的学习能对对不同高通量测序数据集(RNA-seq、ChIP-seq、BS-seq和多组学集成)进行分析。配置环境if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install(c('qvalue','plo
大桃子技术
·
2023-12-06 21:11
生信分析
r语言
【第二章】用于基因组数据分析的 R 简介
计算
基因组学
的目的是从高维基因组数据中提供生物学解释和见解。一般来说,它与任何其他类型的数据分析工作类似,但通常进行计算
基因组学
需要特定领域的知识和工具。
大桃子技术
·
2023-12-06 21:38
生信分析
数据分析
r语言
人工智能
比较
基因组学
常用分析软件和分析方法
转载自https://blog.csdn.net/qq_36608036/article/details/109466468比较
基因组学
常用分析软件和分析方法(1)同源基因的查找OrthoMCLorOrthofinder
刘相培在努力学习中
·
2023-12-05 09:18
某生物科技巨头:引入安全工具,推动基因科技领域智能化发展
精研数字化提升精准度和效率,实现精准医学的人人可及该生物科技机构始终坚持从源头创新,积极探索
基因组学
和人工智能技术的深度融合,在IT领域发力,在
开源网安
·
2023-12-04 15:42
案例精选
安全
科技
测试工具
Docker封装生物信息学宏基因组流程
宏
基因组学
(metagenomics)是一种以环境样品中的微生物群体所有基因组作为研究对象,利用
基因组学
的研究策略研究环境样品中所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能的新的研究微生物多样性的方法。
儒雅随和王小板
·
2023-12-03 05:50
先发Nature再发Cell|人工智能与组学研究结合彻底改变生信研究
2023最新最火热门专题推荐一、CRISPR-Cas9基因编辑技术二、深度学习
基因组学
技术三、机器学习代谢组学技术四、机器学习转录组与表观组技术五、CADD计算机辅助药物设计六、AIDD人工智能药物发现与设计七
木舟笔记
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2023-12-02 18:17
人工智能
基因组学
(课程笔记)第十章-表观
基因组学
内容提纲内容提纲表观
基因组学
(Epigenomics)定义:在核苷酸序列不发生改变的情况下,研究基因组上的化学修饰和空间结构变化如何影响基因功能和表达调控的一门学科研究内容:1)化学修饰:DNA、RNA
懒猪曼达
·
2023-11-30 05:48
学习小组Day7笔记--阿星
学习小组Day7测序和组学思维导图.png测序和组学1.测序重点关注三代测序的原理和优缺点2.组学初步了解
基因组学
和转录组学的意义和应用场景3.七天总结这七天用最快的方法入门和学习了生信的核心内容。
阿星爱小羊
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2023-11-29 23:51
人工智能与我们的生活
医疗影像分析、
基因组学
研究等都受益于人工智能技术,为医学领域带来了突破性的进展。b.金融领域在金融领域,人工智能被广泛应用于风险管理、投资策略、反欺诈等方面。
qing_ti_xx
·
2023-11-29 18:04
活动
人工智能
生活
皮尔逊相关系数php,生信分析网站(相关性分析)
ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析;临床标本从蛋白水平确认(或HPA数据库),很重要;Kaplan-MeierPlotter从临床意义的角度阐明其重要性;cBio-portal数据库做
基因组学
的分析
weixin_39599097
·
2023-11-29 03:02
皮尔逊相关系数php
2021-12-14
NatRev|
基因组学
中应用机器学习可能遇到的陷阱原创huacishu图灵基因2021-12-1407:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文:huacishuIF=53.243推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:
图灵基因
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2023-11-28 16:30
文章被分享的感觉真的很不错
最近在写一些干货类的文章,关注
基因组学
和生信分析相关的。前几天刚申请的公众号,目前写了2篇了。
基因组学研究生
·
2023-11-28 02:20
Paper_5: 子宫内膜癌的蛋白
基因组学
特征
HighlightsProteogenomicsprovidesnewinsightsintooncogenicsignalinginendometrialcarcinomaGlobalacetylomeandphosphoproteomesurveysidentifynewregulatorymechanismsQKI,circRNAs,andmiRNAsformapotentialfeedba
TOP生物信息
·
2023-11-27 06:13
基因组控制鸡模型中腹部脂肪沉积的多个因素
GenomicInsightsIntotheMultipleFactorsControllingAbdominalFatDepositioninaChickenModel摘要肉鸡过快的生长速度伴随着过多的腹部脂肪沉积,这些对肉质特性和饲料成本产生不利的影响,
基因组学
技术确定了与腹部脂肪沉积相关的多种遗传因素
奶盐味
·
2023-11-25 09:27
2022-12-02
《
基因组学
与个性化医疗》基因的序列是固定的,但是他的改变却是多样的。有些疾病就是因为基因的改变而导致无法治愈。在我们的日常生活中。基因的检测异常重要。
九字班
·
2023-11-23 20:41
综述机器学习方法从基因组到网络再到解码疾病的应用
综合利用实验技术产生的大量的人类基因组序列数据和相关的分子表型、基因组表达、表观
基因组学
等相关数据,理解变异的影响,阐明异常
GenomicAI
·
2023-11-22 03:08
AI疾病模型
机器学习
人工智能
经典工具 | 使用SIFT预测错义突变的有害性
SIFT就是这样一个应用于
基因组学
研究的经典工具。SIFT可预测多种生物体的基因组变异,主要是错义突变的影响与效应,最大的特点是物种丰富,是一个经典的、普适性的研究工具。
生信宝典
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2023-11-22 03:03
数据库
可视化
大数据
java
linux
annovar对非模式生物建库注释
annovar简介在我们做重测序,或者比较
基因组学
分析的时候,我们往往在callsnp或者indel的时候,需要对我们的变异位点进行注释,而annovar官网提供的注释库往往是人类的居多,但是我们所研究的物种却不仅限于人类
小潤澤
·
2023-11-22 03:04
GenomeSyn基因组共线性及结构变异可视化工具
三代Pacbio和Nanopore测序技术的快速发展推动了比较
基因组学
领域的进步,泛基因组构建和结构变异识别成为该领域研究前沿。
花生学生信
·
2023-11-19 15:12
一文看懂植物单细胞测序怎么做?
2018年单细胞
基因组学
被science评为年度突破技术,2020年单细胞多组学技术被NatureMethods评为2020年年度技术。
生信阿拉丁
·
2023-11-19 02:36
火山图——直观的特征差异可视化
Volcanoplots)是散点图的一种,根据变化幅度(FC,FoldChange)和变化幅度的显著性(Pvalue)进行绘制,其中标准化后的FC值作为横坐标,P值作为纵坐标,可直观的反应高变的数据点,常用于
基因组学
分析
Odd_guy
·
2023-11-15 22:44
生物信息学
python
r语言
2022.01.23【读书笔记】丨生物信息学与功能
基因组学
(第六章 多重序列比对 上)
学习目标理解使用ClustalW进行多重序列比对(MSA)的三个主要阶段;描述几种其他的多重序列比对(MSA)程序,了解他们的工作原理,比对它们与ClustalW的异同;理解进行基准研究的重要性,并且理解关于MSA的几个基本结论;理解关于基因组区域的MSA的几个问题。6.1引言本章探讨MSA的一般性问题介绍MSA的五种方法;认识用于MSA的数据库,比如Pfam;讨论基因组DNA的多重序列比对。多重
穆易青
·
2023-11-14 01:43
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
生物信息
算法
2021.12.19【读书笔记】丨生物信息学与功能
基因组学
(第五章 高级数据库搜索 下)
5.5用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA需求:随着基因组DNA数据库数量增长,对比对工具要求越来越高能在基因组DNA中找到外显子比对时考虑基因组DNA包含的测序错误有相应的算法解决相关物种的基因组在比对中出现删除、重复、倒置或移位的问题有相应的算法解决DNA序列之间的小差异,如SNP位点用标准集去评估基因组比对效果时使用序列进化随机模型(ROSE)软件包船舰一个模拟序列集进行测试,可
穆易青
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2023-11-14 01:42
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
生物信息
数据分析
算法
2021.11.22【读书笔记】丨生物信息学与功能
基因组学
(第五章第五节 用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA)
5.5用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA需求:随着基因组DNA数据库数量增长,对比对工具要求越来越高能在基因组DNA中找到外显子比对时考虑基因组DNA包含的测序错误有相应的算法解决相关物种的基因组在比对中出现删除、重复、倒置或移位的问题有相应的算法解决DNA序列之间的小差异,如SNP位点用标准集去评估基因组比对效果时使用序列进化随机模型(ROSE)软件包船舰一个模拟序列集进行测试,可
穆易青
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2023-11-14 01:12
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
生物信息
linux
python
正则表达式
2022.09.17【读书笔记】丨生物信息学与功能
基因组学
(第十三章 蛋白质结构预测 下)
目录蛋白质结构预测三种方法同源建模(比较建模)穿线法从头预测(abinitio)基于假设推荐策略精度与方法选择Alphafold2相关信息蛋白质结构预测三种方法同源建模(比较建模)建模4步骤1.模板选择和确定折叠构象通过blast或delta-blast搜索同源蛋白质序列或结构,识别保守和可变区域。常用查询数据库:PDB数据库:https://www.rcsb.org/CATH:http://ca
穆易青
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2023-11-14 01:12
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
笔记
2021.11.22【读书笔记】丨生物信息学与功能
基因组学
(第五章第四节 隐马尔可夫模型)
5.4谱搜索:隐马尔可夫模型(HMMs)谱隐马尔可夫模型在生成用于识别远缘序列相似度的位置特异性打分系统时,比PSSMs更通用,如语音检测,声纳等一系列信号检测问题;在生信领域,HMMs已经被用于各式各样的应用:序列比对、蛋白质结构预测、蛋白质跨膜区域预测、染色体拷贝数变化分析和基因发现算法等;优势:谱HMMs是一个概率模型,它评估在比对中的一个给定位点上发生匹配、错配、插入和确实(空位)的可能性
穆易青
·
2023-11-14 01:11
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
生物信息
业务流程测试
数据分析
linux
2021.11.21【读书笔记】丨生物信息学与功能
基因组学
(第五章 高级数据库搜索 中 )
5.3寻找远缘相关蛋白质:位置特异性迭代BLAST(PSI-BLAST)和DELTA-BLASTPAM250矩阵给探测远缘相关蛋白质提供了一个更好的打分系统,可以改变打分矩阵来检测远缘蛋白质,但仍然有局限性:BLASTP检测到匹配蛋白,但是否同源并不明确。PSI-BLAST更深入地搜索数据库,以发现一个与你感兴趣地蛋白远缘相关的匹配蛋白。比对的5个步骤:使用某个打分矩阵对查询序列在一个目标数据库中
穆易青
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2023-11-14 01:11
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
生物信息
自动化
业务流程测试
数据分析
2021.01.05【读书笔记】丨生物信息学与功能
基因组学
(第四章 局部比对搜索基本工具-BLAST 上)
学习目标学会在NCBI网站上进行BLAST搜索理解BLAST各个参数的用途理解BLAST搜索的三个步骤(整理,扫描/延伸,回溯);理解BLASTE值和分数的数学关系;阐明BLAST搜索的策略引言基本局部比对搜索工具(BLAST)是NCBI的一个主要工具,可用来将一个蛋白质或者DNA序列与各种数据库中其他序列进行比对。应用:通过蛋白质/核酸序列,寻找一只的直系同源和旁系同源序列通过特定物种,确定其存
穆易青
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2023-11-14 01:41
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
2021.01.05【读书笔记】丨生物信息学与功能
基因组学
(第四章 局部比对搜索基本工具-BLAST 下)
BLAST算法使用局部比对搜索的策略BLAST算法组成部分:列表、扫描、延伸BLASTP算法可以描述为以下3个阶段蛋白质搜索中,BLAST编译一个初步的两两比对序列,称为字段对BLASTP算法编译了一个由查询序列生成的固定长度为w的字段列表。使用比对序列的分数建立一个阈值T。BLASTP字段大小默认为3(BLASTN为11),则20种氨基酸可能字段共有8000个。修改“字段大小”参数可以修改查询时
穆易青
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2023-11-14 01:41
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
2021.03.25【读书笔记】丨生物信息学与功能
基因组学
(第五章 高级数据库搜索 上)
学习目标定义位置特异性打分矩阵(PSSM);解释位置特异性迭代BLAST(PSI-BLAST)和DELTA-BLAST怎样大幅提升蛋白质BLAST蛋白搜索的灵敏度;描述谱隐马尔可夫模型(HMMs)并解释其与BLAST相比在数据库搜索中的优势;解释空位种子的策略怎样提升DNA搜索的灵敏度;描述数以百万计的二代测序是怎样比对到参考基因组上的。引言第四章介绍了BLAST,BLAST搜索可以有很多种用途,
穆易青
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2023-11-14 01:41
生物信息学与功能基因组学
生物信息
数据处理读书笔记
2020.11.23【读书笔记】丨生物信息学与功能
基因组学
(第三章 双序列比对 Dayhoff模型)
Dayhoff模型第一步:可接受点突变(PAM)概念:在蛋白质被自然选择接受的单个氨基酸替换满足情况:基因发生DNA变异,使得基因编码另一种不同氨基酸整个种群都接受这种变化,改变后的蛋白质作为种群内蛋白质的优势形式可被接受的点突变:基于经验统计的保守性替换使用系统发育分析,将它们与推断的共同祖先进行比对。基于经验观察的氨基酸替换结果,描述了任意一对氨基酸对比对在一起的频率。第二步:氨基酸出现的频率
穆易青
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2023-11-14 01:40
生物信息学与功能基因组学
生物信息
读书笔记
2020.11.3【读书笔记】丨生物信息学与功能
基因组学
(第二章 序列数据的获取 下)
2.7基因组浏览器三个主流基因组浏览器:Ensemble、UCSC和NCBI基因组组装定义:所获得的一个物种DNA序列按照染色体的形式进行的一种组装。内容:对基因组的注释,如起止位点、外显子、DNA重复元件或其他基因组特征。基因组参照联盟(GRC)维护人类、小鼠和斑马鱼的参考基因组。对基因组组装需要明确几点:每个染色体的起止位置是什么基因组序列中包括多少gap区域,能否被弥补?基因组上的结构变异位
穆易青
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2023-11-14 01:10
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
心得
2020.11.14【读书笔记】丨生物信息学与功能
基因组学
(第三章 双序列比对 引言)
学习目标理解同源(包括直系和旁系同源)的含义;阐释如PAM(可被接受的点突变)矩阵的生成方法;比较PAM和BLOSUM打分矩阵的用途;理解动态规划定义,并解释全局和局部序列比对算法是如何工作的;在NCBI网页上进行蛋白质或DNA的双序列比对3.1引言当完成对多个物种的基因组测序后,一个重要的工作室找到特定物种内和物种之间的蛋白质在进化上的相关性。序列水平的相关表明两个蛋白质同源具有相似或者相同的功
穆易青
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2023-11-14 00:40
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
生物信息
2023.11.13【读书笔记】丨生物信息学与功能
基因组学
(第六章 多重序列比对 下)
目录6.4多重序列比对数据库6.5基因组区域的多重序列比对6.6展望6.7常见问题总结6.4多重序列比对数据库Pfam:基于谱隐马尔可夫模型构建的蛋白质家族数据库SMART:简易分子构型研究工具,与细胞信号传导、细胞外结构域以及染色质功能相关的蛋白质家族数据库保守结构域数据库(CDD):基于序列或文本对Pfam和SMART进行查询,鉴别序列中的保守结构域多序列比对数据库整合平台:InterPro和
穆易青
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2023-11-14 00:36
生物信息学与功能基因组学
读书笔记
笔记
华为云原生Kubernetes之运行Volcano高性能作业的深度使用和实践
Volcano是CNCF下首个也是唯一的基于Kubernetes的容器批量计算平台,主要用于高性能计算场景,提供了机器学习、深度学习、生物信息学、
基因组学
及其他大数据应用所需要而Kubernetes当前缺失的一系列特性
╰つ栺尖篴夢ゞ
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2023-11-11 21:27
人工智能与云原生
Volcano的概念和特性
Volcano的系统架构和应用
Volcano的安装和资源使用
Kubernetes运行问题
Volcano高性能计算场景
A Survey on Neural Network Interpretability
此外,可解释性是深度网络成为其他研究领域强大工具的理想属性,例如,药物发现和
基因组学
。在本次调查中,我们对神经网络可解释性研究进行了全面回顾。
今我来思雨霏霏_JYF
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2023-11-10 01:45
可解释性
人工智能
深度学习
机器学习
植物突变体库(一)
背景1分子生物学的迅速发展,
基因组学
研究也随之进入后基因组时代。功能
基因组学
是在研究生物有机体内各种基因功能的基础上,进一步解析所有基因协调发挥作用的机制。
赛思基因科技
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2023-11-09 11:32
遗传转化
生物信息学
经验分享
玉米转座子插入型突变体”五折优惠
联系方式:中国农业科学院作物科学研究所孙老师18645149460突变体介绍突变体是植物功能
基因组学
研究的基础材料,转座子作为一类可移动的D
生信宝典
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2023-11-09 10:24
大数据
人工智能
python
java
机器学习
kalign:适用于基因组规模的多序列比对工具
之前提到的clustalo,muscle,mafft适用于几千到几万条序列的多序列比对,在比较
基因组学
的分析中,需要对不同基因组的序列进行多序列比对。
生信修炼手册
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2023-11-04 12:57
linux
大数据
python
编程语言
人工智能
第三代测序技术在微生物研究中的应用
第三代测序技术是一种集高通量、快速度、长读长及低成本等多种优点于一身的新型测序技术,它的出现为
基因组学
、转录组学及DNA甲基化等研究
wangchuang2017
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2023-11-04 09:02
Nature Reviews Genetics| 在
基因组学
中应用机器学习的常见陷阱
PITFALLS.jpgNatureReviewsGenetics|在
基因组学
中应用机器学习的常见陷阱Whalen,S.,Schreiber,J.,Noble,W.S.etal.Navigatingthepitfallsofapplyingmachinelearningingenomics.NatRevGenet
木舟笔记
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2023-11-04 06:28
欧洲科学家在实验室重组出新冠病毒
生物学论文预发布平台BioRxiv1月21日发表一篇名为RapidreconstructionofSARS-CoV-2usingasyntheticgenomicsplatform(利用合成
基因组学
平台快速重建新冠病毒
一一休
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2023-11-04 03:30
精选| 2020年7月R新包推荐(第44期)
此次整理了七个类别,分别为计算方法、数据、
基因组学
、机器学习、科学、统计学、效率工具。以下是本期(总第44期
黄小伟Yeah
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2023-11-04 00:58
宏基因组知识点
为了克服传统纯培养技术的不足,研究者们发展了宏
基因组学
的研究方法,为研究和开发新的微生物活性物质提供有力支持。
斗战胜佛oh
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2023-11-03 21:32
生物信息学与功能
基因组学
(1)
随着
基因组学
、蛋白质组学、微生物组学等各组学的发展,生物信息数据呈指数级增长;对这些数据的存储、处理、分析变得越来越重要。
顺昕如意
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2023-11-03 06:22
全球首个!西南大学优势学科再有新进展:构建家蚕全基因组编辑筛
这项研究对功能
基因组学
和动植物品种改良具有重要价值。该研究小组成员马三元副教授告诉小部,西南大学于2004年率先完成了世界上对蚕基因组图谱的分析,使蚕成为最早完成
厉景轩小谭
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2023-11-01 08:41
基因组denovo测序与meta联合分析
已有研究表明,利用宏
基因组学
对人体口腔微生物区系进行研究,发现了50多种新的细菌,这些未培养细菌很可能与口腔疾病有关。
花生学生信
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2023-10-30 11:19
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